Coorperativity between metals, ligands and solvent: A DFT study on the mechanism of a dizinc complex-mediated phosphodiester cleavage

Wuli Huaxue Xuebao/ Acta Physico - Chimica Sinica

Volumn 26, Issue 4, 2010, Pages 1034-1042

  Fan, Yu Bo ^a   Gao, Yi Qin ^a,b  

^a TEXAS A AND M UNIVERSITY   (United States)

^b PEKING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Density functional theory; Mechanism; Phosphodiester cleavage; TPSS; Zinc

Indexed keywords

EID: 77950351737     PISSN: 10006818     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Article

References (77)

1. Weston, J. Chem. Rev., 2005, 105: 2151
2. Jedrzejas, M. J.; Setlow, P. Chem. Rev., 2001, 101: 607
3. Cowan, J. A. Chem. Rev., 1998, 98: 1067
4. Wilcox, D. E. Chem. Rev., 1996, 96: 2435
5. Strater, N.; Lipscomb, W. N.; Klabunde, T.; Krebs, B. Angew. Chem. Int. Edit., 1996, 35: 2024
6. Lipscomb, W. N.; Strater, N. Chem. Rev., 1996, 96: 2375
7. Schroeder, G. K.; Lad, C.; Wyman, P.; Williams, N. H.; Wolfenden, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2006, 103: 4052
8. Williams, N. H.; Wyman, P. Chem. Commun., 2001: 1268
9. Romier, C.; Dominguez, R.; Lahm, A.; Dahl, O.; Suck, D. Proteins, 1998,32: 414
10. Volbeda, A.; Lahm, A.; Sakiyama, F.; Suck, D. EMBO J., 1991, 10: 1607
11. Lahm, A.; Volbeda, A.; Suck, D. J. Mol. Biol., 1990, 215: 207
12. Hansen, S.; Hansen, L. K.; Hough, E. J. Mol. Biol., 1993, 231: 870
13. Hansen, S.; Kristian, L.; Hough, H.; Hough, E. J. Mol. Biol., 1992, 225: 543
14. Hough, E.; Hansen, L. K.; Birknes, B.; Jynge, K.; Hansen, S.; Hordvik, A.; Little, C.; Dodson, E.; Derewenda, Z. Nature, 1989, 338: 357
15. Holtz, K. M.; Kantrowitz, E. R. FEBS Lett., 1999, 462: 7
16. Kim, E. E.; Wyckoff, H. W. J. Mol. Biol., 1991, 218: 449
17. Fritsky, I. O.; Ott, R.; Pritzkow, H.; Kramer, R. Inorg. Chim. Acta, 2003,346: 111
18. Bonora, G. M.; Drioli, S.; Felluga, F.; Mancin, F.; Rossi, P.; Scrimin, P.; Tecilla, P. Tetrahedron Lett., 2003, 44: 535
19. Gajda, T.; Jancso, A.; Mikkola, S.; Lonnberg, H.; Sirges, H. J. Chem. Soc. Dalton Trans., 2002: 1757
20. Albedyhl, S.; Schnieders, D.; Jancso, A.; Gajda, T.; Krebs, B. Eur. J. Inorg. Chem., 2002: 1400
21. Fritsky, I. O.; Ott, R.; Pritzkow, H.; Kramer, R. Chem.-Eur. J., 2001,7: 1221
22. Albedyhl, S.; Averbuch-Pouchot, M. T.; Belle, C.; Krebs, B.; Pierre, J. L.; Saint-Aman, E.; Torelli, S. Eur. J. Inorg. Chem., 2001: 1457
23. Rossi, P.; Felluga, F.; Tecilla, P.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Toniolo, C.; Scrimin, P. Biopolymers, 2000, 55: 496
24. Gajda, T.; Kramer, R.; Jancso, A. Eur. J. Inorg. Chem., 2000: 1635
25. Williams, N. H.; Takasaki, B.; Wall, M.; Chin, J. Acc. Chem. Res., 1999,32: 485
26. Rossi, P.; Felluga, F.; Tecilla, P.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Toniolo, C.; Scrimin, P. J. Am. Chem. Soc., 1999, 121: 6948
27. Blasko, A.; Bruice, T. C. Acc. Chem. Res., 1999, 32: 475
28. Williams, N. H.; Cheung, W.; Chin, J. J. Am. Chem. Soc., 1998, 120: 8079
29. Yashiro, M.; Ishikubo, A.; Komiyama, M. Chem. Commun., 1997: 83
30. Liu, S. H.; Hamilton, A. D. Tetrahedron Lett., 1997, 38: 1107
31. Liu, S. H.; Hamilton, A. D. Bioorg. Med. Chem. Lett., 1997, 7: 1779
32. Young, M. J.; Wahnon, D.; Hynes, R. C.; Chin, J. J. Am. Chem. Soc., 1995, 117: 9441
33. Young, M. J.; Chin, J. J. Am. Chem. Soc., 1995, 117: 10577
34. Yashiro, M.; Ishikubo, A.; Komiyama, M. J. Chem. Soc. Chem. Commun., 1995: 1793
35. Chapman, W. H.; Breslow, R. J. Am. Chem. Soc., 1995, 117: 5462
36. Wall, M.; Hynes, R. C.; Chin, J. Angew. Chem. Int. Edit., 1993, 32: 1633
37. O'Donoghue, A.; Pyun, S. Y.; Yang, M. Y.; Morrow, J. R.; Richard, J. P. J. Am. Chem. Soc., 2006, 128: 1615
38. Iranzo, O.; Kovalevsky, A. Y.; Morrow, J. R.; Richard, J. P. J. Am. Chem. Soc., 2003, 125: 1988
39. Iranzo, O.; Elmer, T.; Richard, J. P.; Morrow, J. R. Inorg. Chem., 2003,42: 7737
40. Yang, M. Y.; Iranzo, O.; Richard, J. P.; Morrow, J. R. J. Am. Chem. Soc., 2005, 127: 1064
41. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; et al. Gaussian 03. Revision C.02. Wallingford, CT: Gaussian Inc., 2004
42. Tao, J. M.; Perdew, J. P.; Staroverov, V. N.; Scuseria, G. E. Phys. Rev. Lett., 2003, 91: 146401/1
43. Staroverov, V. N.; Scuseria, G. E.; Tao, J. M.; Perdew, J. P. J. Chem. Phys., 2003, 119: 12129
44. Csonka, G. I.; Ruzsinszky, A.; Tao, J. M.; Perdew, J. P. Int. J. Quantum Chem., 2005, 101: 506
45. Perdew, J. P.; Ruzsinszky, A.; Tao, J. M.; Staroverov, V. N.; Scuseria, G. E.; Csonka, G. I. J. Chem. Phys., 2005, 123: 062201/1
46. Furche, F.; Perdew, J. P. J. Chem. Phys., 2006, 124: 044103/1
47. Dolg, M.; Wedig, U.; Stoll, H.; Preuss, H. J. Chem. Phys., 1987, 86: 866
48. Check, C. E.; Faust, T. O.; Bailey, J. M.; Wright, B. J.; Gilbert, T. M.; Sunderlin, L. S. J. Phys. Chem. A, 2001, 105: 8111
49. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys., 1985, 82: 270
50. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys., 1985, 82: 299
51. Hehre, W. J.; Ditchfie, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys., 1972, 56: 2257
52. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys., 1980,72: 650
53. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. V. J. Comput. Chem., 1983, 4: 294
54. Dunlap, B. I. J. Chem. Phys., 1983, 78: 3140
55. Dunlap, B. I. J. Mol. Struct.-Theochem, 2000, 529: 37
56. Fan, Y. B.; Hall, M. B. Organometallics, 2005, 24: 3827
57. Gonzalez, C.; Schlegel, H. B. J. Chem. Phys., 1989, 90: 2154
58. Gonzalez, C.; Schlegel, H. B. J. Phys. Chem., 1990, 94: 5523
59. Barone, V.; Cossi, M. J. Phys. Chem. A, 1998, 102: 1995
60. Cossi, M.; Rega, N.; Scalmani, G.; Barone, V. J. Comput. Chem., 2003,24: 669
61. Fan, Y. B.; Gao, Y. Q. J. Am. Chem. Soc., 2007, 129: 905
62. Feng, G. Q.; Natale, D.; Prabaharan, R.; Mareque-Rivas, J. C.; Williams, N. H. Angew. Chem. Int. Edit., 2006, 45: 7056
63. Fan, H.; Slebodnick, C.; Hanson, B. E. Inorg. Chem. Commun., 2006,9: 103
64. Venegas-Yazigi, D.; Cubillos, M.; Le Fur, E.; Pivan, J. Y.; Garland, M. T.; Baggio, R.; Spodine, E. Cryst. Growth Des., 2005, 5: 1695
65. Kinoshita, E.; Takahashi, M.; Takeda, H.; Shiro, M.; Koike, T. Dalton Trans., 2004: 1189
66. He, C.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc., 2000, 122: 184
67. Lugmair, C. G.; Tilley, T. D.; Rheingold, A. L. Chem. Mater., 1997,9: 339
68. Becke, A. D. Phys. Rev. A, 1988, 38: 3098
69. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B, 1988, 37: 785
70. Becke, A. D. J. Chem. Phys., 1993, 98: 1372
71. Lonnberg, H.; Stromberg, R.; Williams, A. Org. Biomol. Chem., 2004,2: 2165
72. Mikkola, S.; Stenman, E.; Nurmi, K.; Yousefi-Salakdeh, E.; Stromberg, R.; Lonnberg, H. J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2, 1999: 1619
73. Komiyama, M.; Matsumoto, Y.; Takahashi, H.; Shiiba, T.; Tsuzuki, H.; Yajima, H.; Yashiro, M.; Sumaoka, J. J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2, 1998: 691
74. Feng, G. Q.; Mareque-Rivas, J. C.; de Rosales, R. T. M.; Williams, N. H. J. Am. Chem. Soc., 2005, 127: 13470
75. Feng, G. Q.; Mareque-Rivas, J. C.; Williams, N. H. Chem. Commun., 2006: 1845
76. Wang, Q.; Lonnberg, H. J. Am. Chem. Soc., 2006, 128: 10716
77. Liu, C. T.; Neverov, A. A.; Brown, R. S. Inorg. Chem., 2007, 46: 1778