Evaluation of the ONIOM method for interpretation of infrared spectra of gas-phase molecules of biological interest

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 113, Issue 28, 2009, Pages 8020-8026

  Poully, Jean Christophe ^a   Grégoire, Gilles ^a   Schermann, Jean Pierre ^a  

^a UNIVERSITÉ PARIS 13   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGED GAS; COMPUTATIONAL EXPENSE; GAS PHASE MOLECULES; GLOBAL FACTORS; INFRARED SPECTRUM; IR SPECTRUM; LARGE SYSTEM; LOCAL SCALING; PREDICTION ACCURACY; RGD PEPTIDE; VANCOMYCIN;

AMINES; AMINO ACIDS; ATOMIC SPECTROSCOPY; ORGANIC ACIDS; SUGAR (SUCROSE); SUGARS;

INFRARED SPECTROSCOPY;

PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; EVALUATION; GAS; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; METHODOLOGY; PHASE TRANSITION; QUANTUM THEORY;

COMPUTER SIMULATION; GASES; PEPTIDES; PHASE TRANSITION; QUANTUM THEORY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED;

EID: 67650314399     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp901696d     Document Type: Article

References (66)

1. Maseras, F.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1170.
2. Assfeld, X.; Rivail, J. L. Chem. Phys. Lett. 1996, 263, 100.
3. Dapprich, S.; Komaromi, I.; Byun, K. S.; Morokuma, K.; Frisch, M. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1999, 461, 1.
4. Cerny, J.; Jurecka, P.; Hobza, P.; Valdes, H. J. Phys. Chem. A 2007, 777, 1146.
5. Walewski, L.; Bala, P.; Elstner, M.; Frauenheim, T.; Lesying, B. Chem. Phys. Lett. 2004, 397, 451.
6. Gerber, R. B.; Chaban, G. M.; Gregurick, S. K.; Brauer, B. Biopolymers 2003, 68, 370.
7. Brauer, B.; Chaban, G. M.; Gerber, R. B. Phys. Chem. Chem Phys. 2004, 6, 2543.
8. Rousseau, R.; Kleinscmidt, V.; Schmidt, U. W.; Marx, D. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 4804.
9. Nutt, D. R.; Meuwly, M. Proc. Natl. Acad Sei. U.S.A. 2004, 101, 5998.
10. Klähn, M.; Schlitter, J.; Gerwert, K. Biophys. J. 2005, 88, 3829.
11. Kinnaman, C. S.; Cremeens, M. E.; Romesberg, F. E.; Corcelli, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 728, 13334.
12. Tellez Soto, C. A.; Ramos, J. M.; Rianelli, R. S.; de Souza, M. C. B. V.; Ferreira, V. F. Spectrochim. Acta, Part A 2007, 67, 1080.
13. Pires, M. M.; DeTuri, V. F. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1073.
14. Yan, Y.; Krishnan, G. M.; Kühn, O. Chem. Phys. Lett. 2008, 464, 230.
15. Guardia, C. M. A.; Gonzalez Lebrero, M. C.; Bari, S. E.; Estrin, D. A. Chem. Phys. Lett. 2008, 463, 112.
16. Dedachi, K.; Ishikawa, Y.; Nakatsu, T.; Natsume, T.; Tsukamoto, T.; Kurita, N. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2008, 854, 70.
17. Linder, R.; Nispel, M.; Haber, T.; Kleinermanns, K. Chem. Phys. Lett. 2005, 409, 260.
18. Chin, W.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Mons, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1033.
19. de Vries, M. S.; Hobza, P. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 585.
20. Vaden, T. D.; de Boer, T. S. J. A.; Macleod, N. A.; Marzluff, E. M.; Simons, J. P.; Snoek, L. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 2549.
21. Kapota, C.; Lemaire, J.; Maitre, P.; Ohanessian, G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 726, 1836.
22. Gregoire, G.; Gaigeot, M. P.; Marinica, D. C.; Lemaire, J.; Schermann, J. P.; Desfrançois, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3082.
23. Polfer, N.; Oomens, J.; Suhai, S.; Paizs, B. J. Am Chem. Soc. 2007, 729, 5887.
24. Stearns, J. A.; Boyarkin, O. V.; Rizzo, T. R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 729, 13820.
25. de Vries, M.; Hobza, P. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 585.
26. Abo-Riziq, A.; Crews, B.; Callahan, M. P.; Grace, L.; de Vries, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 778, 5290.
27. Oomens, J.; Polfer, N.; Moore, D. T.; van der Meer, L.; Marshall, A. G.; Eyler, J. R.; Meijer, G.; von Helden, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 1345.
28. Walewski, L.; Bala, P.; Elstner, M.; Frauenheim, T.; Lesying, B. Chem. Phys. Lett. 2004, 397, 451.
29. Carauta, A. N. M.; de Carneiro, J. W.; Tellez Soto, C. A. Int. J. Quantum Chem. 2005, 103, 763.
30. Bouteiller, Y.; Gillet, J. C.; Gregoire, G.; Schermann, J. P. J. Phys. Chem. 2008, 772, 11656.
31. Tschumper, G. S.; Morokuma, K. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2002, 592, 137.
32. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J. J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.03; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
33. Farnik, M.; Steinbach, C.; Weimann, M.; Buck, U.; Borho, N.; Suhm, M. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 4614.
34. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. 2008, 772, 1320.
35. Chin, W.; Compagnon, I.; Dognon, J. P.; Canuel, C.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; von Helden, G.; Meijer, G.; Mons, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 727, 1388.
36. Chin, W.; Mons, M.; Dognon, J. P.; Mirasol, R.; Chass, G.; Dimicoli, I.; Piuzzi, F.; Butz, P.; Tardivel, B.; Compagnon, I.; von Helden, G.; Meijer, G. J. Phys. Chem. A 2005, 709, 5281.
37. Carcabal, P.; Hunig, I.; Gamblin, D. P.; Liu, B.; Jockusch, R. A.; Kroemer, R. T.; Snoek, L. C.; Fairbanks, A. J.; Davis, B. G.; Simons, J. P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 728, 1976.
38. Jockusch, R. A.; Kroemer, R. T.; Talbot, F. O.; Snoek, L. C.; Carcabal, P.; Simons, J. P.; Havenith, M.; Bakker, J. M.; Compagnon, I.; Meijer, G.; von Helden, G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 726, 5709.
39. Brutschy, B. Chem. Rev. 2000, 700, 3891.
40. Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2001, 705, 8827.
41. LeGreve, T. A.; Baquero, E. E.; Zwier, T. S. J. Am. Chem. Soc. 2007, 729, 4028.
42. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
43. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
44. Bruice, T. C.; Kahn, K. Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 540.
45. Luque, F. J.; Reuter, N.; Cartier, A.; Ruiz-Lopez, M. F. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 10923.
46. Wanno, B.; Ruangpornvisuti, V. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2004, 685, 57.
47. Hall, K. F.; Vreven, T.; Frisch, M.; Bearpark, M. J. J. Mol. Biol. 2008, 383, 106.
48. Vreven, T.; Morokuma, K.; Farkas, O.; Schlegel, H. B.; Frisch, M. J. Comput. Chem. 2003, 24, 760.
49. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 727, 17216.
50. Klähn, M.; Braun-Sand, S.; Rosta, E.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2005, 709, 15645.
51. Fornili, A.; Moreau, Y.; Sironi, M.; Assfeld, X. J. Comput. Chem. 2006, 27, 515.
52. Lemaire, J.; Boissel, P.; Heninger, M.; Mauclaire, G.; Bellec, G.; Mestdagh, H.; Simon, A.; Caer, S. L.; Ortega, J. M.; Glotin, F.; Maitre, P. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 273002.
53. Oomens, J.; Meijer, G.; von Helden, G. Int. J. Mass Spectrom. 2006, 249, 199.
54. Auernheimer, J.; Hersel, U.; Dahmen, C.; Kantlehner, M.; Jeschke, B.; Enderle, A.; Nies, B.; Goodman, S. L.; Kessler, H. Biopolymers 2003, 77, 402.
55. Grégoire, G.; Gaigeot, M. P.; Marinica, D. C.; Lemaire, J.; Schermann, J. P.; Desfrancois, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3082.
56. Heck, A. J. R.; Jorgensen, T. J. D. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 236, 11.
57. Yang, Z.; Vorpagel, E. R.; Laskin, J. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 13013.
58. Mac Aleese, L.; Simon, A.; McMahon, T. B.; Ortega, J. M.; Scuderi, D.; Lemaire, J.; Maitre, P. Int. J. Mass Spectrom. 2006, 249, 14.
59. Goodman, J. M.; Still, W. C. J. Comput. Chem. 1991, 72, 1110.
60. Mohamadi, F.; Richards, N. G. J.; Guida, W. C.; Liskamp, R.; Lipton, M.; Caufield, C.; Chang, G.; Hendrikson, T.; W. C., S. J. Comput. Chem. 1990, 77, 440.
61. Mohamadi, F.; Richards, N. G. J.; Guida, W. C.; Liskamp, R.; Lipton, M.; Caufield, C.; Chang, G.; Hendrickson, T.; Clark Still, W. J. Comput. Chem. 2004, 77, 440.
62. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1996, 77, 550.
63. Shenkin, P. S.; McDonald, D. Q. J. Comput. Chem. 1994, 8, 899.
64. Loll, P. J.; Bevivino, A. E.; Korty, B. D.; Axelsen, P. H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 779, 1516.
65. Bouteiller, Y.; Poully, J. C.; Desfrançois, C.; Grégoire, G. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 6301.
66. Magdo, I.; Nemeth, K.; Mark, F.; Hildebrandt, P.; Schaffner, K. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 289.