β-hairpin and β-sheet formation in designed linear peptides

Bioorganic and Medicinal Chemistry

Volumn 7, Issue 1, 1999, Pages 93-103

  Ramírez Alvarado, Marina ^a   Kortemme, Tanja ^a   Blanco, Francisco J ^b   Serrano, Luis ^a  

^a EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY   (Germany)

^b NATIONAL INSTITUTE OF DIABETES AND DIGESTIVE AND KIDNEY DISEASES   (United States)

Author keywords

hairpin; sheet; NMR; Peptides; Protein folding

Indexed keywords

ARTICLE; IN VITRO STUDY; MODEL; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT; PEPTIDE SYNTHESIS; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STABILITY; PROTEIN STRUCTURE;

HYDROGEN BONDING; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN ENGINEERING; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SOLUBILITY;

EID: 0039404627     PISSN: 09680896     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1016/S0968-0896(98)00215-6     Document Type: Article

References (88)

1. Bryngelson, J. D.; Onuchic, J. N.; Socci, N. D.; Wolynes, P. G. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 21, 167.
2. Karplus, M.; Sali, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 58.
3. Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133.
4. Scholtz, J. M.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992, 21, 95.
5. Chakrabartty, A.; Baldwin, R. L. Adv. Protein Chem. 1995, 46, 141.
6. Muñoz, V.; Serrano, L. Curr. Opin. Biotech. 1995, 6, 382.
7. Minor, Jr. D. L.; Kim, P. S. Nature 1996, 380, 730.
8. Muñoz, V.; Serrano, L. Fold. Des. 1996, 1, 167.
9. Brown, J. E.; Klee, W. A. Biochemistry 1971, 10, 470.
10. Marqusee, S.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1987, 84, 8898.
11. Marqusee, S.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1989, 86, 5286.
12. Zimm, B. H.; Bragg, J. K. J. Chem. Phys. 1959, 31, 526.
13. Muñoz, V.; Serrano, L. Biopolymers 1997, 41, 495.
14. Lomize, A. L.; Mosberg, H. I. Biopolymers 1997, 42, 239.
15. Andersen, N. H.; Tong. H. Protein Sci. 1998, 6, 1920.
16. Misra, G. P.; Wong, C. F. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997, 28, 344.
17. Villegas, V.; Viguera, A. R.; Aviles, F. X.; Serrano, L. Fold. Des. 1996, 1, 29.
18. Muñoz, V.; Cronet, P.; Lopez-Hernandez, E.; Serrano, L. Fold. Des. 1996, 1, 167.
19. Viguera, A. R.; Villegas, V.; Aviles, F. X.; Serrano, L. Fol. Des. 1996, 2, 23.
20. Chothia, C. J. Mol. Biol. 1973, 75, 295.
21. Kim, C. A.; Berg, J. M. Nature 1993, 362, 267.
22. Minor, Jr. D. L.; Kim, P. S. Nature 1994, 367, 660.
23. Minor, Jr. D. L.; Kim, P. S. Nature 1994, 371, 264.
24. Smith, C. K.; Regan, L. Science 1995, 270, 980.
25. Muñoz, V.; Serrano, L. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1994, 20, 301.
26. Ptitsyn, O. B. FEBS Lett. 1991, 131, 197.
27. Sibanda, B. L.; Thornton, J. M. Nature 1985, 316, 170.
28. Sibanda, B. L.; Blundell, T. L.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1989, 206, 759.
29. Rose, G. D.; Gierasch, L. M.; Smith, J. A. Adv. Protein Chem. 1985, 37.
30. Chou, P. Y.; Fasman, G. D. Biochemistry 1977, 13, 211.
31. Mattos, C.; Petsko, G. A.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1994, 238, 660.
32. Wilmot, C. M.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1988, 203, 221.
33. Hutchinson, E. G.; Thornton, J. M. Protein Sci. 1994, 3, 2207.
34. Yang, A.-S.; Hitz, B.; Honig, B. J. Mol. Biol. 1996, 259, 873.
35. Ohage, E. C.; Graml, W.; Walter, M. M.; Steinbacher, S.; Steipe, B. Protein Sci. 1997, 6, 233.
36. Gunasekaran, K.; Ramakrishnan, C.; Balaram, P. Protein Eng. 1997, 10, 1131.
37. Blanco, F. J.; Jiménez, M. A.; Rico, M.; Santoro, J.; Herranz, J.; Nieto, J. L. Eur. J. Biochem. 1991, 200, 345.
38. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1991, 20, 519.
39. Cox, J. P. L.; Evans, P. A.; Packman, L. C.; Williams, D. H.; Woolfson, D. N. J. Mol. Biol. 1993, 234, 483.
40. Kemmink, J.; Creighton, T. E. J. Mol. Biol. 1983, 234, 861.
41. Blanco, F. J.; Jiménez, M. A.; Pineda, A.; Rico, M.; Santoro, J.; Nieto, J. L. Biochemistry 1994, 33, 6004.
42. Viguera, A. R.; Jiménez, M. A.; Rico M.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 1996, 255, 507.
43. Blanco, F. J.; Serrano, L. Eur. J. Biochem. 1995, 230, 634.
44. Searle, M. S.; Zerella, R.; Williams, D. H.; Packman, L. C. Protein Eng. 1996, 9, 559.
45. Neira, J. L.; Fersht, A. R. Fold. Des. 1996, 1, 231.
46. Ramírez-Alvarado, M.; Serrano, L.; Blanco, F. J. Protein Sci. 1997, 6, 162.
47. Maynard, A. J.; Searle, M. S. Chem. Commun. 1997, 1297.
48. Maynard, A. J.; Sharman, G. J.; Searle, M. S. J. Amer. Chem. Soc. 1998, 120, 1996.
49. Blanco, F. J.; Rivas, G.; Serrano, L. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 584.
50. Wouters, M. A.; Curmi, P. M. G. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 22, 119.
51. Blanco, F. J.; Jiménez, M. A.; Herranz, J.; Rico, M.; Santoro, J.; Nieto, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 5887.
52. Searle, M. S.; Williams, D. H.; Packman, L. C. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 999.
53. Ramírez-Alvarado, M.; Blanco, F. J.; Serrano, L. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 604.
54. Ramírez-Alvarado, M.; Blanco, F. J.; Niemann, H.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 1997, 273, 898.
55. Ramírez-Alvarado, M.; Daragan, V.; Serrano, L.; Mayo, K. Protein Sci. 1998, 7, 720.
56. de Alba, E.; Jiménez, M. A.; Rico, M.; Nieto, J. L. Folding & Design 1996, 1, 122.
57. de Alba, E.; Jiménez, M. A.; Rico, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 175.
58. de Alba, E.; Rico, M.; Jiménez, M. A. Protein Sci. 1997, 6, 2548.
59. Wright, P. E. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1991, 20, 519.
60. Richardson, J. S. Adv. Protein Chem. 1981, 34, 167.
61. Doig, A. J. Chem. Comm. 1997, 2153.
62. Smith, C. K.; Withka, J. M.; Regan, L. Biochemistry 1994, 33, 5510.
63. Johnson, Jr. W. J. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988, 17, 145.
64. Williamson, M. P. Biopolymers 1990, 29, 1423.
65. Osapay, K.; Case, D. J. Amer. Chem. Soc. 1991, 113, 9436.
66. Herranz, J.; González, C.; Rico, M.; Nieto, J. L.; Santoro, J.; Jiménez, M. A.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Blanco, F. J. Magn. Res. Chem. 1992, 30, 1012.
67. Oldfield, E. J. Biomol. NMR 1995, 5, 217.
68. Merutka, G.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. J. Biomol. NMR 1995, 5, 14.
69. Wishart, D. S.; Bigam, C. G.; Holm, A.; Hodges, R. S.; Sykes, B. D. J. Biomol. NMR 1995, 5, 67.
70. Serrano, L. J. Mol. Biol. 1995, 254, 322.
71. Smith, L. J.; Bolin, K. A.; Schwalbe, H.; MacArthur, M. W.; Thornton, J. M.; Dobson, C. M. J. Mol. Biol. 1996, 255, 494.
72. Bradley, E. K.; Thomason, J. F.; Cohen, F. E.; Kosen, P. A.; Kuntz, I. D. J. Mol. Biol. 1990, 215, 607.
73. Yang, A.-S.; Honig, B. J. Mol. Biol. 1995, 252, 366.
74. de Alba, E.; Blanco, F. J.; Jiménez, M. A.; Rico, M.; Nieto, J. L. Eur. J. Biochem. 1995, 233, 283.
75. Constantine, K. L.; Mueller, L.; Andersen, N. H.; Tong, H.; Wandler, C. F.; Friedrichs, M. S.; Bruccoleri, R. E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10841.
76. Haque, T. S.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2303.
77. Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Trends Biochem. 1989, 14, 304.
78. Quinn, T. P.; Tweedy, N. B.; Williams, R. W.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 8747.
79. Yan, Y.; Erickson, B. W. Protein Sci. 1994, 3, 1069.
80. Pessi, A.; Bianchi, E.; Crameri, A.; Venturini, S.; Tramontano, A.; Sollazzo, M. Nature 1993, 362, 367.
81. Ilyina, E.; Roongta, V.; Mayo, K. H. Biochemistry 1997, 36, 5245.
82. Abagyan, R.; Totrov, M.; Kuznetsov, D. J. Comp. Chem. 1994, 15, 488.
83. Luo, P.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1997, 36, 8413.
84. Sharman, G. J.; Searle, M. S. Chem. Comm. 1997, 1955.
85. Macias, M. J.; Hyvönen, M.; Baraldi, E.; Schultz, J.; Sudol, M.; Saraste, M.; Oschkinat, H. Nature 1996, 382, 646.
86. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 27, 2577.
87. Vriend, G. J. Mol. Graph. 1990, 8, 52.
88. Kortemme, T.; Ramírez-Alvarado, M.; Serrano, L. Science 1998, 281, 253.