Study of peptide transport through engineered protein channels

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 11, 2009, Pages 3572-3578

  Zhao, Qitao ^a   Jayawardhana, Dilani A ^a   Wang, Deqiang ^a   Guan, Xiyun ^a  

^a UNIVERSITY OF TEXAS AT ARLINGTON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINATION; AMINO ACIDS; AROMATIC COMPOUNDS; AROMATIZATION; ASSOCIATION REACTIONS; BINDING ENERGY; BINDING SITES; DISSOCIATION; ORGANIC ACIDS; PEPTIDES; RATE CONSTANTS; VAN DER WAALS FORCES;

AROMATIC AMINO ACIDS; ASSOCIATION RATE CONSTANTS; BINDING AFFINITIES; BIOLOGICAL PROCESS; COST-EFFECTIVE METHODS; DISSOCIATION RATE CONSTANTS; DWELL TIME; FORMATION CONSTANTS; OVERALL REACTIONS; PEPTIDE DETECTIONS; PEPTIDE LENGTHS; PEPTIDE TRANSPORTS; PROTEIN CHANNELS; PROTEIN PORES; PROTEIN SEQUENCING; PROTEIN STRUCTURES; VAN DER WAALS VOLUMES;

AMINES;

EID: 65249122020     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp809842g     Document Type: Article

References (48)

1. Braha, O.; Walker, B.; Cheley, S.; Kasianowicz, J. J.; Song, L. Z.; Gouaux, J. E.; Bayley, H. Chem. Biol. 1997, 4, 497.
2. Gu, L. Q.; Cheley, S.; Bayley, H. J. Gen. Physiol. 2001, 118, 481.
3. Kang, X. F.; Gu, L. Q.; Cheley, S.; Bayley, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 1495.
4. Jung, Y.; Bayley, H.; Movileanu, L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15332.
5. Kuyucak, S.; Bastug, T. J. Biol. Phys. 2003, 29, 429.
6. Cheley, S.; Gu, L. Q.; Bayley, H. Chem. Biol. 2002, 9, 829.
7. Zhao, Q. T.; Jayawardhana, D. A.; Guan, X. Biophys. J. 2008, 94, 1267.
8. Braha, O.; Gu, L. Q.; Zhou, L.; Lu, X. F.; Cheley, S.; Bayley, H. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1005.
9. Guan, X.; Gu, L. Q.; Cheley, S.; Braha, O.; Bayley, H. ChemBio- Chem 2005, 6, 1875.
10. Movileanu, L.; Howorka, S.; Braha, O.; Bayley, H. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1091.
11. Wu, H. C.; Bayley, H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6813.
12. Meller, A.; Nivon, L.; Brandin, E.; Golovchenko, J.; Branton, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 1079.
13. Kasianowicz, J. J.; Brandin, E.; Deamer, D. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 13770.
14. Benner, S.; Chen, R. J.; Wilson, N.; AbuShuays, R.; Hurt, N.; Lieberman, K.; Deamer, D. W.; Dunbar, W. B.; Akeson, M. Nat. Nanotechnol. 2007, 2, 718.
15. Sutherlan, T. C.; Long, Y. T.; Stefureac, R. I.; Bediako-Amoa, I.; Kraatz, H. B.; Lee, J. S. Nano Lett. 2004, 4, 1273.
16. Stefureac, R.; Long, Y. T.; Kraatz, H. B.; Howard, P.; Lee, J. S. Biochemistry 2006, 45, 9172.
17. Movileanu, L.; Schmittschmitt, J. P.; Scholtz, J. M.; Bayley, H. Biophys. J. 2005, 89, 1030.
18. Wolfe, A. J.; Mohammad, M. M.; Cheley, S.; Bayley, H.; Movileanu, L. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14034.
19. Mohammad, M. M.; Movileanu, L. Eur. Biophys. J. 2008, 37, 913.
20. Rathert, P.; Dhayalan, A.; Murakami, M.; Zhang, X.; Tamas, R.; Jurkowska, R.; Komatsu, Y.; Shinkai, Y.; Cheng, X. D.; Jeltsch, A. Nat. Chem. Biol. 2008, 4, 344.
21. Asara, J. M.; Schweitzer, M. H.; Freimark, L. M.; Phillips, M.; Cantley, L. C. Science 2007, 316, 280.
22. Baker, D.; Sali, A. Science 2001, 294, 93.
23. Rajendran, L.; Schneider, A.; Schlechtingen, G.; Weidlich, S.; Ries, J.; Braxmeier, T.; Schwille, P.; Schulz, J. B.; Schroeder, C.; Simons, M.; Jennings, G.; Knölker, H. J.; Simons, K. Science 2008, 320, 520.
24. Barnham, K. J.; Kenche, V. B.; Ciccotosto, G. D.; Smith, D. P.; Tew, D. J.; Liu, X.; Perez, K.; Cranston, G. A.; Johanssen, T. J.; Volitakis, I.; Bush, A. I.; Masters, C. L.; White, A. R.; Smith, J. P.; Cherny, R. A.; Cappai, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 6813.
25. Hintersteiner, M.; Enz, A.; Frey, P.; Jaton, A. L.; Kinzy, W.; Kneuer, R.; Neumann, U.; Rudin, M.; Staufenbiel, M.; Stoeckli, M.; Wiederhold, K. H.; Gremlich, H. U. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 577.
26. Szegedi, V.; Juha'sz, G.; Ro'zsa, E' .; Juha'sz-Vedres, G.; Datki, Z.; Fülöp, L.; Bozso', Z.; Lakatos, A.; Laczko', I.; Farkas, T.; Kis, Z.; To'th, G.; Soo's, K.; Zara'ndi, M.; Budai, D.; Toldi, J.; Penke, B. FASEB J. 2006, 20, 1191.
27. Chen, C. T.; Wagner, H.; Still, W. C. Science 1998, 279, 851.
28. Koo, T.-W.; Chan, S.; Berlin, A. A. Opt. Lett. 2005, 30, 1024.
29. Kalkum, M.; Lyon, G. J.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 2795.
30. Villafranca, J. J. Techniques in protein chemistry II; Academic Press, Inc.: San Diego, CA, 1991.
31. Molle', D.; Morgan, F.; Bouhallab, S.; Le'onil, J. Anal. Biochem. 1998, 1, 152.
32. Lee, B.-S.; Krisnanchettiar, S.; Lateef, S. S.; Gupta, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 886.
33. Barrera, N. P.; Bartolo, N. D.; Booth, P. J.; Robinson, C. V. Science 2008, 321, 243.
34. Bayley, H.; Cremer, P. S. Nature 2001, 413, 226.
35. Song, L. Z.; Hobaugh, M. R.; Shustak, C.; Cheley, S.; Bayley, H.; Gouaux, J. E. Science 1996, 274, 1859.
36. Cheley, S.; Braha, O.; Lu, X.; Conlan, S.; Bayley, H. Protein Sci. 1999, 8, 1257.
37. Xie, H.; Braha, O.; Gu, L. Q.; Cheley, S.; Bayley, H. Chem. Biol. 2005, 12, 109.
38. Montal, M.; Mueller, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1972, 69, 3561.
39. Hille, B. Ion channels of excitable membranes, 3rd ed.; Sinauer: Sunderland, MA, 2001.
40. Wolfgang, R. B.; Walter, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 11446.
41. Movileanu, L.; Cheley, S.; Bayley, H. Biophys. J. 2003, 85, 897.
42. Kasianowicz, J. J.; Nguyen, T. L.; Stanford, V. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 11431.
43. Zamyatnin, A. A. Biophys. Mol. Biol. 1972, 24, 107.
44. Gu, L. Q.; Serra, M. D.; Vincent, J. B.; Vigh, G.; Cheley, S.; Braha, O.; Bayley, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 3959.
45. Vlassiouk, I.; Smirnov, S.; Siwy, Z. Nano Lett. 2008, 8, 1978.
46. Gu, L. Q.; Cheley, S.; Bayley, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15498.
47. Kang, X. F.; Cheley, S.; Rice-Ficht, A. C.; Bayley, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4701.
48. White, R. J.; Ervin, E. N.; Yang, T.; Chen, X.; Daniel, S.; Cremer, P. S.; White, H. S. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11766.