Excited-state ab initio calculations and multidimensional franck-condon simulations on guanine

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 48, 2006, Pages 13045-13057

  Pugliesi, Igor ^a   Müller Dethlefs, Klaus ^a,b  

^a UNIVERSITY OF YORK   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; DNA; MOLECULAR STRUCTURE; MOLECULAR VIBRATIONS; OPTIMIZATION;

CONICAL INTERSECTIONS; HARMONIC APPROXIMATION; VIBRONIC FEATURES;

ALCOHOLS;

GUANINE; ION;

ARTICLE; BIOLOGY; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; VIBRATION;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; COMPUTER SIMULATION; GUANINE; IONS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; VIBRATION;

EID: 33846058424     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp062494d     Document Type: Article

References (42)

1. Robertson, E. G.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1.
2. Chin, W.; Mons, M.; Dognon, J.-P.; Piuzz, F.; Tardivel, B.; Dimicoli, I. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 10, 2700.
3. Nir, E.; Janzen, Ch.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 732.
4. Nir, E.; Janzen, Ch.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 740.
5. Nir, E.; Hünig, I.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 4780.
6. Nir, E.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8091.
7. Nir, E.; Hünig, I.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Chem. Phys. Chem. 2004, 5, 131.
8. Bakker, J. M.; Compagnon, I.; Meijer, G.; Helden, G. v.; Kabeláč, M.; Hobza, P.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2810.
9. Schumm, S.; Gerhards, M.; Kleinermanns, K. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 10648.
10. Spangenberg, D.; Imhof, P.; Kleinermanns, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 2505.
11. Pugliesi, I.; Müller-Dethelfs, K. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 4657.
12. Pugliesi, I.; Watkins, M. J.; Müller-Dethelfs, K. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 4668.
13. Nir, E.; Janzen, Ch.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. J. Chem. Phys. 2001, 115, 4604.
14. Piuzzi, F.; Mons, M.; Dimicoli, I.; Tardivel, B.; Zhao, Q. Chem. Phys. 2001, 270, 205.
15. Mons, M.; Dimicoli, I.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Elhanine, M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 5088.
16. Petke, J. D.; Maggiora, G. M.; Christoffersen, R. F. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5452.
17. Fulscher, M. P.; Serrano-Andres, L.; Roos, B. O. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6168.
18. Langer, H.; Doltsinis, N. L. J. Chem. Phys. 2003, 118, 5400.
19. Callis, P. R.; Vivian, J. T.; Slater, L. S. Chem. Phys. Lett. 1995, 244, 53.
20. Seefeld, K. A.; Plützer, Ch.; Löwenich, D.; Häber, T.; Linder, R.; Kleinermanns, K.; Tatchen, J.; Marian, Ch. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3021.
21. Doktorov, E. V.; Malkin, I. A.; Man'ko V. I. J. Mol. Spectrosc. 1976, 64, 359.
22. Ismail, N.; Blancafort, L.; Olivucci, M.; Kohler, B.; Robb, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6818.
23. MOLPRO, version 2002.6, a package of ab initio programs designed by Werner, H.-J. and Knowles, P. J. with contributions from Amos, R. D.; Bernhardsson, A.; Berning, A.; Celani, P.; Cooper, D. L.; Deegan, M. J. O.; Dobbyn, A. J.; Eckert, F.; Hampel, C.; Hetzer, G.; Korona, T.; Lindh, R.; Lloyd, A. W.; McNicholas, S. J.; Manby, F. R.; Meyer, W.; Mura, M. E.; Nicklass, A.; Palmieri, P.; Pitzer, R.; Rauhut, G.; Schütz, M.; Schumann, U.; Stoll, H.; Stone, A. J.; Tarroni, R.; Thorsteinsson, T.
24. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A.; Vreven, T., Jr.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
25. Florian, J.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3010.
26. Hobza, P.; Šponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247.
27. Shukla, M. K.; Leszczynski, J. Computational Chemistry: Reviews of Current Trends; Leszczynski, J., Ed.; World Scientific: 2003; Vol. 8, Chapter 6, p 249.
28. Chen, H.; Li, S. J. Chem. Phys. 2006, 124, 154315.
29. Chin, W.; Mons, M.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Dimicoli, I.; Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 8237.
30. Hanus, M.; Ryjáček, F.; Kabeláč, M.; Kubař, T.; Bogdan, T. V.; Trygubenko, S. A.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7678.
31. Broo, A.; Holmén, A. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 5088.
32. Berden, G.; Meerts, W. L.; Jalviste, E. J. Chem. Phys. 1995, 103, 9596.
33. Chin, W.; Mons, M.; Dimicoli, I.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Elhanine, M. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 347.
34. Marian, C. M. J. Chem. Phys. 2005, 122, 104314.
35. Kang, H.; Lee, K. T.; Jung, B.; Ko, Y. J.; Kim, S. K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12958.
36. Crews, B.; Abo-Riziq, A.; Grace, L.; Callahan, M.; Kabeláč, M.; Hobza, P.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3015.
37. Lee, K. T.; Sung, J.; Lee, K. J.; Kim, S. K.; Park, Y. D. J. Chem. Phys. 2002, 116, 8251.
38. Plützer, Chr.; Kleinermanns, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 4877.
39. Nir, E.; Müller, M.; Grace, L. I.; de Vries, M. S. Chem. Phys. Lett. 2002, 355, 59.
40. Borrelli, R.; Peluso, A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 8437.
41. Kallush, S.; Segev, B.; Sergeev, A. V.; Heller, E. J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 6006.
42. Ullrich, S.; Schultz, T.; Zgiersky, M. Z.; Stolow, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2798.