Harnessing natures ability to control metal ion coordination geometry using de novo designed peptides

Dalton Transactions

Volumn , Issue 13, 2009, Pages 2271-2280

  Peacock, Anna F A ^a   Iranzo, Olga ^a   Pecoraro, Vincent L ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALTERNATIVE PATHS; BIOINORGANIC CHEMISTRIES; CATALYTIC METALS; CDS; COORDINATION GEOMETRIES; DE NOVO PROTEIN DESIGNS; EQUILIBRIUM MIXTURES; FIRST PRINCIPLES; HOMOLEPTIC; HYDROPHOBIC CORES; METAL ION COORDINATIONS; METAL SITES; METAL-BINDING CAVITIES; NEW CLASS; NEW OPPORTUNITIES; PRIMARY AMINO ACIDS; PROTEIN CHEMISTRIES; PROTEIN STRUCTURES; STRUCTURAL BIOLOGIES;

AMINATION; AMINES; AMINO ACIDS; BIOCHEMISTRY; CADMIUM; CADMIUM COMPOUNDS; COORDINATION REACTIONS; METAL IONS; METALS; ORGANIC ACIDS; PEPTIDES; STEREOCHEMISTRY;

STRUCTURAL METALS;

CADMIUM; ION; ORGANOMETALLIC COMPOUND; PEPTIDE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; MOLECULAR GENETICS; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; SYNTHESIS;

AMINO ACID SEQUENCE; CADMIUM; IONS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; ORGANOMETALLIC COMPOUNDS; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY;

EID: 62549136578     PISSN: 14779226     EISSN: 14779234     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b818306f     Document Type: Article

References (66)

1. L. Regan W. F. DeGrado Science 1988 241 976 978
2. W. F. DeGrado Z. R. Wasserman J. D. Lear Science 1989 243 622 628
3. S. Y. Lau A. K. Taneja R. S. Hodges J. Biol. Chem. 1984 259 13253 13261
4. O. D. Monera N. E. Zhou C. M. Kay R. S. Hodges J. Biol. Chem. 1993 268 19218 19227
5. E. T. Kaiser F. J. Kdzdy Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1983 80 1137 1143
6. E. T. Kaiser F. J. Kdzdy Science 1984 223 249 255
7. W. F. DeGrado C. Summa V. Pavone F. Nastri A. Lombardi Annu. Rev. Biochem. 1999 68 779 819
8. M. H. Hecht Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 8729 8730
9. M. Ramirez-Alvarado F. J. Blanco L. Serrano Nat. Struct. Biol. 1996 3 604 612
10. B. I. Dahiyat S. L. Mayo Science 1997 278 82 87
11. B. Tripet K. Wagschal P. Lavigne C. T. Mant R. S. Hodges J. Mol. Biol. 2000 300 377 402
12. P. B. Harbury T. Zhang P. S. Kim T. Albert Science 1993 262 1401 1407
13. B. Lovejoy S. Choe D. Cascio D. K. McRorie W. F. DeGrado D. Eisenberg Science 1993 259 1288 1293
14. S. T. Walsh H. Cheng J. W. Bryson H. Roder W. F. DeGrado Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 5486 5491
15. S. P. Ho W. F. DeGrado J. Am. Chem. Soc. 1987 109 6751 6758
16. E. K. O'Shea K. J. Lumb P. S. Kim Curr. Biol. 1993 3 658 667
17. O. D. Monera C. M. Kay R. S. Hodges Biochemistry 1994 33 3862 3871
18. G. R. Dieckmann D. K. McRorie J. D. Lear K. A. Sharp W. F. DeGrado V. L. Pecoraro J. Mol. Biol. 1998 280 897 912
19. G. R. Dieckmann D. K. McRorie D. L. Tierney L. M. Utschig C. P. Singer T. V. O'Halloran J. E. Penner-Hahn W. F. DeGrado V. L. Pecoraro J. Am. Chem. Soc. 1997 119 6195 6196
20. D. Ghosh K.-H. Lee B. Demeler V. L. Pecoraro Biochemistry 2005 44 10732 10740
21. J. Y. Su R. S. Hodges C. M. Kay Biochemistry 1994 33 15501 15510
22. J. Moitra L. Szilák D. Krylov C. Vinson Biochemistry 1997 36 12567 12573
23. K. Wagschal B. Tripet R. S. Hodges J. Mol. Biol. 1999 285 785 803
24. R. H. Holm P. Kennepohl E. I. Solomon Chem. Rev. 1996 96 2239 2314
25. D. Ghosh, V. L. Pecoraro, unpublished work
26. X. Li K. Suzuki K. Kanaori K. Tajima A. Kashiwada H. Hiroaki D. Kohda T. Tanaka Prot. Sci. 2000 9 1327 1333
27. T. Kiyokawa K. Kanaori K. Tajima M. Koike T. Mizuno J.-I. Oku T. Tanaka J. Pep. Res. 2004 63 347 353
28. O. Iranzo C. Cabello V. L. Pecoraro Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 6688 6691
29. M. Matzapetakis V. L. Pecoraro J. Am. Chem. Soc. 2005 127 18229 18233
30. B. T. Farrer V. L. Pecoraro Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 3760 3765
31. B. T. Farrer N. P. Harris K. E. Balchus V. L. Pecoraro Biochemistry 2001 40 14696 14705
32. O. Iranzo P. W. Thulstrup S. Ryu L. Hemmingsen V. L. Pecoraro Chem.-Eur. J. 2007 13 9178 9190
33. B. T. Farrer C. P. McClure J. E. Penner-Hahn V. L. Pecoraro Inorg. Chem. 2000 39 5422 5423
34. M. Matzapetakis D. Ghosh T.-C. Weng J. E. Penner-Hahn V. L. Pecoraro JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2006 11 876 890
35. L. Hemmingsen L. Olsen J. Antony S. P. A. Sauer JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2004 9 591 599
36. I. M. Armitage R. T. Pajer A. J. M. S. Uiterkamp J. F. Chlebowski J. E. Coleman J. Am. Chem. Soc. 1976 98 5710 5712
37. L. Hemmingsen K. N. Sas E. Danielsen Chem. Rev. 2004 104 4027 4062
38. R. Bauer Q. Rev. Biophys. 1985 18 1 64
39. D. S. Touw C. E. Nordman J. A. Stuckey V. L. Pecoraro Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 11969 11974
40. D. Touw, Ph.D. Thesis, University of Michigan, 2007
41. M. Matzapetakis B. T. Farrer T.-C. Weng L. Hemmingsen J. E. Penner-Hahn V. L. Pecoraro J. Am. Chem. Soc. 2002 124 8042 8054
42. E. S. Gruff S. A. Koch J. Am. Chem. Soc. 1990 112 1245 1247
43. A.-K. Duhme H. Strasdeit Z. Anorg. Allg. Chem. 1999 625 6 8
44. D. Swenson N. C. Baenziger D. Coucouvanis J. Am. Chem. Soc. 1978 100 1932 1934
45. M. Łuczkowski M. Stachura V. Schirf B. Demeler L. Hemmingsen V. L. Pecoraro Inorg. Chem. 2008 47 10875 10888
46. O. A. Kharenko M. Y. Ogawa J. Inorg. Biochem. 2004 98 1971 1974
47. C. J. Henehan D. L. Pountney O. Zerbe M. Vasak Prot. Sci. 1993 2 1756 1764
48. O. D. Monera F. D. Sönnichsen L. Hicks C. M. Kay R. S. Hodges Protein Eng. 1996 9 353 363
49. K.-H. Lee M. Matzapetakis S. Mitra E. N. G. Marsh V. L. Pecoraro J. Am. Chem. Soc. 2004 126 9178 9179
50. K.-H. Lee C. Cabello L. Hemmingsen E. N. G. Marsh V. L. Pecoraro Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 2864 2868
51. O. Iranzo T. Jakusch K.-H. Lee L. Hemmingsen V. L. Pecoraro Chem.-Eur. J. 2009
52. A. K. Petros S. E. Shaner A. L. Costello D. L. Tierney B. R. Gibney Inorg. Chem. 2004 43 4793 4795
53. I. B. Gorrell A. Looney G. Parkin A. L. Rheingold J. Am. Chem. Soc. 1990 112 4068 4069
54. L. Banci I. Bertini F. Cantini S. Ciofi-Baffoni J. S. Cavet C. Dennison A. I. Graham D. R. Harvie N. J. Robinson J. Biol. Chem. 2007 282 30181 30188
55. V. L. Pecoraro, A. F. A. Peacock, O. Iranzo, M. Łuczkowsk, in Advances in Inorganic Biochemistry: From Synthetic Models to Cellular Systems, ed., M. J. Baldwin, and, E. C. Long, ACS Symposium Series, in press
56. Y. Wang L. Hemmingsen D. P. Giedroc Biochemistry 2005 44 8976 8988
57. L. S. Busenlehner N. J. Cosper R. A. Scott B. P. Rosen M. D. Wong D. P. Giedroc Biochemistry 2001 40 4426 4436
58. M. Mukherjee X. Zhu M. Y. Ogawa Inorg. Chem. 2008 47 4430 4432
59. O. A. Kharenko M. Y. Ogawa J. Inorg. Biochem. 2004 98 1971 1974
60. A. Lombardi C. M. Summa S. Geremia L. Randaccio V. Pavone W. F. DeGrado Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 6298 6305
61. C. M. Summa M. M. Rosenblatt J.-K. Hong J. D. Lear W. F. DeGrado J. Mol. Biol. 2002 321 923 938
62. T. Tanaka T. Mizuno S. Fukui H. Hiroaki J. Oku K. Kanaori K. Tajima M. Shirakawa J. Am. Chem. Soc. 2004 126 14023 14028
63. A. F. A. Peacock L. Hemmingsen V. L. Pecoraro Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 16566 16571
64. O. Iranzo D. Ghosh V. L. Pecoraro Inorg. Chem. 2006 45 9959 9973
65. D. Ghosh V. L. Pecoraro Inorg. Chem. 2004 43 7902 7915
66. M. F. Summers Coord. Chem. Rev. 1988 86 43 134