Assessing the integrity of designed homomeric parallel three-stranded coiled coils in the presence of metal ions

Inorganic Chemistry

Volumn 45, Issue 25, 2006, Pages 9959-9973

  Iranzo, Olga ^a   Ghosh, Debdip ^a   Pecoraro, Vincent L ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATION; METAL; PEPTIDE; PROTEIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; METABOLISM; PH; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN DENATURATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; SPECTROSCOPY;

CATIONS; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; METALS; PEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN DENATURATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEINS; SPECTRUM ANALYSIS;

EID: 33846134331     PISSN: 00201669     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ic061183e     Document Type: Article

References (65)

1. DeGrado, W. F.; Summa, C. M.; Pavone, V.; Nastri, F.; Lombardi, A. Annu. Rev. Biochem. 1999, 68, 779-819.
2. Lombardi, A.; Summa, C. M.; Geremia, S.; Randaccio, L.; Pavone, V.; DeGrado, W. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 6298-6305.
3. Nastri, F.; Lombardi, A.; Pavone, V. Chem. Rev. 2001, 101, 3165-3189.
4. Dieckmann, G. R.; McRorie, D. K.; Tierney, D. L.; Utschig, L. M.; Singer, C. P.; O'Halloran, T. V.; Penner-Hahn, J. E.; DeGrado, W. F.; Pecoraro, V. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6195-6196.
5. Gibney, B. R.; Dutton, P. L. Protein Sci. 1999, 8, 1888-1898.
6. Krizek, B. A.; Amann, B. T.; Kilfoil, V. J.; Merkle, D. L.; Berg, J. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4518-4523.
7. Struthers, M. D.; Cheng, R. P.; Imperiali, B. Science 1996, 271, 342-345.
8. Struthers, M. D.; Cheng, R. P.; Imperiali, P. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3073-3081.
9. Venkatraman, J.; Naganagowda, G. A.; Sudha, R.; Balaram, P. Chem. Commun. 2001, 2660-2661.
10. Ghosh, D.; Pecoraro, V. L. Inorg. Chem. 2004, 43, 7902-7915.
11. Doerr, A. J.; McLendon, G. L. Inorg. Chem. 2004, 43, 7916-7925.
12. DeGrado, W. F.; Wasserman, Z. R.; Lear, J. D. Science 1989, 243, 622-628.
13. Dieckmann, G. R.; McRorie, D. K.; Lear, J. D.; Sharp, K. A.; DeGrado, W. F.; Pecoraro, V. L. J. Mol. Biol. 1998, 280, 897-912.
14. Ghadiri, M. R.; Choi, C. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 1630-1632.
15. Gibney, B. R.; Mulholland, S. E.; Rabanal, F.; Dutton, P. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 15041-15046.
16. Betz, S. F.; DeGrado, W. F. Biochemistry 1996, 35, 6955-6962.
17. Betz, S. F.; Liebraan, A.; DeGrado, W. F. Biochemistry 1997, 36, 2450-2458.
18. Ghirlanda, G.; Lear, J. D.; Ogihara, N.; Eisenberg, D.; DeGrado, W. F. J. Mol. Biol. 2002, 319, 243-253.
19. Monera, O. D.; Zhou, N. E.; Kay, C. M.; Hodges, R. S. J. Biol. Chem. 1993, 268, 19218-19227.
20. Monera, O. D.; Kay, C. M.; Hodges, R. S. Biochemistry 1994, 33, 3862-3871.
21. Monera, O. D.; Zhou, N. E.; Lavigne, P.; Kay, C. M.; Hodges, R. S. J. Biol. Chem. 1996, 271, 3995-4001.
22. Gurnon, D. G.; Whitaker, J. A.; Oakley, M. G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7518-7519.
23. Deng, Y.; Liu, J.; Zheng, Q.; Eliezer, D.; Kallenbach, N. R.; Lu, M. Structure 2006, 14, 247-255.
24. Yadav, M. K.; Leman, L. J.; Price, D. J.; Brooks, C. L., III; Stout, C. D.; Ghadiri, M. R. Biochemistry 2006, 45, 4463-4473.
25. O'Shea, E. K.; Lumb, K. J.; Kim, P. S. Curr. Biol. 1993, 3, 658-667.
26. Lumb, K. J.; Kim, P. S. Biochemistry 1995, 34, 8642-8648.
27. Oakley, M. G.; Kim, P. S. Biochemistry 1998, 37, 12603-12610.
28. McClain, D. L.; Binfet, J. P.; Oakley, M. G. J. Mol. Biol. 2001, 313, 371-383.
29. McClain, D. L.; Woods, H. L.; Oakley, M. G. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3151-3152.
30. Nautiyal, S.; Woolfson, D. N.; King, D. S.; Alber, T. Biochemistry 1995, 34, 11645-11651.
31. Nautiyal, S.; Tom, A. Protein Sci. 1999, 8, 84-90.
32. Schnarr, N. A.; Kennan, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9779-9783.
33. Schnarr, N. A.; Kennan, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 667-671.
34. Schnarr, N. A.; Kennan, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14447-14451.
35. Schnarr, N. A.; Kennan, A. J. Org. Lett. 2005, 7, 395-398.
36. Kashiwada, A.; Hiroaki, H.; Kohda, D.; Nango, M.; Tanaka, T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 212-215.
37. Kiyokawa, T.; Kanaori, K.; Tajima, K.; Mizuno, T.; Oku, J.; Tanaka, T. Chem.-Eur. J. 2004, 10, 3548-3554.
38. Fairman, R.; Chao, H.-G.; Lavoie, T. B.; Villafranca, J. J.; Matsueda, G. R.; Novotny, J. Biochemistry 1996, 35, 2824-2829.
39. Lombardi, A.; Bryson, J. W.; DeGrado, W. F. Biopolymers 1997, 40, 495-504.
40. Summa, C. M.; Rosenblatt, M. M.; Hong, J.-K.; Lear, J. D.; DeGrado, W. F. J. Mol. Biol. 2002, 321, 923-938.
41. Marsh, E. N. G.; DeGrado, W. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5150-5154.
42. Kiyokawa, T.; Kanaori, K.; Tajima, K.; Tanaka, T. Biopolymers 2000, 55, 407-414.
43. Farrer, B. T.; Harris, N. P.; Balchus, K. E.; Pecoraro, V. L. Biochemistry 2001, 40, 14696-14705.
44. Matzapetakis, M.; Farrer, B. T.; Weng, T.-C.; Hemmingsen, L.; Penner-Hahn, J. E.; Pecoraro, V. L. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 8042-8054.
45. Ghosh, D.; Lee, K.-H.; Demeler, B.; Pecoraro, V. L. Biochemistry 2005, 44, 10732-10740.
46. Matzapetakis, M.; Ghosh, D.; Weng, T.-C.; Penner-Hahn, J. E.; Pecoraro, V. L. J. Biol. Inorg. Chem. 2006, 11, 876-890.
47. Farrer, B.; McClure, C.; Penner-Hahn, J. E.; Pecoraro, V. L. Inorg. Chem. 2000, 39, 5422-5423.
48. Lovejoy, B.; Choe, S.; Cascio, D.; McRorie, D. K.; DeGrado, W. F.; Eisenberg, D. Science 1993, 259, 1288-1293.
49. Ogihara, N. L.; Weiss, M. S.; DeGrado, W. F.; Eisenberg, D. Protein Sci. 1997, 6, 80-88.
50. Wright, J. G.; Natan, M. J.; MacDonnell, F. M.; Ralston, D. M.; O'Halloran, T. V. Prog. Inorg. Chem. 1990, 38, 323-412.
51. Wrackmeyer, B.; Contreras, R. Annu. Rep. NMR. Spectrosc. 1992, 124, 267-329.
52. Utschig, L. M.; Wright, J. G.; Dieckmann, G. R.; Pecoraro, V. L.; O'Halloran, T. V. Inorg. Chem. 1995, 34, 2497-2498.
53. Utschig, L. M.; Wright, J. G.; O'Halloran, T. V. Methods Enzymol. 1993, 226, 71-97.
54. Corwin, D. T.; Gruff, E. S.; Koch, S. A. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1987, 966-967.
55. Corwin, D. T.; Gruff, E. S.; Koch, S. A. Inorg. Chim. Acta 1988, 151, 5-6.
56. Gulin, O.; Poutney, D. L.; Armitage, I. M. Biochem. Cell Biol. 1998, 76, 223-243.
57. Lee, K. H.; Matzapetakis, M.; Mitra, S.; Marsh, E. N. G.; Pecoraro, V. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 9178-9179.
58. Lee, K.-H.; Cabello, C.; Hemmingsen, L.; Marsh, E. N. G.; Pecoraro, V. L. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 2864-2868.
59. Matzapetakis, M.; Pecoraro, V. L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 18229-18233.
60. Santos, R. A.; Gruff, E. S.; Koch, S. A.; Harbison, G. S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 469-475.
61. Summers, M. F. Coord. Chem. Rev. 1988, 86, 43-134.
62. Ghosh, D.; Pecoraro, V. L. 2006, manuscript in preparation.
63. Wendt, H.; Berger, C.; Baici, A.; Thomas, R. M.; Bosshard, H. R. Biochemistry 1995, 34, 4097-4107.
64. Chan, W. C.; White, P. D. Fmoc Solid-Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach; Oxford University Press: New York, 2000.
65. Ellman, G. M. Arch. Biochem. Biophys. 1959, 82, 70.