Offline and online liquid chromatography mass spectrometry in quantitative proteomics

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 12, Issue 2, 2009, Pages 185-193

  Bereszczak, Jessica Z ^a   Brancia, Francesco L ^a  

^a Shimadzu Research Laboratory   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYTIC METHOD; AUTOMATION; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN GLYCOSYLATION; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; REVIEW; ROBOTICS; CHEMISTRY; INSTRUMENTATION; METHODOLOGY; ONLINE SYSTEM; STAINING;

PROTEIN;

CHROMATOGRAPHY, LIQUID; MASS SPECTROMETRY; ONLINE SYSTEMS; PROTEINS; PROTEOMICS; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION; STAINING AND LABELING;

EID: 64549140318     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138620709787315418     Document Type: Review

References (64)

1. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C.M. Science, 1989, 246, 64.
2. Tanaka, K.; Waki, H.; Ido, Y.; Akita, S.; Yoshida, Y.; Yoshida, T. Rapid Commun. Mass Spectrom., 1988, 2, 151.
3. Karas, M.; Bachmann, D.; Bahr U.; Hillenkamp, F. Int. J. Mass Spectrom., 1987, 78, 53.
4. Wall, D. B.; Berger, S. J.; Finch, J. W.; Cohen, S. A.; Richardson, K.; Chapman, R.; Drabble, D.; Brown, J.; Gostick, D. Electrophoresis, 2002, 23, 3193.
5. Fung, K.Y. C.; Askovic, S.; Basile, F.; Duncan, M.W. Proteomics, 2004, 4, 3121.
6. Chen, H.; Rejtar, T.; Andreev, V.; Moskovets, E.; Karger, B.L. Anal. Chem., 2005, 77, 2323.
7. Nagele, E.; Vollmer M. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2004, 18, 3008.
8. Tegeler, T. J.; Mechref, Y.; Boraas, K.; Reilly, J. P.; Novotny, M.V. Anal. Chem., 2004, 76, 6698.
9. Miliotis, T.; Kjellstrom, S.; Nilsson, J.; Laurell, T.; Edholm, L. E.; Marko-Varga, G. J. Mass Spectrom., 2000, 35, 369.
10. Ericson, C.; Phung, Q. T.; Horn, D. M.; Peters, E. C.; Fitchett, J. R.; Ficarro, S. B.; Salomon, A. R.; Brill, L. M.; Brock, A. Anal. Chem., 2003, 75, 2309.
11. Bogan, M. J.; Agnes, G.R. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2004, 18, 2673.
12. Young, J. B.; Li, L.J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2006, 17, 325.
13. Zhang, B.; McDonald, C.; Li, L. Anal. Chem., 2004, 76, 992.
14. Hanton, S. D.; Liu, X.M. Anal. Chem., 2000, 72, 4550.
15. Mirgorodskaya, E.; Braeuer, C.; Fucini, P.; Lehrach, H.; Gobom, J. Proteomics, 2005, 5, 399.
16. Young, J. B.; Li, L. Anal. Chem., 2007, 79, 5927.
17. Orsnes, H.; Graf, T.; Degn, H.; Murray, K.K. Anal. Chem., 2000, 72, 251.
18. Zhang, X.; Narcisse, D. A.; Murray, K.K. J. Am. Soc. Mass Spec- trom., 2004, 15, 1471.
19. Krause, E.; Wenschuh, H.; Jungblut, P.R. Anal. Chem., 1999, 71, 4160.
20. Brancia, F. L.; Oliver, S. G.; Gaskell, S.J. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2000, 14, 2070.
21. Lecchi, P.; Olson, M.; Brancia, F.L. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2005, 16, 1269.
22. Krokhin, O. V.; Li, Y.; Andonov, A.; Feldmann, H.; Flick, R.; Jones, S.; Stroeher, U.; Bastien, N.; Dasuri, K.V. N.; Cheng, K. D.; Simonsen, J. N.; Perreault, H.; Wilkins, J.; Ens, W.; Plummer, F.; Standing, K.G. Mol. Cell Proteomics., 2003, 2, 346.
23. Krokhin, O. V.; Ens, W.; Standing, K.G. J. Biomol. Tech., 2005, 16, 429.
24. Krokhin, O. V.; Ens, W.; Standing, K. G.; Wilkins, J.; Perreault, H. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2004, 18, 2020.
25. Brancia, F. L.; Bereszczak, J. Z.; Lapolla, A.; Fedele, D.; Baccarin, L.; Seraglia, R., Traldi, P. J. Mass Spectrom., 2006, 41, 1179.
26. Zhang, N.; Li, N.; Li, L. J. Proteome Res., 2004, 3, 719.
27. Bykova, N. V.; Rampitsch, C.; Krokhin, O.; Standing, K. G.; Ens, W. Anal. Chem., 2006, 78, 1093.
28. Krokhin, O. V.; Antonovici, M.; Ens, W.; Wilkins, J. A.; Standing, K.G. Anal. Chem., 2006, 78, 6645.
29. Krokhin, O. V.; Ens, W.; Standing, K.G. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2003, 17, 2528.
30. Krokhin, O. V.; Craig, R.; Spicer, V.; Ens, W.; Standing, K. G.; Beavis, R. C.; Wilkins, J.A. Mol. Cell Proteomics., 2004, 3, 908.
31. Krokhin, O.V. Anal. Chem., 2006, 78, 7785.
32. Krokhin, O. V.; Ying, S.; Cortens, J. P.; Ghosh, D.; Spicer, V.; Ens, W.; Standing, K. G.; Beavis, R. C.; Wilkins, J.A. Anal. Chem., 2006, 78, 6265.
33. Tripet, B.; Cepeniene, D.; Kovacs, J. M.; Mant, C. T.; Krokhin, O. V.; Hodges, R.S. J. Chrom., 2007, 1141, 212.
34. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aeber- sold, R. Nat. Biotechnol., 1999, 17, 994.
35. Griffin, T. J.; Gygi, S. P.; Rist, B.; Aebersold, R.; Loboda, A.; Jilkine, A.; Ens, W.; Standing, K.G. Anal. Chem., 2001, 73, 978.
36. Brancia, F. L.; Montgomery, H.; Tanaka, K.; Kumashiro, S. Anal. Chem., 2004, 76, 2748.
37. Brancia, F. L.; Bereszczak, J. Z.; Piatkowska, E.; Delneri, D. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2007, 21, 3069.
38. Rojas Quijano, F. A.; Morrow, D.; Wise, B. M.; Brancia, F. L.; Goux, W. J. Biochemistry., 2006, 45, 4638.
39. Bereszczak, J. Z.; Brancia, F. L.; Rojas Quijano, F. A.; Goux, W.J. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2007, 18, 201.
40. Ji, C.; Li, L. J. Proteome Res., 2005, 4, 734.
41. Hoyes, E.; Gaskell, S.J. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2001, 15, 1802.
42. Luo, Q.; Shen, Y.; Hixson, K. K.; Zhao, R.; Yang, F.; Moore, R. J.; Mottaz, H. M.; Smith, R.D. Anal. Chem., 2005, 77, 5028.
43. Swartz, M.E. Lc Gc North America 2005, 8.
44. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J.R. Anal. Chem., 2001, 73, 5683.
45. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Mor- ris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J.R. III Nat. Biotechnol., 1999, 17, 676.
46. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J.R. III Nat. Biotechnol., 2001, 19, 242.
47. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S.P. J. Proteome Res., 2003, 2, 43.
48. Gaspari, M.; Verhoeckx, K.C. M.; Verheij, E. R.; vanderGreef, J. Anal. Chem., 2006, 78, 2286.
49. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Vil- len, J.; Li, J. X.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S.P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004, 101, 12130.
50. Motoyama, A.; Venable, J. D.; Ruse, C. I.; Yates, J.R. Anal. Chem., 2006, 78, 5109.
51. Boersema, P. J.; Divecha, N.; Heck, A.J.R.; Mohammed, S. J. Pro- teome Res., 2007, 6, 937.
52. Marcus, K.; Schafer, H.; Klaus, S.; Bunse, C.; Swart, R.; Meyer, H.E. J. Proteome Res., 2007, 6, 636.
53. Pratt, J. M.; Robertson, D. H.; Gaskell, S. J.; Riba-Garcia, I.; Hub- bard, S. J.; Sidhu, K.; Oliver, S. G.; Butler, P.; Hayes, A.; Petty, J.; Beynon, R. J. Proteomics., 2002, 2, 157.
54. Beynon, R. J.; Pratt, J.M. Mol. Cell Proteomics., 2005, 4, 857.
55. Pasa, T. L.; Jensen, P. K.; Anderson, D. J.; Lipton, M. S.; Peden, K. K.; Martinovic, S.; Tolic, N.; Bruce, J. E.; Smith, R.D. J. Am. Chem. Soc., 1999, 121, 7949.
56. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics., 2002, 1, 376.
57. Brancia, F.L. Expert Rev. Proteomics., 2006, 3, 143.
58. Chelius, D.; Bondarenko, P.V. J Proteome. Res., 2002, 1, 317.
59. Bondarenko, P. V.; Chelius, D.; Shaler, T.A. Anal. Chem., 2002, 74, 4741.
60. Higgs, R. E.; Knierman, M. D.; Gelfanova, V.; Butler, J. P.; Hale, J.E. J. Proteome Res., 2005, 4, 1442.
61. Wang, G.; Wu, W. W.; Zeng, W.; Chou, C. L.; Shen, R.F. J. Pro- teome Res., 2006, 5, 1214.
62. Hattan, S. J.; Parker, K.C. Anal. Chem., 2006, 78, 7986.
63. Gerber, S. A.; Rush, J.; Stemman, O.; Kirschner, M. W.; Gygi, S.P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2003, 100, 6940.
64. Barnidge, D. R.; Dratz, E. A.; Martin, T.; Bonilla, L. E.; Moran, L. B.; Lindall, A. Anal. Chem., 2003, 75, 445.