Analytical utility of small neutral losses from reduced species in electron capture dissociation studied using SwedECD database

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 21, 2008, Pages 8089-8094

  Fäith, Maria ^a   Savitski, Mikhail M ^a   Nielsen, Michael L ^a   Kjeldsen, Frank ^a   Andren, Per E ^a   Zubarev, Roman A ^a  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; DATABASE SYSTEMS; ELECTROCHEMICAL SENSORS; ELECTROCHROMIC DEVICES; ELECTROLYSIS; ELECTROOPTICAL DEVICES; FREE RADICAL REACTIONS; HYDROGEN; IONS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PROTEINS; REDUCTION; SEARCH ENGINES;

DATA SETS; DATABASE SEARCHING; DE NOVO SEQUENCING; DIRECT FORMATIONS; ELECTRON CAPTURE DISSOCIATIONS; ELECTRON TRANSFER DISSOCIATIONS; FRAGMENT IONS; FRAGMENTATION BEHAVIORS; FRAGMENTATION CHANNELS; HIGH RESOLUTIONS; MASS SPECTRUMS; NEUTRAL LOSSES; STATISTICAL EVALUATIONS; SYSTEMATIC STUDIES; TRYPTIC PEPTIDES;

DISSOCIATION;

HYDROGEN;

ANALYTIC METHOD; ARTICLE; DATA BASE; ELECTRON CAPTURE DETECTION; ELECTRON TRANSPORT; FRAGMENTATION REACTION; HUMAN; HUMAN CELL; ISOMER; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PROTEOMICS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SWEDECD DATABASE; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACID SEQUENCE; DATABASES, PROTEIN; ELECTRONS; FREE RADICALS; HYDROGEN; MASS SPECTROMETRY; PROTEINS;

EID: 55549086485     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac800944u     Document Type: Article

References (39)

1. Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Chem. Rev. 2001, 101, 269-295.
2. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207.
3. Steen, H.; Mann, M. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004, 5, 699-711.
4. Paizs, B.; Suhai, S. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 508-548.
5. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266.
6. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533.
7. Faith, M.; Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Kjeldsen, F.; Andren, P. E.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2007, 6, 4063-4067.
8. Craig, R.; Cortens, J. C.; Fenyo, D.; Beavis, R. C. J. Proteome Res. 2006, 5, 1843-1849.
9. Desiere, F.; Deutsch, E. W.; King, N. L.; Nesvizhskii, A. I.; Mallick, P.; Eng, J.; Chen, S.; Eddes, J.; Loevenich, S. N.; Aebersold, R. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D655-D658.
10. Desiere, F.; Deutsch, E. W.; Nesvizhskii, A. I.; Mallick, P.; King, N. L.; Eng, J. K.; Aderem, A.; Boyle, R.; Brunner, E.; Donohoe, S.; Fausto, N.; Hafen, E.; Hood, L.; Katze, M. G.; Kennedy, K. A.; Kregenow, F.; Lee, H. K.; Lin, B. Y.; Martin, D.; Ranish, J. A.; Rawlings, D. J.; Samelson, L. E.; Shiio, Y.; Watts, J. D.; Wollscheid, B.; Wright, M. E.; Yan, W.; Yang, L. H.; Yi, E. C.; Zhang, H.; Aebersold, R. Genome Biol. 2005, 6.
11. Lam, H.; Deutsch, E. W.; Eddes, J. S.; Eng, J. K.; King, N.; Stein, S. E.; Aebersold, R. Proteomics 2007, 7, 655-667.
12. Martens, L.; Hermjakob, H.; Jones, P.; Adamski, M.; Taylor, C.; States, D.; Gevaert, K.; Vandekerckhove, J.; Apweiler, R. Proteomics 2005, 5, 3537-3545.
13. McLaughlin, T.; Siepen, J. A.; Selley, J.; Lynch, J. A.; Lau, K. W., Yin, H. J.; Gaskell, S. J.; Hubbard, S. J. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D649-D654.
14. Frank, A. M.; Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A.; Pevzner, P. A. J. Proteome Res. 2007, 6, 114-123.
15. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Kjeldsen, F.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2005, 4, 2348-2354.
16. Huang, Y. Y.; Triscari, J. M.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Smith, R. D.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3034-3035.
17. Huang, Y. Y.; Triscari, J. M.; Tseng, G. C.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Smith, R. D.; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2005, 77, 5800-5813.
18. Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Garbuzynskiy, S. O.; Galzitskaya, O. V.; Surin, A. K.; Zubarev, R. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 1481-1484.
19. Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 5301-5303.
20. Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 113-120.
21. Chi, A.; Huttenhower, C.; Geer, L. Y.; Coon, J. J.; Syka, J. E. P.; Bai, D. L.; Shabanowitz, J.; Burke, D. J.; Troyanskaya, O. G.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 2007, 104, 2193-2198.
22. Hunt, D. F. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, S343-S343.
23. Nielsen, M. L.; Savitski, M. M.; Zubarev, R. A. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 835-845.
24. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1180-1188.
25. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 935-948.
26. Sweet, S. M. M.; Creese, A. J.; Cooper, H. J. Anal. Chem. 2006, 78, 7563-7569.
27. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 2007, 79, 2296-2302.
28. Craig, R.; Beavis, R. C. Bioinformatics 2004, 20, 1466-1467.
29. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
30. Perkins, D. N.; Pappin, D. J. C.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
31. Cooper, H. J.; Hakansson, K.; Marshall, A. G.; Hudgins, R. R.; Haselmann, K. F.; Kjeldsen, F.; Budnik, B. A.; Polfer, N. C.; Zubarev, R. A. Eur. J. Mass Spectrom. 2003, 9, 221-222.
32. Cooper, H. J.; Hudgins, R. R.; Hakansson, K.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 241-249.
33. Haselmann, K. F.; Budnik, B. A.; Kjeldsen, F.; Polfer, N. C.; Zubarev, R. A. Eur. J. Mass Spectrom. 2002, 8, 461-469.
34. Fung, Y. M. E.; Chan, T. W. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1523-1535.
35. Kjeldsen, F.; Haselmann, K. F.; Sorensen, E. S.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 2003, 75, 1267-1274.
36. Kjeldsen, F.; Zubarev, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6628-6629.
37. Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2007, 6, 2669-2673.
38. Kjeldsen, F.; Silivra, O. A.; Zubarev, R. A. Chem. - Eur. J. 2006, 12, 7720-7728.
39. Zubarev, R. A. Mass Spectrom. Rev. 2003, 22, 57-77.