An ACP structural switch: Conformational differences between the apo and holo forms of the actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein

ChemBioChem

Volumn 9, Issue 15, 2008, Pages 2424-2432

  Evans, Simon E ^a   Williams, Christopher ^a   Arthur, Christopher J ^a   Burston, Steven G ^a   Simpson, Thomas J ^a   Crosby, John ^a   Crump, Matthew P ^a  

^a UNIVERSITY OF BRISTOL   (United Kingdom)

Author keywords

Bioorganic chemistry; Biosynthesis; NMR spectroscopy; Polyketides; Protein structures

Indexed keywords

ACTINORHODINE; ACYL CARRIER PROTEIN; APOPROTEIN; ASPARTIC ACID; FATTY ACID SYNTHASE; HOLOENZYME; ISOPROTEIN; LEUCINE; PANTETHEINE PHOSPHATE; POLYKETIDE SYNTHASE; SOLVENT; TRYPTOPHAN;

ALPHA HELIX; ARTICLE; BACILLUS SUBTILIS; BINDING AFFINITY; COMPARATIVE STUDY; COMPLEX FORMATION; CONFORMATIONAL TRANSITION; CONTROLLED STUDY; FLUORESCENCE ANALYSIS; GENE MUTATION; NONHUMAN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN MODIFICATION; PROTEIN STRUCTURE; SITE DIRECTED MUTAGENESIS; STREPTOMYCES COELICOLOR; STRUCTURE ANALYSIS;

ACYL CARRIER PROTEIN; BACILLUS SUBTILIS; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; HOLOENZYMES; MODELS, MOLECULAR; MUTATION; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PANTETHEINE; POLYKETIDE SYNTHASES; PROTEIN BINDING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; STREPTOMYCES COELICOLOR;

BACILLUS SUBTILIS; STREPTOMYCES COELICOLOR;

EID: 54349095025     PISSN: 14394227     EISSN: 14397633     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.200800180     Document Type: Article

References (59)

1. D. M. Byers, H. S. Gong, Biochem. Cell Biol. 2007, 85, 649-662.
2. R. H. Lambalot, A. M. Gehring, R. S. Flugel, P. Zuber, M. LaCelle, M. A. Marahiel, R. Reid, C. Khosla, C. T. Walsh, Chem. Biol. 1996, 3, 923-936.
3. K. D. Parris, L. Lin, A. Tam, R. Mathew, J. Hixon, M. Stahl, C. C. Fritz, J. Seehra, W. S. Somers, Structure 2000, 8, 883-895.
4. L. M. Worsham, L. Earls, C. Jolly, K. G. Langston, M. S. Trent, M. L. Ernst-Fonberg, Biochemistry 2003, 42, 167-176.
5. N. R. De Lay, J. E. Cronan, J. Biol. Chem. 2007, 282, 20319-20328.
6. G. Y. Xu, A. Tam, L. Lin, J. Hixon, C. C. Fritz, R. Powers, Structure 2001, 9, 277-287.
7. Y. Kim, E. L. Kovrigin, Z. M. Eletr, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006, 341, 776-783.
8. H. C. Wong, G. H. Liu, Y. M. Zhang, C. O. Rock, J. Zheng, J. Biol. Chem. 2002, 277, 15874-15880.
9. Q. Li, C. Khosla, J. D. Puglisi, C. W. Liu, Biochemistry 2003, 42, 4648-4657.
10. A. K. Sharma, S. K. Sharma, A. Surolia, N. Surolia, S. P. Sarma, Biochemistry 2006, 45, 6904-6916.
11. M. P. Crump, J. Crosby, C. E. Dempsey, J. A. Parkinson, M. Murray, D. A. Hopwood, T. J. Simpson, Biochemistry 1997, 36, 6000-6008.
12. G. Cornilescu, F. Delaglio, A. Bax, J. Biomol. NMR 1999, 13, 289-302.
13. M. Nilges, M. J. Macias, S. I. O'Donoghue, H. Oschkinat, J. Mol. Biol. 1997, 269, 408-422.
14. D. S. Garrett, J. Kuszewski, T. J. Hancock, P. J. Lodi, G. W. Vuister, A. M. Gronenborn, G. M. Clore, J. Magn. Reson. B 1994, 104, 99-103.
15. M. Nilges, G. M. Clore, A. M. Gronenborn, FEBS Lett. 1987, 219, 11-16.
16. W. Kabsch, C. Sander, Biopolymers 1983, 22, 2577-2637.
17. R. W. Hooft, G. Vriend, C. Sander, E. E. Abola, Nature 1996, 381, 272.
18. A. J. Nederveen, J. F. Doreleijers, W. Vranken, Z. Miller, C. A. E. M. Spronk, S. B. Nabuurs, P. Güntert, M. Livny, J. L. Markley, M. Nilges, E. L. Ulrich, R. Kaptein, A. M. J. J. Bonvin, Proteins Struct. Funct. Bioinf. 2005, 59, 662-672.
19. J. P. Linge, M. A. Williams, C. A. E. M. Spronk, A. M. J. J. Bonvin, M. Nilges, Proteins 2003, 50, 496-506.
20. M. Pellecchia, P. Sebbel, U. Hermanns, K. Wüthrich, R. Glockshuber, Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 336-339.
21. M. Andrec, R. B. Hill, J. H. Prestegard, Protein Sci. 1995, 4, 983-993.
22. Q. Li, C. Khosla, J. D. Puglisi, C. W. Liu, Biochemistry 2003, 42, 4648-4657.
23. G. A. Zornetzer, R. D. White, J. L. Markley, B. G. Fox, Protein Expression Purif. 2006, 46, 446-455.
24. T. A. Holak, S. K. Kearsley, Y. Kim, J. H. Prestegard, Biochemistry 1988, 27, 6135-6142.
25. T. A. Holak, M. Nilges, J. H. Prestegard, A. M. Gronenborn, G. M. Clore, Eur. J. Biochem. 1988, 175, 9-15.
26. V. Y. Alekseyev, C. W. Liu, D. E. Cane, J. D. Puglisi, C. Khosla, Protein Sci. 2007, 16, 2093-2107.
27. E. Ploskon, C. J. Arthur, S. E. Evans, C. Williams, J. Crosby, T. J. Simpson, M. P. Crump, J. Biol. Chem. 2008, 283, 518-528.
28. A. Koglin, M. R. Mofid, F. Löhr, B. Schäfer, V. V. Rogov, M. M. Blum, T. Mittag, M. A. Marahiel, F. Bernhard, V. Dötsch, Science 2006, 312, 273-276.
29. A. Roujeinikova, C. Baldock, W. J. Simon, J. Gilroy, P. J. Baker, A. R. Stuitje, D. W. Rice, A. R. Slabas, J. B. Rafferty, Structure 2002, 10, 825-835.
30. A. Roujeinikova, W. J. Simon, J. Gilroy, D. W. Rice, J. B. Rafferty, A. R. Slabas, J. Mol. Biol. 2007, 365, 135-145.
31. R. H. Lambalot, C. T. Walsh, J. Biol. Chem. 1995, 270, 24658-24661.
32. H. Gong, A. Murphy, C. R. McMaster, D. M. Byers, J. Biol. Chem. 2007, 282, 4494-4503.
33. M. A. Johnson, W. Peti, T. Herrmann, I. A. Wilson, K. Wüthrich, Protein Sci. 2006, 15, 1030-1041.
34. H. D. Mootz, R. Finking, M. A. Marahiel, J. Biol. Chem. 2001, 276, 37289-37298.
35. N. Y. Chirgadze, S. L. Briggs, K. A. McAllister, A. S. Fischl, G. Zhao, EMBO J. 2000, 19, 5281-5287.
36. Y. M. Zhang, B. N. Wu, J. Zheng, C. O. Rock, J. Biol. Chem. 2003, 278, 52935-52943.
37. K. Reuter, M. R. Mofid, M. A. Marahiel, R. Ficner, EMBO J. 1999, 18, 6823-6831.
38. M. R. Mofid, R. Finking, L. O. Essen, M. A. Marahiel, Biochemistry 2004, 43, 4128-4136.
39. G. Bunkoczi, S. Pasta, A. Joshi, X. Q. Wu, K. L. Kavanagh, S. Smith, U. Oppermann, Chem. Biol. 2007, 14, 1243-1253.
40. K. J. Weissman, H. Hong, M. Oliynyk, A. P. Siskos, P. F. Leadlay, ChemBioChem 2004, 5, 116-125.
41. R. Finking, M. R. Mofid, M. A. Marahiel, Biochemistry 2004, 43, 8946-8956.
42. J. Crosby, K. J. Byrom, T. S. Hitchman, R. J. Cox, M. P. Crump, I. S. C. Findlow, M. J. Bibb, T. J. Simpson, FEBS Lett. 1998, 433, 132-138.
43. S. C. Findlow, C. Winsor, T. J. Simpson, J. Crosby, M. P. Crump, Biochemistry 2003, 42, 8423-8433.
44. R. J. Cox, T. S. Hitchman, K. J. Byrom, I. S. C. Findlow, J. A. Tanner, J. Crosby, T. J. Simpson, FEBS Lett. 1997, 405, 267-272.
45. R. J. Cox, J. Crosby, O. Daltrop, F. Glod, M. E. Jarzabek, T. P. Nicholson, M. Reed, T. J. Simpson, L. H. Smith, F. Soulas, A. E. Szafranska, J. Westcott, J. Chem. Soc. Perkin Trans. 1 2002, 14, 1644-1649.
46. R. L. Winston, M. C. Fitzgerald, Anal. Biochem. 1998, 262, 83-85.
47. J. Crosby, D. H. Sherman, M. J. Bibb, W. P. Revill, D. A. Hopwood, T. J. Simpson, Biochim. Biophys. Acta Protein Struct. Mol. Enzymol. 1995, 1251, 32-42.
48. F. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer, A. Bax, J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293.
49. A. W. Schüttelkopf, D. M. van Aalten, Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2004, 60, 1355-1363.
50. W. F. Vranken, W. Boucher, T. J. Stevens, R. H. Fogh, A. Pajon, M. Llinas, E. L. Ulrich, J. L. Markley, J. Ionides, E. D. Laue, Proteins Struct. Funct. Bioinf. 2005, 59, 687-696.
51. S. M. Pascal, D. R. Muhandiram, T. Yamazaki, J. D. Forman-Kay, L. E. Kay, J. Magn. Reson. Ser. B 1994, 103, 197-201.
52. R. D. Peterson, C. A. Theimer, H. H. Wu, J. Feigon, J. Biomol. NMR 2004, 28, 59-67.
53. J. P. Linge, M. Habeck, W. Rieping, M. Nilges, J. Magn. Reson. 2004, 167, 334-342.
54. A. D. MacKerell, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiórkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus, J. Phys. Chem. A J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
55. M. Fossi, H. Oschkinat, M. Nilges, L. J. Ball, J. Magn. Reson. 2005, 175, 92-102.
56. R. A. Laskowski, M. W. Macarthur, D. S. Moss, J. M. Thornton, J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 283-291.
57. B. Lee, F. M. Richards, J. Mol. Biol. 1971, 55, 379-400.
58. R. Fraczkiewicz, W. Braun, J. Comput. Chem. 1998, 19, 319-333.
59. S. J. Hubbard, S. F. Campbell, J. M. Thornton, J. Mol. Biol. 1991, 220, 507-530.