Polarization and charge-transfer effects in aqueous solution via Ab initio QM/MM simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 7, 2006, Pages 2976-2980

  Mo, Yirong ^a   Gao, Jiali ^b  

^a WESTERN MICHIGAN UNIVERSITY   (United States)

^b University of Minnesota   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGE TRANSFER; COMPUTER SIMULATION; DECOMPOSITION; MOLECULAR DYNAMICS; ORGANIC SOLVENTS; QUANTUM THEORY;

ACETATE; IONIC SYSTEMS; SOLVATION;

SOLUTIONS;

EID: 33644901555     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp057017u     Document Type: Article

References (46)

1. (a) Gao, J. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 298.
2. (b) Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
3. (c) Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700.
4. (a) MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Matto, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Eeiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stobe, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
5. (b) Kollman, P. A.; Merz, K. M. Acc. Chem. Res. 1990, 23, 246.
6. (c) Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474.
7. (a) Rick, S. W.; Stuart, S. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6141.
8. (b) Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
9. (c) Thompson, M. A.; Schenter, G. K. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6374.
10. (d) Gao, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1062.
11. (e) Banks, J. L.; Kaminski, G. A.; Zhou, R. H.; Mainz, D. T.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 741.
12. (f) Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2001, 114, 9337.
13. (g) Rick, S. W.; Stuart, S. J. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; Wiley-VCH: Berlin, 2002; Vol. 18; p 89.
14. (h) Ponder, J. W.; Case, D. A. In Advances in Protein Chemistry, Protein Simulations; Richards, F. M., Eisendberg, D. S., Kuriyan, J., Eds.; Elsevier; Amsterdam, The Netherlands, 2003.
15. (i) Lamoureux, G.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3025.
16. (j) Curutchet, C.; Bofill, J. M.; Hernandez, B.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1263.
17. (k) Wu, Y.; Yang, Z. Z. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 7563.
18. (l) MacKerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1584;
19. J. Comput. Chem.Vol. 66; p 27.
20. (m) Wang, W.; Skeel, R. D. J. Chem. Phys. 2005, 123, Art. No. 164107.
21. (a) Thompson, W. H.; Hynes, J. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6278.
22. (b) Robertson, W. H.; Johnson, M. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 173.
23. (a) Nadig, G.; Van Zant, L. C.; Dixon, S. L.; Merz, K. M., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5593.
24. (b) van der Vaart, A.; Merz, K. M., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9182.
25. (a) van der Vaart, A.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Phys. 2002, 116, 7380.
26. (b) Szefczyk, B.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6952.
27. (c) Guerra, C. F.; Handgraaf, J. W.; Baerends, E. J.; Bickelhaupt, F. M. J. Comput. Chem. 2004, 25, 189.
28. Peraro, M. D.; Raugei, S.; Carloni, P.; Klein, M. L. ChemPhysChem 2005, 6, 1715.
29. (a) Mo, Y.; Peyerimhoff, S. D. J. Chem. Phys. 1998, 109, 1687.
30. (b) Mo, Y.; Gao, J.; Peyerimhoff, S. D. J. Chem. Phys. 2000, 112, 5530.
31. (c) Mo, Y.; Subramanian, G.; Gao, J.; Ferguson, D. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4832.
32. (d) Mo, Y.; Song, L.; Wu, W.; and Zhang, Q. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3974.
33. (e) Mo, Y.; Gao, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 6530.
34. (f) Mo, Y. J. Mol. Model. 2006, 12, 221.
35. (a) Kitaura, K.; Morokuma, K. Int. J. Quantum Chem. 1976, 10, 325.
36. (b) Stevens, W. J.; Fink, W. H. Chem. Phys. Lett. 1987, 139, 15.
37. (c) Gutowski, M.; Piela, L. Mol. Phys. 1988, 64, 337.
38. (d) Cybulski, S. M.; Scheiner, S. Chem. Phys. Lett. 1990, 166, 57.
39. (e) Moszynski, R.; Heijmen, T. G. A.; Jeziorski, B. Mol. Phys. 1994, 88, 741.
40. (f) Glendening, E. D.; Streitwieser, A. J. Chem. Phys. 1994, 100, 2900.
41. (g) van der Vaart, A.; Merz, K. M., Jr. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3321.
42. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
43. Gao, J. Monte Carlo QM/MM at the University at Buffalo (MCQUB), SUNY Buffalo: Buffalo, 1996.
44. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79.
45. Reed, A. E.; Weinstock, R. B.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 735.
46. Freindorf, M.; Gao, J. J. Comput. Chem. 1996, 17, 386.