Simulating temperature jumps for protein folding

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 5, 2008, Pages 1525-1532

  Kim, Seonah ^a   Roitberg, Adrian E ^a  

^a UNIVERSITY OF FLORIDA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS; THERMAL EFFECTS;

ALANINE; MODEL SYSTEM; TEMPERATURE JUMPS;

PROTEIN FOLDING;

EID: 39649093413     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0727392     Document Type: Article

References (78)

1. Zhou, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13280.
2. Zhou, Y.; Karplus, M. Nature (London) 1999, 401, 400.
3. Brooks, C. L., III; Gruebele, M.; Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 11037.
4. Snow, C. D.; Nguyen, H.; Pande, V. S.; Gruebele, M. Nature (London) 2002, 420, 102.
5. Daggett, V. Chem. Rev. 2006, 106, 1898.
6. Shakhnovich, E. I. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 29.
7. Gruebele, M. Annu. Rev. Phys. Chem. 1999, 50, 485.
8. Nolting, B.; Andert, K. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2000, 41, 288.
9. Oliveberg, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 94.
10. Ghosh, A.; Elber, R.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 10394.
11. Nolting, B.; Julich, D.; Vonau, W.; Andert, K. J. Theor. Biol. 2004, 229, 13.
12. Callender, R.; Dyer, R. B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 628.
13. d'Avignon, A. D.; Bretthorst, G. L.; Holtzer, M. E.; Holtzer, A. Biophys. J. 1999, 76, 2752.
14. Snow, C. D.; Qiu, L.; Du, D.; Gai, F.; Hagen, S. J.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 4077.
15. Mayor, U.; Johnson, C. M.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13518.
16. Huang, C.-Y.; Getahun, Z.; Zhu, Y.; Klemke, J. W.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2788.
17. Gee, P. J.; van Gunsteren, W. F. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 63, 136.
18. Zagrovic, B.; van Gunsteren, W. F. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 63, 210.
19. Cheng, Y.; Suen, J. K.; Radie, Z.; Bond, S. D.; Holst, M. J.; McCammon, J. A. Biophys. Chem. 2007, 127, 129.
20. Babakhani, A.; Gorfe, A. A.; Gullingsrud, J.; Kim, J. E.; McCammon, J. A. Biopolymers 2007, 85, 490.
21. McCammon, J. A.; Gelin, B. R.; Karplus, M. Nature (London) 1977, 267, 585.
22. Honig, B.; Ray, A.; Levinthal, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1976, 73, 1914.
23. Levitt, M.; Warshel, A. Nature (London) 1975, 253, 694.
24. Ptitsyn, O. B.; Rashin, A. A. Biophys. Chem. 1975, 3, 1.
25. Karplus, M.; Weaver, D. L. Nature (London) 1976, 260, 404.
26. Zagrovic, B.; Sorin, E. J.; Pande, V. J. Mol. Biol. 2001, 313, 151.
27. Shirts, M.; Pande, V. S. Science 2000, 290, 1903.
28. Pande, V. S.; Baker, I.; Chapman, J.; Elmer, S. P.; Larson, S. M.; Rhee, Y. M.; Shirts, M. R.; Snow, C. D.; Sorin, E. J.; Zagrovic, B. Biopolymers 2003, 68, 91.
29. Zagrovic, B.; Snow, C. D.; Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2002, 323, 927.
30. Rhee, Y. M.; Sorin, E. J.; Jayachandran, G.; Lindahl, E.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6456.
31. Singhal, N.; Snow, C. D.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 415.
32. Larson, S. M.; Snow, C. D.; Shirts, M. R.; Pande, V. S. 2002.
33. Zagrovic, B.; Snow, C. D.; Khaliq, S.; Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2002, 323, 153.
34. Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 14122.
35. Eaton, W. A.; Munoz, V.; Hagen, S. J.; Jas, G. S.; Lapidus, L. J.; Henry, E. R.; Hofrichter, J. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000, 29, 327.
36. Paci, E.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M.; Caflisch, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8217.
37. Cavalli, A.; Haberthur, U.; Paci, E.; Caflisch, A. Protein Sci. 2003, 12, 1801.
38. Krivov, S. V.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14766.
39. Daggett, V.; Fersht, A. R. Trends Biochem. Sci. 2003, 28, 18.
40. Jayachandran, G.; Vishal, V.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2006, 124, 164902.
41. Andrec, M.; Felts, A. K.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6801.
42. Andrec, M.; Levy, R. M.; Talaga, D. S. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 7454.
43. Chandler, D. Finding Transition Pathways: Throwing Ropes Over Rough Mountain Passes, in the Dark. In Computer Simulation of Rare Events and Dynamics of Classical and Quantum Condensed-Phase Systems-Classical and Quantum Dynamics in Condensed Phase Simulations; Berne, B. J., Ciccotti, G., Coker, D. F., Eds.; World Scientific: Singapore, 1998; p 51.
44. Sanz-Navarro, C. F.; Smith, R. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res., Sect. B 2001, 180, 130.
45. Voter, A. F. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 3908.
46. Dimitriadis, G.; Drysdale, A.; Myers, J. K.; Arora, P.; Radford, S. E.; Oas, T. G.; Smith, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 3809.
47. Ballew, R. M.; Sabelko, J.; Gruebele, M. Nat. Struct. Mol. Biol. 1996, 3, 923.
48. Gruebele, M.; Sabelko, J.; Ballew, R.; Ervin, J. Acc. Chem. Res. 1998, 31, 699.
49. Ervin, J.; Sabelko, J.; Gruebele, M. J. Photochem. Photobiol. B 2000, 54, 1.
50. Qiu, L.; Hagen, S. J. Chem. Phys. 2005, 312, 327.
51. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8, University of California, San Francisco, 2004.
52. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, J. K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
53. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
54. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 65, 712.
55. Showalter, S. A.; Bruschweiler, R. J. Chem. Theory Comput. 2007.
56. Showalter, S. A.; Bruschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4158.
57. Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19824.
58. Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 122.
59. Tsui, V.; Case, D. A. Biopolymers 2000, 56, 275.
60. Ghosh, A.; Rapp, C. S.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10983.
61. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127.
62. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
63. Simmerling, C. L.; Elber, R.; Zhang, R. 1995, 241.
64. Okur, A.; Wickstrom, L.; Layten, M.; Geney, R.; Song, K.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 420.
65. Sreerama, N.; Woody, R. W. Methods Enzymol. 2004, 383, 318.
66. Woody, R. W.; Sreerama, N. J. Chem. Phys. 1999, 111, 2844.
67. Bayley, P. M.; Nielsen, E. B.; Schellman, J. A. J. Phys. Chem. 1969, 73, 228.
68. Goux, W. J.; Hooker, T. M. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 7080.
69. Clark, L. B. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7974.
70. Ridley, J.; Michael, Z. Theor. Chim. Acta 1973, V32, 111.
71. Chin, D.-H.; Woody, R. W.; Rohl, C. A.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 15416.
72. Nolting, B. Protein Foliding Kinetics - Biophysical Methods; Springer: Berlin, 1999.
73. Geney, R.; Layten, M.; Gomperts, R.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 115.
74. Toumadje, A.; Alcorn, S. W.; Curtis Johnson, J. W. Anal. Biochem. 1992, 200, 321.
75. Williams, S.; Causgrove, T. P.; Gilmanshin, R.; Fang, K. S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 1996, 35, 691.
76. Gilmanshin, R.; Williams, S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 3709.
77. Zagrovic, B.; Pande, V. S. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1432.
78. Heitmann, B.; Job, G. E.; Kennedy, R. J.; Walker, S. M.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1690.