HIV-1 nucleocapsid protein bends double-stranded nucleic acids

Journal of the American Chemical Society

Volumn 131, Issue 42, 2009, Pages 15534-15543

  Wang, Hui ^a   Yeh, Yu Shan ^a   Barbara, Paul F ^a  

^a UNIVERSITY OF TEXAS AT AUSTIN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING PROTEINS; CONFORMATIONAL DYNAMICS; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE-1; IN-VITRO; NUCLEOCAPSID PROTEINS; NUCLEOCAPSIDS; PUTATIVE FUNCTIONS; REVERSE TRANSCRIPTION; SHORT SEGMENTS; SINGLE-MOLECULE;

ENERGY TRANSFER; FLUORESCENCE; NUCLEIC ACIDS;

BINDING ENERGY;

CHAPERONE; DOUBLE STRANDED DNA; DOUBLE STRANDED RNA; NUCLEIC ACID; NUCLEIC ACID BINDING PROTEIN; NUCLEOCAPSID PROTEIN; VIRUS DNA;

ARTICLE; DRUG DNA INTERACTION; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; IN VITRO STUDY; LIFE CYCLE; NONHUMAN; PROTEIN FUNCTION; REVERSE TRANSCRIPTION;

AMINO ACID SEQUENCE; DNA; HIV-1; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MUTATION; NUCLEOCAPSID PROTEINS;

EID: 70350322944     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja9070046     Document Type: Article

References (54)

1. Frankel, A. D.; Young, J. A. T. Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 1-25.
2. Rein, A.; Henderson, L. E.; Levin, J. G. Trends Biochem. Sci. 1998, 23, 297-301.
3. Levin, J. G.; Guo, J. H.; Rouzina, I.; Musier-Forsyth, K. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 2005, 80, 217-286.
4. Darlix, J. L.; Lapadat-Tapolsky, M.; de Rocquigny, H.; Roques, B. P. J. Mol. Biol. 1995, 254, 523-537.
5. Lapadat-Tapolsky, M.; de Rocquigny, H.; Van Gent, D.; Roques, B. P.; Plasterk, R.; Darlix, J. L. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 831-839.
6. Krishnamoorthy, G.; Roques, B.; Darlix, J. L.; Mely, Y. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5425-5432.
7. Urbaneja, M. A.; Wu, M.; Casas-Finet, J. R.; Karpel, R. L. J. Mol. Biol. 2002, 318, 749-764.
8. Williams, M. C.; Rouzina, I.; Wenner, J. R.; Gorelick, R. J.; Musier- Forsyth, K.; Bloomfield, V. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 6121-6126.
9. Carteau, S.; Gorelick, R. J.; Bushman, F. D. J. Virol. 1999, 73, 6670-6679.
10. Mirambeau, G.; Lyonnais, S.; Coulaud, D.; Hameau, L.; Lafosse, S.; Jeusset, J.; Justome, A.; Delain, E.; Gorelick, R. J.; Le Cam, E. J. Mol. Biol. 2006, 364, 496-511.
11. Gralla, J. D. Cell 1991, 66, 415-418.
12. Schleif, R. Annu. Rev. Biochem. 1992, 61, 199-223.
13. Blackwood, E. M.; Kadonaga, J. T. Science 1998, 281, 60-63.
14. Kornberg, R. D.; Lorch, Y. L. Cell 1999, 98, 285-294.
15. Jiang, W.; Chang, J.; Jakana, J.; Weigele, P.; King, J.; Chiu, W. Nature 2006, 439, 612-616.
16. Lander, G. C.; Tang, L.; Casjens, S. R.; Gilcrease, E. B.; Prevelige, P.; Poliakov, A.; Potter, C. S.; Carragher, B.; Johnson, J. E. Science 2006, 312, 1791-1795.
17. Garcia, H. G.; Grayson, P.; Han, L.; Inamdar, M.; Kondev, J.; Nelson, P. C.; Phillips, R.; Widom, J.; Wiggins, P. A. Biopolymers 2007, 85, 115-130.
18. Richmond, T. J.; Davey, C. A. Nature 2003, 423, 145-150.
19. Hagerman, P. J. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988, 17, 265-286.
20. Crothers, D. M.; Drak, J.; Kahn, J. D.; Levene, S. D. Methods Enzymol. 1992, 212, 3-29.
21. Shimada, J.; Yamakawa, H. Macromolecules 1984, 17, 689-698.
22. Zhang, Y. L.; Crothers, D. M. Biophys. J. 2003, 84, 136-153.
23. Zhuang, X. W.; Kim, H.; Pereira, M. J. B.; Babcock, H. P.; Walter, N. G.; Chu, S. Science 2002, 296, 1473-1476.
24. Myong, S.; Rasnik, I.; Joo, C.; Lohman, T. M.; Ha, T. Nature 2005, 437, 1321-1325.
25. Weiss, S. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 724-729.
26. Schuler, B.; Lipman, E. A.; Eaton, W. A. Nature 2002, 419, 743-747.
27. Lu, Q.; Lu, H. P.; Wang, J. Phys. Rev. Lett. 2007, 98, 128105.
28. Lu, H. P.; Iakoucheva, L. M.; Ackerman, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9184-9185.
29. Liu, R. C.; Hu, D. H.; Tan, X.; Lu, H. P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10034-10042.
30. Roy, R.; Hohng, S.; Ha, T. Nature Methods 2008, 5, 507-516.
31. Liu, H. W.; Cosa, G.; Landes, C. F.; Zeng, Y. N.; Kovaleski, B. J.; Mullen, D. G.; Barany, G.; Musier-Forsyth, K.; Barbara, P. F. Biophys. J. 2005, 89, 3470-3479.
32. Cosa, G.; Harbron, E. J.; Zeng, Y. N.; Liu, H. W.; O'Connor, D. B.; Eta-Hosokawa, C.; Musier-Forsyth, K.; Barbara, P. F. Biophys. J. 2004, 87, 2759-2767.
33. Landes, C. F.; Zeng, Y. N.; Liu, H. W.; Musier-Forsyth, K.; Barbara, P. F. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10181-10188.
34. Liu, H. W.; Zeng, Y. N.; Landes, C. F.; Kim, Y. J.; Zhu, Y. J.; Ma, X. J.; Vo, M.-N.; Musier-Forsyth, K.; Barbara, P. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 5261-5267.
35. Ha, T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 287-292.
36. Guo, J. H.; Wu, T. Y.; Anderson, J.; Kane, B. F.; Johnson, D. G.; Gorelick, R. J.; Henderson, L. E.; Levin, J. G. J. Virol. 2000, 74, 8980-8988.
37. Vo, M. N.; Barany, G.; Rouzina, I.; Musier-Forsyth, K. J. Mol. Biol. 2006, 363, 244-261.
38. Zeng, Y. N.; Liu, H. W.; Landes, C. F.; Kim, Y. J.; Ma, X. J.; Zhu, Y. J.; Musier-Forsyth, K.; Barbara, P. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 12651-12656.
39. Cloutier, T. E.; Widom, J. Proc. Natl. Acd. Sci. U.S.A. 2005, 102, 3645-3650.
40. Mathew-Fenn, R. S.; Das, R.; Harbury, P. A. B. Science 2008, 322, 446-449.
41. Wiggins, P. A.; Van der Heijden, T.; Moreno-Herrero, F.; Spakowitz, A.; Phillips, R.; Widom, J.; Dekker, C.; Nelson, P. C. Nat. Nanotechnol. 2006, 1, 137-141.
42. Williams, M. C.; Gorelick, R. J.; Musier-Forsyth, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 8614-8619.
43. Cruceanu, M.; Urbaneja, M. A.; Hixson, C. V.; Johnson, D. G.; Datta, S. A.; Fivash, M. J.; Stephen, A. G.; Fisher, R. J.; Gorelick, R. J.; Casas-Finet, J. R.; Rein, A.; Rouzina, I.; Williams, M. C. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 593-605.
44. Godet, J.; de Rocquigny, H.; Raja, C.; Glasser, N.; Ficheux, D.; Darlix, J. L.; Mely, Y. J. Mol. Biol. 2006, 356, 1180-1192.
45. Urbaneja, M. A.; Kane, B. P.; Johnson, D. G.; Gorelick, R. J.; Henderson, L. E.; Casas-Finet, J. R. J. Mol. Biol. 1999, 287, 59-75.
46. Behr, J. P. Acc. Chem. Res. 1993, 26, 274-278.
47. Tang, M. X.; Szoka, F. C. Gene Ther. 1997, 4, 823-832.
48. Bloomfield, V. A. Biopolymers 1997, 44, 269-282.
49. Yan, J.; Marko, J. F. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 108108.
50. Tsuchihashi, Z.; Brown, P. O. J. Virol. 1994, 68, 5863-5870.
51. Strauss, J. K.; Maher, L. J. Science 1994, 266, 1829-1834.
52. Sherman, P. A.; Dickson, M. L.; Fyfe, J. A. J. Virol. 1992, 66, 3593-3601.
53. Brown, P. O.; Bowerman, B.; Varmus, H. E.; Bishop, J. M. Cell 1987, 49, 347-356.
54. Farnet, C. M.; Haseltine, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 4164-4168.