Time-averaged predictions of folded and misfolded peptides using a reduced physicochemical model

Journal of Computational Chemistry

Volumn 29, Issue 7, 2008, Pages 1177-1185

  Clarke, Oliver J ^a   Parker, Martin J ^a  

^a UNIVERSITY OF LEEDS   (United Kingdom)

Author keywords

Amyloid; Monte Carlo simulations; Peptides; Protein folding; Structure prediction

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; PEPTIDES;

AMYLOID; STRUCTURE PREDICTION;

PROTEIN FOLDING;

PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; MONTE CARLO METHOD; PHYSICAL CHEMISTRY; PREDICTION AND FORECASTING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; TIME;

CHEMISTRY, PHYSICAL; COMPUTER SIMULATION; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; MONTE CARLO METHOD; PEPTIDES; PREDICTIVE VALUE OF TESTS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; TIME FACTORS;

EID: 42149116459     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20879     Document Type: Article

References (53)

1. Simons, K. T.; Kooperberg, C.; Huang, E.; Baker, D. J Mol Biol 1997, 268, 209.
2. Zhang, Y.; Arakaki, A. K.; Skolnick, J. R. Prot Struct Funct Bioinfor 2005, 61, 91.
3. Eanes, E. D.; Glenner, G. G. J Histochem Cytochem 1968, 16, 673.
4. Rochet, J. C.; Lansbury, P. T. Curr Opin Struct Biol 2000, 10, 60.
5. Nelson, R.; Sawaya, M. R.; Balbirnie, M.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Grothe, R.; Eisenberg, D. Nature 2005, 435, 773.
6. Sawaya, M. R.; Sambashivan, S.; Nelson, R.; Ivanova, M. I.; Sievers, S. A.; Apostol, M. I.; Thompson, M. J.; Balbirnie, M.; Wiltzius, J. J. W.; McFarlane, H. T.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Eisenberg, D. Nature 2007, 447, 453.
7. Walsh, D. M.; Klyubin, I.; Shankar, G. M.; Townsend, M.; Fadeeva, J. V.; Betts, V.; Podlisny, M. B.; Cleary, J. P.; Ashe, K. H.; Rowan, M. J.; Selkoe, D. J. Biochem Soc Trans 2005, 33, 1087.
8. Lambert, M. P.; Barlow, A. K.; Chromy, B. A.; Edwards, C.; Freed, R.; Liosatos, M.; Morgan, T. E.; Rozovsky, I.; Trommer, B.; Viola, K. L.; Wals, P.; Zhang, C.; Finch, C. E.; Krafft, G. A.; Klein, W. L. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 6448.
9. Balbach, J. J.; Ishii, Y.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Rizzo, N. W.; Dyda, F.; Reed, J.; Tycko, R. Biochemistry 2000, 39, 13748.
10. Du, H. N.; Tang, L.; Luo, X. Y.; Li, H. T.; Hu, J.; Zhou, J. W.; Hu, H. Y. Biochemistry 2003, 42, 8870.
11. Ivanova, M. I.; Sawaya, M. R.; Gingery, M.; Attinger, A.; Eisenberg, D. Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101, 10584.
12. Reches, M.; Porat, Y.; Gazit, E. J Biol Chem 2002, 277, 35475.
13. Tenidis, K.; Waldner, M.; Bernhagen, J.; Fischle, W.; Bergmann, M.; Weber, M.; Merkle, M. L.; Voelter, W.; Brunner, H.; Kapurniotu, A. J Mol Biol 2000, 295, 1055.
14. Ivanova, M. I.; Thompson, M. J.; Eisenberg, D. Proc Natl Acad Sci USA 2006, 103, 4079.
15. Tjernberg, L.; Hosia, W.; Bark, N.; Thyberg, J.; Johansson, J. J Biol Chem 2002, 277, 43243.
16. Haggqvist, B.; Naslund, J.; Sletten, K.; Westermark, G. T.; Mucchiano, G.; Tjernberg, L. O.; Nordstedt, C.; Engstrom, U.; Westermark, P. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 8669.
17. Lundberg, K. M.; Stenland, C. J.; Cohen, F. E.; Prusiner, S. B.; Millhauser, G. L. Chem Biol 1997, 4, 345.
18. de la Paz, M. L.; Goldie, K.; Zurdo, J.; Lacroix, E.; Dobson, C. M.; Hoenger, A.; Serrano, L. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 16052.
19. Balbirnie, M.; Grothe, R.; Eisenberg, D. S. Proc Natl Acad Sci USA 2001, 98, 2375.
20. von Bergen, M.; Friedhoff, P.; Biernat, J.; Heberle, J.; Mandelkow, E. M.; Mandelkow, E. Mol Biol Cell 2000, 11, 363A.
21. Snow, C. D.; Nguyen, N.; Pande, V. S.; Gruebele, M. Nature 2002, 420, 102.
22. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
23. Kolinski, A.; Skolnick, J. Polymer 2004, 45, 511.
24. Lee, J.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 2025.
25. Friedrichs, M. S.; Wolynes, P. G. Science 1989, 246, 371.
26. Levitt, M.; Warshel, A. Nature 1975, 253, 694.
27. Ma, B. Y.; Nussinov, R. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 14126.
28. Ma, B. Y.; Nussinov, R. Biophys J 2002, 82, 504A.
29. Santini, S.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J Am Chem Soc 2004, 126, 11509.
30. Melquiond, A.; Gelly, J. C.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J Chem Phys 2007, 126, 025101.
31. Gibbs, N.; Clarke, A. R.; Sessions, R. B. Prot Struct Funct Gene 2001, 43, 186.
32. Sessions, R. B.; Thomas, G. L.; Parker, M. J. J Mol Biol 2004, 343, 1125.
33. Thomas, G. L.; Sessions, R. B.; Parker, M. J. Bioinformatics 2005, 21, 2839.
34. Metropolis, N.; Rosenbluth, A. W.; Rosenbluth, M. N.; Teller, A. H.; Teller, E. J Chem Phy 1953, 21, 1087.
35. Wang, F. G.; Landau, D. P. Phys Rev E 2001, 64, 056101.
36. Anderson, D. E.; Becktel, W. J.; Dahlquist, F. W. Biochemistry 1990, 29, 2403.
37. Kirkpatrick, S.; Gelatt, C. D.; Vecchi, M. P. Science 1983, 220, 671.
38. Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Huang, C. C.; Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.; Ferrin, T. E. J Comput Chem 2004, 25, 1605.
39. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res 2000, 28, 235.
40. Colubri, A.; Jha, A. K.; Shen, M. Y.; Sali, A.; Berry, R. S.; Sosnick, T. R.; Freed, K. F. J Mol Biol 2006, 363, 535.
41. Pedersen, J. T.; Moult, J. J Mol Biol 1997, 269, 240.
42. Chak, K. F.; Safo, M. K.; Ku, W. Y.; Hsieh, S. Y.; Yuan, H. S. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93, 6437.
43. Achari, A.; Hale, S. P.; Howard, A. J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Hardman, K. D.; Whitlow, M. Biochemistry 1992, 31, 10449.
44. Minor, D. L.; Kim, P. S. Nature 1996, 380, 730.
45. Guo, J. T.; Jaromczyk, J. W.; Xu, Y. Prot Struct Funct Bioinform 2007, 67, 548.
46. Naito, A.; Kamihira, M.; Inoue, R.; Saito, H. Magn Reson Chem 2004, 42, 247.
47. Gazit, E. FASEB J 2002, 16, 77.
48. Perutz, M. F. Curr Opin Struct Biol 1996, 6, 848.
49. Gordon, D. J.; Balbach, J. J.; Tycko, R.; Meredith, S. C. Biophys J 2004, 86, 428.
50. Cecchini, M.; Curcio, R.; Pappalardo, M.; Melki, R.; Caflisch, A. J Mol Biol 2006, 357, 1306.
51. Makin, O. S.; Serpell, L. C. FEBS J 2005, 272, 5950.
52. Esposito, L.; Pedone, C.; Vitagliano, L. Proc Natl Acad Sci USA 2006, 103, 11533.
53. Kokkoni, N.; Stott, K.; Amijee, H.; Mason, J. M.; Doig, A. J. Biochemistry 2006, 45, 9906.