Strategy for molecular beacon binding readout: Separating molecular recognition element and signal reporter

Analytical Chemistry

Volumn 81, Issue 23, 2009, Pages 9703-9709

  Wang, Yongxiang ^a   Li, Jishan ^b   Jin, Jianyu ^a   Wang, Hao ^a   Tang, Hongxing ^b   Yang, Ronghua ^a,b   Wang, Kemin ^b  

^a PEKING UNIVERSITY   (China)

^b HUNAN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ASSAY METHODS; CONCENTRATION OF; CONCENTRATION RANGES; FLUORESCENCE INTENSITIES; FLUORESCENT REPORTER; LIMIT OF DETECTION; MERCAPTOACETIC ACID; MODEL SYSTEM; MOLECULAR BEACON; MOLECULAR RECOGNITION ELEMENT; NEW STRATEGY; OPTIMAL CONDITIONS; QUANTUM DOT; SELECTIVE BINDING; SIGNAL TRANSDUCERS; TARGET BINDING;

COMPETITION; COMPLEXATION; DNA; FLUORESCENCE; GENES; MERCURY (METAL); MOLECULAR BIOLOGY; MOLECULAR RECOGNITION; OLIGONUCLEOTIDES; SEMICONDUCTOR QUANTUM DOTS; STRUCTURAL DESIGN; TARGETS; TRANSDUCERS;

SIGNAL TRANSDUCTION;

BASE SEQUENCE; BINDING, COMPETITIVE; BIOSENSING TECHNIQUES; DNA PROBES; DNA, SINGLE-STRANDED; INVERTED REPEAT SEQUENCES; MERCURY; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; OLIGODEOXYRIBONUCLEOTIDES; QUANTUM DOTS; THIOGLYCOLATES; THYMIDINE;

EID: 73249129081     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac901906w     Document Type: Article

References (62)

1. Santangelo, P.; Nitin, N.; Bao, G. Ann. Biomed. Eng. 2006, 34, 39-50.
2. Marras, S. A. E.; Tyagi, S.; Kramer, F. R. Clin. Chim. Acta 2006, 363, 48-60.
3. Mart, A. A.; Jockusch, S.; Stevens, N.; Ju, J. Y.; Turro, N. Acc. Chem. Res. 2007, 40, 402-409.
4. Ihara, T.; Uemura, A.; Futamura, A.; Shimizu, M.; Baba, N.; Nishizawa, S.; Teramae, N.; Jyo, A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 1386-1387.
5. Zheng, W. M.; He, L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 3432-3433.
6. Kerman, K.; Saito, M.; Morita, Y.; Takamura, Y.; Ozsoz, M.; Tamiya, E. Anal. Chem. 2004, 76, 1877-1884.
7. Fan, C. H.; Plaxco, K. W.; Heeger, A. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 9134-9137.
8. Xiao, Y.; Lubin, A. A.; Baker, B. R.; Plaxco, K. W.; Heeger, A. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 16677-16680.
9. Elghanian, R.; Storhoff, J. J.; Mucic, R. C.; Letsinger, R. L.; Mirkin, C. A. Science 1997, 277, 1078-1081.
10. Pan, B. F.; Ao, L. M.; Gao, F.; Tian, H. Y.; He, R.; Cui, D. X. Nanotechnology 2005, 16, 1776-1780.
11. Li, H. X.; Rothberg, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14036-14039.
12. Qian, X. M.; Peng, X. H.; Ansari, D. O.; Yin-Goen, Q.; Chen, G. Z.; Shin, D. M.; Yang, L. L.; Young, A. N.; Wang, M. D.; Nie, S. M. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 83-90.
13. Liu, J. H.; Fan, J. B.; Gu, Z.; Cui, J.; Xu, X. B.; Liang, Z. W.; Luo, S. L.; Zhu, M. Q. Langmuir 2008, 24, 5241-5244.
14. Ho, H.-A.; Najari, A.; Leclerc, M. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 168-178.
15. Thomas, S. W.; Joly, G. D.; Swager, T. M. Chem. Rev. 2007, 107, 1339-1386.
16. Lakowicz, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy, 3rd ed; Springer: New York, 2006.
17. Tyaji, S.; Kramer, F. R. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 303-308.
18. Marras, S. A. E. Methods Mol. Biol. 2006, 335, 3-16.
19. Yang, C. Y.; Medley, C.; Tan, W. H. Curr. Pharm. Biotechnol. 2005, 6, 445-452.
20. Lerman, L. S. J. Mol. Biol. 1961, 3, 18-80.
21. Guo, Q.; Lu, M.; Marky, L. A.; Kallenbach, N. R. Biochemistry 1992, 31, 2451-2455.
22. Lee, K.; Maisel, K.; Rouillard, J.; Gulari, E.; Kim, J. Chem. Mater. 2008, 20, 2848-2850.
23. Wiskur, S. L.; Ait-Haddou, H.; Lavigne, J. J.; Anslyn, E. V. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 963-972.
24. Nguyen, B. T.; Anslyn, E. V. Coord. Chem. Rev. 2006, 250, 3118-3127.
25. Metzger, A.; Anslyn, E. V. Angew. Chem., Int. Ed. 1998, 37, 649-652.
26. Lavigne, J. J.; Anslyn, E. V. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 3666-3669.
27. Tobey, S. L.; Jones, B. D.; Anslyn, E. V. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4026-4027.
28. Leung, D.; Folmer-Andersen, J. F.; Lynch, V. M.; Anslyn, E. V. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 12318-12327.
29. Leung, D.; Anslyn, E. V. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 12328-12333.
30. Zhu, L.; Zhong, Z. L.; Anslyn, E. V. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4260-4269.
31. Gale, P. A.; Twyman, L. J.; Handlin, C. I.; Sessler, J. L. Chem. Commun. 1999, 1851-1852.
32. Hortalá, M. A.; Fabbrizzi, L.; Marcotte, N.; Stomeo, F.; Taglietti, A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 20-21.
33. Atilgan, S.; Akkaya, E. U. Tetrahedron Lett. 2004, 45, 9269-9271.
34. Wang, J.; Wang, L. H.; Liu, X. F.; Ling, Z. Q.; Song, S. P.; Li, W. X.; Li, G. X.; Fan, C. H. Adv. Mater. 2007, 19, 3943-3946.
35. Li, N.; Ho, C.-M. J. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2380-2381.
36. Ono, A.; Togashi, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 4300-4302.
37. Miyake, Y.; Togashi, H.; Tashiro, M.; Yamaguchi, H.; Oda, S.; Kudo, M.; Tanaka, Y.; Kondo, Y.; Sawa, R.; Fujimoto, T.; Machinami, T.; Ono, A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2172-2173.
38. Lin, Y. W.; Ho, H. T.; Huang, C. C.; Chang, H. T. Nucleic Acids Res. 2008, 36, e123.
39. Yang, R. H.; Jin, J. Y.; Long, L. P.; Wang, Y. X.; Wang, H.; Tan, W. H. Chem. Commun. 2009, 322-324.
40. Descalzo, A. B.; Martinez-Manez, R.; Radeglia, R.; Rurack, K.; Soto, J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3418-3419.
41. Guo, X. F.; Qian, X. H.; Jia, L. H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2272-2273.
42. Caballero, A.; Martinez, R.; Lloveras, V.; Ratera, I.; Vidal-Gancedo, J.; Wurst, K.; Tarraga, A.; Molina, P.; Veciana, J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15666-15667.
43. Zhang, X. L.; Xiao, Y.; Qian, X. H. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 8025-8029.
44. Chen, B.; Yu, Y.; Zhou, Z. T.; Zhong, P. Chem. Lett. 2004, 33, 1608-1609.
45. Long, Y. F.; Jiang, D. L.; Zhu, X.; Wang, J. X.; Zhou, F. M. Anal. Chem. 2009, 81, 2652-2657.
46. Han, B. Y.; Yuan, J. P.; Wang, E. K. Anal. Chem. 2009, 81, 5569-5573.
47. Marras, S. A.; Kramer, F. R.; Tyagi, S. Nucleic Acid. Res. 2002, 30, e122.
48. Haesselbarth, A.; Eychmueller, A.; Eichberger, R.; Giersig, M.; Mews, A.; Weller, H. J. Phys. Chem. 1993, 97, 5333-5340.
49. Son, D. H.; Hughes, S. M.; Yin, Y.; Alivisatos, A. P. Science 2004, 306, 1009-1012.
50. Kim, Y.; Johnson, R. C.; Hupp, J. T. Nano Lett. 2001, 1, 165-167.
51. Yang, R. H.; Wang, K. M.; Long, L. P.; Xiao, D.; Yang, X. H.; Tan, W. H. Anal. Chem. 2002, 74, 1088-1096.
52. Kleinman, W. A.; Richie, J. P. Biochem. Pharmacol. 2000, 60, 19-29.
53. Yang, R. H.; Chan, W. H.; Lee, A. W. M.; Xia, P. F.; Zhang, H. K.; Li, K. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2884-2885.
54. Meggers, E.; Holland, P. L.; Tolman, W. B.; Romesberg, F. E.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10714-10715.
55. Liu, X. J.; Tan, W. H. Anal. Chem. 1999, 71, 5054-5059.
56. Chen, X. C.; Deng, Y. L.; Lin, Y.; Pang, D. W.; Qing, H.; Qu, F.; Xie, H. Y. Nanotechnology 2008, 19, 235105.
57. Ono, A.; Cao, S. Q.; Togashi, H.; Tashiro, M.; Fujimoto, T.; Machinami, T.; Oda, S.; Miyake, Y.; Itaru Okamotoa, I.; Tanaka, Y. Chem. Commun. 2008, 4825-4827.
58. Bourdoncle, A.; Estevez Torres, A.; Gosse, C.; Lacroix, L.; Vekhoff, P.; Le Saux, T.; Jullien, L.; Mergny, J.-L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11094-11105.
59. Grossmann, T. N.; Röglin, L.; Seitz, O. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 5223-5225.
60. Chae, M. Y.; Czarnik, A. W. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9704-9705.
61. Ye, B. C.; Yin, B. C. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 8386-8389.
62. Liu, L.; Zhang, G. X.; Xiang, J. F.; Zhang, D. Q.; Zhu, D. B. Org. Lett. 2008, 10, 4581-4584.