Label-free colorimetric detection of specific sequences in genomic DNA amplified by the polymerase chain reaction

Journal of the American Chemical Society

Volumn 126, Issue 35, 2004, Pages 10958-10961

  Li, Huixiang ^a   Rothberg, Lewis J ^a,b  

^a UNIVERSITY OF ROCHESTER   (United States)

^b University of Rochester   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HYBRIDIZATION; NANOPARTICLES;

ADSORPTION; AGGLOMERATION; COLORIMETRY; DISEASES; DNA; ENZYMES; GENES; NANOSTRUCTURED MATERIALS;

GOLD;

GENOMIC DNA; GOLD; NANOPARTICLE; SINGLE STRANDED DNA;

ARTICLE; ASSAY; COLORIMETRY; DNA SEQUENCE; ELECTRICITY; GENE AMPLIFICATION; HEART ARRHYTHMIA; HYBRIDIZATION; LONG QT SYNDROME; POLYMERASE CHAIN REACTION; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM; TEMPERATURE;

COLORIMETRY; DNA, SINGLE-STRANDED; GOLD COLLOID; POLYMERASE CHAIN REACTION;

EID: 4444277247     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja048749n     Document Type: Article

References (43)

1. Hood, L.; Galas, D. Nature 2003, 421, 444. Rees, J. Science 2002, 296, 698.
2. Hood, L.; Galas, D. Nature 2003, 421, 444. Rees, J. Science 2002, 296, 698.
3. Reed, R.; Holmes, D.; Weyers, J.; Jones, A. Practical Skills in Biomolecular Sciences; Addison-Wesley Longman Ltd.: Edinburgh Gate, Harlow, England, 1998. Walker, M. J.; Rapley, R. Molecular Biology and Biotechnology; The Royal Society of Chemistry: Thomas Graham House, Cambridge, UK, 2000.
4. Reed, R.; Holmes, D.; Weyers, J.; Jones, A. Practical Skills in Biomolecular Sciences; Addison-Wesley Longman Ltd.: Edinburgh Gate, Harlow, England, 1998. Walker, M. J.; Rapley, R. Molecular Biology and Biotechnology; The Royal Society of Chemistry: Thomas Graham House, Cambridge, UK, 2000.
5. Thiel, A. J.; Frutos, A. G.; Jordan, C. E.; Corn, R. M.; Smith, L. M. Anal. Chem. 1997, 69, 4948. Jordan, C. E.; Frutos, A. G.; Thiel, A. J.; Corn, R. M. Anal. Chem. 1997, 69, 4939. Nelson, B. P.; Grimsrud, T. E.; Liles, M. R.; Goodman, R. M.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2001, 73, 1. He, L.; Musick, M. D.; Nicewarner, S. R.; Salinas, F. G.; Benkovic, S. J.; Natan, M. J.; Keating, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9071.
6. Thiel, A. J.; Frutos, A. G.; Jordan, C. E.; Corn, R. M.; Smith, L. M. Anal. Chem. 1997, 69, 4948. Jordan, C. E.; Frutos, A. G.; Thiel, A. J.; Corn, R. M. Anal. Chem. 1997, 69, 4939. Nelson, B. P.; Grimsrud, T. E.; Liles, M. R.; Goodman, R. M.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2001, 73, 1. He, L.; Musick, M. D.; Nicewarner, S. R.; Salinas, F. G.; Benkovic, S. J.; Natan, M. J.; Keating, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9071.
7. Thiel, A. J.; Frutos, A. G.; Jordan, C. E.; Corn, R. M.; Smith, L. M. Anal. Chem. 1997, 69, 4948. Jordan, C. E.; Frutos, A. G.; Thiel, A. J.; Corn, R. M. Anal. Chem. 1997, 69, 4939. Nelson, B. P.; Grimsrud, T. E.; Liles, M. R.; Goodman, R. M.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2001, 73, 1. He, L.; Musick, M. D.; Nicewarner, S. R.; Salinas, F. G.; Benkovic, S. J.; Natan, M. J.; Keating, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9071.
8. Thiel, A. J.; Frutos, A. G.; Jordan, C. E.; Corn, R. M.; Smith, L. M. Anal. Chem. 1997, 69, 4948. Jordan, C. E.; Frutos, A. G.; Thiel, A. J.; Corn, R. M. Anal. Chem. 1997, 69, 4939. Nelson, B. P.; Grimsrud, T. E.; Liles, M. R.; Goodman, R. M.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2001, 73, 1. He, L.; Musick, M. D.; Nicewarner, S. R.; Salinas, F. G.; Benkovic, S. J.; Natan, M. J.; Keating, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9071.
9. Sueda, S.; Yuan, J. L.; Matsumoto, K. Bioconjugate Chem. 2002,13, 200. Paris, P. L.; Langenhan, J. M.; Kool, E. T. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3789. Lepecq, J. B.; Paoletti, C. J. Mol. Biol. 1967, 27, 87.
10. Sueda, S.; Yuan, J. L.; Matsumoto, K. Bioconjugate Chem. 2002,13, 200. Paris, P. L.; Langenhan, J. M.; Kool, E. T. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3789. Lepecq, J. B.; Paoletti, C. J. Mol. Biol. 1967, 27, 87.
11. Sueda, S.; Yuan, J. L.; Matsumoto, K. Bioconjugate Chem. 2002,13, 200. Paris, P. L.; Langenhan, J. M.; Kool, E. T. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3789. Lepecq, J. B.; Paoletti, C. J. Mol. Biol. 1967, 27, 87.
12. Bruchez, M.; Moronne, M.; Gin, P.; Weiss, S.; Alivisatos, A. P. Science 1998, 281, 2013. Gerion, D.; Parak, W. J.; Williams, S. C; Zanchet, D.; Micheel, C. M.; Alivisatos, A. P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7070. Chan, W. C. W.; Nie, S. M. Science 1998, 281, 2016.
13. Bruchez, M.; Moronne, M.; Gin, P.; Weiss, S.; Alivisatos, A. P. Science 1998, 281, 2013. Gerion, D.; Parak, W. J.; Williams, S. C; Zanchet, D.; Micheel, C. M.; Alivisatos, A. P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7070. Chan, W. C. W.; Nie, S. M. Science 1998, 281, 2016.
14. Bruchez, M.; Moronne, M.; Gin, P.; Weiss, S.; Alivisatos, A. P. Science 1998, 281, 2013. Gerion, D.; Parak, W. J.; Williams, S. C; Zanchet, D.; Micheel, C. M.; Alivisatos, A. P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7070. Chan, W. C. W.; Nie, S. M. Science 1998, 281, 2016.
15. Elghanian, R.; Storhoff, J. J.; Mucic, R. C.; Letsinger, R. L.; Mirkin, C. A. Science 1997, 277, 1078. Taton, T. A; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L. Science 2000, 289, 1757. Park, S. J.; Taton, T. A.; Mirkin, C. A. Science 2002, 295, 1503. Cao, Y. W. C.; Jin, R. C.; Mirkin, C. A. Science 2002, 297, 1536.
16. Elghanian, R.; Storhoff, J. J.; Mucic, R. C.; Letsinger, R. L.; Mirkin, C. A. Science 1997, 277, 1078. Taton, T. A; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L. Science 2000, 289, 1757. Park, S. J.; Taton, T. A.; Mirkin, C. A. Science 2002, 295, 1503. Cao, Y. W. C.; Jin, R. C.; Mirkin, C. A. Science 2002, 297, 1536.
17. Elghanian, R.; Storhoff, J. J.; Mucic, R. C.; Letsinger, R. L.; Mirkin, C. A. Science 1997, 277, 1078. Taton, T. A; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L. Science 2000, 289, 1757. Park, S. J.; Taton, T. A.; Mirkin, C. A. Science 2002, 295, 1503. Cao, Y. W. C.; Jin, R. C.; Mirkin, C. A. Science 2002, 297, 1536.
18. Elghanian, R.; Storhoff, J. J.; Mucic, R. C.; Letsinger, R. L.; Mirkin, C. A. Science 1997, 277, 1078. Taton, T. A; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L. Science 2000, 289, 1757. Park, S. J.; Taton, T. A.; Mirkin, C. A. Science 2002, 295, 1503. Cao, Y. W. C.; Jin, R. C.; Mirkin, C. A. Science 2002, 297, 1536.
19. Maxwell, D. J.; Taylor, J. R.; Nie, S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9606.
20. Dubertret, B.; Calame. M.; Libchaber. A. J. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 365.
21. Sato, K.; Hosokawa, K.; Maeda, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8102.
22. Gaylord, B. S.; Heeger, A. J.; Bazan, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 896.
23. Rolfs, A.; Schuller, I.; Finckh, U.; Weber-Rolfs, I. PCR: Clinical Diagnostics and Research; Springer-Verlag: Berlin, Heidelberg, 1992. Southern, E. M. J. Mol. Biol. 1975, 503.
24. Rolfs, A.; Schuller, I.; Finckh, U.; Weber-Rolfs, I. PCR: Clinical Diagnostics and Research; Springer-Verlag: Berlin, Heidelberg, 1992. Southern, E. M. J. Mol. Biol. 1975, 503.
25. Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L.; Mucic, R. C.; Storhoff, J. J. Nature 1996, 382, 607. Alivisatos, A. P.; Johnsson, K. P.; Peng, X. G.; Wilson, T. E.; Loweth, C. J.; Bruchez, M. P.; Schultz, P. G. Nature 1996, 382, 609.
26. Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L.; Mucic, R. C.; Storhoff, J. J. Nature 1996, 382, 607. Alivisatos, A. P.; Johnsson, K. P.; Peng, X. G.; Wilson, T. E.; Loweth, C. J.; Bruchez, M. P.; Schultz, P. G. Nature 1996, 382, 609.
27. Chakrabarti, R.; Klibanov, A. M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 12531.
28. Loweth, C. J.; Caldwell, W. B.; Peng, X. G.; Alivisatos, A. P.; Schultz, P. G. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 1808.
29. Mbindyo, J. K. N.; Reiss, B. D.; Martin, B. R.; Keating, C. D.; Natan, M. J.; Mallouk, T. E. Adv. Mater. 2001, 13, 249.
30. Graham, D.; Mallinder, B. J.; Smith, W. E. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 1061.
31. Hunter, R. J. Foundations of Colloid Science; Oxford University Press Inc.: New York, 2001. Shaw, D. J. Colloid and Surface Chemistry; Butterworth-Heinemann Ltd.: Oxford, 1991.
32. Hunter, R. J. Foundations of Colloid Science; Oxford University Press Inc.: New York, 2001. Shaw, D. J. Colloid and Surface Chemistry; Butterworth-Heinemann Ltd.: Oxford, 1991.
33. Friedberg, E. C. Nature 2003, 421, 436.
34. Futreal, P. A.; Kasprzyk, A.; Birney, E.; Mullikin, J. C.; Wooster, R.; Stratton, M. R. Nature 2002, 409, 850.
35. Quinten, M.; Kreibig, U. Surf. Sci. 1986, 172, 557.
36. Lazarides, A. A.; Schatz, G. C. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 460. Storhoff, J. J.; Lazarides, A. A.; Mucic, R, C.; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L.; Schatz, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4640.
37. Lazarides, A. A.; Schatz, G. C. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 460. Storhoff, J. J.; Lazarides, A. A.; Mucic, R, C.; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L.; Schatz, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4640.
38. Grabar, K. C.; Freeman, R. G.; Hommer, M. B.; Natan, M. J. Anal. Chem. 1995, 67, 735.
39. Bloomfield, V. A.; Crothers, D. M.; Tinoco, J. R., I. Nuclei Acids: Structures, Properties, and Functions; University Science Books: Sausalito, CA, 1999.
40. Priori, S. G.; Napolitano, C.; Vicentini, A. J. Interv. Card. Electr. 2003, 9, 93.
41. Splawski, I.; Shen, J. X.; Timothy, K. W.; Lehmann, M. H.; Priori, S.; Robinson, J. L.; Moss, A. J.; Schwartz, P. J.; Towbin, J. A.; Vincent, G. M.; Keating, M. T. Circulation 2000, 102, 1178.
42. Fodor, S. P. A.; Rava, R. P.; Huang, X. H. C.; Pease, A. C.; Holmes, C. P.; Adams, C. L. Nature 1993, 364, 555. Chee, M.; Yang, R.; Hubbell, E.; Berno, A.; Huang, X. C.; Stern, D.; Winkler, J.; Lockhart, D. J.; Morris, M. S.; Fodor, S. P. A. Science 1996, 274, 610.
43. Fodor, S. P. A.; Rava, R. P.; Huang, X. H. C.; Pease, A. C.; Holmes, C. P.; Adams, C. L. Nature 1993, 364, 555. Chee, M.; Yang, R.; Hubbell, E.; Berno, A.; Huang, X. C.; Stern, D.; Winkler, J.; Lockhart, D. J.; Morris, M. S.; Fodor, S. P. A. Science 1996, 274, 610.