Which functional form is appropriate for hydrogen bond of amides?

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 34, 2000, Pages 8321-8326

  Kang, Young Kee ^a  

^a Chungbuk National University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTATIONAL METHODS; CONFORMATIONS; PROTEINS; QUANTUM THEORY;

AMIDES; MORSE FUNCTION;

HYDROGEN BONDS;

EID: 0034250127     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp000772h     Document Type: Article

References (39)

1. Pauling, L. The Nature of the Chemical Bond, 3rd ed.; Cornell University Press: Ithaca, NY, 1960; p 498.
2. Hagler, A. T.; Huler, E.; Lifson, S. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 5319.
3. Momany, F. A.; McGuire, R. F.; Burgess, A. W.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1975, 79, 2361.
4. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
5. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
6. Hagler, A. T.; Lifson, S.; Dauber, P. J. Am. Chem. Soc. 1979, 707, 5122.
7. Ewig, C. S.; Thacher, T. S.; Hagler, A. T. J. Phys. Chem. B 1999, 703, 6998.
8. Jorgensen, W. L.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 707, 569.
9. Allinger, N. L.; Kok, R. A.; Imam, M. R. J. Comput. Chem. 1988, 9, 591.
10. Lii, J.-H.; Allinger, N. L. J. Comput. Chem. 1998, 79, 1001.
11. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 777, 5179.
12. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stole, R.; StrÄub, J.; Watanabe, M.; WiÖrkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B1998, 702, 3586.
13. No, K. T.; Kwon, O. Y.; Kim, S. Y.; Jhon, M. S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3478.
14. Isaacs, E. D.; Shukla, A.; Platzman, P. M.; Hamann, D. R.; Barbiellini, B.; Tulk, C. A. Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 600.
15. Dannenberg, J. J.; Haskamp, L.; Masunov, A. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 7083.
16. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94, Revision D.2; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1995.
17. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill. P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A.Gaitssian 98, Revision A.7; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
18. Kitano, M.; Fukuyama, T.; Kuchitsu, K. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1973, 46, 384. .
19. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
20. Cho, K.-H.; Kang, Y. K.; No, K. T.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B, submitted for publication.
21. No, K. T.; Grant, J. A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 4732.
22. No, K. T.; Grant, J. A.; Jhon, M. S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 4740.
23. Park, J. M.; No, K. T.; Jhon, M. S.; Scheraga, H. A. 7. Comput. Chem. 1993, 14, 1482.
24. Park, J. M.; Kwon, O. Y.; No, K. T.; Jhon, M. S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1011.
25. No, K. T.; Kwon, O. Y.; Kim, S. Y.; Cho, K. H.; Yoon, C. N.; Kang, Y. K.; Gibson, K. D.; Jhon, M. S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 13019.
26. Gay, D. M. ACM Trans. Math. Software 1983, 9, 503.
27. Colominas, C.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 6200.
28. Kojima, T.; Yano, E.; Nakagawa, K.; Tsunekawa, S. J. Mol. Spectrosc. 1987, 722, 408.
29. Hamzaoui, F.; Baert, F. Acta Crystallogr. 1994, C50, 757.
30. Dixon, D. A.; Dobbs, K. D.; Valentini, J. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 13435.
31. Torii, H.; Tatsumi, T.; Kanazawa, T.; Tasumi, M. J. Phys. Chem. B 1998, 702, 309.
32. Taylor, R.; Kennard, O.; Versichel, W. Acta Crystallogr. 1984, B40, 280.
33. Taylor, R.; Kennard, O.; Versichel, W. J. Am. Chem. Soc. 1983, 705, 5761.
34. Baker, E. N.; Hubbard, R. E. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1984, 44, 97.
35. Kang, Y. K.; No, K. T.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1996, 700, 15588.
36. Morse, P. M. Phys. Rev. 1929, 34, 57.
37. Kang, Y. K.; Jhon, M. S. Bull. Korean Chem. Soc. 1981, 2, 8.
38. Scheiner, S.; Duan, X. In Modeling the Hydrogen Bond; Smith, D. A., Ed.; ACS Symposium Series 569; American Chemical Society: Washington, DC, 1994; Chapter 8.
39. Ferguson, D. M.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1991, 72,620.