The use of proteomics to study infectious diseases

Infectious Disorders - Drug Targets

Volumn 8, Issue 1, 2008, Pages 31-45

  List, E O ^a   Berryman, D E ^a   Bower, B ^a   Sackmann Sala, L ^a   Gosney, E ^a   Ding, J ^a   Okada, S ^a,b   Kopchick, J J ^a  

^a OHIO UNIVERSITY   (United States)

^b OHIO UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

AIDS; Hepatitis; HIV; Malaria; Measles; Meningitis; Proteomics; Tuberculosis

Indexed keywords

ALPHA 1 ANTITRYPSIN; ALPHA FETOPROTEIN; ANTIRETROVIRUS AGENT; ARTEMETHER; ARTEMETHER PLUS BENFLUMETOL; BACTERIAL PROTEIN; BCG VACCINE; BENFLUMETOL; CARRIER PROTEIN; CELL PROTEIN; CYCLOPHILIN; CYCLOSPORIN A; FUNGAL PROTEIN; HEPATITIS B SURFACE ANTIGEN; ISONIAZID; MALARIA VACCINE; MEASLES MUMPS RUBELLA VACCINE; MEASLES VACCINE; MEMBRANE PROTEIN; MENINGITIS VACCINE; MIGRATION INHIBITION FACTOR; PEGINTERFERON; PERTUSSIS VACCINE; PROTOZOAL PROTEIN; QUINOLINOL DERIVATIVE; RIBAVIRIN; SUPEROXIDE DISMUTASE; UNINDEXED DRUG; VASCULOTROPIN; VIRUS PROTEIN;

ANTIBIOTIC RESISTANCE; ANTIVIRAL ACTIVITY; BACTERIAL GROWTH; BACTERIAL PNEUMONIA; BACTERIAL VIRULENCE; BACTERIUM IDENTIFICATION; COGNITIVE DEFECT; COMMUNICABLE DISEASE; DIAGNOSTIC VALUE; DRUG TARGETING; EPIDEMIC MENINGITIS; FUNGAL MENINGITIS; FUNGAL VIRULENCE; HAEMOPHILUS INFLUENZAE TYPE B; HEPATITIS B; HEPATITIS C; HOST PARASITE INTERACTION; HUMAN; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS INFECTION; LIVER CANCER; LOWER RESPIRATORY TRACT INFECTION; MEASLES; MENINGITIS; MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS; NITROSATIVE STRESS; NONHUMAN; PARASITE DEVELOPMENT; PERTUSSIS; PLASMODIUM BERGHEI; PLASMODIUM FALCIPARUM; PROTEIN BLOOD LEVEL; PROTEIN DETERMINATION; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN MICROARRAY; PROTEOMICS; PROTOZOAL GENETICS; REVIEW; STRAIN DIFFERENCE; SURFACE ENHANCED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; SYPHILIS; TETANUS; TREATMENT OUTCOME; TUBERCULOSIS; VIRUS CARCINOGENESIS; VIRUS HEPATITIS; VIRUS VIRULENCE;

ANIMALS; ANTI-INFECTIVE AGENTS; COMMUNICABLE DISEASES; DRUG DELIVERY SYSTEMS; GENOMICS; HUMANS; PROTEOMICS;

EID: 43449136478     PISSN: 18715265     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/187152608784139640     Document Type: Review

References (158)

1. Khochbin, S.; Gorka, C.; Lawrence, J. J. FEBS Lett., 1991, 283, 65.
2. Rousseau, D.; Khochbin, S.; Gorka, C.; Lawrence, J. J.; Eur. J. Biochem., 1992, 208, 775.
3. Anderson, L.; Seilhamer, J. Electrophoresis, 1997, 18, 533.
4. Baltimore, D. Nature, 2001, 409, 814.
5. Niehrs, C.; Pollet, N. Nature, 1999, 402, 483.
6. Futcher, B.; Latter, G. I.; Monardo, P.; Mclaughlin, C. S.; Garrels, J. I. Mol. Cell. Biol., 1999, 19, 7357.
7. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drew, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature, 2002, 415, 141.
8. Baltimore, D. Nature, 2002, 409, 814.
9. Nature, 2004, 431, 931.
10. Birney, E.; Andrews, D.; Caccamo, M.; Chen, Y.; Clarke, L.; Coates, G.; Cox, T.; Cunningham, F.; Curwen, V.; Cutts, T.; Down, T.; Durbin, R.; Fernandez-Suarez, X. M.; Flicek, P.; Graf, S.; Hammond, M.; Herrero, J.; Howe, K.; Iyer, V.; Jekosch, K.; Kahari, A.; Kasprzyk, A.; Keefe, D.; Kokocinski, F.; Kulesha, E.; London, D.; Longden, I.; Melsopp, C.; Meidl, P.; Overduin, B.; Parker, A.; Proctor, G.; Prlic, A.; Rae, M.; Rios, D.; Redmond, S.; Schuster, M.; Sealy, I.; Searle, S.; Severin, J.; Slater, G.; Smedley, D.; Smith, J.; Stabenau, A.; Stalker, J.; Trevanion, S.; Ureta-Vidal, A.; Vogel, J.; White, S.; Woodwark, C.; Hubbard, T. J. Nucleic Acids Res., 2006, 34, D556.
11. Service, R. F. Science, 2001, 294, 2074.
12. List, E. O.; Berryman, D. E.; Palmer, A. J.; Qiu, L.; Sankaran, S.; Kohn, D. T.; Kelder, B.; Okada, S.; Kopchick, J. J. Proteomics. 2007, 7, 1140.
13. List, E. O.; Berryman, D. E.; Palmer, A. J.; Gosney, E.; Okada, S.; Kelder, B.; Lichtenberg, J.; Welch, L. R.; Kopchick, J. J. Scalable Computing: Practice and Experience, 2007, 8, 173.
14. Ochoa, M. L.; Harrington, P. B. Anal. Chem., 2005, 77, 5258.
15. Keppler, D.; Walter, R.; Perez, C.; Sierra, F. Cell Tissue Res., 2000, 302, 181.
16. Helenius, M.; Kyrylenko,. S.; Vehvilainen, P.; Salminen, A. Antioxid Redox Signal, 2001, 3, 147.
17. Rabilloud, T. Poteome research: Two-dimensional gel electrophoresis and identification methods. Springer Berlin, 2000, p 1.
18. Banks, R. E.; Dunn, M. J.; Hochstrasser, D. F.; Sanchez, J. C.; Blackstock, W.; Pappin, D. J.; Selby, P. J. Lancet, 2000, 356, 1749.
19. Eisenberg, D.; Marcotte, E. M.; Xenarios, I.; Yeates, T. O. Nature, 2000, 405, 823.
20. Pandey, A.; Mann, M. Nature, 2000, 405, 837.
21. Naaby-Hansen, S.; Waterfield, M. D.; Cramer, R. Trends Pharmacol Sci., 2001, 22, 376.
22. Guo, Y., Fu, Z.; Van Eyk, J. E. Proc. Am. Thorac. Soc., 2007, 4, 9.
23. Tao, S.; Chen, C.; Zhu, H. Comb Chem High Throughput Screen, 2007, 10, 706.
24. Feng, J. T.; Liu, Y. K.; Song, H. Y.; Dai, Z.; Qin, L. X.; Almofti, M. R.; Fang, C. Y.; Lu, H. J.; Yang, P. Y.; Tang, Z. Y. Proteomics., 2005, 5, 4581.
25. Lopez, J. B. Clin. Biochem. Rev., 2005, 26, 65.
26. Kuramitsu, Y.; Nakamura, K. Expert Rev. Proteomics., 2005, 2, 589.
27. Parent, R.; Beretta, L. J. Hepatol., 2005, 43, 177.
28. Steel, L. F.; Shumpert, D.; Trotter, M.; Seeholzer, S. H.; Evans, A. A.; London, W. T.; Dwek, R.; Block, T. M. Proteomics., 2003, 3, 601.
29. He, Q. Y.; Lau, G. K.; Zhou, Y.; Yuen, S. T.; Lin, M. C.; Kung, H. F.; Chiu, J. F. Proteomics, 2003, 3, 666.
30. Comunale, M. A.; Mattu, T. S.; Lowman, M. A.; Evans, A. A.; London, W. T.; Semmes, O. J.; Ward, M.; Drake, R.; Romano, P. R.; Steel, L. F.; Block, T. M.; Mehta, A. Proteomics, 2004, 4, 826.
31. Block, T. M.; Comunale, M. A.; Lowman, M.; Steel, L. F.; Romano, P. R.; Fimmel, C.; Tennant, B. C.; London, W. T.; Evans, A. A.; Blumberg, B. S.; Dwek, R. A.; Mattu, T. S.; Mehta, A. S. Proc. Natl. Acad Sci. USA, 2005, 102, 779.
32. Le Naour, F.; Brichory, F.; Misek, D. E.; Brechot, C.; Hanash, S. M.; Beretta, L. Mol. Cell. Proteomics., 2002, 1, 197.
33. Fukuda, Y.; Yotsuyanagi, H.; Ooka, S.; Sekine, T.; Koike, J.; Takano, T.; Suzuki, M.; Itoh, F.; Nishioka, K.; Kato, T. Hum. Immunol., 2004, 65, 1530.
34. Takashima, M.; Kuramitsu, Y.; Yokoyama, Y.; Iizuka, N.; Harada, T.; Fujimoto, M.; Sakaida, I.; Okita, K.; Oka, M.; Nakamura, K. Proteomics, 2006, 6, 3894.
35. Paradis, V.; Asselah, T.; Dargere, D.; Ripault, M. P.; Martinot, M.; Boyer, N.; Valla, D.; Marcellin, P.; Bedossa, P. Gastroenterology, 2006, 130, 2189.
36. Ward, D. G.; Cheng, Y.; N'Kontchou, G.; Thar, T. T.; Barget, N.; Wei, W.; Martin, A.; Beaugrand, M.; Johnson, P. J. Br. J. Cancer, 2006, 95, 1379.
37. Poon, H. F.; Shepherd, H. M.; Reed, T. T.; Calabrese, V.; Stella, A. M.; Pennisi, G.; Cai, J.; Pierce, W. M.; Klein, J. B.; Butterfield, D. A. Neurobiol Aging, 2005.
38. Cui, J.; Kang, X.; Dai, Z.; Huang, C.; Zhou, H.; Guo, K.; Li, Y.; Zhang, Y.; Sun, R.; Chen, J.; Li, Y.; Tang, Z.; Uemura, T.; Liu, Y. J. Cancer Res. Clin. Oncol, 2007, 133, 825.
39. Schwegler, E. E.; Cazares, L.; Steel, L. F.; Adam, B. L.; Johnson, D. A.; Semmes, O. J.; Block, T. M.; Marrero, J. A.; Drake, R. R. Hepatology, 2005, 41, 634.
40. Lee, T. H.; Tai, D. I.; Cheng, C. J.; Sun, C. S.; Lin, C. Y.; Sheu, M. J.; Lee, W. P.; Peng, C. Y.; Wang, A. H.; Tsai, S. L. J. Biomed. Sci., 2006, 13, 27.
41. Gabel, T.; Vorderwulbecke, S.; Hauck, K.; Fey, H.; Haussinger, D.; Erhardt A. World J. Gastroenterol, 2006, 12, 7604.
42. Diamond, D. L.; Jacobs, J. M.; Paeper, B.; Proll, S. C.; Gritsenko, M. A.; Carithers, R, L., Jr.; Larson, A. M.; Yeh, M. M.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D.; Katze, M. G, Hepatology., 2007, 46, 649.
43. Yu, K.; Sheng, G.; Sheng, J.; Chen, Y.; Xu, W.; Liu, X.; Cao, H.; Qu, H.; Cheng, Y.; Li, L. J. Proteome. Res., 2007, 6, 2413.
44. Lim, S. O.; Park, S. J.; Kim, W.; Park, S. G.; Kim, H. J.; Kim, Y. I.; Sohn, T. S.; Noh, J. H.; Jung, G. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2002, 291, 1031.
45. Cui, F.; Wang, Y.; Wang, J.; Wei, K.; Hu, J.; Liu, F.; Wang, H.; Zhao, X.; Zhang, X.; Yang, X. Proteomics., 2006, 6, 498.
46. Zhao, C.; Fang, C. Y.; Tian, X. C.; Wang, L.; Yang, P. Y.; Wen, Y. M. J. Med. Virol., 2007, 79, 1478.
47. Yang, F.; Yari, S.; He. Y.; Wang, F.; Song, S.; Guo, Y.; Zhou, Q.; Wang, Y.; Lin, Z.; Yang, Y.; Zhang, W.; Sun, S. J. Hepatol., 2008, 48, 12.
48. Yokoyama, Y.; Kuramitsu, Y.; Takashima, M.; Iizuka, N.; Terai, S.; Oka, M.; Nakamura, K.; Okita, K.; Sakaida, I. Int. J. Oncol., 2006, 28, 625.
49. Kim, W.; Lim, S. O.; Kim, J. S.; Ryu, Y. H.; Byeon, J. Y.; Kim H. J.; Kim, Y. I.; Heo, J. S.; Park, Y. M.; Jung, G. Clin Cancer Res., 2003, 9, 5493.
50. Takashima, M.; Kuramitsu, Y.; Yokoyama, Y.; Iizuka, N.; Fujimoto, M.; Nishisaka, T.; Okita, K.; Oka, M.; Nakamura, K. Proteomics, 2005, 5, 1686.
51. Kuramitsu, Y.; Harada, T.; Takashima, M.; Yokoyama, Y.; Hidaka, I.; Iizuka, N.; Toda, T.; Fujimoto, M.; Zhang, X.; Sakaida, I.; Okita, K.; Oka, M.; Nakamura, K. Electrophoresis, 2006, 27, 1651.
52. Blanc, J. F.; Lalanne,C.; Plomion, C.; Schmitter, J. M.; Bathany, K.; Gion, J. - M.; Bioulac-Sage, P.; Balabaud, C.; Bonneu, M.; Rosenbaum, J. Proteomics, 2005, 5, 3778.
53. Tan, T. L.; Chen, W. N. J. Clin. Virol., 2005, 33, 293.
54. Xie, H. Y.; Xia, W. L.; Zhang, C. C.; Wu, L. M.; Ji, H. F.; Cheng, Y.; Zheng, S. S. Acta Pharmacol. Sin., 2007, 28, 975.
55. Yan, W.; Lee, H.; Deutsch, E. W.; Lazaro, C. A.; Tang, W.; Chen, E.; Fausto, N.; Katze, M. G.; Aebersold, R. Mol. Cell Proteomics, 2004, 3, 1039.
56. Kang, S. M.; Shin, M. J.; Kim, J. H.; Oh, J. W. Proteomics, 2005, 5, 2227.
57. Sato, S.; Fukasawa, M.; Yamakawa, Y.; Natsume, T.; Suzuki, T.; Shoji, I.; Aizaki, H.; Miyamura, T.; Nishijima, M. J. Biochem., 2006, 139, 921.
58. Tingting, P.; Caiyun, F.; Zhigang, Y.; Pengyuan, Y.; Zhenghong, Y. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2006, 347, 683.
59. Lu, H.; Li, W.; Noble, W. S.; Payan, D.; Anderson, D. C. J. Proteome. Res., 2004, 3, 949.
60. Choi, Y. W.; Tan, Y. J.; Lim, S. G.; Hong, W.; Goh, P. Y. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2004, 318, 514.
61. Mannova, P.; Fang, R.; Wang, H.; Deng, B.; McIntosh, M. W.; Hanash, S. M.; Beretta, L. Mol. Cell Proteomics, 2006, 5, 2319.
62. Yi, Z.; Fang, C.; Pan, T.; Wang, J.; Yang, P.; Yuan, Z. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2006, 350, 174.
63. World Health Report 2004.
64. Yip, T. T.; Chan, W.; Cho, W. C., Yip, T. T.; Wang, Z.; Kwan, T. L.; Law, S. C.; Tsang, D. N.; Chan, J. K.; Lee, K.C.; Cheng, W. W.; Ma, V. W.; Yip, C., Lim, C. K.; Ngan, R. K.; Au, J. S.; Chan, A.; Lim, W. W. Clin Chem., 2005, 51, 47.
65. Bai, Y.; Galetskiy, D.; Damoc, E.; Paschen, C.; Liu, Z.; Griese, M.; Liu, S.; Przybylski, M. Proteomics, 2004, 4, 2300.
66. Thoren, K.; Gustafsson, E.; Clevnert, A.; Langan, T.; Bergstrom, J.; Nilsson, C. L. J. Chromatogr. B. Analyt Technol. Biomed Life Sci., 2002, 782, 219.
67. Johri, A. K.; Margarit, I.; Broenstrup, M.; Brettoni, C.; Hua, L.; Gygi, S. P.; Telford, J. L.; Grandi, G.; Paoletti, L. C. Infect. Immun., 2007, 75, 1473.
68. Lee, K. J.; Bae, S. M.; Lee, M. R.; Yeon, S. M.; Lee, Y. H.; Kim, K. S. Proteomics, 2006, 6, 1274.
69. Gallaher, T. K.; Wu, S.; Webster, P.; Aguilera, R. BMC. Microbiol., 2006, 6, 65.
70. Chung, J. W.; Ng-Thow-Hing, C.; Budman, L. I.; Gibbs, B. F.; Nash, J. H.; Jacques, M.; Coulton, J. W. Proteomics, 2007, 7, 1854.
71. Pinto, P. M.; Chemale, G.; de Castro, L. A.; Costa, A. P.; Kich, J. D.; Vainstein, M. H.; Zaha, A.; Ferreira, H. B. Vet. Microbiol., 2007, 121, 83.
72. Agranoff, D.; Fernandez-Reyes, D.; Papadopoulos, M. C.; Rojas, S. A.; Herbster, M.; Loosemore, A.; Tarelli, E.; Sheldon, I.; Schwenk, A.; Pollak, R.; Rayner, C. F.; Krishna, S. Lancet, 2006, 368, 1012.
73. Hettick, J. M.;, Kashon, M. L.; Slaven, J. E.; Ma, Y.; Simpson, J. P.; Siegel, P. D.; Mazurek, G. N.; Weissman, D. N. Proteomics, 2006, 6, 6416.
74. Jungblut, P. R.; Schaible, U. E.; Mollenkopf, H. J.; Zimny-Arndt, U.; Raupach, B.; Mattow, J.; Halada, P.; Lamer, S.;.Hagens, K.; Kaufmann, S. H. Mol. Microbiol., 1999, 33, 1103.
75. Ptoteome Databade System for Microbial Research at Max Planck Institute for Infection Biology. http:/Avww.mpiib-berlin.mpg.de/2D-PAGE (January 28, 2008).
76. Jiang, X.; Zhang, W.; Gao, F.; Huang, Y.; Lv, C.; Wang, H. Microb. Drug. Resist., 2006, 12, 231.
77. Sinba, S.; Kosalai, K.; Arora, S.; Namane, A.; Sharma, P.; Gaikwad, A. N.; Brodin, P.; Cole, S. T. Microbiology, 2005, 151, 2411.
78. Xiang, Y.; Chalmers, M. J.; Gao, F. P.; Cross, T. A.; Marshall, A. G. J. Proteome. Res., 2005, 4, 855.
79. Gu, S.; Chen, J.; Dobos, K. M.; Bradbury, E. M.; Belisle, J. T.; Chen, X. Mol. Cell. Proteomics, 2003, 2, 1284.
80. Mawuenyega, K. G.; Forst, C. V.; Dobos, K. M.; Belisle, J. T.; Chen, J.; Bradbury, E. M.; Bradbury, A. R.; Chen, X. Mol. Biol. Cell, 2005, 16, 396.
81. Bahk, Y. Y.; Kim, S. A.; Kim, J. S.; Euh, H. J.; Bai, G. H.; Cho, S. N.; Kim, Y. S. Proteomics, 2004, 4, 3299.
82. Mattow, J.; Schaible, U. E.; Schmidt, F.; Hagens, K.; Siejak, F.; Brestrich, G.; Haeselbarth, G.; Muller, E. C.; Jungblut, P. R.; Kaufmann, S. H. Electrophoresis, 2003, 24, 3405.
83. Molle, V.; Zanella-Cleon, I.; Robin, J. P.; Mallejac, S.; Cozzone, A. J.; Becchi, M. Proteomics, 2006, 6, 3754.
84. Villarino, A.; Duran, R.; Wehenkel, A.; Fernandez, P.; England, P.; Brodin, P.; Cole, S. T.; Zimny-Arndt, U.; Jungblut, P. R.; Cervenansky, C.; Alzari, P. M. J. Mol. Biol. 2005, 350, 953.
85. Mattow, J.; Siejlak, F.; Hagens, K.; Becher, D.; Albrecht, D.; Krah, A.; Schmidt, F.; Jungblut, P. R.; Kaufmann, S. H.; Schaible, U. E. Proteomics, 2006, 6, 2485.
86. Fortune, S. M.; Jaeger, A.; Sarracino, D. A.; Chase, M. R.; Sassetti, C. M.; Sherman, D. R.; Bloom, B. R.; Rubin, E. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2005, 102, 10676.
87. Rison, S. C.; Mattow, J.; Jungblut, P. R.; Stoker, N. G. Microbiology, 2007, 153, 521.
88. Guinovart, C.; Navia, M. M.; Tanner, M.; Alonso, P. L. Curr. Mol. Med., 2006, 6, 137.
89. Gardner, M. J.; Hall, N.; Fung, E.; White, O.; Berriman, M.; Hyman, R. W.; Carlton, J. M.; Pain, A.; Nelson, K. E.; Bowman, S.; Paulsen, I. T.; James, K.; Eisen, J. A.; Rutherford, K.; Salzberg, S. L.; Craig, A.; Kyes, S.; Chan, M. S.; Nene, V.; Shallom, S. J., Sub, B.; Peterson, J.; Angiuoli, S.; Pertea, M.; Allen, J.; Selengut, J.; Haft, D.; Mather, M. W.; Vaidya, A. B.; Martin, D. M.; Fairlamb; A. H.; Fraunholz, M. J.; Roos, D. S.; Ralph, S. A.; McFadden, G. I.; Cummings, L. M.; Subramanian, G. M.; Mungall, C.; Venter, J. C.; Carucci, D. J.; Hoffman, S. L.; Newbold, C.; Davis, R. W.; Fraser, C. M.; Barrell, B. Nature, 2002, 419, 498.
90. Florens, L.; Washburn, M. P.; Raine, J. D.; Anthony, P. M.; Grainger, M.; Haynes, J. D.; Mach, J. K.; Muster, N.; Sacci, J. B.; Tabb, D. J.; Witney, A. A.; Wolters, D.; Wu, Y.; Gardner, M. J.; Holder, A. A.; Sinden, R. E.; Yates, J. R.; Carucci, D. J. Nature, 2002, 419, 520.
91. Lasonder, E.; Ishihama, Y.; Andersen, J. S.; Vermunt, A. M.; Pain, A.; Sauerwein, R. W.; Eling, W. M.; Hall, N.; Waters, A. P.; Stunnenberg, H. G.; Mann, M. Nature, 2002, 419, 537.
92. Hall, N.; Karras, M.; Raine, J. D.; Carlton, J. M.; Kooij, T. W.; Berriman, M.; Florens, L.; Janssen, C. S.; Pain, A.; Christophides, G. K.; James, K.; Rutherford, K.; Harris, B.; Harris, D.; Churcher, C.; Quail, M. A.; Ormond, D.; Doggett, J.; Trueman, H. E.; Mendoza, J.; Bidwell, S. L.; Rajandream, M. A.; Carucci, D. J.; Yates, J. R., 3rd; Kafatos, F. C.; Janse, C. J.; Barrell, B.; Turner, C. M.; Waters, A. P.; Sinden, R. E. Science, 2005, 307, 82.
93. Khan, S. M.; Franke-Fayard, B.; Mair, G. R.; Lasonder, E.; Janse, C. J.; Mann, M.; Waters, A. P. Cell, 2005, 121, 675.
94. Florens, L.; Liu, X.; Wang, Y.; Yang, S.; Schwartz, O.; Peglar, M.; Carucci, D. J.; Yates, J. R., 3rd; Wub, Y. Mol. Biochem. Parasitol., 2004, 135, 1.
95. Kotsyfakis, M.; Ehret-Sabatier, L.; Siden-Kiamos, I.; Mendoza, J.; Sinden, R. E.; Louis, C. Mol. Microbiol., 2005, 57, 171.
96. Li, J.; Riehle, M. M.; Zhang, Y.; Xu, J.; Oduol, F.; Gomez, S. M.; Eiglmeier, K.; Ueberheide, B. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Ribeiro, J. M.; Vernick, K. D. Genome. Biol., 2006, 7, R24.
97. Hurd, H. Annu. Rev. Entomol., 2003, 48, 141.
98. Lefevre, T.; Thomas, F.; Schwartz, A.; Levashina, E.; Blandin, S.; Brizard, J. P.; Le Bourligu, L.; Demettre, E.; Renaud, F.; Biron, D. G. Proteomics., 2007, 7, 1908.
99. Greenbaum, D. C.; Baruch, A.; Grainger, M.; Bozdech, Z.; Medzihradszky, K. F.; Engel, J.; DeRisi, J.; Holder, A. A.; Bogyo, M. Science, 2002, 298, 2002.
100. Sam-Yellowe, T. Y.; Florens, L.; Johnson, J. R.; Wang, T.; Drazba, J. A.; Le Roch, K. G.; Zhou, Y.; Batalov, S.; Carucci, D. J.; Winzeler, E. A.; Yates, J. R. 3rd, Genome Res., 2004, 14, 1052.
101. Nirmalan, N.; Flett, F.; Skinner, T.; Hyde, J. E.; Sims, P. F. J. Proteome. Res., 2007, 6, 3780.
102. Graves, P. R.; Kwrek, J. J.; Fadden, P.; Ray, R.; Hardeman, K.; Coley, A. M.; Foley, M.; Haystead, T. A. Mol. Pharmacol., 2002, 62, 1364.
103. Makanga, M.; Bray, P. G.; Horrocks, P.; Ward, S. A. Proteomics, 2005, 5, 1849.
104. Sanders, P. R.; Gilson, P. R.; Cantin, G. T.; Greenbaum, D. C.; Nebl, T.; Carucci, D. J.; McConville, M. J.; Schofield, L.; Hodder, A. N.; Yates, J. R., 3rd; Crabb, B. S. J. Biol. Chem., 2005, 280, 40169.
105. Gilson, P. R.; Nebl, T.; Vukcevic, D.; Moritz, R. L.; Sargeant, T.; Speed, T. P.; Schofield, L.; Crabb, B. S. Mol. Cell Proteomics, 2006, 5, 1286.
106. Loussert-Ajaka, I.; Chaix, M. L.; Korber, B.; Letourneur, F.; Gomas, E.; Allen, E.; Ly, T. D.; Brun-Vezinet, F.; Simon, F.; Saragosti, S. J. Virol., 1995, 69, 5640.
107. Bodelle, P.; Vallari, A.; Coffey, R.; McArthur, C. P.; Beyeme, M.; Devare, S. G.; Schochetman, G.; Brennan, C. A. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2004, 20, 902.
108. Berger, J. R.; Avison, M.; Mootoor, Y.; Beach, C. J. Neurovirol., 2005, 11, 557.
109. Laspiur, J. P.; Anderson, E. R.; Ciborowski, P.; Wojna, V.; Rozek, W.; Duan, F.; Mayo, R.; Rodriguez, E.; Plaud-Valentin, M.; Rodriguez-Orengo, J.; Gendelman, H., E.; Melendez, L. M. J. Neuroimmunol., 2007, 192, 157.
110. Ciborowski, P.; Kadiu, I.; Rozek, W.; Smith, L.; Bernhardt, K.; Fladseth, M.; Ricardo-Dukelow, M.; Gendelman, H. E. Virology, 2007, 363, 198.
111. Ricardo-Dukelow, M.; Kadiu, I.; Rozek, W.; Schlautman, J.; Persidsky, Y.; Ciborowski, P.; Kanmogne, G. D.; Gendelman, H. E. J. Neuroimmunol., 2007, 185, 37.
112. Rozek, W.; Ricardo-Dukelow, M.; Holloway, S.; Gendelman, H. E.; Wojna, V.; Melendez, L. M.; Ciborowski, P. J. Proteome. Res., 2007, 6, 4189.
113. Sachdeva, N.; Yoon, H. S.; Oshima, K.; Garcia, D.; Goodkin, K.; Asthana, D. Scand. J. Immunol., 2007, 65, 549.
114. Killebrew, D. A.; Troelstrup, D.; Valcour, V.; Williams, A.; Aguon, J.; Sapalo, D.; Shikama, C.; Ratto-Kim, S.; Shiramizu, B. Cell Mol. Biol. (Noisy-le-grand) 2005, 51, Suppl, OL745.
115. Relucio, K. I.; Beernink, H. T.; Chen, D.; Israelski, D. M.; Kim, R.; Holodniy, M. J. Proteome. Res., 2005, 4, 227.
116. Arnaud, M. C.; Gazarian, T.; Rodriguez, Y. P.; Gazarian, K.; Sakanyan, V. Proteomics, 2004, 4, 1959.
117. Neuman de Vegvar, H. E.; Amara, R. R.; Steinman, L.; Utz, P. J.; Robinson, H. L.; Robinson, W. H. J. Virol., 2003, 77, 11125.
118. Durand, M. L.; Calderwood, S. B.; Weber, D. J.; Miller, S. I.; Southwick, F. S.; Caviness, V. S. Jr.; Swatz, M. N. N. Engl. J. Med., 1993, 328, 21.
119. Peltola, H. Clin. Microbiol. Rev., 2000, 13, 302.
120. Meningitis outbreak kills thousands in Africa. http://www.newscientist.com/article/ dn11404-meningitis-outbreak-kills-thousands-in-africa.html (January 28, 2008).
121. Parkhill, J.; Achtman, M.; James, K. D.; Bentley, S. D.; Churcher, C.; Klee, S. R.; Morelli, G.; Basham D.; Brown, D.; Chillingworth, T.; Davies, R. M.; Davis, P.; Devlin, K.; Feltwell, T.; Hamlin, N.; Holroyd, S.; Jagels, K.; Leather, S.; Moule, S.; Mungall, K.; Quail, M. A.; R:ajandream, M. A.; Rutherford, K. M.; Simmonds, M.; Skelton, J.; Whitehead, S.; Spratt, B. G.; Barrell, B. G. Nature, 2000, 404, 502.
122. Tettelin, H.; Saunders, N. J.; Heidelberg, J.; Jeffries, A. C.; Nelson, K. E.; Eisen, J. A.; Ketchum, K. A.; Hood, D. W.; Peden, J. F.; Dodson, R. J.; Nelson, W. C.; Gwinn, M. L.; DeBoy, R.; Peterson, J. D.; Hickey, E. K.; Haft, D. H.; Salzberg, S. L.; White, O.; Fleischmann, R. D.; Dougherty, B. A.; Mason, T.; Ciecko, A.; Parksey, D. S.; Blair. E.; Cittone, H.; Clark, E. B.; Cotton, M. D.; Utterback, T. R.; Khouri, H.; Qin, H.; Vamathevan, J.; Gill, J.; Scarlato, V.; Masignani, V.; Pizza, M.; Grandi, G.; Sun, L.; Smith, H. O.; Fraser, C. M.; Moxon, E. R.; Rappuoli, R.; Venter, J. C. Science, 2000, 287, 1809.
123. Bernardini, G.; Renzone, G.; Comanducci, M.; Mini, R.; Arena, S.; D'Ambrosio, C.; Bambini, S.; Trabalzini, L.; Grandi, G.; Martelli, P.; Achtman, M.; Scaloni, A.; Ratti, G.; Santucci, A. Proteomics, 2004, 4, 2893.
124. Mignogna, G.; Giorgi, A.; Stefanelli, P.; Neri, A.; Colotti, G.; Maras, B.; Schinina, M. E. J. Proteome Res., 2005, 4, 1361.
125. Dietrich, G.; Kurz, S.; Hubner, C.; Aepinus, C.; Theiss, S.; Guckenberger, M.; Panzner, U.; Weber, J,; Frosch, M. J. Bacteriol., 2003, 185, 155.
126. Vaughan, T. E.; Skipp, P. J.; O'Connor, C. D.; Hudson, M. J.; Vipond, R.; Elmore, M. J.; Gorringe, A. R. Vaccine, 2006, 24, 5277.
127. Vipond, C.; Wheeler, J. X.; Jones, C.; Feavers, I. M.; Suker, J. Hum. Vaccin, 2005, 1, 80.
128. Sierra, G. V.; Campa, H. C.; Varcacel, N. M.; Garcia, I. L.; Izquierdo, P. L.; Sotolonga, P. F.; Casanueva, G. V.; Rico, C. O.; Rodriguez, C. R.; Terry, M. H. NIPH Ann., 1991, 14, 195.
129. de Moraes, J. C.; Perkins, B. A.; Camargo, M. C.; Hidalgo, N. T.; Barbosa, H. A.; Sacchi, C. T.; Landgraf, I. M.; Gattas, V. L.; Vasconcelos Hde, G.; Plikaytis, B.D.; Wenger, J.D.; Broome, C.V. Lancet, 1992, 340, 1074.
130. Bjune, G.; Hoiby, E. A.; Gronnesby, J. K.; Arnesen, O.; Fredriksen, J. H.; Halstensen, A.; Holten, E.; Lindbak, A. K.; Nokleby, H.; Rosenqvist, E.; Solberg, L.K.; Closs, O.; Eng, J.; Lystad, L.O.; Froholm, A., Bakketeig, L.S., Hareide, B. Lancet, 1991, 338, 1093.
131. Broker, M.; Fantoni, S. Minerva. Med., 2007, 98, 575.
132. Chakrabarti, A. Neurol. India, 2007, 55, 191.
133. Rodrigues, M. L.; Nakayasu, E. S.; Oliveira, D. L.; Nimrichter, L.; Nosanchuk J. D.; Almeida, I. C.; Casadevall, A. Eukaryot Cell, 2008, 7, 58.
134. Missall, T. A.; Pusateri, M. E.; Lodge, J. K. Mol. Microbiol., 2004, 51, 1447.
135. Missall. T. A.; Pusateri, M. E.; Donlin, M. J.; Chambers, K. T.; Corbett, J. A.; Lodge, J. K. Eukaryot. Cell, 2006, 5, 518.
136. Singh, M.; Lingappan, K. Chest, 2006, 130, 1547.
137. Ngom, A.; Boulanger, D.; Ndiaye, T.; Mboup, S.; Bada-Alambedji, R.; Simondon, F.; A.J.; A.-A. Vector Borne Zoonotic Dis., 2006, 6, 179.
138. Antoine, R.; Jacob-Dubuisson, F.; Drobecq, H.; Willery, E.; Lesjean, S.; Locht, C. J. Bacteriol., 2003, 185, 1470.
139. Vidakovics, M. L.; Paba, J.; Lamberti, Y.; Ricart, C. A.; de Sousa, M. V.; Rodriguez, M. E. J. Proteome. Res., 2007, 6, 2518.
140. Molloy, M. P.; Phadke, N. D.; Maddock, J. R.; Andrews, P. C. Electrophoresis, 2001, 22, 1686.
141. Bottero, D.; Gaillard, M. E.; Fingermann, M.; Weltman, G.; Fernandez, J.; Sisti, F.; Graieb, A.; Roberts, R.; Rico, O.; Rios, G.; Regueira, M.; Binsztein, N.; Hozbor, D. Clin. Vaccine. Immunol., 2007, 14, 1490.
142. Diavatopoulos, D. A.; Hijnen, M.; Mooi, F. R. J. Evol. Biol., 2006, 19, 1931.
143. Mulholland, E. K. N. Engl. J. Med., 2006, 355, 440.
144. Duffell, E. F. N. Engl. J. Med., 2006, 355, 1831.
145. Dobson, R. Bmj, 2008, 336, 66.
146. Wakefield, A. J.; Murch, S. H.; Anthony, A.; Linnell, J.; Casson, D. M.; Malik, M.; Berelowitz, M.; Dhillon, A. P.; Thomson, M. A.; Harvey, P.; Valentine, A.; Davies, S. E.; Walker-Smith, J. A. Lancet 1998, 351, 637.
147. DeStefano, F. Clin Pharmacol. Ther., 2007, 82, 756.
148. Katz, S. L. Pediatrics, 2006, 118, 1744.
149. Johnson, K. L.; Ovsyannikova, I. G.; Poland, G. A.; Muddiman, D. C. J. Proteome. Res., 2005, 4, 2243.
150. Go, E. P.; Wikoff, W. R.; Shen, Z.; O'Maille, G.; Morita, H.; Conrads, T. P.; Nordstrom, A.; Trauger, S. A.; Uritboonthai, W.; Lucas, D. A.; Chan, K. C.; Veenstra, T. D.; Lewicki, H.; Oldstone, M. B.; Schneemann, A.; Siuzdak, G. J. Proteome. Res., 2006, 5, 2405.
151. WHO: Syphilis, Background. http://www.who.int/tdr/dw/syphilis2004.htm (January 28, 2008).
152. CDC Syphilis Elimination. http://www.cdc.gov/stopsyphilis/
153. McKevitt, M.; Brinkman, M. B.; McLoughlin, M.; Perez, C.; Howell, J. K.; Weinstock, G. M.; Norris, S. J.; Palzkill, T. Infect. Immun., 2005, 73, 4445.
154. Brinkman, M. B.; McKevitt, M.; McLoughlin, M.; Perez, C.; Howell, J.; Weinstock, G. M.; Norris, S. J.; Palzkill, T. J. Clin. Microbiol., 2006, 44, 888.
155. Cullen, P. A.; Cameron, C. E. Expert. Rev. Vaccines, 2006, 5, 67.
156. Katz, K. A.; Klausner, J. D. Curr. Opin. Infect. Dis., 2008, 21, 83.
157. Duning, T.; Schabitz, W. Nervenarzt, 2007, 78, 145.
158. Chaddock, J. A.; Marks, P. M. Cell Mol. Life. Sci., 2006, 63, 540.