Effects of long-range electrostatics on time-dependent stokes shift calculations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 8, 2009, Pages 1959-1967

  Furse, Kristina E ^a   Corcelli, Steven A ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTRE DAME   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 73549108553     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct9001416     Document Type: Article

References (84)

1. Faeder, J.; Ladanyi, B.M.J. Phys. Chem. B 2001, 105, 11148.
2. Feng, X.B.; Thompson, W.H.J. Phys. Chem. C 2007, 111, 18060.
3. Furse, K.E.; Corcelli, S.A.J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 13103.
4. Golosov, A.A.; Karplus, M.J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1482.
5. Li, T.P.; Hassanali, A.A.P.; Kao, Y.T.; Zhong, D.P.; Singer, S.J.J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 3376.
6. Nilsson, L.; Halle, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13867.
7. Pal, S.; Maiti, P.K.; Bagchi, B.; Hynes, J.T.J. Phys. Chem. B 2006, 110, 26396.
8. Sen, S.; Andreatta, D.; Ponomarev, S.Y.; Beveridge, D.L.; Berg, M.A.J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 1724.
9. Thompson, W.H.J. Chem. Phys. 2004, 120, 8125.
10. Furse, K.E.; Lindquist, B.A.; Corcelli, S.A.J. Phys. Chem. B 2008, 112, 3231.
11. Lesch, H.; Schlichter, J.; Friedrich, J.; Vanderkooi, J.M. Biophys. J. 2004, 86, 467.
12. Muino, P.L.; Callis, P.R.J. Chem. Phys. 1994, 100, 4093.
13. Roux, B.; Simonson, T. Biophys. Chem. 1999, 78,1.
14. Sagui, C.; Darden, T.A. Annu. ReV. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 155.
15. Tobias, D.J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 253.
16. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L.J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
17. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M.L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L.G.J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
18. Ewald, P.P. Ann. Phys. 1921, 64, 253.
19. Onsager, L.J. Am. Chem. Soc. 1936, 58, 1486.
20. Born, M.Z. Phys. 1920, 1, 45.
21. Grossfield, A.; Sachs, J.; Woolf, T.B. Proteins 2000, 41, 211.
22. Rokhlin, V.J. Comput. Phys. 1985, 60, 187.
23. Ladd, A.J.C. Mol. Phys. 1977, 33, 1039.
24. Ladd, A.J.C. Mol. Phys. 1978, 36, 463.
25. Neumann, M. Mol. Phys. 1987, 60, 225.
26. Neumann, M.; Steinhauser, O.; Pawley, G.S. Mol. Phys. 1984, 52, 97.
27. Ladanyi, B.M.; Stratt, R.M.J. Phys. Chem. 1995, 99, 2502.
28. Wolf, D.; Keblinski, P.; Phillpot, S.R.; Eggebrecht, J.J. Chem. Phys. 1999, 110, 8254.
29. Fennell, C.J.; Gezelter, J.D.J. Chem. Phys. 2006, 124, 234104.
30. Zahn, D.; Schilling, B.; Kast, S.M.J. Phys. Chem. B 2002, 106, 10725.
31. Pal, S.K.; Zhao, L.A.; Zewail, A.H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8113.
32. Andreatta, D.; Lustres, J.L.P.; Kovalenko, S.A.; Ernsting, N.P.; Murphy, C.J.; Coleman, R.S.; Berg, M.A.J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7270.
33. Andreatta, D.; Sen, S.; Lustres, J.L.P.; Kovalenko, S.A.; Ernsting, N.P.; Murphy, C.J.; Coleman, R.S.; Berg, M.A.J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6885.
34. Berg, M.A.; Coleman, R.S.; Murphy, C.J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 1229.
35. Brauns, E.B.; Madaras, M.L.; Coleman, R.S.; Murphy, C.J.; Berg, M.A.J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11644.
36. Brauns, E.B.; Madaras, M.L.; Coleman, R.S.; Murphy, C.J.; Berg, M.A. Phys. ReV. Lett. 2002, 88, 158101.
37. Brauns, E.B.; Murphy, C.J.; Berg, M.A.J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 2449.
38. Coleman, R.S.; Berg, M.A.; Murphy, C.J. Tetrahedron 2007, 63, 3450.
39. Gearheart, L.A.; Somoza, M.M.; Rivers, W.E.; Murphy, C.J.; Coleman, R.S.; Berg, M.A.J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 11812.
40. Sen, S.; Gearheart, L.A.; Rivers, E.; Liu, H.; Coleman, R.S.; Murphy, C.J.; Berg, M.A.J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13248.
41. Sen, S.; Paraggio, N.A.; Gearheart, L.A.; Connor, E.E.; Issa, A.; Coleman, R.S.; Wilson, D.M.; Wyatt, M.D.; Berg, M.A. Biophys. J. 2005, 89, 4129.
42. Somoza, M.M.; Andreatta, D.; Murphy, C.J.; Coleman, R.S.; Berg, M.A. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 2494.
43. Beck, D.A.C.; Armen, R.S.; Daggett, V. Biochemistry 2005, 44, 609.
44. Feller, S.E.; Pastor, R.W.; Rojnuckarin, A.; Bogusz, S.; Brooks, B.R.J. Phys. Chem. 1996, 100, 17011.
45. Hunenberger, P.H.; McCammon, J.A.J. Chem. Phys. 1999, 110, 1856.
46. Weber, W.; Hunenberger, P.H.; McCammon, J.A.J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3668.
47. Lins, R.D.; Rothlisberger, U.J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 246.
48. Monticelli, L.; Simoes, C.; Belvisi, L.; Colombo, G.J. Phys.: Condens. Matter 2006, 18, S329.
49. Carter, E.A.; Hynes, J.T.J. Chem. Phys. 1991, 94, 5961.
50. Laird, B.B.; Thompson, W.H.J. Chem. Phys. 2007, 126, 211104.
51. Biswas, R.; Bagchi, B.J. Phys. Chem. A 1999, 103, 2495.
52. Friedman, H.L.; Raineri, F.O.; Hirata, F.; Perng, B.C.J. Stat. Phys. 1995, 78, 239.
53. Friedman, H.L.; Raineri, F.O.; Perng, B.C.J. Mol. Liq. 1995, 7, 65-6.
54. Ingrosso, F.; Ladanyi, B.M.J. Phys. Chem. B 2006, 110, 10120.
55. Ingrosso, F.; Ladanyi, B.M.; Mennucci, B.; Elola, M.D.; Tomasi, J.J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3553.
56. Ingrosso, F.; Tani, A.; Tomasi, J.J. Mol. Liq. 2005, 117, 85.
57. Ishida, T.; Hirata, F.; Kato, S.J. Chem. Phys. 1999, 110, 11423.
58. Kumar, P.V.; Maroncelli, M.J. Chem. Phys. 1995, 103, 3038.
59. Ladanyi, B.M.; Klein, S.J. Chem. Phys. 1996, 105, 1552.
60. Ladanyi, B.M.; Maroncelli, M.J. Chem. Phys. 1998, 109, 3204.
61. Ladanyi, B.M.; Perng, B.C.J. Phys. Chem. A 2002, 106, 6922.
62. Ladanyi, B.M.; Stratt, R.M.J. Phys. Chem. 1996, 100, 1266.
63. Lobaugh, J.; Rossky, P.J.J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9432.
64. Maroncelli, M.J. Chem. Phys. 1991, 94, 2084.
65. Nishiyama, K.; Yamaguchi, T.; Hirata, F.; Okada, T. Pure Appl. Chem. 2004, 76, 71.
66. Raineri, F.O.; Perng, B.C.; Friedman, H.L. Chem. Phys. 1994, 183, 187.
67. Roy, S.; Komath, S.; Bagchi, B.J. Chem. Phys. 1993, 99, 3139.
68. Sudholt, W.; Staib, A.; Sobolewski, A.L.; Domcke, W. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 4341.
69. Wang, J.M.; Cieplak, P.; Kollman, P.A.J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
70. Becke, A.D.J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
71. Lee, C.T.; Yang, W.T.; Parr, R.G. Phys. ReV. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988, 37, 785.
72. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200.
73. Cave, R.J.; Castner, E.W.J. Phys. Chem. A 2002, 106, 12117.
74. Bayly, C.I.; Cieplak, P.; Cornell, W.D.; Kollman, P.A.J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
75. Ravi, M.; Soujanya, T.; Samanta, A.; Radhakrishnan, T.P.J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1995, 91, 2739.
76. Samanta, A.; Fessenden, R.W.J. Phys. Chem. A 2000, 104, 8577.
77. Ladinig, M.; Leupin, W.; Meuwly, M.; Respondek, M.; Wirz, J.; Zoete, V. HelV. Chim. Acta 2005, 88, 53.
78. Case, D.A.; Darden, T.A.; Cheatham, T.E.; Simmerling, C.L.; Wang, J.; Duke, R.E.; Luo, R.; Merz, K.M.; Pearlman, D.A.; Crowley, M.; Walker, R.C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K.F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D.H.; Schafmeister, C.; Ross, W.S.; Kollman, P.A. AMBER 9; University of California: San Francisco, CA; 2006.
79. Berendsen, H.J.C.; Grigera, J.R.; Straatsma, T.P.J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269.
80. Ryckaert, J.P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H.J.C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
81. Stratt, R.M.; Maroncelli, M.J. Phys. Chem. 1996, 100, 12981.
82. Lustres, J.L.N.; Kovalenko, S.A.; Mosquera, M.; Senyushkina, T.; Flasche, W.; Ernsting, N.P. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 5635.
83. Karunakaran, V.; Pfaffe, M.; Ioffe, I.; Senyushkina, T.; Kovalenko, S.A.; Mahrwald, R.; Fartzdinov, V.; Sklenar, H.; Ernsting, N.P.J. Phys. Chem. A 2008, 112, 4294.
84. Jimenez, R.; Fleming, G.R.; Kumar, P.V.; Maroncelli, M. Nature 1994, 369, 471.