Minimalist proteins: Design of new molecular recognition scaffolds

Pure and Applied Chemistry

Volumn 76, Issue 7-8, 2004, Pages 1579-1590

  Shin, Jumi A ^a  

^a UNIVERSITY OF TORONTO   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALANINE; CYCLIC AMP RESPONSIVE ELEMENT BINDING PROTEIN; LEUCINE ZIPPER PROTEIN; MUTANT PROTEIN; TRANSCRIPTION FACTOR AP 1;

ALPHA HELIX; AMINO ACID SUBSTITUTION; ANISOTROPY; BINDING AFFINITY; CONFERENCE PAPER; FLUORESCENCE; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR RECOGNITION; NONHUMAN; PROTEIN DNA BINDING; PROTEIN DNA INTERACTION; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN STRUCTURE; PROTEIN SYNTHESIS;

EID: 4644254058     PISSN: 00334545     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1351/pac200476071579     Document Type: Conference Paper

References (57)

1. P. E. Dawson and S. B. H. Kent. J. Am. Chem. Soc. 115, 7263-7266 (1993).
2. A. Grove, M. Mutter, J. E. Rivier, M. Montal. J. Am. Chem. Soc. 115, 5919-5924 (1993).
3. S. Marqusee and R. L. Baldwin. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 8898-8902 (1987).
4. T. Sasaki and E. Kaiser. J. Am. Chem. Soc. 111, 380-381 (1989).
5. R. P. Wharton and M. Ptashne. Nature 316, 601-605 (1985).
6. M. R. Ghadiri, C. Scares, C. Choi. J. Am. Chem. Soc. 114, 4000-4002 (1992).
7. A. R. Lajmi, T. R. Wallace, J. A. Shin. Prot. Exp. Purif. 18, 394-403 (2000).
8. A. R. Lajmi, M. E. Lovrencic, T. R. Wallace, R. R. Thomlinson, J. A. Shin. J. Am. Chem. Soc. 122, 5638-5639 (2000).
9. D. E. Hill, I. A. Hope, J. P. Macke, K. Struhl. Science 234, 451-457 (1986).
10. K. Struhl. Trends Biochem. Sci. 14, 137-140 (1989).
11. WH. Landschulz, P. F. Johnson, S. L. McKnight. Science 240, 1759-1764 (1988).
12. P. König and T. J. Richmond. J. Mol. Biol. 233, 139-154 (1993).
13. T. E. Ellenberger, C. J. Brandl, K. Struhl, S. C. Harrison. Cell 71, 1223-1237 (1992).
14. W. Keller, P. König, T. J. Richmond. J. Mol. Biol. 254, 657-667 (1995).
15. J. N. M. Glover and S. C. Harrison. Nature 373, 257-261 (1995).
16. P. K. Brindle and M. R. Montminy. Curr. Opin. Gen. Dev. 2, 199-204 (1992).
17. N. J. Zondlo and A. Schepartz. J. Am. Chem. Soc. 121, 6938-6939 (1999).
18. J. W. Chin, R. M. Grotzfeld, M. A. Fabian, A. Schepartz. Bioorg. Med. Chem. Lett. 11, 1501-1505 (2001).
19. J. K. Montclare and A. Schepartz. J. Am. Chem. Soc. 125, 3416-3417 (2003).
20. J. W. Chin and A. Schepartz. Angew. Chem., Int. Ed. 40, 3806-3809 (2001).
21. C. O. Pabo and R. T. Sauer. Annu. Rev. Biochem. 61, 1053-1095 (1992).
22. J. A. Hurt, S. A. Thibodeau, A. S. Hirsch, C. O. Pabo, J. K. Joung. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 12271-12276 (2003).
23. S. Tan, D. Guschin, A. Davalos, Y.-L. Lee, A. W. Snowden, Y. Jouvenot, H. S. Zhang, K. Howes, A. R. McNamara, A. Lai, C. Ullman, L. Reynolds, M. Moore, M. Isalan, L.-P. Berg, B. Campos, H. Qi, S. K. Spratt, C. C. Case, C. O. Pabo, J. Campisi, P. D. Gregory. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 11997-12002 (2003).
24. A. C. Jamieson, J. C. Miller, C. O. Pabo. Nat. Rev. Drug Discov. 2, 361-368 (2003).
25. D. J. Segal, R. R. Beerli, P. Biancafort, B. Dreier, K. Effertz, A. Huber, B. Koksch, C. B. Lund, L. Magnenat, D. Valente, C. F. Barbas III. Biochemistry 42, 2137-2148 (2003).
26. M. D. Struthers, R. P. Cheng, B. Imperiali. Science 271, 342-345 (1996).
27. K. T. O'Neil and W. F. DeGrado. Science 250, 646-651 (1990).
28. I. Luque, O. L. Mayorga, E. Freire. Biochemistry 35, 13681-13688 (1996).
29. K. T. O'Neil, J. D. Shuman, C. Ampe, W. F. DeGrado. Biochemistry 30, 9030-9034 (1991).
30. V. Saudek, H. S. Pasley, T. Gibson, H. Gausepohl, R. Frank, A. Pastore. Biochemistry 30, 1310-1317 (1991).
31. M. A. Weiss, T. E. Ellenberger, C. R. Wobbe, J. P. Lee, S. C. Harrison, K. Struhl. Nature 347, 575-578 (1990).
32. J. A. Shin. Bioorg. Med. Chem. Lett. 7, 2367-2372 (1997).
33. P. Agre, P. F. Johnson, S. L. McKnight. Science 246, 922-926 (1989).
34. P. F. Johnson. Mol. Cell. Biol. 13, 6919-6930 (1993).
35. T. Sera and P. G. Schultz. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 2920-2925 (1996).
36. Y. Xie and D. B. Wetlaufer. Prot. Sci. 5, 517-523 (1996).
37. J. M. Scholtz, H. Qian, E. J. York, J. M. Stewart, R. L. Baldwin. Biopolymers 31, 1463-1470 (1991).
38. G. H. Bird, A. R. Lajmi, J. A. Shin. Anal. Chem. 74, 219-225 (2002).
39. G. H. Bird and J. A. Shin. Biochim. Biophys. Acta 1597, 252-259 (2002).
40. M. Kussmann, E. Nordhoff, H. Rahbek-Nielsen, S. Haebel, M. Rossel-Larsen, L. Jakobsen, J. Gobom, K. Mirgorodskaya, A. Kroll-Kristensen, L. Palm, P. Roepstorff. J. Mass Spectrom. 32, 593-601 (1997).
41. S. M. Arfin and R. A. Bradshaw. Biochemistry 27, 7979-7984 (1988).
42. P. Wingfield, P. Graber, G. Turcatti, N. R. Movva, M. Pelletier, S. Craig, K. Rose, C. G. Miller. Eur. J. Biochem. 180, 23-32 (1989).
43. C. Miller, K. L. Strauch, A. M. Kukral, J. L. Miller, P. T. Wingfield, G. J. Mazzei, R. C. Werlen, P. Graber, N. R. Movva. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 2718-2722 (1987).
44. S. Huang, R. C. Elliott, P.-S. Liu, R. K. Koduri, J. L. Weickmann, H.-H. Lee, L. C. Blair, P. Ghosh-Dastidar, R. A. Bradshaw, K. M. Bryan, B. Einarson, R. L. Kendall, K. H. Kolacz, K. Saito. Biochemistry 26, 8242-8246 (1987).
45. K. Uchida and S. Kawakishi. J. Biol. Chem. 269, 2405-2410 (1994).
46. G. H. Bird, A. R. Lajmi, J. A. Shin. Biopolymers 65, 10-20 (2002).
47. V. LeTilly and C. A. Royer. Biochemistry 32, 7753-7758 (1993).
48. C. Park, J. L. Campbell, W. A. Goddard III. J. Am. Chem. Soc. 117, 6287-6291 (1995).
49. T. Morii, J. Yamane, Y. Aizawa, K. Makino, Y. Sugiura. J. Am. Chem. Soc. 118, 10011-10017 (1996).
50. S. J. Metallo and A. Schepartz. Chem. Biol. 1, 143-151 (1994).
51. G. J. Foulds and F. A. Etzkorn. Nucleic Acids Res. 26, 4304-4305 (1998).
52. J. J. Hollenbeck and M. G. Oakley. Biochemistry 39, 6380-6389 (2000).
53. J. W. Sellers, A. C. Vincent, K. Struhl. Mol. Cell. Biol. 10, 5077-5086 (1990).
54. C. Takemoto and D. E. Fisher. Gene Express. 4, 311-317 (1995).
55. K. J. Kise, Jr. and J. A. Shin. Bioorg. Med. Chem. 9, 2485-2491 (2001).
56. L. Jen-Jacobson, L. E. Engler, L. A. Jacobson. Structure 8, 1015-1023 (2000).
57. A. Maxam and W. Gilbert. Methods Enzymol. 65, 499-560 (1980).