Ab initio kinetic simulation of gas-phase experiments: Tautomerization of cytosine and guanine

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 17, 2009, Pages 6140-6150

  Kosenkov, Dmytro ^a   Kholod, Yana ^a   Gorb, Leonid ^a,b   Shishkin, Oleg ^c   Hovorun, Dmytro M ^b   Mons, Michel ^d   Leszczynski, Jerzy ^a  

^a JACKSON STATE UNIVERSITY   (United States)

^b INSTITUTE OF MOLECULAR BIOLOGY AND GENETICS   (Ukraine)

^c INSTITUTE FOR SINGLE CRYSTALS   (Ukraine)

^d CEA SACLAY   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DESORPTION; PLASMA SIMULATION; POSITIVE IONS; PULSED LASER APPLICATIONS; THERMAL EVAPORATION;

AB INITIO; GASPHASE; KINETIC APPROACH; KINETIC SIMULATION; PRODUCT CONCENTRATION; TAUTOMERIZATION;

RATE CONSTANTS;

EID: 66349114066     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp810570w     Document Type: Article

References (48)

1. Mathews, C. K.; van Holde, K. E.; Ahem, K. G. Biochemistry, 3rd ed.; Addison-Wesley Longman: San Francisco, 1999.
2. Saenger, W. In Principles of Nucleic Acid Structure; Cantor, C. R., Ed.; Springer-Verlag: New York, 1984.
3. Watson, J. D.; Crick, F. H. C. Nature 1953, 171 (4361), 964.
4. Danilov, V. I.; Anisimov, V. M.; Kurita, N.; Hovorun, D. Chem. Phys. Lett. 2005, 412, 285.
5. Kwok, P. Y. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2001, 2, 235.
6. Vignal, A.; Milan, D.; SanCristobal, M.; Eggen, A. Genet., Set, Evol. 2002, 34 (3), 275.
7. Strazewski, P. Nucleic Acids Res. 1988, 16, 9377.
8. Topal, M. B.; Fresco, J. R. Nature 1976, 263, 285.
9. Szczesniak, M.; Szczepaniak, K.; Kwiatkowski, J. S.; KuBulat, K.; Person, W. B. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 8319.
10. Choi, M. Y.; Dong, F.; Miller, R. E. Philos. Trans. R. Soc. London, A 2005, 363, 393.
11. Choi, M. Y.; Miller, R. E. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7320.
12. Nk, E.; Muller, M.; Grace, L. I.; de Vries, M. S. Chem. Phys. Lett. 2002, 355, 59.
13. Nir, E.; Hiinig, I.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 4780.
14. Nir, E.; Plutzer, Ch.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. Eur. Phys. J. D 2002, 20 (3), 317.
15. Mons, M.; Dimicoli, I.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Elhanine, M. J. Phys. Chem. A 2002, 706 (20), 5088.
16. Mons, M.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 38.
17. Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5024.
18. Gorb, L.; Kaczmarek, A.; Gorb, A.; Sadlej, A. J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13770.
19. Gorb, L.; Podolyan, Y.; Dziekonski, P.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10119.
20. Shukla, M. K.; Leszczynski, J. Chem. Phys. Lett. 2006, 429, 261.
21. Hanus, M.; Ryjacek, F.; Kabelac, M.; Kubar, T.; Bogdan, T. V.; Trygubenko, S. A.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc; 2003, 125 (25), 7678.
22. Kosenkov, D.; Gorb, L.; Shishkin, O. V.; Sponer, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. B 2008, 112 (1), 150.
23. Sponer, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1994, 98, 3161.
24. Sponer, J.; Florian, J.; Hobza, P.; Leszczynski, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 827.v
25. Sponer, J.; Sponer, J. E.; Gorb, L.; Leszczynski, J.; Lippert, B. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 11406.
26. Yang, Z.; Rogers, M. T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2749.
27. Pugliesi, I.; Muller-Dethlefs, K. J. Phys. Chem. A 2006, 110 (48), 13045.
28. Hui, C.; Shuhua, L. J. Chem. Phys. 2006, 124, 154315.
29. Barbatti, M.; Lischka, H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130 (21), 6831.
30. Marian, C. M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 1545.
31. de Vries, M. Two step laser mass spectrometry of polymers. In Mass Spectrometry of Polymers; Montaudo, G., Latimer, R. P., Eds.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2001.
32. Hall, R. B. J. Phys. Chem. 1987, 91 (5), 1007.
33. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 708, 6908.
34. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007.
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R. ; Montgomery J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al.Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkai-a, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004.
36. Kosenkov, D. Kinetic Simulation (kTSim) Program, http://ww-w.ktsim.org.
37. Eyring, H.; Walter, J.; Kimball, G. Quantum Chemistry; John Wiley and Sons: New York, London, Sydney, 1944.
38. Press, W. H.; Flannery, B. P.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T. Numerical Recipes in C; Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 1988.
39. Kutta, M. W. Z. Math. Phys. 1901, 46, 435.
40. Runge, C. Math. Ann. 1895, 46, 167.
41. Dormand, J. R.; Prince, P. J. J. Comput. Appl. Math. 1980, 6 (1), 19.
42. Barker, D. L.; Marsh, R. E. Ada Crystallogr. 1964, 17, 1581.
43. Thewalt, U.; Bugg, C. E.; Marsh, R. E. Acta Crystallogr., B 1971, 27, 2358.
44. Guille, K.; Clegg, W. Acta Crystallogr., C 2006, 62, 515.
45. Nir, E.; Janzen, C.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 740.
46. Fogarasi, G. J. Phys. Chem. A 2002, 706 (7), 1381.
47. Bell, R. L.; Taveras, D. L.; Truong, T. N.; Simons, J. Int. J. Quantum Chem. 1997, 63 (4), 861.
48. Zhao, Y.; Gonzailez-Garda, N.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2005, 709 (9), 2012.