Interaction of the σ2 receptor ligand PB28 with the human nucleosome: Computational and experimental probes of interaction with the H2A/H2B dimer

ChemMedChem

Volumn 5, Issue 2, 2010, Pages 268-273

  Abate, Carmen ^a,b   Elenewski, Justin ^b   Niso, Mauro ^a   Berardi, Francesco ^a   Colabufo, Nicola Antonio ^a   Azzariti, Amalia ^c   Perrone, Roberto ^a   Glennon, Richard A ^b  

^a UNIVERSITY OF BARI   (Italy)

^b Virginia Biotechnology Research Park   (United States)

^c NATIONAL CANCER INSTITUTE GIOVANNI PAOLO II   (Italy)

Author keywords

Biological activity; Cancer; Homology modeling; PB28; Sigma receptors

Indexed keywords

ANTINEOPLASTIC AGENT; BINDING PROTEIN; DIMER; HISTONE H1; HISTONE H2A; HISTONE H2B; HISTONE H3; PB 28; SIGMA 2 OPIATE RECEPTOR; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CELL STRAIN MCF 7; CONTROLLED STUDY; DRUG PROTEIN BINDING; HUMAN; HUMAN CELL; IC 50; MOLECULAR DOCKING; MOLECULAR INTERACTION; NEUROBLASTOMA CELL; NUCLEOSOME; PRIORITY JOURNAL; SEQUENCE HOMOLOGY;

BINDING SITES; CELL LINE, TUMOR; COMPUTER SIMULATION; DIMERIZATION; HISTONES; HUMANS; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; NUCLEOSOMES; PIPERAZINES; RECEPTORS, SIGMA;

EID: 75749133205     PISSN: 18607179     EISSN: 18607187     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cmdc.200900402     Document Type: Article

References (40)

1. R. Quirion, W. D. Bowen, Y. Itzhak, J. L. Junien, J. M. Musacchio, R. B. Rothman, T. P. Su, S. W. Tam, T. W. Taylor, Trends Neurosci. 1992, 15, 85-86.
2. T. Hayashi, T. P. Su, Cell 2007, 131, 596 -610.
3. G. Skuza, Z. Rogóz, Pharmacol. Rep. 2007, 59, 773-777.
4. V. Sabino, P. Cottone, S. L. Parylak, L. Steardo, E. P. Zorrilla, Behav. Brain Res. 2009, 198, 472-476.
5. R. R. Matsumoto, D. L. Gilmore, B. Pouw, W. D. Bowen, W. Williams, A. Kausar, A. Coop, Eur. J. Pharmacol. 2004, 492, 21-26.
6. M. Hanner, F. F. Moebius, A. Flandorfer, H. G. Knaus, J. Striessnig, E. Kempner, H. Glossmann, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 8072-8077.
7. D. Fontanilla, M. Johannessen, A. R. Hajipour, N. V. Cozzi, M. B. Jackson, A. E. Ruoho, Science 2009, 323, 934-937.
8. K. T. Wheeler, L. M. Wang, C. A. Wallen, S. R. Childers, J. M. Cline, P. C. Keng, R. H. Mach, Br. J. Cancer 2000, 82, 1223-1232.
9. R. H. Mach, K. T. Wheeler, J. Label. Compd. Radiopharm. 2007, 50, 366-369.
10. F. Berardi, C. Abate, S. Ferorelli, N. A. Colabufo, R. Perrone, Cent. Nerv. Syst. Agents Med. Chem. 2009, 9, 205-219.
11. Z. Tu, J. Xu, L. A. Jones, S. Li, C. Dumstorff, S. Vangveravong, D. L. Chen, K. T. Wheeler, M. J. Welch, R. H. Mach, J. Med. Chem. 2007, 50, 3194-3204.
12. F. Berardi, S. Ferorelli, C. Abate, N. A. Colabufo, M. Contino, R. Perrone, V. Tortorella, J. Med. Chem. 2004, 47, 2308-2317.
13. C. Abate, P. D. Mosier, F. Berardi, R. A. Glennon, Cent. Nerv. Syst. Agents Med. Chem. 2009, 9, 246-257.
14. N. A. Colabufo, F. Berardi, M. Contino, M. Niso, C. Abate, R. Perrone, V. Tortorella, Naunyn-Schmiedeberg's Arch. Pharmacol. 2004, 370, 106-113.
15. R. Perrone, F. Berardi, N. A. Colabufo, M. Leopoldo, C. Abate, V. Tortorella, Med. Chem. Res. 2000, 10, 201-207.
16. N. A. Colabufo, F. Berardi, M. Contino, R. Perrone, V. Tortorella, Naunyn-Schmiedeberg's Arch. Pharmacol. 2003, 368, 106-112.
17. A. Azzariti, N. A. Colabufo, F. Berardi, L. Porcelli, M. Niso, M. G. Simone, R. Perrone, A. Paradiso, Mol. Cancer Ther. 2006, 5, 1807-1816.
18. F. Berardi, C. Abate, S. Ferorelli, A. F. de Robertis, M. Leopoldo, N. A. Colabufo, M. Niso, R. Perrone, J. Med. Chem. 2008, 51, 7523-7531.
19. N. A. Colabufo, F. Berardi, C. Abate, M. Contino, M. Niso, R. Perrone, J. Med. Chem. 2006, 49, 4153-4158.
20. N. A. Colabufo, C. Abate, M. Contino, C. Inglese, S. Ferorelli, F. Berardi, R. Perrone, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008, 18, 2183-2187.
21. J. V. Chodaparambil, A. J. Barbera, X. Lu, K. M. Kaye, J. C. Hansen, K. Luger, Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 1105-1107.
22. J. Ye, X. Ai, E. E. Eugeni, L. Zhang, L. Rocco Carpenter, M. A. Jelinek, M. A. Freitas, M. R. Parthun, Mol. Cell 2005, 18, 123-130.
23. M. S. Santisteban, G. Arents, E. N. Moudrianakis, M. M. Smith, EMBO J. 1997, 16, 2493-2506.
24. L. M. Gloss, B. J. Placek, Biochemistry 2002, 41, 14951-14959.
25. C. M. Wood, J. M. Nicholson, L. Chantalat, C. D. Reynolds, S. J. Lambert, J. P. Baldwin, Acta Crystallogr. Sect. F 2005, 61, 541-545.
26. A. Sali, T. L. Blundell, J. Mol. Biol. 1993, 234, 779-815.
27. J. Wang, W. Wang, P. A. Kollman, D. A. Case, J. Mol. Graphics Modell. 2006, 25, 247-260.
28. J. C. Phillips, R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid, E. Villa, C. Chipot, R. D. Skeel, L. Kale, K. Schulten, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802.
29. R. A. Laskowski, M. W. MacArthur, D. S. Moss, J. M. Thornton, J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 283-291.
30. M. Y. Shen, A. Sali, Protein Sci. 2006, 15, 2507-2524.
31. J. J. Stewart, J. Comput. Aided Mol. Des. 1990, 4, 1-105.
32. A. Jakalian, B. L. Bush, D. B. Jack, C. L. Bayly, J. Comput. Chem. 2000, 21, 132-1646.
33. A. Jakalian, D. B. Jack, C. L. Bayly, J. Comput. Chem. 2002, 23, 1623 -1641.
34. G. M. Morris, D. S. Goodsell, R. S. Halliday, R. Huey, W. E. Hart, R. K. Belew, A. Olson, J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639 -1662.
35. R. Huey, G. M. Morris, A. J. Olson, D. S. Goodsell, J. Comput. Chem. 2007, 28, 1145-1152.
36. J. Wang, R. M. Wolf, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, D. A. Case, J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174.
37. E. F. Pettersen, T. D. Goddard, C. C. Huang, G. S. Couch, D. M. Greenblatt, E. C. Meng, T. E. Ferrin, J. Comput. Chem. 2004, 25, 1605-1612.
38. S. A. Lee, M. Jung, J. Biol. Chem. 2007, 282, 15271-15283.
39. M. Bigioni, C. Salvatore, A. Bullo, D. Bellarosa, E. Iafrate, F. Animati, G. Capranico, C. Goso, C. A. Maggi, G. Pratesi, F. Zunino, S. Manzini, Biochem. Pharmacol. 2001, 62, 63-70.
40. R. A. Cardone, A. Bellizzi, G. Busco, E. J. Weinman, M. E. Dell'Aquila, V. Casavola, A. Azzariti, A. Mangia, A. Paradiso, S. J. Reshkin, Mol. Biol. Cell 2007, 18, 1768-1780.