Structure and dynamics of end-to-end loop formation of the penta-peptide Cys-Ala-Gly-Gln-Trp in implicit solvents

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 36, 2009, Pages 12382-12390

  Yeh, In Chul ^a,b   Wallqvist, Anders ^a,b  

^a U S ARMY MEDICAL RESEARCH AND MATERIEL COMMAND   (United States)

^b Biotechnology HPC Software Applications Institute   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; FRICTION; MOLECULAR DYNAMICS; PEPTIDES; SIMULATORS;

ALL-ATOM FORCE FIELD; AS DISTRIBUTION; BERENDSEN THERMOSTAT; CONTACT FORMATION; DIFFUSIVE MOTIONS; DIHEDRAL ANGLES; DYNAMICAL PROPERTIES; END-TO-END DISTANCES; EXPLICIT SOLVENTS; FORCE FIELDS; FRICTION COEFFICIENTS; IMPLICIT SOLVENT MODEL; IMPLICIT SOLVENTS; LANGEVIN DYNAMICS; LOOP FORMATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PEPTIDE DYNAMICS; PEPTIDE STRUCTURES; RELATIVE PROBABILITY; STRUCTURE AND DYNAMICS;

SOLVENTS;

EID: 69949189631     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp904064z     Document Type: Article

References (60)

1. Darden, T. A.; York, D. M.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
2. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
3. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.
4. Liu, P.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13749.
5. Kannan, S.; Zacharias, M. Proteins 2007, 66, 697.
6. Yeh, I.-C.; Olson, M. A.; Lee, M. S.; Wallqvist, A. Biophys. J. 2008, 95, 5021.
7. Felts, A. K.; Gallicchio, E.; Wallqvist, A.; Levy, R. M. Proteins 2002, 48, 404.
8. Im, W.; Lee, M. S.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1691.
9. Lee, M. S.; Salsbury, F. R.; Brooks, C. L. J. Chem. Phys. 2002, 116, 10606.
10. Lee, M. S.; Feig, M.; Salsbury, F. R.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1348.
11. Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3712.
12. Ghosh, A.; Rapp, C. S.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10983.
13. Gallicchio, E.; Levy, R. M. J. Comput. Chem. 2004, 25, 419.
14. Zhou, R. H.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12777.
15. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; TiradoRives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
16. Simmerling, C.; Strockbine, B.; Roitberg, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11258.
17. Okur, A.; Wickstrom, L.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 488.
18. Felts, A. K.; Harano, Y.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. Proteins 2004, 56, 310.
19. Fan, H.; Mark, A. E.; Zhu, J.; Honig, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6760.
20. Hamelberg, D.; Shen, T. Y.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 7.
21. Feig, M. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1734.
22. Lapidus, L. J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 7220.
23. Bieri, O.; Wirz, J.; Hellrung, B.; Schutkowski, M.; Drewello, M.; Kiefhaber, T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999, 96, 9597.
24. Hudgins, R. R.; Huang, F.; Gramlich, G.; Nau, W. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 556.
25. Roccatano, D.; Sahoo, H.; Zacharias, M.; Nau, W. M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2639.
26. Huang, F.; Hudgins, R. R.; Nau, W. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16665.
27. Szabo, A.; Schulten, K.; Schulten, Z. J. Chem. Phys. 1980, 72, 4350.
28. Pastor, R. W.; Zwanzig, R.; Szabo, A. J. Chem. Phys. 1996, 105, 3878
29. Zhou, H. X.; Szabo, A. Biophys. J. 1996, 71, 2440.
30. Yeh, I.-C.; Hummer, G. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6563.
31. Roccatano, D.; Nau, W. M.; Zacharias, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 18734.
32. Ping, G.; Dastidar, S. G.; Duan, Y. J. Chem. Phys. 2007, 126, 045108.
33. Hamelberg, D.; de Oliveira, C. A. F.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 155102.
34. Feige, M. J.; Paci, E. J. Mol. Biol. 2008, 382, 556.
35. Doucet, D.; Roitberg, A.; Hagen, S. J. Biophys. J. 2007, 92, 2281.
36. Portman, J. J. J. Chem. Phys. 2003, 118, 2381.
37. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
38. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
39. Schuler, L. D.; Daura, X.; Van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1205.
40. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474.
41. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
42. Feig, M.; Karanicolas, J.; Brooks, C. L. J. Mol. Graph. Model. 2004, 22, 377.
43. Chocholoušová, J.; Feig, M. J. Comput. Chem. 2006, 27, 719.
44. Feig, M.; Onufriev, A.; Lee, M. S.; Im, W.; Case, D. A.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 265.
45. Lee, B.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1971, 55, 379.
46. Nina, M.; Beglov, D.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5239.
47. Chen, J. H.; Im, W. P.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3728.
48. Yeh, I.-C.; Lee, M. S.; Olson, M. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 15064.
49. Lee, M. S.; Olson, M. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 13411.
50. Nosé, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511.
51. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695.
52. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
53. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulations of Liquids; Oxford University Press: New York, 1987.
54. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
55. Shao, J. Y.; Tanner, S. W.; Thompson, N.; Cheatham, T. E. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2312.
56. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, I. T. E.; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 97, 1.
57. Tuckerman, M. E.; Marx, D. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 4946.
58. Mor, A.; Ziv, G.; Levy, Y. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1992.
59. Martyna, G. J.; Klein, M. L.; Tuckerman, M. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2635.
60. Mongan, J.; Simmerling, C.; McCammon, J. A.; Case, D. A.; Onufriev, A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 156.