Optimizing the performance of the multiconfiguration molecular mechanics method

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 50, 2006, Pages 13530-13536

  Tishchenko, Oksana ^a   Truhlar, Donald G ^a  

^a University of Minnesota   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HYDROGEN TRANSFER REACTIONS; MULTICONFIGURATION MOLECULAR MECHANICS (MCMM); MULTIDIMENSIONAL TUNNELING; TRANSITION STATE THEORY;

ALGORITHMS; ELECTRON TUNNELING; ELECTRONIC STRUCTURE; GROUND STATE; OPTIMIZATION; POTENTIAL ENERGY; RATE CONSTANTS;

MOLECULAR PHYSICS;

EID: 33846683874     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0640833     Document Type: Article

References (51)

1. Kim, Y.; Corchado, J. C.; Villà, J.; Xing, X., Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2718.
2. Olson, W.; Flory, P. J. Biopolymers 1972, 11, 25.
3. Burkert, U.; Allinger, N. L. Molecular Mechanics; American Chemical Society: Washington, DC, 1984.
4. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S.; Weiner, P. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
5. Hagler, A. T.; Ewig, C. S. Comput. Phys. Commun. 1994, 84, 131.
6. Warshel, A.; Weiss, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 6218.
7. London, F. Z. Electrochemistry (Tokyo) 1929, 35, 552.
8. Eyring, H.; Polanyi, M. Z. Physik. Chem. 1931, B12, 279.
9. Ellison, F. O. J. Am. Chem. Soc. 1963, 85, 3540.
10. Porter, R. N.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1964, 40, 1105.
11. Raff, L. M.; Stivers, L.; Porter, R. N.; Thompson, D. L.; Sims, L. B. J. Chem. Phys. 1970, 52, 3449.
12. Blais, N. C.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 1973, 58, 1090.
13. Raff, L. M. J. Chem. Phys. 1974, 60, 2220.
14. Tully, J. C. In Semiempirical Methods of Electronic Structure Theory, Part A: Techniques; Segal, G. A., Ed.; Plenum: New York, 1977; p 173.
15. Truhlar, D. G.; Wyatt, R. E. Adv. Chem. Phys. 1977, 36, 141.
16. Kuntz, P. J. In Atom-Molecule Collision Theory; Bernstein, R. B., Ed.; Plenum: New York, 1979; p 79.
17. Faist, M. B.; Muckerman, J. T. J. Chem. Phys. 1979, 71, 225.
18. Warshel, A.; Sussman, F.; Hwang, J. K. J. Mol. Biol. 1988, 201, 139.
19. Warshel, A. Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions; John Wiley & Sons: New York, 1991.
20. Yadav, A.; Jackson, R. M.; Holbrook, J. J.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4800.
21. Åqvist, J.; Warshel, A. Chem. Rev. 1993, 93, 2523.
22. Åqvist, J. In Computational Approaches to Biochemical Reactivity; Naray-Szabo, G., Warshel, A., Eds.; Kluwer Academic: Dordrecht, 1997; Vol. 19, p 341.
23. Shaik, S.; Shurki, A. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1997, 36, 2205.
24. Chang, Y. T.; Miller, W. H. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5884.
25. Chang, Y. T.; Minichino, C.; Miller, W. H. J. Chem. Phys. 1992, 96, 4341.
26. Schlegel, H. B.; Sonnenberg, J. L. J. Chem. Theor. Comput. 2006, 2, 905.
27. Ischtwan, J.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 1994, 100, 8080.
28. Nguyen, K. A.; Rossi, I.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5522.
29. Tishchenko, O.; Truhlar, D. G. To be published.
30. Albu, T. V.; Corchado, J. C.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8465.
31. Lin, H.; Pu, J.; Albu, T. V.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4112.
32. Lin, H.; Zhao, Y.; Tishchenko, O.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theor. Comput. 2006, 2, 1237.
33. Allinger, N. C. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 8127.
34. Allinger, N. C.; Yuh, Y. H.; Lii, J.-H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551.
35. Lii, J.-H.; Allinger, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8566.
36. Lii, J.-H.; Allinger, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8576.
37. Albu, T. V.; Corchado, J. C.; Kim, Y.; Villà, J.; Xing, J.; Lin, H.; Truhlar, D. G. MC-TINKER 1.0.1; University of Minnesota: Minneapolis, MN, 2003.
38. Garrett, B. C.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 1979, 70, 1593.
39. Truhlar, D. G.; Isaacson, A. D.; Skodje, R. T.; Garrett, B. C. J. Phys. Chem. 1982, 86, 2252;
40. 1983, 87, 4554 (E).
41. Truhlar, D. G.; Gordon, M. S. Science 1990, 249, 491.
42. Lu, D.-H.; Truong, T. N.; Melissas, V. S.; Lynch, G. C.; Liu, Y.-P.; Garrett, B. C.; Steckler, R.; Isaacson, A. D.; Rai, S. N.; Hancock, G. C.; Lauderdale, J. G.; Joseph, T.; Truhlar, D. G. Comput. Phys. Commun. 1992, 71, 235.
43. Liu, Y.-P.; Lynch, G. C.; Truong, T. N.; Truhlar, D. G.; Garrett, B. C. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2408.
44. Liu, Y.-P.; Lu, D.-h.; González-Lafont, A.; Truhlar, D. G.; Garrett, B. C. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 7806.
45. Truhlar, D. G.; Garrett, B. C.; Klippenstein, S. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12771.
46. Fernández-Ramos, A.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2001, 114, 1491.
47. Pople, J. A.; Binkley, J. S.; Seeger, L. Int. J. Quantum Chem., Symp. 1976, 10, 1.
48. Lynch, B. J.; Fast, P. L.; Harris, M.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 4811.
49. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, L; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
50. Albu, T. V.; Corchado, J. C.; Kim, Y.; Villa, J.; Xing, J.; Lin, H.; Truhlar, D. G. MC-TINKERATE 9.1; University of Minnesota, Minneapolis, MN, 2003.
51. Corchado, J. C.; Chuang, Y.-Y.; Fast, P. L.; Villa, J.; Hu, W.-P.; Liu, Y.-P.; Lynch, G. C.; Nguyen, K. A.; Jackels, C. F.; Melissas, V. S.; Lynch, B. J.; Rossi, I.; Coitiño, E. L.; Fernández-Ramos, A.; Pu, J.; Albu, T. V.; Steckler, R.; Garrett, B. C.; Isaacson, A. D.; Truhlar, D. G. POLYRATE 9.1; University of Minnesota, Minneapolis, MN, 2002.