A non-orthogonal block-localized effective Hamiltonian approach for chemical and enzymatic reactions

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 7, 2010, Pages 2242-2251

  Cembran, Alessandro ^a   Payaka, Apirak ^a   Lin, Yen Lin ^a   Xie, Wangshen ^a   Mo, Yirong ^a,b   Song, Lingchun ^a   Gao, Jiali ^a  

^a University of Minnesota   (United States)

^b WESTERN MICHIGAN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77955578037     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct1001686     Document Type: Article

References (76)

1. Senn, H. M.; Thiel, W. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 1198.
2. Gao, J.; Xia, X. Science 1992, 258, 631.
3. Gao, J.; Ma, S.; Major, D. T.; Nam, K.; Pu, J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 2006, 106, 3188.
4. Chandrasekhar, J.; Smith, S. F.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 154.
5. Gao, J. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7796.
6. Rossi, I.; Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1995, 233, 231.
7. Marti, S.; Moliner, V.; Tunon, I. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1008.
8. Garcia-Viloca, M.; Truhlar, D. G.; Gao, J. Biochemistry 2003, 42, 13558.
9. Nam, K.; Cui, Q.; Gao, J.; York, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 486.
10. Mo, Y.; Gao, J. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1458.
11. Mo, Y.; Gao, J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 3012.
12. Gao, J.; Garcia-Viloca, M.; Poulsen, T. D.; Mo, Y. Adv. Phys. Org. Chem. 2003, 38, 161.
13. Cembran, A.; Song, L.; Mo, Y.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2702.
14. Mo, Y.; Peyerimhoff, S. D. J. Chem. Phys. 1998, 109, 1687.
15. Mo, Y.; Zhang, Y.; Gao, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5737.
16. Mo, Y.; Gao, J.; Peyerimhoff, S. D. J. Chem. Phys. 2000, 112, 5530.
17. Stoll, H.; Preuss, H. Theor. Chem. Acc. 1977, 46, 12.
18. Gianinetti, E.; Raimondi, M.; Tornaghi, E. Int. J. Quantum Chem. 1996, 60, 157.
19. Gianinetti, E.; Vandoni, I.; Famulari, A.; Raimondi, M. Adv. Quantum Chem. 1998, 31, 251.
20. Song, L.; Gao, J. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 12925.
21. Gao, J.; Mo, Y. Prog. Theor. Chem. Phys. 2000, 5, 247.
22. Cooper, D. L.; Gerratt, J.; Raimondi, M. Adv. Chem. Phys. 1987, 69, 319.
23. Hiberty, P. C.; Flament, J. P.; Noizet, E. Chem. Phys. Lett. 1992, 189, 259.
24. Wu, W.; Song, L.; Cao, Z.; Zhang, Q.; Shaik, S. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 2721.
25. Song, L.; Mo, Y.; Zhang, Q.; Wu, W. J. Comput. Chem. 2005, 26, 514.
26. Song, L.; Mo, Y.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 174.
27. Sato, S. J. Chem. Phys. 1955, 23, 592.
28. Kuntz, P. J.; Nemeth, E. M.; Polanyi, J. C.; Rosner, S. D.; Young, C. E. J. Chem. Phys. 1966, 44, 1168.
29. Raff, L. M.; Stivers, L.; Porter, R. N.; Thompson, D. L.; Sims, L. H. J. Chem. Phys. 1970, 52, 3449.
30. Raff, L. M. J. Chem. Phys. 1974, 60, 2220.
31. Silver, D. M.; Brown, N. J. J. Chem. Phys. 1980, 72, 3859.
32. Warshel, A.; Weiss, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 6218.
33. Sheppard, M. G.; Freed, K. F. J. Chem. Phys. 1981, 75, 4507.
34. Hurtubise, V.; Freed, K. F. Adv. Chem. Phys. 1993, 83, 465.
35. Martin, C. H.; Graham, R. L.; Freed, K. F. J. Phys. Chem. 1994, 98, 3467.
36. Bernardi, F.; Olivucci, M.; Robb, M. A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 1606.
37. Bearpark, M. J.; Robb, M. A.; Bernardi, F.; Olivucci, M. Chem. Phys. Lett. 1994, 217, 513.
38. Bearpark, M. J.; Bernardi, F.; Olivucci, M.; Robb, M. A. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 8395.
39. Bearpark, M. J.; Smith, B. R.; Bernardi, F.; Olivucci, M.; Robb, M. A. ACS Symp. Ser. 1998, 712, 148.
40. Chang, Y. T.; Miller, W. H. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5884.
41. Aqvist, J.; Warshel, A. Chem. Rev. 1993, 93, 2523.
42. Schmitt, U. W.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5547.
43. Day, T. J. F.; Soudackov, A. V.; Cuma, M.; Schmitt, U. W.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5839.
44. Maupin, C. M.; Wong, K. F.; Soudackov, A. V.; Kim, S.; Voth, G. A. J. Phys.Chem. A 2006, 110, 631.
45. Schlegel, H. B.; Sonnenberg, J. L. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 905.
46. Sonnenberg, J. L.; Schlegel, H. B. Mol. Phys. 2007, 105, 2719.
47. Kim, Y.; Corchado, J. C.; Villa, J.; Xing, J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2718.
48. Tishchenko, O.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 13530.
49. Lin, H.; Zhao, Y.; Tishchenko, O.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1237.
50. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902.
51. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 209.
52. Rocha, G. B.; Freire, R. O.; Simas, A. M.; Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1101.
53. Stoll, H.; Wagenblast, G.; Preuss, H. Theor. Chim. Acta 1980, 57, 169.
54. Raimondi, M.; Famulari, A.; Specchio, R.; Sironi, M.; Moroni, F.; Gianinetti, E. THEOCHEM 2001, 573, 25.
55. Mo, Y.; Gao, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 6530.
56. Mo, Y.; Subramanian, G.; Gao, J.; Ferguson, D. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4832.
57. Mo, Y.; Schleyer, P. v. R.; Wu, W.; Lin, M.; Zhang, Q.; Gao, J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10011.
58. Mo, Y.; Wu, W.; Song, L.; Lin, M.; Zhang, Q.; Gao, J. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 1986.
59. Mo, Y.; Gao, J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 2976.
60. Khaliullin, R. Z.; Head-Gordon, M.; Bell, A. T. J. Chem. Phys. 2006, 124, 204105/1.
61. Mo, Y.; Gao, J. Acc. Chem. Res. 2007, 40, 113.
62. Pople, J. A.; Santry, D. P.; Segal, G. A. J. Chem. Phys. 1965, 43, S129.
63. Mo, Y.-r.; Alhambra, C.; Gao, J.-l. Huaxue Xuebao 2000, 58, 1504.
64. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
65. Pople, J. A.; Segal, G. A. J. Chem. Phys. 1965, 43, S136.
66. Elstner, M.; Porezag, D.; Juugnickel, G.; Elsner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Sukai, S.; Seifect, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260.
67. Brooks, B. R.; Brooks, C. L.; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545.
68. Nam, K.; Prat-Resina, X.; Garcia-Viloca, M.; Devi-Kesavan, L. S.; Gao, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1369.
69. Walker, R. C.; Crowley, M. F.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1019.
70. Marcus, R. A. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1993, 32, 1111.
71. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A. Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision D.01; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2004.
72. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1009.
73. Zheng, J.; Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 4632.
74. Chen, Y.; Yang, Y.; Wang, F.; Wan, K.; Yamane, K.; Zhang, Y.; Lei, M. Proc. Natl. Acad. Sc. U.S.A. 2006, 103, 13956.
75. Billeter, S. R.; Webb, S. P.; Agarwal, P. K.; Iordanov, T.; Hammes-Schiffer, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11262.
76. Hatcher, E.; Soudackov, A. V.; Hammes-Schiffer, S. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 187.