An efficient strategy for sequencing-by-synthesis

Journal of Nanoscience and Nanotechnology

Volumn 10, Issue 5, 2010, Pages 2988-2993

  Gao, Li ^a   Lu, Hua ^a   Xu, Lijian ^a   Lu, Zuhong ^a,b  

^a SOUTHEAST UNIVERSITY   (China)

^b Southeast University   (China)

Author keywords

Hydrogen peroxide (h 2o 2); Rolling Circle amplification (rca); Sequencing by Synthesis (sbs)

Indexed keywords

ACRYLAMIDES; DNA CHAINS; EFFICIENT STRATEGY; SEQUENCING METHOD; SEQUENCING-BY-SYNTHESIS (SBS); SLIDE SURFACE; STREPTAVIDIN; TRIPHOSPHATE;

ALDEHYDES; AMIDES; AMPLIFICATION; COST REDUCTION; DNA; FLUORESCENCE; GENES; HYDROGEN; HYDROGEN PEROXIDE; OXIDATION; SYNTHESIS (CHEMICAL);

POLYMERASE CHAIN REACTION;

EID: 77955007403     PISSN: 15334880     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1166/jnn.2010.2183     Document Type: Conference Paper

References (35)

1. F. S. Collins, E. D. Green, A. E. Guttmacher, and M. S. Guyer, Nature 422, 835 (2003).
2. A. Marziali and M. A. Annu, Rev. Biomed. Eng. 3, 195 (2001).
3. D. Y. Lee, W. S. Choi, A. K. M. Kafi, S. H. Park, and Y. S. Kwon, J. Nanosci. Nanotechnol. 8, 4553 (2008).
4. L. A. Jauregui and J. M. Seminario, IEEE Sens. J. 8, 803 (2008).
5. M. Margulies, M. Egholm, E. Altman, S. Attiya, S. Bader, A. Bemben, J. Berka, S. Braverman, Y. Chen, Z. Chen, B. Dewell, L. Du, M. Fierro, V. Gomes, C. Godwin, W. He, S. Helgesen, C. Ho, P. Irzyk, C. Jando, I. Alenquer, P. Jarvie, B. Jirage, J. Kim, R. Knight, R. Lanza, H. Leamon, M. Lefkowitz, M. Lei, J. Li, L. Lohman, H. Lu, B. Makhijani, E. McDade, P. McKenna, W. Myers, E. Nickerson, R. Nobile, R. Plant, P. Pue, T. Ronan, T. Roth, J. Sarkis, F. Simons, W. Simpson, M. Srinivasan, R. Tartaro, A. Tomasz, A. Vogt, A. Volkmer, H. Wang, Y. Wang, P. Weiner, P. Yu, F. Begley, and M. Rothberg, Nature 437, 376 (2005).
6. M. L. Metzker, Genome Res. 15, 1767 (2005).
7. D. Zhang, M. Brandwein, T. C. H. Hsuih, and H. Li, Gene 211, 277 (1998).
8. T. C. H. Hsuih, Y. N. Park, C. Zaretsky, F. Wu, S. Tyagi, F. R. Kramer, R. Sperling, and D. Zhang, J. Clin. Microbiol. 34, 501 (1996).
9. D. Zhang, W. Zhang, X. Li, and Y. Konomi, Gene 274, 209 (2001).
10. R. S. Sarfati, T. Berthod, C. Guerreiro, and B. Canard, J. Chem. Soc. [Perkin Trans.1]: Organic Bio-Organic Chem. 9, 1163 (1995).
11. M. L. Metzker, R. Raghavachari, S. Richards, S. E. Jacutin, A. Civitello, K. Burgess, and R. A. Gibbs, Nucleic Acids Res. 22, 4259 (1994).
12. I. Rasolonjatovo and S. R. Sarfati, Nucleosides Nucleotides 17, 2021 (1998).
13. T. S. Seo, X. Bai, H. Ruparel, Z. Li, N. J. Turro, and J. Ju, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 101, 5488 (2004).
14. H. Ruparel, L. Bi, Z. Li, X. Bai, D. H. Kim, N. J. Turro, and J. Ju, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 102, 5932 (2005).
15. L. Bi, D. H. Kim, and J. Y. Ju, J. Am. Chem. Soc. 128, 2542 (2006).
16. M. B. Welch and K. Burgess, Nucleosides Nucleotides 18, 197 (1999).
17. I. Rasolonjatovo and S. R. Sarfati, Nucleosides Nucleotides 18, 1021 (1999).
18. Z. Li, X. Bai, H. Ruparel, S. Kim, N. J. Turro, and J. Ju, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 100, 414 (2003).
19. T. S. Seo, X. Bai, D. H. Kim, Q. Meng, S. Shi, H. Ruparel, Z. Li, N. J. Turro, and J. Ju, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 102, 5926 (2005).
20. G. Lu and K. Burgess, Med. Chem. Lett. 16, 3902 (2006).
21. J. Shi, M. T. Boyce-Jacino, and P. Goelet, Orchid Biocomputer, Inc., USA. WO Patent no. 9964437 (1999).
22. J. W. Parce, T. T. Nikiforov, A. Burd Mehta, A. W. Chow, and M. R. Knapp, Caliper Technologies Corp., USA. WO Patent no. 2000050642 (2000).
23. Q. Meng, D. H. Kim, X. Bai, L. Bi, N. J. Turro, and J. Ju, J. Org. Chem. 71, 3248 (2006).
24. R. Odedra, A. Simmonds, and L. Pickering, Amersham Pharmacia ; Biotech UK Ltd., UK. WO Patent no. 2001092284 (2001).
25. J. Ju, D. H. Kim, L. Bi, Q. Meng, X. Bai, Z. Li, X. Li, M. S. Marma, S. Shi, J. Wu, J. R. Edwards, A. Romu, and N. J. Turro, Proc. Nati Acad. Sci. USA 103, 19635 (2006).
26. G. Turcatti, A. Romieu, M. Fedurco, and A. Tairi, Nucleic Acids Research 36, e25 (2008).
27. S. A. Aksyonov, M. Bittner, L. B. Bloom, L. J. Reha-Krantz, I. R. Gould, M. A. Hayes, U. A. Kiernan, E. E. NiederkoXer, Vi. Pizziconi, R. S. Rivera, D. J. B. Williams, and P. Williams, Anal. Biochem. 348, 127 (2006).
28. D. Zhou, R. Zhang, R. Fang, L. Cheng, P. Xiao, and Z. Lu. Electrophoresis 29, 626 (2008).
29. C. Adessi, G. Matton, G. Ayala, G. Turcatti, J. Mermod, P. Mayer, and E. Kawashima, Nucleic Acids Research 28, e87 (2000).
30. P. Xiao, L. Cheng, Y. Wan, B. Sun, Z. Chen, S. Zhang, C. Zhang, G. Zhou, and Z. Lu, Electrophoresis 27, 3904 (2006).
31. M. Manning, S. Harvey, P. Galvin, and G. Redmond, Materials Science and Engineering C-Biomimetic and Supramolecular Systems 23, 347 (2003).
32. P. Xiao, H. Huang, G. Zhou, and Z. Lu. Electrophoresis 28, 1903 (2007).
33. J. Tu, Y. Bai, and Z. Lu, Proceeding of the 4'th International Forum of Post-genome Technologies, Hangzhou (2006), p. 46.
34. A. Pihlak, G. Baurén, E. Hersoug, P. Lõnnerberg, A. Metsis, and S. Linnarsson, Nature biotechnology 26, 676 (2008).
35. Z. Pan, Y. Li, D. Zhou, J. Tang, M. Zhang, P. Xiao, and Z. Lu, Anal Biochem. 376, 280 (2008).