Methodology utilizing MS signal intensity and LC retention time for quantitative analysis and precursor ion selection in proteomic LC-MALDI analyses

Analytical Chemistry

Volumn 78, Issue 23, 2006, Pages 7986-7996

  Hattan, Stephen J ^a,b   Parker, Kenneth C ^a,c  

^a MDS SCIEX   (Canada)

^b Virgin Instruments Corporation   (United States)

^c BOSTON CHILDREN S HOSPITAL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; DESORPTION; IONIZATION; ISOTOPES; MASS SPECTROMETRY;

HUMAN PLASMA; ISOTOPE TAGGING; PEPTIDES; PROTEOMIC SAMPLE COMPARISONS;

PROTEINS;

FIBRINOGEN; PEPTIDE DERIVATIVE; PLASMA PROTEIN;

ARTICLE; BLOOD CHEMISTRY; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; PLASMA; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; SERUM; STUDENT T TEST; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ANIMALS; BLOOD PROTEINS; CATTLE; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; IONS; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION; TIME FACTORS;

EID: 33845330290     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0610513     Document Type: Article

References (42)

1. Adv. Protein Chem. 2005, 70.
2. Medzihradszky, K. F.; Campbell, J. M.; Baldwin, M. A.; Falick, A. M.; Juhasz, P.; Vestal, M. L.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 2000, 72, 552-558.
3. Beinvenut, W. V.; Deon, C.; Pasquarello, C.; Campbell, J. M.; Sanchez, J. C.; Vestal, M. L.; Hochstasser, D. F. Anal. Chem. 2000, 72, 552-558.
4. Yergey, A. L.; Coorssen, J. R.; Backlund, P. S., Jr.; Blank, P. S.; Humphrey, G. A.; Zimmerberg, J.; Campbell, J.; Vestal, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 784-791.
5. Malmstrom, J.; Larsen, K.; Malmstrom, L.; Tufvesson, E.; Parker, K.; Marchese, J.; Williamson, B.; Patterson, D. H.; Martin, S. A.; Juhasz, P.; Westergren-Thorsson, G.; Marko-Varga, G. Electrophoresis 2003, 24, 3806-537.
6. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
7. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 43-50.
8. Hattan, S. J.; Marchese, J.; Khainovski, N.; Martin, S.; Juhasz, P. J. Proteome Res. 2005, 4, 1931-1941.
9. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R. III. Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
10. Pappin, D. H. C.; Hojrup, P.; Bleasby, H. J. Curr. Biol. 1993, 3, 327-332.
11. Lim, H.; Eng, J.; Yates, J. R., III; Tollaksen, S. L.; Giometti, C. S.; Holden, J. F.; Adams, M. W. W.; Reich, C. I.; Olsen, G. J.; Hays L. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 957-970.
12. Chong, B. E.; Yan, F.; Lubman, D. M.; Miller, F. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 291-296.
13. Zhen, Y.; Xu, N.; Richardson, B.; Becklin, R.; Savage, J. R.; Blake, K; Peltier, J. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 803-815.
14. Wang, M. Z.; Howard, B.; Campa, M. J.; Patz, E. F., Jr.; Fitzgerald, M. C. Proteomics 2003, 3, 1661-1666.
15. Howard, B. A.; Wang, M. Z.; Campa, M. J.; Corro, C.; Fitzgerald, M. C.; Patz, E. F., Jr. Proteomics 2003, 3, 1720-1724.
16. Schwartz, H.; Van Soest, R.; Swart, R.; Salzmann, J. P. Am. Genomic/ Proteomic Technol. 2002, (May/June).
17. Nägele, E.; Vollmer, M.; Hörth, P. J. Biomol. Tech. 2004, 15, 134-143.
18. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
19. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S. J.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Pukayastha, B.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones. M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. Mol. Cell. Proteomics 2004, 12, 1154-1169.
20. Malmstrom, J.; Larsen, K.; Malmstrom, L.; Tufvesson, E.; Parker, K.; Marchese, J.; Williamson, B.; Hattan, S. J.; Patterson, D.; Martin, S.; Graber, A.; Juhasz, P.; Westergren-Thorsson, G.; Marko-Varga, G. J. Proteome Res. 2004, 3, 525-537.
21. Choe, L. H.; Aggarwal, K.; Franck, Z.; Lee, K. H. Electrophoresis 2005, 26, 2437-2449.
22. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 5, 376-386.
23. Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Ong, S. F.; Nielsen, M.; Foster, L. J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2003, 3, 315-318.
24. Baggerly, K. A.; Morris, J. S.; Edmonson, S. R.; Coombes, K. R. J. Natl. Cancer Inst. 2005, 97, 307-309.
25. Baggerly, K. A.; Morris, J. S.; Edmonson, S. R.; Coombes, K. R. J. Natl. Cancer Inst. 2005, 3, 315-318.
26. Coombes, K. R.; Morris, J. S.; Hu, J.; Edmonson, S. R.; Baggerly, K. A. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 291-292.
27. Hattan, S. J.; Marchese, J.; Albertinetti, M.; Krishnan, S.; Khainovski, N.; Juhasz, P. J. Chromatogr., A 2004, 1053, 291-297.
28. Old, W. M.; Meyer-Arendt, K.; Aveline-Wolf, L.; Pierce, K. G.; Mendoza, A; Sevinsky, J. R.; Resing, K. A.; Ahn, J. G. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1487-1502.
29. Higgs, R. E.; Knierman, M. D.; Gelfanova, V.; Butler, J. P.; Hale, J. E. J. Proteome Res. 2005, 4, 1442-1450.
30. Colinge, J.; Chiappe, D.; Lagache, S.; Maniatte, M.; Bougueleret, L. Anal. Chem. 2005, 77, 596-606.
31. Villanueva, J.; Philip, J.; Entengerf, D.; Chaparro, C. A.; Tanwar, M. K.; Holland, E. C.; Tempst, P. Anal. Chem. 2004, 76, 1560-1570.
32. Wiener, M. C.; Sachs, J. R.; Deyanova, E. G.; Yates, N. A. Anal. Chem. 2004, 76, 6085-6096.
33. Stewart. I. I.; Zhao, L.; Bihan, T. L.; Larsen, B.; Scozzaro, S.; Figeys, D.; Mao, G. D.; Ornatsky, O.; Dharsee, M.; Orsi, C.; Ewing, R.; Goh, T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 1697-1710.
34. Wang, W.; Zhou, H.; Lin, H.; Roy, S.; Shaler, T. A.; Hill, L. R.; Norton, S.; Kumar, P.; Anderle, M.; Becker, C. H. Anal. Chem. 2003, 75, 4818-4826.
35. Bondarenko, P. V.; Chelius, D.; Shaler, T. A. Anal. Chem. 2002, 74, 4741-4749.
36. Graber, A.; Juhasz, P.; Khainovski, N.; Parker, K. C.; Patterson, D. H.; Martin, S. A. Proteomics 2004, 4, 474-490.
37. Rejtar, T.; Hu, P.; Juhasz, P.; Campbell, J. M.; Vestal, M. L.; Preisler, J.; Karger, B. L. J. Proteome Res. 2002, 1, 171-9.
38. Griffin, T. J.; Gygi, S. P.; Rist, B.; Aebersold, R.; Loboda, A.; Jilkine, A.; Ens, W.; Standing, K. G. Anal. Chem. 2001, 73, 978-86.
39. Shen, Y. S.; Moore, R. J.; Zhao, R.; Blonder, J.; Auberry, D. J.; Masselon, C.; Pasa-Tolic, L.; Hixson, K. K.; Auberry, K. J.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 3596-3605.
40. Parker, K. C.; Patterson, D.; Williamson, B.; Marchese, J.; Graber, A.; He, F.; Jacobson, A.; Juhasz, P.; Martin, S. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 625-659.
41. Weisel, J. W. Fibrinogen and fibrin, 247-299.
42. Anderson, N. L.; Polanski, M.; Pieper, R.; Gatlin, T.; Tirumulai, R. S.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Adkins, J. N.; Pounds, J. G.; Fagan, R.; Lobley, A. Mol. Cell Proteomics 2004, 4, 311-326.