A non-empirical chromophoric interpretation of CD spectra of DNA G-quadruplex structures

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 8, Issue 12, 2010, Pages 2683-2692

  Masiero, Stefano ^a   Trotta, Roberta ^b   Pieraccini, Silvia ^a   De Tito, Stefano ^b   Perone, Rosaria ^a   Randazzo, Antonio ^b   Spada, Gian Piero ^a  

^a UNIVERSITY OF BOLOGNA   (Italy)

^b UNIVERSITY OF NAPLES FEDERICO II   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CD SPECTRA; CD SPECTROSCOPY; ELECTRONIC TRANSITION; EXCITON COUPLING; G-QUADRUPLEX STRUCTURE; G-QUADRUPLEXES; GUANOSINES; HYDROGEN BONDINGS; QUADRUPLEXES; RELATIVE ORIENTATION; SPECTRAL FEATURE; STACKING ORIENTATION;

CHROMOPHORES; DNA; DNA SEQUENCES; GENES; HIGH ENERGY PHYSICS; RNA;

DATA STORAGE EQUIPMENT;

DNA; GUANINE QUADRUPLEX;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CIRCULAR DICHROISM; CONFORMATION; HYDROGEN BOND; REVIEW;

CIRCULAR DICHROISM; DNA; G-QUADRUPLEXES; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION;

EID: 77953192496     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c003428b     Document Type: Review

References (60)

1. Quadruplex Nucleic Acids, ed., S. Neidle, and, S. Balasubramanian,, RSC, Cambridge, 2006
2. G. N. Parkinson, in Quadruplex Nucleic Acids, ed., S. Neidle, and, S. Balasubramanian,, RSC, Cambridge, 2006, p. 1
3. J. E. Johnson J. S. Smith M. L. Kozak F. B. Johnson Biochimie 2008 90 1250
4. E. Henderson C. C. Hardin S. K. Walk I. Tinoco Jr E. H. Blackburn Cell 1987 51 899
5. E. Callen J. Surralles Mutat. Res., Rev. Mutat. Res. 2004 567 85
6. T. von Zglinicki Cancer Lett. 2003 194 137
7. M. R. Stampfer P. Yaswen Cancer Lett. 2003 194 199
8. G. Saretzki Cancer Lett. 2003 194 209
9. S. Neidle G. Parkinson Nat. Rev. Drug Discovery 2002 1 383
10. C. M. Incles C. M. Schultes S. Neidle Curr. Opin. Investig. Drugs 2003 4 675
11. S. M. Gowan J. R. Harrison L. Patterson M. Valenti M. A. Read S. Neidle L. R. Kelland Mol. Pharmacol. 2002 61 1154
12. L. H. Hurley Nat. Rev. Cancer 2002 2 188
13. E. M. Rezler D. J. Bearss L. H. Hurley Curr. Opin. Pharmacol. 2002 2 415
14. Circular dichroism: principles and applications, ed., N. Berova,,, K. Nakanishi, and, R. W. Woody,, Wiley-VCH, New York, 2nd edn, 2000
15. P. Crabbé, Optical rotatory dispersion and circular dichroism in organic chemistry, Holden-Day, San Francisco, 1965
16. N. Berova L. Di Bari G. Pescitelli Chem. Soc. Rev. 2007 36 914
17. G. Gottarelli S. Lena S. Masiero S. Pieraccini G. P. Spada Chirality 2008 20 471
18. L. van Dijk P. A. Bobbert F. C. Spano J. Phys. Chem. B 2010 114 817
19. Circular dichroism and the conformational analysis of biomolecules, ed., G. D. Fasman,, Plenum, New York, 1996
20. S. Paramasivan I. Rujan P. H. Bolton Methods 2007 43 324
21. S. Burge G. N. Parkinson P. Hazel A. K. Todd S. Neidle Nucleic Acids Res. 2006 34 5402
22. J. Kypr I. Kejnovská D. Reniuk M. Vorlíková Nucleic Acids Res. 2009 37 1713
23. J. Jaumot R. Eritja S. Navea R. Gargallo Anal. Chim. Acta 2009 642 117
24. P. Balagurumoorthy S. K. Brahmachari D. Mohanty M. Bansal V. Sasisekharan Nucleic Acids Res. 1992 20 4061
25. D. M. Gray F. J. Bollum Biopolymers 1974 13 2087
26. R. Jin B. L. Gaffney C. Wang R. A. Jones K. J. Breslauer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992 89 8832
27. M. Lu Q. Guo N. R. Kallenbach Biochemistry 1993 32 598
28. F. W. Smith J. Feigon Nature 1992 356 164
29. C. Kang X. Zhang R. Ratliff R. Moyzis A. Rich Nature 1992 356 126
30. J. R. Williamson Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1994 23 703
31. N. Harada and K. Nakanishi, Circular Dichroic Spectroscopy-Exciton Coupling in Organic Stereochemistry, University Science Book, Mill Valley CA, 1983
32. N. Berova and K. Nakanishi, in Circular Dichroism-Principles and Applications, ed., N. Berova,,, K. Nakanishi, and, R. W. Woody,, Wiley-VCH, New York, 2nd edn, 2000, p. 337
33. S. Superchi E. Giorgio C. Rosini Chirality 2004 16 422
34. L. B. Clark J. Am. Chem. Soc. 1994 116 429
35. M. P. Fülsher L. Serrano-Andrés B. O. Roos J. Am. Chem. Soc. 1997 119 6168
36. G. Gottarelli P. Palmieri G. P. Spada Gazz. Chim. It. 1990 120 101
37. D. M. Gray J. -D. Wen C. W. Gray R. Repges C. Repges G. Raabe J. Fleischhauer Chirality 2008 20 431
38. G. Snatzke, in Circular Dichroism-Principles and Applications, ed., N. Berova,,, K. Nakanishi, and, R. W. Woody,, Wiley-VCH, New York, 2nd edn, 2000, p. 1
39. G. Gottarelli S. Masiero G. P. Spada Enantiomer 1998 3 429
40. J. -D. Wen D. M. Gray Biochemistry 2002 41 11438
41. P. V. Scaria S. J. Shire R. H. Shafer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992 89 10336
42. F. W. Smith F. W. Lau J. Feigon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 10546
43. M. A. Keniry G. D. Strahan E. A. Owen R. H. Shafer Eur. J. Biochem. 1995 233 631
44. V. Esposito A. Randazzo G. Piccialli L. Petraccone C. Giancola L. Mayol Org. Biomol. Chem. 2004 2 313
45. S. Uesugi M. Ikehara J. Am. Chem. Soc. 1977 99 3250
46. F. Jordan H. Niv Biochim. Biophys. Acta, Nucleic Acids Protein Synth. 1977 476 265
47. S. Uesugi M. Ohkubo H. Urata M. Ikeara Y. Kobayashi Y. Kyogoku J. Am. Chem. Soc. 1984 106 3675
48. A. virgilio V. Esposito A. Randazzo L. Mayol A. Galeone Nucleic Acids Res. 2005 33 6188
49. V. Esposito A. virgilio A. Pepe G. Oliviero L. Mayol A. Galeone Bioorg. Med. Chem. 2009 17 1997
50. L. Petraccone I. Duro A. Randazzo A. virno L. Mayol C. Giancola Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2007 26 669
51. V. Esposito A. virgilio A. Randazzo A. Galeone L. Mayol Chem. Commun. 2005 3953
52. A. virno F. Zaccaria A. virgilio V. Esposito A. Galeone L. Mayol A. Randazzo Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2007 26 8-9 1139
53. J. T. Davis Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 668
54. A. Wong R. Ida L. Spindler G. Wu J. Am. Chem. Soc. 2005 127 6990
55. J. T. Davis G. P. Spada Chem. Soc. Rev. 2007 36 296
56. S. Lena S. Masiero S. Pieraccini G. P. Spada Chem.-Eur. J. 2009 15 7792
57. A. Marlow E. Mezzina S. Masiero G. P. Spada J. T. Davis G. Gottarelli J. Org. Chem. 1999 64 5116
58. G. Gottarelli S. Masiero G. P. Spada J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1995 2555
59. S. Martić X. Liu S. Wang G. Wu Chem.-Eur. J. 2008 14 1196
60. C. Graziano S. Pieraccini S. Masiero M. Lucarini G. P. Spada Org. Lett. 2008 10 1739