Temperature dependence of looping rates in a short peptide

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 10, 2007, Pages 2639-2646

  Roccatano, Danilo ^a   Sahoo, Harekrushna ^a   Zacharias, Martin ^a   Nau, Werner M ^a  

^a JACOBS UNIVERSITY BREMEN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CHAIN LENGTH; COMPUTER SIMULATION; EMISSION SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN FOLDING; VISCOSITY;

FLUORESCENT PROBE; WATER SOLVENT MODEL;

PEPTIDES;

EID: 34047263387     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp066418m     Document Type: Article

References (47)

1. Lapidus, L. J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 7220.
2. Lapidus, L. J.; Steinbach, P. J.; Eaton, W. A.; Szabo, A.; Hofrichter, J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11628.
3. Buscaglia, M.; Lapidus, L. J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Biophys. J. 2006, 91, 276.
4. Lapidus, L. J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Phys. Rev. Lett. 2001, 87, 2581011.
5. Kubelka, J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 76.
6. Bieri, O.; Wirz, J.; Hellrung, B.; Schutkowski, M.; Drewello, M.; Kiefhaber, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9597.
7. Krieger, F.; Fierz, B.; Bieri, O.; Drewello, M.; Kiefhaber, T. J. Mol. Biol. 2003, 332, 265.
8. Krieger, F.; Moglich, A.; Kiefhaber, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3346.
9. Huang, F.; Nau, W. M. Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 42, 2269.
10. Hudgins, R. R.; Huang, F.; Gramlich, G.; Nau, W. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 556.
11. Huang, F.; Hudgins, R. R.; Nau, W. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16665.
12. Sahoo, H.; Hennig, A.; Nau, W. M. Int. J. Photoenergy 2006, DOI 10.1155/IJP/2006/89638.
13. Huang, F.; Nau, W. M. Res. Chem. Interned. 2005, 31, 717.
14. Neuweiler, H.; Schulz, A.; Bohmer, M.; Enderlein, J.; Sauer, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5324.
15. Roccatano, D.; Nau, W. M.; Zacharias, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 18734.
16. Yeh, I.-C.; Hummer, G. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6563.
17. Smith, P. E.; van Gunsteren, W. F. Chem. Phys. Lett. 1993, 275, 315.
18. van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Hünenberger, P. H.; Krüger, P.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tironi, I. G. Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide; vdf Hochschulverlang: Zürich, Switzerland, 1996.
19. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361.
20. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J.; J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N. Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V. Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, H.; Hada, M. Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E. Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J. Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R. Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A. Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D. Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G. Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A. Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
21. Sinicropi, A.; Pischel, U.; Basosi, R.; Nau, W. M.; Olivucci, M. Angew. Chem. Int. Ed. 2000, 39, 4582.
22. Jorgensen, W. L. Encyclopedia of Computational Chemistry; Wiley: New York, 1998.
23. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
24. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 13, 43.
25. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306.
26. Hess, B. J. Chem. Phys. 2002, 116, 209.
27. Daura, X.; Jaun, B.; Seebach, D.; van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. J. Mol. Biol. 1998, 280, 925.
28. Smith, L. J.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. Proteins: Struct., Fund., Genet. 2002, 48, 487.
29. Sahoo, H.; Roccatano, D.; Zacharias, M.; Nau, W. M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 8118.
30. Lapidus, L. J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. J. Mol. Biol. 2002, 319, 19.
31. Portman, J. J. J. Chem. Phys. 2003, 118, 2381.
32. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Collman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
33. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, D. B.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
34. Wang, X.; Bodunov, E. N.; Nau, W. M. Opt. Spectrosc. 2003, 25, 560.
35. Nau, W. M.; Greiner, G.; Rau, H.; Olivucci, M.; Robb, M. A. Ber. Bunsen-Ces. 1998, 702, 486.
36. The error of this rate constant, estimated from the error bars in the graphical representation of the scaled rate data (value for n = 4 in Figure 3 of ref 1), isca. 10%.
37. Daidone, F. S.; Roccatano, D.; Broglia, R. A.; Tiana, G.; Colombo, G.; DiNola, A. Proteins: Struct., Fund., Bioinf. 2004, 57, 198.
38. van Gunsteren, W. F.; Bakowies, D.; Baron, R.; Chandrasekhar, I.; Christen, M.; Daura, X.; Gee, P.; Geerke, D. P.; Glättli, A.; Hünenberger, P. H.; Kastenholz, M. A.; Oostenbrink, C.; Schenk, M.; Trzesniak, D.; van der Vegt, N. F. A.; Yu, H. B. Angew. Chem. Int. Ed. 2006, 45, 4064.
39. Klapstein, D.; Pischel, U.; Nau, W. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11349.
40. -1 (r = 0.975, n = 3).
41. Hagen, S. J.; Hofrichter, J.; Szabo, A.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 11615.
42. Munoz, V.; Thompson, P. A.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Nature 1997, 390, 196.
43. Eaton, W. A.; Munoz, V.; Thompson, P. A.; Henry, E. R.; Hofrichter, J. Acc. Chem. Res. 1998, 31, 745.
44. Gruebele, M. Annu. Rev. Phys. Chem. 1999, 50, 485.
45. Eaton, W. A.; Munoz, V.; Hagen, S. J.; Jas, G. S.; Lapidus, L. J.; Henry, E. R.; Hofrichter, J. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000, 29, 327.
46. Hagen, S. J.; Carswell, C. W.; Sjolander, E. M. J. Mol. Biol. 2001, 305, 1161.
47. Sadqi, M.; Fushman, D.; Munoz, V. Nature 2006, 442, 317.