Label-free selective DNA detection with high mismatch recognition by PNA beacons and ion exchange HPLC

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 6, Issue 7, 2008, Pages 1232-1237

  Totsingan, Filbert ^a   Rossi, Stefano ^a   Corradini, Roberto ^a   Tedeschi, Tullia ^a   Sforza, Stefano ^a   Juris, Alberto ^b   Scaravelli, Elena ^a   Marchelli, Rosangela ^a  

^a UNIVERSITY OF PARMA   (Italy)

^b UNIVERSITY OF BOLOGNA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA SEQUENCES; OLIGOMERS; SOLUTIONS; SYNTHESIS (CHEMICAL);

DNA ANALYSIS; DNA DETECTION; PEPTIDE NUCLEIC ACID (PNA) BEACONS;

PEPTIDES;

EID: 41149176047     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b718772f     Document Type: Article

References (48)

1. R. T. Ranasinghe T. Brown Chem. Commun. 2005 5487
2. M. Kubista J. M. Andrade M. Bengtsson A. Forootan J. Jonák K. Lind R. Sindelka R. Sjöback B. Sjögreen L. Strömbom A. Ståhlberg N. Zoric Mol. Aspects Med. 2006 27 95
3. M. Minunni S. Tombelli J. Fonti M. M. Spiriti M. Mascini P. Bogani M. Buiatti J. Am. Chem. Soc. 2005 127 7966
4. S. Tyagi F. R. Kramer Nat. Biotechnol. 1996 14 303
5. X. Fang J. J. Li J. Perlette W. Tan K. Wang Anal. Chem. 2000 72 747A
6. W. Tan X. Fang J. Li X. Liu Chem.-Eur. J. 2000 6 1107
7. R. L. Stoermer K. B. Cederquist S. K. McFarland M. Y. Sha S. G. Penn C. D. Keating J. Am. Chem. Soc. 2006 128 16892
8. N. C. Cady A. D. Strickland C. A. Batt Mol. Cell. Probes 2007 21 116
9. N. Nitin P. J. Santangelo G. Kim S. Nie G. Bao Nucleic Acids Res. 2004 32 e58
10. G. Bonnet S. Tyagi A. Libchaber F. R. Kramer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 6171
11. X. Li Y. Huang Y. Guan M. Zhao Y. Li Anal. Chim. Acta 2007 58 12
12. D. M. Kolpashchikov J. Am. Chem. Soc. 2006 28 10625
13. T. N. Grossmann L. Röglin O. Seitz Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 5223
14. P. E. Nielsen M. Egholm R. H. Berg O. Buchardt Science 1991 254 1497
15. P. Wittung P. E. Nielsen O. Buchardt M. Egholm B. Nordén Nature 1994 368 561
16. Peptide Nucleic Acids: Protocols and Applications, ed., P. E. Nielsen, Horizon Bioscience, Norwich, UK, 2004
17. P. E. Nielsen Curr. Opin. Biotechnol. 2001 12 16
18. V. V. Demidov Trends Biotechnol. 2003 21 4
19. H. Stender M. Fiandaca J. J. Hyldig-Nielsen J. Coull J. Microbiol. Methods 2002 48 1
20. S. Sawata E. Kai K. Ikebukuro T. Iida T. Honda I. Karube Biosens. Bioelectron. 1999 14 397
21. J. Wang Biosens. Bioelectron. 1998 13 757
22. J. Weiler H. Gausepohl N. Hauser O. N. Jensen J. D. Hoheisel Nucleic Acids Res. 1997 25 2792
23. A. Castro J. G. K. Williams Anal. Chem. 1997 69 3915
24. E. Ortiz G. Estrada P. M. Lizardi Mol. Cell. Probes 1998 12 219
25. O. Seitz Angew. Chem., Int. Ed. 2000 39 3249
26. I. V. Smolina V. V. Demidov V. A. Soldatenkov S. G. Chasovskikh M. D. Frank-Kamenetskii Nucleic Acids Res. 2005 33 e146/1
27. K. Petersen U. Vogel E. Rockenbauer K. Vang Nielsen S. Kolvraa L. Bolund B. Nexo Mol. Cell. Probes 2004 18 117
28. C. Xi M. Balberg S. A. Boppart L. Raskin Appl. Environ. Microbiol. 2003 69 5673
29. N. Svanvik J. Nygren G. Westman M. Kubista J. Am. Chem. Soc. 2001 123 803
30. N. Svanvik G. Westman D. Wang M. Kubista Anal. Biochem. 2000 281 26
31. M. Leijon M. Mousavi-Jazi M. Kubista Mol. Aspects Med. 2006 27 160
32. H. Kuhn V. V. Demidov J. M. Coull M. J. Fiandaca B. D. Gildea M. D. Frank-Kamenetskii J. Am. Chem. Soc. 2002 124 1097
33. I. V. Smolina V. V. Demidov C. R. Cantor N. E. Broude Anal. Biochem. 2004 335 326
34. H. Kuhn V. V. Demidov B. D. Gildea M. J. Fiandaca J. C. Coull M. D. Frank-Kamenetskii Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 2001 11 265
35. S. Ye Y. Miyajima T. Ohnishi Y. Yamamoto M. Komiyama Anal. Biochem. 2007 363 300
36. F. Lesignoli A. Germini R. Corradini S. Sforza G. Galaverna A. Dossena R. Marchelli J. Chromatogr., A 2001 922 177
37. S. Rossi F. Lesignoli A. Germini A. Faccini S. Sforza R. Corradini R. Marchelli J. Agric. Food Chem. 2007 55 2509
38. K. N. Ganesh P. E. Nielsen Curr. Org. Chem. 2000 4 931
39. V. A. Kumar K. N. Ganesh Acc. Chem. Res. 2005 38 404
40. R. Corradini S. Sforza T. Tedeschi F. Totsingan R. Marchelli Curr. Top. Med. Chem. 2007 7 681
41. S. Sforza R. Corradini S. Ghirardi A. Dossena R. Marchelli Eur. J. Org. Chem. 2000 2905
42. V. Menchise G. De Simone T. Tedeschi R. Corradini S. Sforza R. Marchelli D. Capasso M. Saviano C. Pedone Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 12021
43. S. Sforza T. Tedeschi R. Corradini A. Dossena R. Marchelli Chem. Commun. 2003 1102
44. R. Corradini G. Feriotto S. Sforza R. Marchelli R. Gambari J. Mol. Recognit. 2004 17 76
45. T. Tedeschi M. Chiari G. Galaverna S. Sforza M. Cretich R. Corradini R. Marchelli Electrophoresis 2005 26 4310
46. W. A. Schafer S. Hobbs J. Rehm D. A. Rakestraw C. Orella M. McLaughlin Z. Ge C. J. Welch Org. Process Res. Dev. 2007 11 870
47. P. Sajonz W. Schafer X. Gong S. Shultz T. Rosner C. J. Welch J. Chromatogr., A 2007 1145 149
48. D. Brennan P. O'Brien J. O'Brien N. Freeman M. Swann Sens. Actuators, B 2004 103 184