A scheme for rapid prediction of cooperativity in hydrogen bond chains of formamides, acetamides, and N-methylformamides

Journal of Computational Chemistry

Volumn 31, Issue 7, 2010, Pages 1410-1420

  Jiang, Xiao Nan ^a   Sun, Chang Liang ^a   Wang, Chang Sheng ^a  

^a LIAONING NORMAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Cooperativity; Hydrogen bond chain

Indexed keywords

BASIS SET SUPERPOSITION ERRORS; COOPERATIVITY; COOPERATIVITY EFFECTS; FORMAMIDES; HYDROGEN BONDINGS; HYDROGEN-BOND CHAINS; METHYLFORMAMIDES; MONOMERIC UNITS; N-METHYLFORMAMIDE;

AMIDES; ERROR CORRECTION; HYDROGEN;

HYDROGEN BONDS;

EID: 77950878169     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.21426     Document Type: Article

References (51)

1. Tan, H. W.; Qu, W. W.; Chen, G. J.; Liu, R. Z. J Phys Chem A 2005, 109, 6303.
2. Li, Q. Z.; An, X. L.; Gong, B. A.; Cheng, J. B. J Phys Chem A 2007, 110, 10166.
3. Jerffery, G. A. An Introduction to Hydrogen Bonding; Oxford University Press: New York, 1997.
4. Scheiner, S. Hydrogen Bonding: A Theoretical Perspective; Oxford University Press: New York, 1997.
5. Wang, C. S.; Zhang, Y.; Gao, K.; Yang, Z. Z. J Chem Phys 2005, 123, 024307.
6. Kang, Y. K. J Phys Chem B 2000, 104, 8321.
7. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J Am Chem Soc 2003, 125, 8124.
8. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J Am Chem Soc 2003, 125, 14065.
9. Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J Phys Chem A 2003, 107, 10389.
10. Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J Phys Chem A 2003, 107, 6688.
11. Ireta, J.; Neugebauer, J.; Scheffler, M.; Rojo, A.; Galvan, M. J Phys Chem B 2003, 107, 1432.
12. Wu, Y. D.; Zhao, Y. L. J Am Chem Soc 2001, 123, 5313.
13. Topol, I. A.; Burt, S. K.; Deretey, E.; Tang, T. H.; Perczel, A.; Rashin, A.; Csizmadia, I. G. J Am Chem Soc 2001, 123, 6054.
14. Guo, H.; Gresh, N.; Roques, B. P.; Salahub, D. R. J Phys Chem B 2000, 104, 9746.
15. Lin, J. Q.; Luo, S. W.; Wu, Y. D. J Comput Chem 2002, 23, 1551.
16. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J Am Chem Soc 2004, 126, 14198.
17. Salvador, P.; Kobko, N.; Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J Am Chem Soc 2004, 126, 14190.
18. Miller, J. S.; Kennedy, R. J.; Kemp, D. S. J Am Chem Soc 2002, 124, 945.
19. Jaravine, V. A.; Alexandrescu, A. T.; Grzesiek, S. Protein Sci 2001, 10, 943.
20. Juranic, N.; Moncrieffe, M. C.; Likic, V. A.; Pendergast, F. G.; Macura, S. J Am Chem Soc 2002, 124, 14221.
21. Kobko, N.; Paraskevas, L.; Rio, E. D.; Dannenberg, J. J. J Am Chem Soc 2001, 123, 4348.
22. Viswanathan, R.; Amparo, A.; Dannenberg, J. J. J Phys Chem B 2004, 108, 9205.
23. Kar, T.; Scheiner, S. J Phys Chem A 2004, 108, 9161.
24. Song, H. J.; Xiao, H. M.; Dong, H. S. J Phys Chem A 2006, 110, 6178.
25. Asensio, A.; Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J Phys Chem A 2003, 107, 6441.
26. Li, Q. Z.; Hu, T.; An, X. L.; Gong, B. A.; Cheng, J. B. ChemPhys Chem 2008, 9, 1942.
27. Li, Q. Z.; An, X. L.; Luan, F.; Li, W. Z.; Gong, B. A.; Cheng, J. B.; Sun, J. Z. J Qua Chem 2008, 108, 558.
28. Li, Q. Z.; Lin, Q. Q.; Li, W. Z.; Cheng, J. B.; Gong, B. A.; Sun, J. Z. ChemPhysChem 2008, 9, 2265.
29. Vijay, D.; Zipse, H.; Sastry, G. N. J Phys Chem B 2008, 112, 8863.
30. Hobza, P.; Sponer, J. J Mol Struct (Theochem) 1996, 388, 115.
31. Novoa, J. J.; Whangbo, M. H. J Am Chem Soc 1991, 113, 9017.
32. Neuheuser, T.; Hess, B. A.; Reutel, C.; Weber, R. J Phys Chem 1994, 98, 6459.
33. Florian, J.; Leszcynski, J.; Johnson, B. J Mol Struct 1995, 349, 421.
34. Florian, J.; Johnson, B. G. J Phys Chem 1995, 99, 5899.
35. Adalsteinsson, H.; Maulitz, A. H.; Bruice, T. C. J Am Chem Soc 1996, 118, 7689.
36. Suhai, S. J Phys Chem 1996, 100, 3950.
37. Bleckmann, P.; Breitenbach, P.; Dickhut, K. U.; Keller, D.; Schwit-tek, C. F. J Anal Chem 1997, 359, 115.
38. Sun, C. L.; Jiang, X. N.; Wang, C. S. J Comput Chem 2009; doi: 10.1002/jcc.21266.
39. Buckingham, A. D. Quar Rev Chem Soc 1959, 13, 183.
40. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol Phys 1970, 19, 553.
41. Simon, S.; Duran, M.; Dannenberg, J. J. J Chem Phys 1996, 105, 11024.
42. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A.; Vreven, T. Jr; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghava-chari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision B02; Gaussian, Inc: Pittsburgh, PA, 2003.
43. Aquist, J. J Phys Chem 1990, 94, 8021.
44. Ross, W. S.; Hardin, C. C. J Am Chem Soc 1994, 116, 6070.
45. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
46. Moyna, G.; Williams, H. J.; Nachman, R. J.; Scott, A. I. Biopoly-mers 1999, 49, 403.
47. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J Comput Chem 2000, 21, 1049.
48. MacKerrell, A. D., Jr., Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Kar-plus, M. J Phys Chem B 1998, 102, 3586.
49. Foloppe, N.; MacKerell, A. D., Jr. J Comput Chem 2000, 21, 86.
50. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J Am Chem Soc 1996, 117, 11225.
51. Kaminsky, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Phys Chem B 2001, 105, 6474.