Urinary metabolic profiles of inflammatory bowel disease in interleukin-10 gene-deficient mice

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 14, 2008, Pages 5524-5531

  Murdoch, Travis B ^a   Fu, Hao ^a   MacFarlane, Sarah ^a   Sydora, Beate C ^a   Fedorak, Richard N ^a   Slupsky, Carolyn M ^a  

^a UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULES; BODY FLUIDS; DISCRIMINANT ANALYSIS; ELECTRIC LOAD MANAGEMENT; MAGNETIC RESONANCE; MAMMALS; METABOLITES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS; REGRESSION ANALYSIS;

CONVENTIONAL HOUSINGS; DISEASE PROCESSES; EXTERNAL-; INFLAMMATORY BOWEL DISEASES; KEY PARTS; METABOLIC FINGERPRINTS; METABOLIC PROFILES; METABOLITE CONCENTRATIONS; METABOLOMICS; MICROBIAL COMPOSITIONS; MICROFLORA; PHENOTYPIC CHANGES; PRINCIPAL COMPONENTS; SMALL MOLECULES; STATISTICAL TECHNIQUES; TIME LINES; TRIMETHYLAMINE; URINARY METABOLITES; URINE SAMPLES;

ANALYSIS OF VARIANCE (ANOVA);

FUCOSE; INTERLEUKIN 10; TRIMETHYLAMINE;

ANIMAL EXPERIMENT; ANIMAL MODEL; ARTICLE; COMMENSAL; ENTERITIS; INTESTINE FLORA; METABOLITE; METABOLOMICS; MICROFLORA; MOUSE; NONHUMAN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE IMAGING; PATHOGENESIS; URINALYSIS; ANIMAL; GENETICS; MOUSE MUTANT; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; URINE;

ANIMALS; INFLAMMATORY BOWEL DISEASES; INTERLEUKIN-10; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MICE; MICE, KNOCKOUT;

EID: 49049113111     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac8005236     Document Type: Article

References (62)

1. Podolsky, D. K. N. Engl. J Med. 2002, 347, 417-429.
2. Bonen, D. K.; Cho, J. H. Gastroenterology 2003, 124, 521-536.
3. Katz, J. A.; Itoh, J.; Fiocchi, C. Curr. Opin. Gastroenterol. 1999, 15, 291-297.
4. Young, Y.; Abreu, M. T. Curr. Gastroenterol. Rep. 2006, 8, 470-477.
5. Ardizzone, S.; Bianchi Porro, G. Drugs 2005, 65, 2253-2286.
6. Sandborn, W. J. Inflammatory Bowel Dis. 2001, 7 (Suppl. 1), S9-16.
7. Mahida, Y. R.; Rolfe, V. E. Clin. Sci. 2004, 107, 331-341.
8. Bibiloni, R.; Mangold, M.; Madsen, K. L.; Fedorak, R. N.; Tannock, G. W. J. Med. Microbiol. 2006, 55, 1141-1149.
9. Kleessen, B.; Kroesen, A. J.; Buhr, H. J.; Blaut, M. Scand. J. Gastroenterol. 2002, 37, 1034-1041.
10. Rutgeerts, P.; Goboes, K.; Peeters, M.; Hiele, M.; Penninckx, F.; Aerts, R.; Kerremans, R.; Vantrappen, G. Lancet 1991, 338, 771-774.
11. Seksik, P.; Rigottier-Gois, L.; Gramet, G.; Sutren, M.; Pochart, P.; Marteau, P.; Jian, R.; Doré, J. Gut 2003, 52, 237-242.
12. Sokol, H.; Seksik, P.; Rigottier-Gois, L.; Lay, C.; Lepage, P.; Podglajen, I.; Marteau, P.; Doré, J. Inflammatory Bowel Dis. 2006, 12, 106-111.
13. Aranda, R.; Sydora, B. C.; McAllister, P. L.; Binder, S. W.; Yang, H. Y.; Targan, S. R.; Kronenberg, M. J. Immunol. 1997, 158, 3464-3473.
14. Onderdonk, A. B.; Franklin, M. L.; Cisneros, R. L. Infect. Immun. 1981, 32, 225-231.
15. Sydora, B. C.; Tavernini, M. M.; Wessler, A.; Jewell, L. D.; Fedorak, R. N. Inflammatory Bowel Dis. 2003, 9, 87-97.
16. Gill, S. R.; Pop, M.; DeBoy, R. T.; Eckburg, P. B.; Turnbaugh, P. J.; Samuel, B. S.; Gordon, J. I.; Relman, D. A.; Fraser-Liggett, C. M.; Nelson, K. E. Science 2006, 312, 1355-1359.
17. Goodacre, R. J. Nutr. 2007, 137, 259S-266S
18. Lederberg, J. Science 2000, 288, 287-293.
19. Sekirov, I.; Finlay, B. B. Nat. Med. 2006, 12, 736-737.
20. Ley, R. E.; Turnbaugh, P. J.; Hein, S.; Gordon, J. I. Nature 2006, 444, 1022-1023.
21. Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Wilson, I. D. Nat. Rev. Microbiol. 2005, 3, 431-438.
22. Turnbaugh, P. J.; Ley, R. E.; Mahowald, M. A.; Magrini, V.; Mardis, E. R.; Gordon, J. I. Nature 2006, 444, 1027-1031.
23. Turnbaugh, P. J.; Ley, R. E.; Hamady, M.; Fraser-Liggett, C. M.; Knight, R.; Gordon, J. I. Nature 2007, 449, 804-810.
24. 't Hart, B. A.; Vogels, J. T.; Spijksma, G.; Brok, H. P.; Polman, C.; van der Greef, J. J. Neurol. Sci. 2003, 212, 21-30.
25. Brindle, J. T.; Antti, H.; Holmes, E.; Tranter, G.; Nicholson, J. K.; Bethell, H. W.; Clarke, S.; Schofield, P. M.; McKilligin, E.; Mosedale, D. E.; Grainger, D. J. Nat. Med. 2002, 8, 1439-1444.
26. Gibney, M. J.; Walsh, M.; Brennan, L.; Roche, H. M.; German, B.; van Ommen, B. Am. J Clin. Nutr. 2005, 82, 497-503.
27. Marchesi, J. R.; Holmes, E.; Khan, F.; Kochhar, S.; Scanlan, P.; Shanahan, F.; Wilson, I. D.; Wang, Y. J. Proteome Res. 2007, 6, 546-551.
28. Slupsky, C. M.; Rankin, K. N.; Wagner, J.; Fu, H.; Chang, D.; Weljie, A. M.; Saude, E. J.; Lix, B.; Adamko, D. J.; Shah, S.; Greiner, R.; Sykes, B. D.; Marrie, T. J. Anal. Chem. 2007, 79, 6995-7004.
29. Solanky, K. S.; Bailey, N. J.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Davis, A. L.; Mulder, T. P.; Van Duynhoven, J. P.; Nicholson, J. K. J. Agric. Food Chem. 2003, 51, 4139-4145.
30. Wang, Y.; Holmes, E.; Nicholson, J. K.; Cloarec, O.; Chollet, J.; Tanner, M.; Singer, B. H.; Utzinger, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2004, 101, 12676-12681.
31. Wang, Y.; Tang, H.; Nicholson, J. K.; Hylands, P. J.; Sampson, J.; Holmes, E. J. Agric. Food Chem. 2005, 53, 191-196.
32. Kühn, R.; Löhler, J.; Rennick, D.; Rajewsky, K.; Müller, W. Cell 1993, 75, 263-274.
33. Weljie, A. M.; Newton, J.; Mercier, P.; Carlson, E.; Slupsky, C. M. Anal. Chem. 2006, 78, 4430-4442.
34. Trygg, J.; Holmes, E.; Lundstedt, T. J. Proteome Res. 2007, 6, 469-479.
35. Kennedy, R. J.; Hoper, M.; Deodhar, K.; Erwin, P. J.; Kirk, S. J.; Gardiner, K. R. Br. J. Surg. 2000, 87, 1346-1351.
36. Madsen, K. L.; Doyle, J. S.; Tavernini, M. M.; Jewell, L. D.; Rennie, R. P.; Fedorak, R. N. Gastroenterology 2000, 118, 1094-1105.
37. Madsen, K. L.; Malfair, D.; Gray, D.; Doyle, J. S.; Jewell, L. D.; Fedorak, R. N. Inflammatory Bowel Dis. 1999, 5, 262-270.
38. Sydora, B. C.; Martin, S. M.; Lupicki, M.; Dieleman, L. A.; Doyle, J.; Walker, J. W.; Fedorak, R. N. Inflammatory Bowel Dis. 2006, 12, 429-436.
39. Sellon, R. K.; Tonkonogy, S.; Schultz, M.; Dieleman, L. A.; Grenther, W.; Balish, E.; Rennick, D. M.; Sartor, R. B. Infect. Immun. 1998, 66, 5224-5231.
40. al-Waiz, M.; Mikov, M.; Mitchell, S. C.; Smith, R. L. Metab. Clin. Exp. 1992, 41, 135-136.
41. Smith, J. L.; Wishnok, J. S.; Deen, W. M. Toxicol. Appl. Pharmacol. 1994, 125, 296-308.
42. Beckwith-Hall, B. M.; Nicholson, J. K.; Nicholls, A. W.; Foxall, P. J.; Lindon, J. C.; Connor, S. C.; Abdi, M.; Connelly, J.; Holmes, E. Chem. Res. Toxicol. 1998, 11, 260-272.
43. Waters, N. J.; Holmes, E.; Williams, A.; Waterfield, C. J.; Farrant, R. D.; Nicholson, J. K. Chem. Res. Toxicol. 2001, 14, 1401-1412.
44. Connor, S. C.; Wu, W.; Sweatman, B. C.; Manini, J.; Haselden, J. N.; Crowther, D. J.; Waterfield, C. J. Biomarkers 2004, 9, 156-179.
45. Holmes, E.; Nicholls, A. W.; Lindon, J. C.; Ramos, S.; Spraul, M.; Neidig, P.; Connor, S. C.; Connelly, J.; Damment, S. J.; Haselden, J.; Nicholson, J. K. NMR Biomed. 1998, 11, 235-244.
46. Salek, R. M.; Maguire, M. L.; Bentley, E.; Rubtsov, D. V.; Hough, T.; Cheeseman, M.; Nunez, D.; Sweatman, B. C.; Haselden, J. N.; Cox, R. D.; Connor, S. C.; Griffin, J. L. Physiol. Genomics 2007, 29, 99-108.
47. Chen, C.; Shah, Y. M.; Morimura, K.; Krausz, K. W.; Miyazaki, M.; Richardson, T. A.; Morgan, E. T.; Ntambi, J. M.; Idle, J. R.; Gonzalez, F. J. Cell Metab. 2008, 7, 135-147.
48. Cintra, D. E.; Pauli, J. R.; Araújo, E. P.; Moraes, J. C.; de Souza, C. T.; Milanski, M.; Morari, J.; Gambero, A.; Saad, M. J.; Velloso, L. A. J. Hepatol. 2008, 48, 628-637.
49. den Boer, M. A.; Voshol, P. J.; Schröder-van der Elst, J. P.; Korsheninnikova, E.; Ouwens, D. M.; Kuipers, F.; Havekes, L. M.; Romijn, J. A. Endocrinology 2006, 147, 4553-4558.
50. Louis, H.; Le Moine, O.; Peny, M. O.; Quertinmont, E.; Fokan, D.; Goldman, M.; Devière, J. Hepatology 1997, 25, 1382-1389.
51. Dumas, M. E.; Barton, R. H.; Toye, A.; Cloarec, O.; Blancher, C.; Rothwell, A.; Fearnside, J.; Tatoud, R.; Blanc, V.; Lindon, J. C.; Mitchell, S. C.; Holmes, E.; McCarthy, M. I.; Scott, J.; Gauguier, D.; Nicholson, J. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 12511-12516.
52. Toye, A. A.; Dumas, M. E.; Blancher, C.; Rothwell, A. R.; Fearnside, J. F.; Wilder, S. P.; Bihoreau, M. T.; Cloarec, O.; Azzouzi, I.; Young, S.; Barton, R. H.; Holmes, E.; McCarthy, M. I.; Tatoud, R.; Nicholson, J. K.; Scott, J.; Gauguier, D. Diabetologia 2007, 50, 1867-1879.
53. Buchman, A. L.; Dubin, M. D.; Moukarzel, A. A.; Jenden, D. J.; Roch, M.; Rice, K. M.; Gornbein, J.; Anient, M. E. Hepatology 1995, 22, 1399-1403.
54. Itoh, N.; Sakaue, S.; Nakagawa, H.; Kurogochi, M.; Ohira, H.; Deguchi, K.; Nishimura, S.-I.; Nishimura, M. Am. J. Physiol. Endocrinol. Metab. 2007, 293, E1069-E1077.
55. Noda, K.; Miyoshi, E.; Uozumi, N.; Yanagidani, S.; Ikeda, Y.; Gao, C.; Suzuki, K.; Yoshihara, H.; Yoshikawa, M.; Kawano, K.; Hayashi, N.; Hori, M.; Taniguchi, N. Hepatology 1998, 28, 944-952.
56. Kurup, R. K.; Kurup, P. A. Int. J. Neurosci. 2003, 113, 1221-1240.
57. Becker, D. J.; Lowe, J. B. Glycobiology 2003, 13, 41R-53R
58. Torres-Pinedo, R.; Mahmood, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1984, 125, 546-553.
59. Bry, L.; Falk, P. G.; Midtvedt, T.; Gordon, J. I. Science 1996, 273, 1380-1383.
60. Hooper, L. V.; Xu, J.; Falk, P. G.; Midtvedt, T.; Gordon, J. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9833-9838.
61. Backhed, F.; Manchester, J. K.; Semenkovich, C. F.; Gordon, J. I. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2007, 104, 979-984.
62. McKenzie, S. J.; Baker, M. S.; Buffinton, G. D.; Doe, W. F. J. Clin. Invest. 1996, 98, 136-141.