Modeling of the Zn2+ binding in the 1-16 region of the amyloid β peptide involved in Alzheimer's disease

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 30, 2009, Pages 6468-6481

  Furlan, Sara ^a   La Penna, Giovanni ^a  

^a CNR   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMYLOID BETA PROTEIN; HISTIDINE; LIGAND; PEPTIDE; TYROSINE; ZINC;

ALZHEIMER DISEASE; ARTICLE; BINDING SITE; BIOPHYSICS; CHEMISTRY; CONFORMATION; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; MONTE CARLO METHOD; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PHYSICAL CHEMISTRY; PROTEIN BINDING;

ALZHEIMER DISEASE; AMYLOID BETA-PEPTIDES; BINDING SITES; BIOPHYSICS; CHEMISTRY, PHYSICAL; HISTIDINE; HUMANS; LIGANDS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MOLECULAR CONFORMATION; MONTE CARLO METHOD; PEPTIDES; PROTEIN BINDING; TYROSINE; ZINC;

EID: 68849100968     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b822771c     Document Type: Article

References (62)

1. D. J. Selkoe Science 2002 298 289 791
2. G. G. Glenner C. W. Wong Biochem. Biophys. Res. Commun. 1984 120 885 890
3. C. L. Masters G. Simms N. A. Weinman G. Multhaup K. McDonald B. L. Beyreuther Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1985 82 4245 4249
4. M. A. Lovell J. D. Robertson W. J. Teesdale J. L. Campbell W. R. Markesbery J. Neurol. Sci. 1998 158 47 52
5. F. Li N. Y. Calingasan F. Yu W. M. Mauck M. Toidze C. G. Almeida R. H. Takahashi G. A. Carlson M. Flint Beal M. T. Lin G. K. Gouras J. Neurochem. 2004 89 1308 1312
6. L. M. Miller Q. Wang T. P. Telivala R. J. Smith A. Lanzirotti J. Miklossy J. Struct. Biol. 2008 155 30 37
7. K. J. Barnham A. I. Bush Curr. Opin. Chem. Biol. 2008 12 222 228
8. P. Faller C. Hureau Dalton Trans. 2009
9. C. S. Atwood R. C. Scarpa X. Huang R. D. Moir W. D. Jones D. P. Fairlie R. E. Tanzi A. I. Bush J. Neurochem. 2000 75 1219 1233
10. P. Sengupta K. Garai B. Sahoo Y. Shi D. J. E. Callaway S. Maiti Biochemistry 2003 42 10506 10513
11. X. Huang C. S. Atwood R. D. Moir M. A. Hartshorn R. E. Tanzi A. I. Bush JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2004 9 954 960
12. D. J. Selkoe Physiol. Rev. 2001 81 741 766
13. J. Hardy D. J. Selkoe Science 2002 297 353 356
14. W. Klein W. Stine D. Teplow Neurobiol. Aging 2004 25 569 580
15. C. Haass D. J. Selkoe Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007 8 101 112
16. C. J. Frederickson Int. Rev. Neurobiol. 1989 31145 311238
17. A. I. Bush Neurobiol. Aging 2002 23 1031 1038
18. P. J. Crouch D. J. Tew T. Du D. N. Nguyen A. Caragounis G. Filiz R. E. Blake I. A. Trounce C. P. W. Soon K. Laughton K. A. Perez Q.-X. Li R. A. Cherny C. L. Masters K. J. Barnham A. R. White J. Neurochem. 2009 108 1198 1207
19. M. P. Cuajungco K. Y. Fagét Brain Res. Rev. 2003 41 44 56
20. J. Danielsson R. Pierattelli L. Banci A. Gräslund FEBS J. 2007 274 46 59
21. V. Minicozzi F. Stellato M. Comai M. Dalla Serra C. Potrich W. Meyer-Klaucke S. Morante J. Biol. Chem. 2008 283 10784 10792
22. Y. Mekmouche Y. Coppel K. Hochgräfe L. Guilloreau C. Talmard H. Mazarguil P. Faller ChemBioChem 2005 6 1663 1671
23. C. D. Syme J. H. Viles Biochim. Biophys. Acta: Prot. Proteom. 2006 1764 246 256
24. S. Zirah S. A. Kozin A. K. Mazur A. Blond M. Cheminant I. Ségalas-Milazzo P. Debey S. Rebuffat J. Biol. Chem. 2006 281 2151 2161
25. C. Talmard A. Bouzan P. Faller Biochemistry 2007 46 13658 13666
26. C. C. Curtain F. Ali I. Volitakis R. A. Cherny R. S. Norton K. Beyreuther C. J. Barrow C. L. Masters A. I. Bush K. J. Barnham J. Biol. Chem. 2001 276 20466 20473
27. S. Zirah S. Rebuffat S. A. Kozin P. Debey F. Fournier D. Lesage J.-C. Tabet Int. J. Mass Spectrom. 2003 228 999 1016
28. R. Car M. Parrinello Phys. Rev. Lett. 1985 55 2471 2474
29. P. Giannozzi F. De Angelis R. Car J. Chem. Phys. 2004 120 5903 5915
30. H. M. Senn W. Thiel Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 1198 1229
31. N. Gresh A. Cisneros T. A. Darden J.-P. Piquemal J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1960 1986
32. G. La Penna J. Chem. Phys. 2003 119 8162 8174
33. G. La Penna S. Morante A. Perico G. C. Rossi J. Chem. Phys. 2004 121 10725 10741
34. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. J. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
35. A. E. Garcia K. Y. Sanbonmatsu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 2782 2787
36. L. Banci P. Carloni G. La Penna P. L. Orioli J. Am. Chem. Soc. 1992 114 6994 7001
37. Y.-P. Pang K. Xu J. El Yazal F. G. Prendergast Protein Sci. 2000 9 1857 1865
38. G. Cui B. Wang K. M. Merz Biochemistry 2005 44 16513 16523
39. D. Frenkel and B. Smit, Understanding Molecular Simulation, Academic Press, San Diego, USA, 1996
40. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. J. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
41. D. van der Spoel E. Lindahl B. Hess G. Groenhof A. E. Mark H. J. C. Berendsen J. Comput. Chem. 2005 26 1701 1718
42. S. Baroni, A. Dal Corso, S. de Gironcoli, P. Giannozzi, C. Cavazzoni, G. Ballabio, S. Scandolo, G. Chiarotti, P. Focher, A. Pasquarello, K. Laasonen, A. Trave, R. Car, N. Marzari and A. Kokalj, http://www.quantum-espresso.org
43. D. Vanderbilt Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1990 41 7892 7895
44. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865 3868
45. J.-P. Piquemal A. Marquez O. Parisel C. Giessner-Prettre J. Comput. Chem. 2005 26 1052 1062
46. S. Nosé Mol. Phys. 1984 52 255 268
47. R. F. W. Bader, Atoms in Molecules - A Quantum Theory, Oxford University Press, Oxford, UK, 1990
48. E. Sanville S. D. Kenny R. Smith G. Henkelman J. Comput. Chem. 2007 28 899 908
49. T. Ooi M. Oobatake G. Némethy H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987 84 3086 3090
50. A. Nicholls B. Honig J. Comput. Chem. 1991 12 435 445
51. W. Rocchia S. Sridharan A. Nicholls E. Alexov A. Chiabrera B. Honig J. Comput. Chem. 2002 23 128 137
52. S. Furlan G. La Penna A. Perico Macromolecules 2008 41 2938 2948
53. F. Eisenhaber P. Lijnzaad P. Argos C. Sander M. Scharf J. Comput. Chem. 1995 16 273 284
54. S. Furlan G. La Penna L. Banci C. Mealli J. Phys. Chem. B 2007 111 1157 1164
55. S. Furlan G. La Penna F. Guerrieri S. Morante G. C. Rossi JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2007 12 571 583
56. C. S. Burns E. Aronoff-Spencer C. M. Dunham P. Lario N. I. Avdievich W. E. Antholine M. M. Olmstead A. Vrielink G. J. Gerfen J. Peisach W. G. Scott G. L. Millhauser Biochemistry 2002 41 3991 4001
57. V. Pradines A. J. Stroia P. Faller New J. Chem. 2008 32 1189 1194
58. F. H. Allen Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci. 2002 58 380
59. S. Karlin Z.-Y. Zhu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 14231 14236
60. A. Golovin D. Dimitropoulos T. Oldfield A. Rachedi K. Henrick Proteins: Struct. Funct. & Bioinf. 2005 58 190 199
61. E. Gaggelli A. Janicka-Klos E. Jankowska H. Kozlowski C. Migliorini E. Molteni D. Valensin G. Valensin E. Wieczerzak J. Phys. Chem. B 2008 112 100 109
62. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 1 33 38