Atomistic details of the associative phosphodiester cleavage in human ribonuclease H

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 36, 2010, Pages 11081-11088

  Elsässer, Brigitta ^a   Fels, Gregor ^a  

^a UNIVERSITY OF PADERBORN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

RIBONUCLEASE H; RNA;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ENZYME ACTIVE SITE; HUMAN; METABOLISM; PROTEIN BINDING; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

CATALYTIC DOMAIN; HUMANS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN BINDING; QUANTUM THEORY; RIBONUCLEASE H; RNA; THERMODYNAMICS;

EID: 77956306804     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c001097a     Document Type: Article

References (46)

1. H. Nakamura, Y. Oda, S. Iwai, H. Inoue, E. Ohtsuka, S. Kanaya, S. Kimura, C. Katsuda, K. Katayanagi, K. Morikawa, H. Miyashiro, M. Ikehara Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1991, 88, 11535-11539
2. R. J. Crouch, and M. L. Dirksen, in Nucleases, ed. S. Linn and R. J. Robert, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, NY, 1982, pp. 211-241
3. K. Katayanagi, M. Miyagawa, M. Matsushima, M. Ishikawa, S. Kanaya, M. Ikehara, T. Matsuzaki, K. Morikawa Nature, 1990, 347, 306-309
4. W. Yang, W. A. Hendrickson, R. J. Crouch, Y. Satow Science, 1990, 249, 1398-1405
5. K. Katayanagi, M. Miyagawa, M. Matsushima, M. Ishikawa, S. Kanaya, H. Nakamura, M. Ikehara, T. Matsuzaki, K. Morikawa J. Mol. Biol., 1992, 223, 1029-1052
6. S. Kanaya, A. Kohara, Y. Miura, A. Sekiguchi, S. Iwai, H. Inoue, E. Ohtsuka, M. Ikehara J. Biol. Chem., 1990, 265, 4615-4621
7. Y. Oda, S. Iwai, E. Ohtsuka, M. Ishikawa, M. Ikehara, H. Nakamura Nucleic Acids Res., 1993, 21, 4690-4695
8. S. Kanaya, R. J. Crouch J. Biol. Chem., 1983, 258, 1276-1281
9. Y. Oda, M. Yoshida, S. Kanaya J. Biol. Chem., 1993, 268, 88-92
10. Y. Uchiyama, Y. Miura, H. Inoue, E. Ohtsuka, Y. Ueno, M. Ikehara, S. Iwai J. Mol. Biol., 1994, 243, 782-791
11. K. Ishikawa, M. Okumura, K. Katayanagi, S. Kimura, S. Kanaya, H. Nakamura, K. Morikawa J. Mol. Biol., 1993, 230, 529-542
12. L. H. Lai, H. Yokota, L. W. Hung, R. Kim, S. H. Kim Structure, 2000, 8, 897-904
13. P. A. Rice, T. A. Baker Nat. Struct. Biol., 2001, 8, 302-307
14. M. Nowotny, S. A. Gaidamakov, R. Ghirlando, S. M. Cerritelli, R. J. Crouch, W. Yang Mol. Cell, 2007, 28, 513-513
15. M. Nowotny, W. Yang EMBO J., 2006, 25, 1924-1933
16. Z. Hostomska, D. Matthews, Z. Hostomsky J Acq. Immun. Def. Synd., 1993, 6, 673-673
17. K. Pari, G. A. Mueller, E. F. DeRose, T. W. Kirby, R. E. London Biochemistry, 2003, 42, 639-650
18. M. Nowotny, S. A. Gaidamakov, R. J. Crouch, W. Yang Cell, 2005, 121, 1005-1016
19. W. Yang, J. Y. Lee, M. Nowotny Mol. Cell, 2006, 22, 5-13
20. T. A. Steitz, J. A. Steitz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1993, 90, 6498-6502
21. H. J. Wu, W. F. Lima, S. T. Crooke J. Biol. Chem., 2001, 276, 23547-23553
22. K. Katayanagi, M. Okumura, K. Morikawa Proteins: Struct., Funct., Genet., 1993, 17, 337-346
23. S. H. Hughes, E. Arnold, and Z. Hostomska, in Ribonuclease H, ed. R. J. Crouch and J. J. Toulme, INSERM, Paris, 1998, pp. 195-224
24. O. Schatz, F. V. Cromme, F. Gruningerleitch, S. F. J. Legrice FEBS Lett., 1989, 257, 311-314
25. N. Tanese, S. P. Goff Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1988, 85, 1777-1781
26. S. C. L. Kamerlin, J. Wilkie Org. Biomol. Chem., 2007, 5, 2098-2108
27. N. H. Williams Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics, 2004, 1697, 279-287
28. S. J. Admiraal, D. Herschlag Chem. Biol., 1995, 2, 729-739
29. J. G. Zalatan, D. Herschlag J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 1293-1303
30. Y. Zhao, Z. Y. Zhang Biochemistry, 1996, 35, 11797-11804
31. G. A. Cisneros, L. Perera, M. Garcia-Diaz, K. Bebenek, T. A. Kunkel, L. G. Pedersen DNA Repair, 2008, 7, 1824-1834
32. M. De Vivo, M. Dal Peraro, M. L. Klein J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 10955-10962
33. L. H. Wang, X. Y. Yu, P. Hu, S. Broyde, Y. K. Zhang J. Am. Chem. Soc., 2007, 129, 4731-4737
34. E. Rosta, H. L. Woodcock, B. R. Brooks, G. Hummer J. Comput. Chem., 2009, 30, 1634-1641
35. M. Valiev, B. C. Garrett, M. K. Tsai, K. Kowalski, S. M. Kathmann, G. K. Schenter, M. Dupuis J. Chem. Phys., 2007, 127, 51102.
36. M. Valiev, R. Kawai, J. A. Adams, J. H. Weare J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 9926-9927
37. E. J. Bylaska, et al., NWChem 5.1, A Computational Chemistry Package for Parallel Computers, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, Washington 99352-0999, USA, 2000
38. S. C. L. Kamerlin, N. H. Williams, A. Warshel J. Org. Chem., 2008, 73, 6960-6969
39. R. Langen, T. Schweins, A. Warshel Biochemistry, 1992, 31, 8691-8696
40. G. Henkelman, H. Jonsson J. Chem. Phys., 2000, 113, 9978-9985
41. M. Valiev, J. Yang, J. A. Adams, S. S. Taylor, J. H. Weare J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 13455-13464
42. I. Berente, T. Beke, G. Naray-Szabo Theor. Chem. Acc., 2007, 118, 129-134
43. A. S. Mildvan Proteins: Struct., Funct., Genet., 1997, 29, 401-416
44. R. T. Raines Chem. Rev., 1998, 98, 1045-1065
45. W. F. Lima, H. J. Wu, J. G. Nichols, T. P. Prakash, V. Ravikumar, S. T. Crooke J. Biol. Chem., 2003, 278, 49860-49867
46. C. A. Shaw-Reid, B. Feuston, V. Munshi, K. Getty, J. Krueger, D. J. Hazuda, M. A. Parniak, M. D. Miller, D. Lewis Biochemistry, 2005, 44, 1595-1606