Nonadiabatic deactivation of 9H-adenine: A comprehensive picture based on mixed quantum-classical dynamics

Journal of the American Chemical Society

Volumn 130, Issue 21, 2008, Pages 6831-6839

  Barbatti, Mario ^a   Lischka, Hans ^a  

^a UNIVERSITY OF VIENNA   (Austria)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; PERTURBATION TECHNIQUES; QUANTUM CHEMISTRY;

QUANTUM CLASSICAL DYNAMICS; ULTRASHORT DEACTIVATION;

ORGANIC COMPOUNDS;

6 AMINOPYRIMIDINE; ADENINE; PYRIMIDINE DERIVATIVE;

ARTICLE; CHEMICAL INTERACTION; CHEMICAL REACTION; CHEMICAL STRUCTURE; QUANTUM MECHANICS; SIMULATION;

EID: 44349166259     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja800589p     Document Type: Article

References (62)

1. Kang, H.; Lee, K. T.; Jung, B.; Ko, Y. J.; Kim, S. K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12958-12959.
2. Kang, H.; Jung, B.; Kim, S. K. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6717-6719.
3. Ullrich, S.; Schultz, T.; Zgierski, M. Z.; Stolow, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2262-2263.
4. Canuel, C.; Mons, M.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Dimicoli, I.; Elhanine, M. J. Chem. Phys. 2005, 122, 074316.
5. Satzger, H.; Townsend, D.; Stolow, A. Chem. Phys. Lett. 2006, 430, 144-148.
6. Satzger, H.; Townsend, D.; Zgierski, M. Z.; Patchkovskii, S.; Ullrich, S.; Stolow, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 10196-10201.
7. Chin, C. H.; Mebel, A. M.; Kim, G. S.; Baek, K. Y.; Hayashi, M.; Liang, K. K.; Lin, S. H. Chem. Phys. Lett. 2007, 445, 361-369.
8. Crespo-Hernández, C. E.; Cohen, B.; Hare, P. M.; Kohler, B. Chem. Rev. 2004, 104, 1977-2019.
9. Blancafort, L.; Cohen, B.; Hare, P. M.; Kohler, B.; Robb, M. A. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 4431-4436.
10. Chen, H.; Li, S. H. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 8443-8446.
11. Marian, C. M. J. Chem. Phys. 2005, 122, 104314.
12. Nielsen, S. B.; Solling, T. I. ChemPhysChem 2005, 6, 1276-1281.
13. Perun, S.; Sobolewski, A. L.; Domcke, W. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6257-6265.
14. Perun, S.; Sobolewski, A. L.; Domcke, W. Chem. Phys. 2005, 313, 107-112.
15. Serrano-Andrés, L.; Merchán, M.; Borin, A. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 8691-8696.
16. Blancafort, L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 210-219.
17. Sobolewski, A. L.; Domcke, W. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 369-374.
18. Chung, W. C.; Lan, Z. G.; Ohtsuki, Y.; Shimakura, N.; Domcke, W.; Fujimura, Y. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 2075-2084.
19. Nix, M. G. D.; Devine, A. L.; Cronin, B.; Ashfold, M. N. R. J. Chem. Phys. 2007, 126, 124312-10.
20. Serrano-Andrés, L.; Merchán, M.; Borin, A. C. Chem. Eur. J. 2006, 12, 6559-6571.
21. Clark, L. B.; Peschel, G. G.; Tinoco, I. J. Phys. Chem. 1965, 69, 3615-3618.
22. Li, L.; Lubman, D. M. Anal. Chem. 1987, 59, 2538-2541.
23. Kim, N. J.; Jeong, G.; Kim, Y. S.; Sung, J.; Kim, S. K.; Park, Y. D. J. Chem. Phys. 2000, 113, 10051-10055.
24. Kim, N. J.; Kang, H.; Jeong, G.; Kim, Y. S.; Lee, K. T.; Kim, S. K. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6552-6557.
25. Nir, E.; Plutzer, C.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 317-329.
26. Kim, N. J.; Kang, H.: Park, Y. D.; Kim, S. K. Phys. Chem. Chem, Phys. 2004, 6, 2802-2805.
27. Broo, A.; Holmen, A. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3589-3600.
28. Fleig, T.; Knecht, S.; Hättig, C. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5482-5491.
29. Fulscher, M. P.; Serrano-Andres, L.; Roos, B. O. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6168-6176.
30. Matsika, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 7538-7545.
31. Barbatti, M.; Lischka, H. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2852-2858.
32. Ghigo, G.; Roos, B. O.; Malmqvist, P.-A. Chem. Phys. Lett. 2004, 396, 142-149.
33. Cremer, D.; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 1354-1358.
34. Boeyens, J. C. A. J. Chem. Crystallogr. 1978, 8, 317-320.
35. Fogarasi, G.; Zhou, X. F.; Taylor, P. W.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 8191-8201.
36. Granucci, G.; Persico, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 134114-11.
37. Tully, J. C. J. Chem. Phys. 1990, 93, 1061-1071.
38. Hammes-Schiffer, S.; Tully, J. C. J. Chem. Phys. 1994, 101, 4657-4667.
39. Barbatti, M.; Granucci, G.; Persico, M.; Ruckenbauer, M.; Vazdar, M.; Eckert-Maksic, M.; Lischka, H. J. Photochem. Photobiol. A: Chem. 2007, 190, 228.
40. Warshel, A. Nature 1976, 260, 679-683.
41. Lischka, H.; Shepard, R.; Brown, F. B.; Shavitt, I. Int. J. Quantum Chem. 1981, S.15, 91-100.
42. Lischka, H.; Shepard, R.; Pitzer, R. M.; Shavitt, I.; Dallos, M.; Müller, T.; Szalay, P. G.; Seth, M.; Kedziora, G. S.; Yabushita, S.; Zhang, Z. Y. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 664-673.
43. Lischka, H.; Shepard, R.; Shavitt, I.; Pitzer, R. M.; Dallos, M.; Mueller, T.; Szalay, P. G.; Brown, F. B.; Ahlrichs, R.; Boehm, H. J.; Chang, A.; Comeau, D. C.; Gdanitz, R.; Dachsel, H.; Ehrhardt, C.; Ernzerhof, M.; Hoechtl, P.; Irle, S.; Kedziora, G.; Kovar, T.; Parasuk, V.; Pepper, M. J. M.; Scharf, P.; Schiffer, H.; Schindler, M.; Schueler, M.; Seth, M.; Stahlberg, E. A.; Zhao, J.-G.; Yabushita, S.; Zhang, Z.; Barbatti, M.; Matsika, S.; Schuurmann, M.; Yarkony, D. R.; Brozell, S. R.; Beck, E. V.; Blaudeau, J.-P. COLUMBUS, an ab Initio Electronic Structure Program, release 5.9.1; 2006, www.univie.ac.at/ columbus.
44. Karlström, G.; Lindh, R.; Malmqvist, P. A.; Roos, B. O.; Ryde, U.; Veryazov, V.; Widmark, P. O.; Cossi, M.; Schimmelpfennig, B.; Neogrady, P.; Seijo, L. Comput. Mater. Sci. 2003, 28, 222-239.
45. Barbatti, M.; Granucci, G.; Lischka, H.; Ruckenbauer, M.; Persico, M. NEWTON-X: a Package for Newtonian Dynamics Close to the Crossing Seam, version 0.14b; 2007, www.univie.ac.at/newtonx.
46. Shepard, R.; Lischka, H.; Szalay, P. G.; Kovar, T.; Ernzerhof, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 2085-2098.
47. Shepard, R. In Modern Electronic Structure Theory; Yarkony, D. R., Ed.; World Scientific: Singapore, 1995; Vol. 1, p 345.
48. Lischka, H.; Dallos, M.; Shepard, R. Mol. Phys. 2002, 100, 1647-1658.
49. Dallos, M.; Lischka, H.; Shepard, R.; Yarkony, D. R.; Szalay, P. G. J. Chem. Phys. 2004, 120, 7330-7339.
50. Lischka, H.; Dallos, M.; Szalay, P. G.; Yarkony, D. R.; Shepard, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 7322-7329.
51. Spek, A. L. J. Appl. Crystallogr. 2003, 36, 7-13.
52. Davidson, E. R.; Jarzecki, A. A. Chem. Phys. Lett. 1998, 285, 155-159.
53. Müller, T.; Dallos, M.; Lischka, H. J. Chem. Phys. 1999, 110, 7176-7184.
54. Bomble, Y. J.; Sattelmeyer, K. W.; Stanton, J. F.; Gauss, J. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5236-5240.
55. Barbatti, M.; Ruckenbauer, M.; Szymczak, J. J.; Aquino, A. J. A.; Lischka, H. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 482.
56. Barbatti, M.; Sellner, B.; Aquino, A. J. A.; Lischka, H. In Radiation Induced Molecular Phenomena in Nucleic Acid; Shukla, M. K., Leszczynski, J., Eds.; Springer: Dordrecht, The Netherlands, 2008.
57. Zechmann, G.; Barbatti, M. Int. J. Quantum Chem. 2008, 108, 1266.
58. Barbatti, M.; Vazdar, M.; Aquino, A. J. A.; Eckert-Maksic, M.; Lischka, H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 164323.
59. Sobolewski, A. L.; Domcke, W.; Dedonder-Lardeux, C.; Jouvet, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1093-1100.
60. Barbatti, M.; Aquino, A. J. A.; Lischka, H. Mol. Phys. 2006, 104, 1053-1060.
61. Zechmann, G.; Barbatti, M.; Lischka, H.; Pittner, J.; Bonačić-Koutecký, V. Chem. Phys. Lett. 2006, 418, 377-382.
62. Barbatti, M.; Aquino, A. J. A.; Lischka, H. Chem. Phys. 2008, in press (doi: 10.1016/j.chemphys.2008.02.007).