Hydration of the lowest triplet states of the DNA/RNA pyrimidines

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 3, 2010, Pages 930-939

  Schaefer III, Henry F ^a   Rasmussen, Andrew M ^a   Lind, Maria C ^a   Kim, Sunghwan ^a  

^a UNIVERSITY OF GEORGIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77950163861     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct900478c     Document Type: Article

References (87)

1. Pfeifer, G. P.; You, Y. H.; Besaratinia, A. Mutat. Res. 2005, 571, 19.
2. Cadet, J.; Sage, E.; Douki, T. Mutat. Res. 2005, 571, 3.
3. Beukers, R.; Berends, W. Biochim. Biophys. Acta 1960, 41, 550.
4. Mouret, S.; Baudouin, C.; Charveron, M.; Favier, A.; Cadet, J.; Douki, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 13765.
5. Douki, T.; Reynaud-Angelin, A.; Cadet, J.; Sage, E. Biochemistry 2003, 42, 9221.
6. Rochette, P. J.; Therrien, J. P.; Drouin, R.; Perdiz, D.; Bastien, N.; Drobetsky, E. A.; Sage, E. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 2786.
7. Kappes, U. P.; Luo, D.; Potter, M.; Schulmeister, K.; Runger, T. M. J. InVest. Dermatol. 2006, 126, 667.
8. You, Y. H.; Lee, D. H.; Yoon, J. H.; Nakajima, S.; Yasui, A.; Pfeifer, G. P. J. Biol. Chem. 2001, 276, 44688.
9. Smith, C. A.; Baeten, J.; Taylor, J. S. J. Biol. Chem. 1998, 273, 21933.
10. Johnson, R. E.; Prakash, S.; Prakash, L. Science 1999, 283, 1001.
11. Sancar, A. Biochemistry 1994, 33, 2.
12. Carell, T. Angew. Chem., Int. Ed. 1995, 34, 2491.
13. Sancar, A. Science 1996, 272, 48.
14. Sancar, A. Chem. Rev. 2003, 103, 2203.
15. Kao, Y. T.; Saxena, C.; Wang, L. J.; Sancar, A.; Zhong, D. P. Cell Biochem. Biophys. 2007, 48, 32.
16. Weber, S. Biochim. Biophys. Acta Bioenerg. 2005, 1707, 1.
17. Wood, R. D.; Mitchell, M.; Sgouros, J.; Lindahl, T. Science 2001, 291, 1284.
18. Li, Y. F.; Kim, S. T.; Sancar, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993, 90, 4389.
19. Ley, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993, 90, 4337.
20. Sage, E. Photochem. Photobiol. 1993, 57, 163.
21. Becker, M. M.; Wang, Z. J. Mol. Biol. 1989, 210, 429.
22. Mantione, M.; Pullman, B. Biochim. Biophys. Acta 1964, 91, 387.
23. Schreier, W. J.; Schrader, T. E.; Koller, F. O.; Gilch, P.; Crespo-Hernandez, C. E.; Swaminathan, V. N.; Carell, T.; Zinth, W.; Kohler, B. Science 2007, 315, 625.
24. Zhang, R. B.; Eriksson, L. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7556.
25. Abouaf, R.; Pommier, J.; Dunet, H.; Quan, P.; Nam, P. C.; Nguyen, M. T. J. Chem. Phys. 2004, 121, 11668.
26. Hou, X. J.; Nguyen, M. T. Chem. Phys. 2005, 310, 1.
27. Marian, C. M.; Schneider, F.; Kleinschmidt, M.; Tatchen, J. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 357.
28. Abouaf, R.; Pommier, J.; Dunet, H. Chem. Phys. Lett. 2003, 381, 486.
29. Blancafort, L.; Cohen, B.; Hare, P. M.; Kohler, B.; Robb, M. A. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 4431.
30. Markovitsi, D.; Onidas, D.; Gustavsson, T.; Talbot, F.; Lazzarotto, E. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17130.
31. Nguyen, M. T.; Zhang, R.; Nam, P. C.; Ceulemans, A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6554.
32. Bosca, F.; Lhiaubet-Vallet, V.; Cuquerella, M. C.; Castell, J. V.; Miranda, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6318.
33. Zhang, R. B.; Zeegers-Huyskens, T.; Ceulemans, A.; Nguyen, M. T. Chem. Phys. 2005, 316, 35.
34. Scordamaglia, R.; Cavallone, F.; Clementi, E. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 5545.
35. Pullman, A.; Perahia, D. Theor. Chim. Acta 1978, 48, 29.
36. Pullman, B.; Miertus, S.; Perahia, D. Theor. Chim. Acta 1979, 50, 317.
37. Sagarik, K.; Corongiu, G.; Clementi, E. J. Mol. Struct. 1991, 81, 355.
38. Broo, A.; Holmen, A. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3589.
39. Aleman, C. Chem. Phys. Lett. 1999, 302, 461.
40. Shishkin, O.; Gorb, L.; Leszczynski, J. Int. J. Mol. Sci. 2000, 1, 17.
41. van Mourik, T.; Benoit, D. M.; Price, S. L.; Clary, D. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 1281.
42. Civcir, P. U. J. Mol. Struct. 2000, 532, 157.
43. Rejnek, J.; Hanus, M.; Labelac, M.; Ryjacek, F.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 2006.
44. Kabelac, M.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 903.
45. Sobolewski, A. L.; Adamowicz, L. J. Chem. Phys. 1995, 102, 5708.
46. Gorb, L.; Leszczynski, J. Int. J. Quantum Chem. 1998, 70, 855.
47. Gorb, L.; Podolyan, Y.; Leszczynski, J. J. Mol. Struct. 1999, 487, 47.
48. Aleman, C. Chem. Phys. 1999, 244, 151.
49. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Mol. Struct. 2000, 519, 1.
50. Shishkin, O. V.; Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 5357.
51. Sivanesan, D.; Babu, K.; Gadre, S. R.; Subramanian, V.; Ramasami, T. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 10887.
52. Fogarasi, G.; Szalay, P. G. Chem. Phys. Lett. 2002, 356, 383.
53. Trygubenko, S. A.; Bogdan, T. V.; Rueda, M.; Orozco, M.; Luque, F. J.; Sponer, J.; Slavicek, P.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 4192.
54. Shukla, M. K.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11338.
55. Chandra, A. K.; Michalska, D.; Wysokinsky, R.; ZeegersHuyskens, T. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9593.
56. Hunter, K. C.; Rutledge, L. R.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 9554.
57. Hunter, K. C.; Wetmore, S. D. Chem. Phys. Lett. 2006, 422, 500.
58. Kim, S.; Schaefer, H. F. J. Chem. Phys. 2007, 126, 064301.
59. Del Bene, J. E. J. Comput. Chem. 1981, 2, 188.
60. Del Bene, J. E. J. Comput. Chem. 1981, 2, 416.
61. Scheiner, S. Biopolymers 1983, 22, 731.
62. Rybak, S.; Szalewicz, K.; Jeziorski, B.; Corongiu, G. Chem. Phys. Lett. 1992, 199, 567.
63. Smets, J.; McCarthy, W. J.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14655.
64. Ghomi, M.; Aamouche, A.; Cadioli, B.; Berthier, G.; Grajcar, L.; Baron, M. H. J. Mol. Struct. 1997, 410, 323.
65. Aamouche, A.; Berthier, G.; Cadioli, B.; Gallinella, E.; Ghomi, M. J. Mol. Struct. 1998, 426, 307.
66. van Mourik, T.; Price, S. L.; Clary, D. C. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1611.
67. Bencivenni, L.; Ramondo, F.; Pieretti, A.; Sanna, N. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 2000, 1685.
68. Gadre, S. R.; Babu, K.; Rendell, A. P. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 8976.
69. Gaigeot, M. P.; Kadri, C.; Ghomi, M. J. Mol. Struct. 2001, 565, 469.
70. Di Laudo, M.; Whittleton, S. R.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10406.
71. Danilov, V. I.; van Mourik, T.; Poltev, V. I. Chem. Phys. Lett. 2006, 429, 255.
72. Bao, X. G.; Sun, H.; Wong, N. B.; Gu, J. D. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5865.
73. Kim, S.; Schaefer, H. F. J. Chem. Phys. 2006, 125, 144305.
74. Del Bene, J. E. J. Chem. Phys. 1982, 76, 1058.
75. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6010.
76. Kim, S.; Wheeler, S. E.; Schaefer, H. F. J. Chem. Phys. 2006, 124, 204310.
77. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; AlLaham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94, Revision E.2, Gaussian, Inc.: Pittsburgh PA, 1995.
78. Huzinaga, S. J. Chem. Phys. 1965, 42, 1293.
79. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1970, 53, 2823.
80. Lee, T. J.; Schaefer, H. F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 1784.
81. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
82. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
83. Foresman, J. B.; Keith, T. A.; Wiberg, K. B.; Snoonian, J.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16098.
84. Shukla, M. K.; Leszczynski, J. J. Mol. Struct. 2006, 771, 149.
85. Kim, S. K.; Lee, W.; Herschbach, D. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 7933.
86. Close, D. M.; Crespo-Hernandez, C. E.; Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 9279.
87. Close, D. M.; Crespo-Hernandez, C. E.; Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 7485.