Conformations and vibrational spectra of a model tripeptide: Change of secondary structure upon micro-solvation

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 14, 2010, Pages 3415-3425

  Zhu, Hui ^a   Blom, Martine ^b   Compagnon, Isabel ^b   Rijs, Anouk M ^b   Roy, Santanu ^c   Von Helden, Gert ^d   Schmidt, Burkhard ^a  

^a FREIE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

^b FOM INSTITUTE FOR PLASMA PHYSICS RIJNHUIZEN   (Netherlands)

^c UNIVERSITY OF GRONINGEN   (Netherlands)

^d FRITZ HABER INSTITUT DER MAX PLANCK GESELLSCHAFT   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

OLIGOPEPTIDE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; SOLUBILITY;

HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; OLIGOPEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SOLUBILITY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED;

EID: 77950229798     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b926413b     Document Type: Article

References (65)

1. L. C. Snoek R. T. Kroemer J. P. Simons Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 2130 10.1039/b200059h
2. S. J. Xu M. Nilles K. H. Bowen J. Chem. Phys. 2003 119 10696 10.1063/1.1620501
3. P. Carcabal R. T. Kroemer L. C. Snoek J. P. Simons J. M. Bakker I. Compagnon G. Meijer G. von Helden Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 4546 10.1039/b411757c
4. A. Kamariotis O. V. Boyarkin S. R. Mercier R. D. Beck M. F. Bush E. R. Williams T. R. Rizzo J. Am. Chem. Soc. 2006 128 905 10.1021/ja056079v (Pubitemid 43153041)
5. M. N. Blom I. Compagnon N. C. Polfer G. von Helden G. Meijer S. Suhai B. Paizs J. Oomens J. Phys. Chem. A 2007 111 7309 10.1021/jp070211r (Pubitemid 47287455)
6. R. Wu T. B. McMahon J. Am. Chem. Soc. 2008 130 3065 10.1021/ja076685l
7. A. Abo-Riziq B. Crews L. Grace M. S. de Vries J. Am. Chem. Soc. 2005 127 2374 10.1021/ja043000y (Pubitemid 40327785)
8. P. Carcabal R. A. Jockusch I. Hünig L. C. Snoek R. T. Kroemer B. G. Davis D. P. Gamblin I. Compagnon J. Oomens J. P. Simons J. Am. Chem. Soc. 2005 127 11414 10.1021/ja0518575 (Pubitemid 41176902)
9. J. P. Simons R. A. Jockusch P. Carcabal I. Hünig R. T. Kroemer N. A. Macleod L. C. Snoek Int. Rev. Phys. Chem. 2005 24 489 10.1080/01442350500415107
10. K. Bartl A. Funk M. Gerhards J. Chem. Phys. 2008 129 234306 10.1063/1.3037023
11. C. Tanner M. Thut A. Steinlin C. Manca S. Leutwyler J. Phys. Chem. A 2006 110 1758 10.1021/jp056151b (Pubitemid 43348441)
12. A. Budzowski A. Linden H. Heimgartner Helv. Chim. Acta 2008 91 1471 10.1002/hlca.200890160
13. S. Stamm H. Heimgartner Helv. Chim. Acta 2006 89 1841 10.1002/hlca.200690178 (Pubitemid 44535318)
14. I. Compagnon J. Oomens G. Meijer G. von Helden J. Am. Chem. Soc. 2006 128 3592 10.1021/ja055378h
15. A. Aubry D. Bayeul H. Brückner N. Schiemann E. Benedetti J. Pept. Sci. 1998 4 502
16. B. Di Blasio V. Pavone M. Saviano A. Lombardi F. Nastri C. Pedone E. Benedetti M. Crisma M. Anzolin C. Toniolo J. Am. Chem. Soc. 1992 114 6273 10.1021/ja00042a001
17. I. L. Karle J. L. Flippen-Anderson K. Uma H. Balaram P. Balaram Biopolymers 1990 29 1433 10.1002/bip.360291010
18. I. L. Karle J. L. Flippen-Anderson M. Sukumar P. Balaram Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987 84 5087
19. C. P. Rao R. Nagaraj C. N. R. Rao P. Balaram Biochemistry 1980 19 425 10.1021/bi00544a004
20. B. V. V. Prasad N. Shamala R. Nagaraj R. Chandrasekaran P. Balaram Biopolymers 1979 18 1635 10.1002/bip.1979.360180704
21. R. Nagaraj N. Shamala P. Balaram J. Am. Chem. Soc. 1979 101 16 10.1021/ja00495a003
22. N. Shamala R. Nagaraj P. Balaram Biochem. Biophys. Res. Commun. 1977 79 292
23. M. A. Sahai T. A. K. Kehoe J. C. P. Koo D. H. Setiadi G. A. Chass B. Viskolcz B. Penke E. F. Pai I. G. Csizmadia J. Phys. Chem. A 2005 109 2660 10.1021/jp040594i
24. Y. K. Kang J. Phys. Chem. B 2002 106 2074 10.1021/jp013608i (Pubitemid 35276032)
25. Y. K. Kang THEOCHEM 2004 675 37 10.1016/j.theochem.2003.12.031
26. M. Cai Y. Huang J. Liu R. Krishnamoorthi J. Biomol. NMR 1995 6 10.1007/BF00211775
27. E. J. Milner-White L. H. Bell P. H. Maccallum J. Mol. Biol. 1992 228 725 10.1016/0022-2836(92)90859-I (Pubitemid 23017265)
28. V. Madison Biopolymers 1977 16 2671 10.1002/bip.1977.360161208
29. D. F. DeTar N. P. Luthra J. Am. Chem. Soc. 1977 99 1232 10.1021/ja00446a040
30. K.-C. Chou Anal. Biochem. 2000 286 1 10.1006/abio.2000.4757
31. E. Vass M. Hollósi F. Besson R. Buchet Chem. Rev. 2003 103 1917 10.1021/cr000100n
32. K. Guruprasad S. Rajkumar J. Biosci. 2000 25 143
33. R. H. Page Y. R. Shen Y. T. Lee J. Chem. Phys. 1988 88 4621 10.1063/1.453775
34. W. H. James E. E. Baquero V. A. Shubert S. H. Choi S. H. Gellman T. S. Zwier J. Am. Chem. Soc. 2009 131 6574 10.1021/ja901051v
35. H. Fricke A. Funk T. Schrader M. Gerhards J. Am. Chem. Soc. 2008 130 4692 10.1021/ja076031c
36. V. Brenner F. Piuzzi I. Dimicoli B. Tardivel M. Mons Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 2463 10.1002/anie.200604416 (Pubitemid 46973591)
37. E. Gloaguen F. Pagliarulo V. Brenner W. Chin F. Piuzzi B. Tardivel M. Mons Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 4491 10.1039/b704573e
38. A. Abo-Riziq B. O. Crews M. P. Callahan L. Grace M. S. de Vries Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 5166 10.1002/anie.200601516 (Pubitemid 44238129)
39. W. Chin I. Compagnon J. P. Dognon C. Canuel F. Piuzzi I. Dimicoli G. von Helden G. Meijer M. Mons J. Am. Chem. Soc. 2005 127 1388 10.1021/ja042860b (Pubitemid 40204510)
40. W. Chin M. Mons J. P. Dognon F. Piuzzi B. Tardivel I. Dimicoli Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2700 10.1039/b315470j
41. I. Hünig K. Kleinermanns Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2650 10.1039/b316295h
42. B. C. Dian A. Longarte S. Mercier D. A. Evans D. J. Wales T. S. Zwier J. Chem. Phys. 2002 117 10688 10.1063/1.1521132
43. M. Gerhards C. Unterberg Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 1760 10.1039/b110029g
44. H. Fricke A. Gerlach M. Gerhards Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1660 10.1039/b600154h
45. J. M. Bakker C. Plützer I. Hünig T. Häber I. Compagnon G. von Helden G. Meijer K. Kleinermanns ChemPhysChem 2005 6 120 10.1002/cphc.200400345
46. W. Chin J. P. Dognon C. Canuel F. Piuzzi I. Dimicoli M. Mons I. Compagnon G. von Helden G. Meijer J. Chem. Phys. 2005 122 054317 10.1063/1.1839862
47. W. Chin M. Mons J. P. Dognon R. Mirasol G. Chass I. Dimicoli F. Piuzzi P. Butz B. Tardivel I. Compagnon, et al. J. Phys. Chem. A 2005 109 5281 10.1021/jp048037j
48. J. R. Cable M. J. Tubergen D. H. Levy J. Am. Chem. Soc. 1987 109 6198 10.1021/ja00254a057
49. G. Meijer M. S. de Vries H. Hunziker H. Wendt Appl. Phys. B: Photophys. Laser Chem. 1990 51 395 10.1007/BF00329101
50. A. M. Rijs I. Compagnon J. Oomens J. S. Hannam D. A. Leigh W. J. Buma J. Am. Chem. Soc. 2009 131 2428 10.1021/ja808788c
51. D. Oepts A. F. G. Van der Meer P. W. Van Amersfoort Infrared Phys. Technol. 1995 36 297 10.1016/1350-4495(94)00074-U
52. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 10.1063/1.464913
53. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter 1988 37 785 10.1103/PhysRevB.37.785
54. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin and J. C. Burant, et al., GAUSSIAN 03 (Revision C.02), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
55. A. D. McLean G. S. Chandler J. Chem. Phys. 1980 72 5639 10.1063/1.438980
56. M. J. Frisch J. A. Pople J. S. Binkley J. Chem. Phys. 1984 80 3265 10.1063/1.447079
57. T. Clark J. Chandrasekhar G. W. Spitznagel P. v. Ragué Schleyer J. Comput. Chem. 1983 4 294 10.1002/jcc.540040303
58. K. E. Riley B. T. Op't Holt K. M. Merz J. Chem. Theory Comput. 2007 3 407 10.1021/ct600185a
59. B. Santra A. Michaelides M. Fuchs A. Tkatchenko C. Filippi M. J. Scheffler J. Chem. Phys. 2008 129 194111 10.1063/1.3012573
60. J. M. Bakker L. M. Aleese G. von Helden G. Meijer Phys. Rev. Lett. 2003 91 203003 10.1103/PhysRevLett.91.203003
61. I. Compagnon J. Oomens J. Bakker G. Meijer G. von Helden Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 13 10.1039/b417204c
62. J. Antony G. von Helden G. Meijer B. Schmidt J. Chem. Phys. 2005 123 014305 10.1063/1.1947191
63. W. Chin J. P. Dognon F. Piuzzi B. Tardivel I. Dimicoli M. Mons J. Am. Chem. Soc. 2005 127 707 10.1021/ja045251c (Pubitemid 40174396)
64. P. N. Lewis F. A. Momany H. A. Scheraga Biochim. Biophys. Acta, Protein Struct. 1973 303 211 10.1016/0005-2795(73)90350-4
65. M. A. Sahai M. Szöri B. Viskolcz E. F. Pai I. G. Csizmadia J. Phys. Chem. A 2007 111 8384 10.1021/jp074991f (Pubitemid 47387991)