-
5
-
-
0034782523
-
-
Brana, M. F.; Cacho, M.; Gradillas, A.; de Pascual-Teresa, B.; Ramos, A. Curr Pharm Des 2001, 7, 1745-1780.
-
(2001)
Curr Pharm Des
, vol.7
, pp. 1745-1780
-
-
Brana, M.F.1
Cacho, M.2
Gradillas, A.3
de Pascual-Teresa, B.4
Ramos, A.5
-
7
-
-
0031045487
-
-
Chaires, J. B.; Leng, F.; Przewloka, T.; Fokt, I.; Ling, Y.-H.; Perez-Soler, R.; Priebe, W. J Med Chem 1997, 40, 261-266.
-
(1997)
J Med Chem
, vol.40
, pp. 261-266
-
-
Chaires, J.B.1
Leng, F.2
Przewloka, T.3
Fokt, I.4
Ling, Y.-H.5
Perez-Soler, R.6
Priebe, W.7
-
9
-
-
0034713855
-
-
Ren, J.; Jenkins, T. C.; Chaires, J. B. Biochemistry 2000, 39, 8439-8447.
-
(2000)
Biochemistry
, vol.39
, pp. 8439-8447
-
-
Ren, J.1
Jenkins, T.C.2
Chaires, J.B.3
-
10
-
-
0034581523
-
-
Haq, I.; Jenkins, T. C.; Chowdhry, B. Z.; Ren, J.; Chaires, J. B. Methods Enzym 2000, 323, 373-405.
-
(2000)
Methods Enzym
, vol.323
, pp. 373-405
-
-
Haq, I.1
Jenkins, T.C.2
Chowdhry, B.Z.3
Ren, J.4
Chaires, J.B.5
-
12
-
-
0031571628
-
-
Haq, I.; Ladbury, J. E.; Chowdhry, B. Z.; Jenkins, T. C.; Chaires, J. B. J Mol Biol 1997, 271, 244-257.
-
(1997)
J Mol Biol
, vol.271
, pp. 244-257
-
-
Haq, I.1
Ladbury, J.E.2
Chowdhry, B.Z.3
Jenkins, T.C.4
Chaires, J.B.5
-
13
-
-
0023473988
-
-
Breslauer, K. J.; Remeta, D. P.; Chou, W.-Y.; Ferrante, R.; Curry, J.; Zaunczkowski, D.; Snyder, J. G.; Marky, L. A. Proc Natl Acad Sci USA 1987, 84, 8922-8926.
-
(1987)
Proc Natl Acad Sci USA
, vol.84
, pp. 8922-8926
-
-
Breslauer, K.J.1
Remeta, D.P.2
Chou, W.-Y.3
Ferrante, R.4
Curry, J.5
Zaunczkowski, D.6
Snyder, J.G.7
Marky, L.A.8
-
15
-
-
0027054352
-
-
Searle, M. S.; Williams, D. H.; Gerhard, U. J Am Chem Soc 1992, 114, 10697-10704.
-
(1992)
J Am Chem Soc
, vol.114
, pp. 10697-10704
-
-
Searle, M.S.1
Williams, D.H.2
Gerhard, U.3
-
19
-
-
0001101548
-
-
Jayaram, B.; McConnell, K. J.; Dixit, S. B.; Beveridge, D. L. J Comput Phys 1999, 151, 333-357.
-
(1999)
J Comput Phys
, vol.151
, pp. 333-357
-
-
Jayaram, B.1
McConnell, K.J.2
Dixit, S.B.3
Beveridge, D.L.4
-
21
-
-
0030003572
-
-
Chaires, J. B.; Satyanarayana, S.; Suh, D.; Fokt, I.; Przewloka, T.; Priebe, W. Biochemistry 1996, 35, 2047-2053.
-
(1996)
Biochemistry
, vol.35
, pp. 2047-2053
-
-
Chaires, J.B.1
Satyanarayana, S.2
Suh, D.3
Fokt, I.4
Przewloka, T.5
Priebe, W.6
-
23
-
-
38949174282
-
-
Bhadra, K.; Maiti, M.; Kumar, G. S. Biochim Biophys Acta 2008, 1780, 298-306.
-
(2008)
Biochim Biophys Acta
, vol.1780
, pp. 298-306
-
-
Bhadra, K.1
Maiti, M.2
Kumar, G.S.3
-
24
-
-
0030710155
-
-
Baginski, M.; Fogolari, F.; Briggs, J. M. J Mol Biol 1997, 274, 253-267.
-
(1997)
J Mol Biol
, vol.274
, pp. 253-267
-
-
Baginski, M.1
Fogolari, F.2
Briggs, J.M.3
-
25
-
-
0037012390
-
-
Reha, D.; Kabelac, M.; Ryjacek, F.; Sponer, J.; Sponer, J. E.; Elstner, M.; Suhai, S.; Hobza, P. J Am Chem Soc 2002, 124, 3366-3376.
-
(2002)
J Am Chem Soc
, vol.124
, pp. 3366-3376
-
-
Reha, D.1
Kabelac, M.2
Ryjacek, F.3
Sponer, J.4
Sponer, J.E.5
Elstner, M.6
Suhai, S.7
Hobza, P.8
-
26
-
-
84962343677
-
-
Kubar, T.; Hanus, M.; Ryjacek, F.; Hobza, P. Chem Eur J 2006, 12, 280-290.
-
(2006)
Chem Eur J
, vol.12
, pp. 280-290
-
-
Kubar, T.1
Hanus, M.2
Ryjacek, F.3
Hobza, P.4
-
31
-
-
52049116876
-
-
Kostjukov, V. V.; Khomytova, N. M.; Davies, D. B.; Evstigneev, M. P. Biopolymers 2008, 89, 680-690.
-
(2008)
Biopolymers
, vol.89
, pp. 680-690
-
-
Kostjukov, V.V.1
Khomytova, N.M.2
Davies, D.B.3
Evstigneev, M.P.4
-
32
-
-
0033954256
-
-
Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res 2000, 28, 235-242.
-
(2000)
Nucleic Acids Res
, vol.28
, pp. 235-242
-
-
Berman, H.M.1
Westbrook, J.2
Feng, Z.3
Gilliland, G.4
Bhat, T.N.5
Weissig, H.6
Shindyalov, I.N.7
Bourne, P.E.8
-
33
-
-
0025308014
-
-
Cieplak, P.; Rao, S. N.; Grootenhuis, P. D. J.; Kollman, P. A. Biopolymers 1990, 29, 717-727.
-
(1990)
Biopolymers
, vol.29
, pp. 717-727
-
-
Cieplak, P.1
Rao, S.N.2
Grootenhuis, P.D.J.3
Kollman, P.A.4
-
35
-
-
0023707610
-
-
Neidle, S.; Pearl, L. H.; Herzyk, P.; Berman, H. M. Nucleic Acids Res 1988, 16, 8999-9016.
-
(1988)
Nucleic Acids Res
, vol.16
, pp. 8999-9016
-
-
Neidle, S.1
Pearl, L.H.2
Herzyk, P.3
Berman, H.M.4
-
36
-
-
0025126606
-
-
Robinson, H.; Liaw, Y.-C.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Wang, A. H.-J. Nucleic Acids Res 1990, 18, 4851-4858.
-
(1990)
J. Nucleic Acids Res
, vol.18
, pp. 4851-4858
-
-
Robinson, H.1
Liaw, Y.-C.2
van der Marel, G.A.3
van Boom, J.H.4
Wang, A.H.5
-
37
-
-
0022554079
-
-
Kotovych, G.; Lown, J. W.; Tong, J. P. J Biomol Struct Dyn 1986, 4, 111-125.
-
(1986)
J Biomol Struct Dyn
, vol.4
, pp. 111-125
-
-
Kotovych, G.1
Lown, J.W.2
Tong, J.P.3
-
38
-
-
0025355676
-
-
Frederick, C. A.; Williams, L. D.; Ughetto, G.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Rich, A.; Wang, A. H.-J. Biochemistry 1990, 29, 2538-2549.
-
Frederick, C. A.; Williams, L. D.; Ughetto, G.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Rich, A.; Wang, A. H.-J. Biochemistry 1990, 29, 2538-2549.
-
-
-
-
39
-
-
0029011701
-
-
Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I; Gould, I. R.; Merz, K. M. J.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179-5197.
-
Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I; Gould, I. R.; Merz, K. M. J.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179-5197.
-
-
-
-
40
-
-
0021234692
-
-
Feigon, J.; Denny, W. A.; Leupin, W.; Kearns, D. R. J Med Chem 1984, 27, 450-465.
-
(1984)
J Med Chem
, vol.27
, pp. 450-465
-
-
Feigon, J.1
Denny, W.A.2
Leupin, W.3
Kearns, D.R.4
-
41
-
-
0019349401
-
-
Kapuscinski, J.; Darzynkiewicz, Z.; Traganos, F.; Melamed, M. R. Biochem Pharm 1981, 30, 231-240.
-
(1981)
Biochem Pharm
, vol.30
, pp. 231-240
-
-
Kapuscinski, J.1
Darzynkiewicz, Z.2
Traganos, F.3
Melamed, M.R.4
-
43
-
-
0004016501
-
-
Jorgensen, W.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R.; Klein, M. J Chem Phys 1983, 79, 926-935.
-
(1983)
J Chem Phys
, vol.79
, pp. 926-935
-
-
Jorgensen, W.1
Chandrasekhar, J.2
Madura, J.D.3
Impey, R.4
Klein, M.5
-
44
-
-
0031516150
-
-
Ravishanker, G.; Auffinger, P.; Langley, D. R.; Jayaram, B.; Young, M. A.; Beveridge D. L. Rev Comput Chem 1997, 11, 317-372.
-
(1997)
Rev Comput Chem
, vol.11
, pp. 317-372
-
-
Ravishanker, G.1
Auffinger, P.2
Langley, D.R.3
Jayaram, B.4
Young, M.A.5
Beveridge, D.L.6
-
45
-
-
84986512474
-
-
Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J Comput Chem 1983, 4, 187-217.
-
(1983)
J Comput Chem
, vol.4
, pp. 187-217
-
-
Brooks, B.R.1
Bruccoleri, R.E.2
Olafson, B.D.3
States, D.J.4
Swaminathan, S.5
Karplus, M.6
-
46
-
-
22944467757
-
-
Verlet, L. Phys Rev 1967, 159, 98-103.
-
(1967)
Phys Rev
, vol.159
, pp. 98-103
-
-
Verlet, L.1
-
47
-
-
33646940952
-
-
Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1977, 23, 327-341.
-
(1977)
J Comput Phys
, vol.23
, pp. 327-341
-
-
Ryckaert, J.-P.1
Ciccotti, G.2
Berendsen, H.J.C.3
-
48
-
-
0027993455
-
-
Chalikian, T. V.; Sarvazyan, A. P.; Breslauer, K. J. Biophys Chem 1994, 51, 89-109.
-
Chalikian, T. V.; Sarvazyan, A. P.; Breslauer, K. J. Biophys Chem 1994, 51, 89-109.
-
-
-
-
49
-
-
0026238664
-
-
Teplukhin, A. V.; Poltev, V. I.; Chuprina, V. P. Biopolymers 1991, 31, 1445-1453.
-
(1991)
Biopolymers
, vol.31
, pp. 1445-1453
-
-
Teplukhin, A.V.1
Poltev, V.I.2
Chuprina, V.P.3
-
50
-
-
0029633178
-
-
Elber, R.; Roitberg, A.; Simmerling, C.; Goldstein, R.; Li, H.; Verkhivker, G.; Keasar, C.; Zhang, J.; Ulitsky, A. Comput Phys Commun 1995, 91, 159-189.
-
(1995)
Comput Phys Commun
, vol.91
, pp. 159-189
-
-
Elber, R.1
Roitberg, A.2
Simmerling, C.3
Goldstein, R.4
Li, H.5
Verkhivker, G.6
Keasar, C.7
Zhang, J.8
Ulitsky, A.9
-
51
-
-
0023346161
-
-
Bash, P. A.; Singh, U. C.; Langridge, R.; Kollman, P. A. Science 1987, 236, 564-568.
-
(1987)
Science
, vol.236
, pp. 564-568
-
-
Bash, P.A.1
Singh, U.C.2
Langridge, R.3
Kollman, P.A.4
-
52
-
-
7044239742
-
-
Kollman, P. Chem Rev 1993, 93, 2395-2417.
-
(1993)
Chem Rev
, vol.93
, pp. 2395-2417
-
-
Kollman, P.1
-
53
-
-
0035913537
-
-
Rocchia, W.; Alexov, E.; Honig, B. J Phys Chem B 2001, 105, 6507-6514.
-
(2001)
J Phys Chem B
, vol.105
, pp. 6507-6514
-
-
Rocchia, W.1
Alexov, E.2
Honig, B.3
-
55
-
-
0031570737
-
-
Piehler, J.; Brecht, A.; Gauglitz, G.; Zerlin, M.; Maul, C.; Thiericke, R.; Grabley, S. Analyt Biochem 1997, 249, 94-102.
-
(1997)
Analyt Biochem
, vol.249
, pp. 94-102
-
-
Piehler, J.1
Brecht, A.2
Gauglitz, G.3
Zerlin, M.4
Maul, C.5
Thiericke, R.6
Grabley, S.7
-
56
-
-
0037471042
-
-
Wang, S.; Peng, T.; Yang, C. F. J Biochem Biophys Methods 2003, 55, 191-204.
-
(2003)
J Biochem Biophys Methods
, vol.55
, pp. 191-204
-
-
Wang, S.1
Peng, T.2
Yang, C.F.3
-
59
-
-
0010635136
-
-
Quigley, G. J.; Wang, A. H.-J.; Ughetto, G.; van der Marel, G.; van Boom, J. H.; Rich, A. Proc Natl Acad Sci USA 1980, 77, 7204-7208.
-
(1980)
Proc Natl Acad Sci USA
, vol.77
, pp. 7204-7208
-
-
Quigley, G.J.1
Wang, A.H.-J.2
Ughetto, G.3
van der Marel, G.4
van Boom, J.H.5
Rich, A.6
-
61
-
-
0025259309
-
-
Williams, L. D.; Egli, M.; Gao, Q.; Bash, P.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Rich, A.; Frederick, C. A. Proc Natl Acad Sci USA 1990, 87, 2225-2229.
-
(1990)
Proc Natl Acad Sci USA
, vol.87
, pp. 2225-2229
-
-
Williams, L.D.1
Egli, M.2
Gao, Q.3
Bash, P.4
van der Marel, G.A.5
van Boom, J.H.6
Rich, A.7
Frederick, C.A.8
-
62
-
-
0022587649
-
-
Chen, K.-X.; Gresh, N.; Pullman, B. Nucleic Acids Res 1986, 14, 3799-3812.
-
(1986)
Nucleic Acids Res
, vol.14
, pp. 3799-3812
-
-
Chen, K.-X.1
Gresh, N.2
Pullman, B.3
-
63
-
-
0021452308
-
-
Aggarwal, A.; Islam, S. A.; Kuroda, R.; Neidle, S. Biopolymers 1984, 23, 1025-1041.
-
(1984)
Biopolymers
, vol.23
, pp. 1025-1041
-
-
Aggarwal, A.1
Islam, S.A.2
Kuroda, R.3
Neidle, S.4
-
64
-
-
70349478814
-
-
Frisch, M. J, Trucks, G. W, Shlegel, H. B, Scuseria, G. E, Robb, M. A, Cheeseman, J. R, Montgomery Jr, J. A, Vreven, T, Kudin K. N, Burant, J. C, Millam, J. M, Iyengar, S. S, Tomasi, J, Barone, V, Menucci, B, Cossi, M, Scalmani, G, Rega, N, Peterson, G. A, Nakatsuji, H, Hada, M, Ehara, M, Toyota, K, Fukuda, R, Hasegawa, J, Ishida, M, Nakajima, T, Honda, Y, Kitao, O, Nakai, H, Klene, M, Li, X, Knox, J. E, Hratchian, H. P, Cross, J. B, Bakken, V, Adamo, C, Jaramillo, J, Gomperts, R, Stratmann, R. E, Yazyev, O, Austin, A. J, Cammi, R, Pomelli, C, Ochterski, J. W, Ayala, P. Y, Morokuma, K, Voth, G. A, Salvador, P, Dannenberg, J. J, Zakrzewski, V. G, Dapprich, S, Daniels, A. D, Strain, M. C, Farkas, O, Malick, D. K, Rabuck, A. D, Raghavachari, K, Foresman, J. B, Ortiz, J. V, Cui, Q, Baboul, A. G, Clifford, S, Cioslowski, J, Stefanov, B. B, Liu, G, Liashenko, T, Piskorz, P, Komaromi, I, Martin, R. L, Fox, D. J, Keith, T
-
Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Shlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery Jr., J. A.; Vreven, T.; Kudin K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Menucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Peterson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, T.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakarra, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian, Inc., 2004. Gaussian 03. Wallingford; CT.
-
-
-
-
66
-
-
0026416668
-
-
Sharp, K. A.; Nicholls, A.; Fine, R. F.; Honig, B. Science 1991, 252, 106-109.
-
(1991)
Science
, vol.252
, pp. 106-109
-
-
Sharp, K.A.1
Nicholls, A.2
Fine, R.F.3
Honig, B.4
-
67
-
-
0025706147
-
-
Dill, K. A.; Privalov, P. L.; Gill, S. J.; Murphy, K. P. Science 1990, 250, 297-298.
-
(1990)
Science
, vol.250
, pp. 297-298
-
-
Dill, K.A.1
Privalov, P.L.2
Gill, S.J.3
Murphy, K.P.4
-
68
-
-
0024378717
-
-
Ha, J.-H.; Spolar, R. S.; Record, M. T. J Mol Biol 1989, 209, 801-816.
-
(1989)
J Mol Biol
, vol.209
, pp. 801-816
-
-
Ha, J.-H.1
Spolar, R.S.2
Record, M.T.3
-
79
-
-
70349510018
-
-
Stewart, J. J. P. PM3 in Encyclopedia of Computational Chemistry; Wiley: New York, 1998.
-
Stewart, J. J. P. "PM3" in Encyclopedia of Computational Chemistry; Wiley: New York, 1998.
-
-
-
-
81
-
-
33748768224
-
-
Buisine, E.; de Villiers, K.; Egan, T. G.; Biot, C. J Am Chem Soc 2006, 128, 12122-12128.
-
(2006)
J Am Chem Soc
, vol.128
, pp. 12122-12128
-
-
Buisine, E.1
de Villiers, K.2
Egan, T.G.3
Biot, C.4
|