Decomposing the energetic impact of drug resistant mutations in HIV-1 protease on binding DRV

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 4, 2010, Pages 1358-1368

  Cai, Yufeng ^a   Schiffer, Celia A ^a  

^a UNIVERSITY OF MASSACHUSETTS MEDICAL SCHOOL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77951133082     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct9004678     Document Type: Article

References (66)

1. Debouck, C. AIDS Res. Hum. Retroviruses 1992, 8, 153
2. Wlodawer, A.; Erickson, J. W. Annu. Rev. Biochem. 1993, 62, 543
3. Wood, E.; Hogg, R. S.; Yip, B.; Moore, D.; Harrigan, P. R.; Montaner, J. S. HIV Med. 2007, 8, 80
4. Schinazi, R. F.; Larder, B. A.; Mellors, J. W. Int. Antiviral News 1997, 5, 129
5. King, N. M.; Prabu-Jeyabalan, M.; Nalivaika, E. A.; Wigerinck, P.; de Bethune, M. P.; Schiffer, C. A. J. Virol. 2004, 78, 12012
6. Todd, M. J.; Luque, I.; Velazquez-Campoy, A.; Freire, E. Biochemistry 2000, 39, 11876
7. King, N. M.; Melnick, L.; Prabu-Jeyabalan, M.; Nalivaika, E. A.; Yang, S. S.; Gao, Y.; Nie, X.; Zepp, C.; Heefner, D. L.; Schiffer, C. A. Protein Sci. 2002, 11, 418
8. Prabu-Jeyabalan, M.; Nalivaika, E. A.; King, N. M.; Schiffer, C. A. J. Virol. 2003, 77, 1306
9. Talhout, R.; Villa, A.; Mark, A. E.; Engberts, J. B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10570
10. Huang, N.; Jacobson, M. P. Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 2007, 10, 325
11. Jorgensen, W. L. Science 2004, 303, 1813
12. Bash, P. A.; Singh, U. C.; Brown, F. K.; Langridge, R.; Kollman, P. A. Science 1987, 235, 574
13. Wang, W.; Kollman, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 14937
14. Wittayanarakul, K.; Aruksakunwong, O.; Sompornpisut, P.; Sanghiran-Lee, V.; Parasuk, V.; Pinitglang, S.; Hannongbua, S. J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 300
15. Adcock, S. A.; McCammon, J. A. Chem. Rev. 2006, 106, 1589
16. Gao, J.; Kuczera, K.; Tidor, B.; Karplus, M. Science 1989, 244, 1069
17. Zwanzig, R. W. J. Chem. Phys. 1954, 22, 1420
18. Michielin, O.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 2002, 324, 547
19. Archontis, G.; Simonson, T.; Moras, D.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1998, 275, 823
20. Singh, U. C.; Benkovic, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988, 85, 9519
21. Lawrenz, M.; Baron, R.; McCammon, J. A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1106
22. Massova, I.; Kollman, P. A. Perspect. Drug Discovery Des. 1999, 18, 113
23. Xu, Y.; Wang, R. Proteins 2006, 64, 1058
24. Gohlke, H.; Kiel, C.; Case, D. A. J. Mol. Biol. 2003, 330, 891
25. Archontis, G.; Simonson, T.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 2001, 306, 307
26. Swanson, J. M.; Henchman, R. H.; McCammon, J. A. Biophys. J. 2004, 86, 67
27. Hendsch, Z. S.; Tidor, B. Protein Sci. 1999, 8, 1381
28. Hou, T.; Yu, R. J. Med. Chem. 2007, 50, 1177
29. Surleraux, D. L.; Tahri, A.; Verschueren, W. G.; Pille, G. M.; de Kock, H. A.; Jonckers, T. H.; Peeters, A.; De Meyer, S.; Azijn, H.; Pauwels, R.; de Bethune, M. P.; King, N. M.; Prabu-Jeyabalan, M.; Schiffer, C. A.; Wigerinck, P. B. J. Med. Chem. 2005, 48, 1813
30. Surleraux, D. L.; de Kock, H. A.; Verschueren, W. G.; Pille, G. M.; Maes, L. J.; Peeters, A.; Vendeville, S.; De Meyer, S.; Azijn, H.; Pauwels, R.; de Bethune, M. P.; King, N. M.; Prabu-Jeyabalan, M.; Schiffer, C. A.; Wigerinck, P. B. J. Med. Chem. 2005, 48, 1965
31. Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M., Jr.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668
32. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999
33. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157
34. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonszalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision B.05; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
35. Bayly, C. I. C., P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269
36. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327
37. Onufriev, A.; Case, D. A.; Bashford, D. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1297
38. Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. Proteins 2004, 55, 383
39. Luo, R.; David, L.; Gilson, M. K. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1244
40. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978
41. Gilson, M. K.; Given, J. A.; Bush, B. L.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1997, 72, 1047
42. Kollman, P. A. Chem. Rev. 1993, 93, 2395
43. Radmer, R. J.; Kollman, P. A. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1998, 12, 215
44. Lau, F. T.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1994, 236, 1049
45. Blondel, A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 985
46. Wong, C. F.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 3830
47. Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M., Jr.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668
48. Lee, T.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4385
49. Bishop, M.; Frinks, S. J. Phys. Chem. 1987, 87, 3675
50. Bea, I.; Gotsev, M. G.; Ivanov, P. M.; Jaime, C.; Kollman, P. A. J. Org. Chem. 2006, 71, 2056
51. Wittayanarakul, K.; Hannongbua, S.; Feig, M. J. Comput. Chem. 2008, 29, 673
52. Gohlke, H.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 238
53. Ferrara, P.; Gohlke, H.; Price, D. J.; Klebe, G.; Brooks, C. L. J. Med. Chem. 2004, 47, 3032
54. Lee, T.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4385
55. Stoica, I.; Sadiq, S. K.; Coveney, P. V. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2639
56. Massova, I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 11, 8133
57. Wang, W.; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 2000, 303, 567
58. Huo, S.; Massova, I.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 15
59. Luque, I.; Todd, M. J.; Gomez, J.; Semo, N.; Freire, E. Biochemistry 1998, 37, 5791
60. Todd, M. J.; Luque, I.; Velazquez-Campoy, A.; Freire, E. Biochemistry 2000, 39, 11876
61. Velazquez-Campoy, A.; Kiso, Y.; Freire, E. Arch. Biochem. Biophys. 2001, 390, 169
62. Ohtaka, H.; Velazquez-Campoy, A.; Xie, D.; Freire, E. Protein Sci. 2002, 11, 1908
63. Perryman, A. L.; Lin, J. H.; McCammon, J. A. Protein Sci. 2004, 13, 1108
64. Lippow, S. M.; Wittrup, K. D.; Tidor, B. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 1171
65. Huggins, D. J.; Altman, M. D.; Tidor, B. Proteins 2009, 75, 168
66. King, N. M.; Prabu-Jeyabalan, M.; Bandaranayake, R. M.; Nalam, M. N.; Ozen, A.; Haliloglu, T.; Schiffer, C. In preparation 2009.