Exhaustive enumeration of fragment-assembled protein conformations

Journal of the Korean Physical Society

Volumn 52, Issue 1, 2008, Pages 137-142

  Kim, Taek Kyun ^a   Lee, Julian ^a  

^a Soongsil University   (South Korea)

Author keywords

Exhaustive enumeration; Fragment assembly method; Protein structure prediction

Indexed keywords

EID: 38949180350     PISSN: 03744884     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.3938/jkps.52.137     Document Type: Article

References (41)

1. X. Shi, H. Xie, S. Zhang and B. Hao, J. Korean Phys. Soc. 50, 118 (2007);
2. H. Y. Kim, H. Y. Kang, J. W. Ryu, C. N. Yoon and S. K. Han, J. Korean Phys. Soc. 50, 290 (2007);
3. P. Holme, J. Korean Phys. Soc. 50, 300 (2007);
4. J. W. Ryu, H. Y. Kim, T. H. Kang, J. S. Yoo and J. S. Chung, J. Korean Phys. Soc. 51, 1805 (2007).
5. J. Moult, K. Fidelis, B. Rost, T. Hubbard and A. Tramontano, Proteins 61 (S7), 3 (2005).
6. D. Baker and A. Sali, Science 294, 93 (2001).
7. J. Lee, A. Liwo and H. A. Scheraga, Proc. Acad. Natl. Sci. U.S.A. 96, 2025 (1999).
8. J. Lee, A. Liwo, D. R. Ripoll, J. Pillardy and H. A. Scheraga, Proteins 37 (S3), 204 (1999).
9. J. Lee, A. Liwo, D. R. Ripoll, J. Pillardy, J. A. Saunders, K. D. Gibson and H. A. Scheraga, Int. J. Quantum Chem. 77, 90 (2000).
10. S. Oldziej, C. Czaplewski, A. Liwo, M. Chinchio, M. Nanias, J. A. Vila, M. Khalili, Y. A. Arnautova, A. Jagielska, M. Makowski, H. D. Schafroth, R. Kaźmierkiewicz, D. R. Ripoll, J. Pillardy, J. A. Saunders, Y. K. Kang, K. D. Gibson and H. A. Scheraga, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102, 7547 (2005).
11. C. B. Anfinsen, Science 181, 223 (1973).
12. A. M. Lest, L. Lo Conte and T. J. P. Hubbard, Proteins 45 (S5), 98 (2001);
13. P. Aloy, A. Stark, C. Hadley and R. B. Russell, Proteins 53 (S6), 436 (2003);
14. J. J. Vincent, C. H. Tai, B. K. Sathyanarayana and B. Lee, Proteins 61 (S7), 67 (2005).
15. D. T. Jones, Proteins 45 (S5), 127 (2001);
16. D. T. Jones, K. Bryson, A. Coleman, L. J. McGuffin, M. I. Sadowski, J. S. Sodhi and J. J. Ward, Proteins 61 (S7), 143 (2005).
17. K. T. Simons, C. Kooperberg, E. Huang and D. Baker, J. Mol. Biol. 268, 209 (1997);
18. C. Rohl, C. Strauss, K. Misura and D. Baker, Methods Enzymol. 383, 66 (2004).
19. G. Chikenji, Y. Fujitsuka and S. Takada, J. Chem. Phys. 119, 6895 (2003);
20. Y. Fujitsuka, G. Chikenji and S. Takada, Proteins 62, 381 (2006);
21. G. Chikenji, Y. Fujitsuka and S. Takada, Proc. Acad. Natl. Sci. U.S.A. 103, 3141 (2006).
22. J. Lee, S.-Y. Kim, K. Joo, I. Kim and J. Lee, Proteins 56, 704 (2004);
23. J. Lee, S.-Y. Kim and J. Lee, Biophys. Chem. 115, 209 (2005);
24. J. Korean Phys. Soc. 46, 707 (2005).
25. S.-Y. Kim, W. Lee and J. Lee, J. Chem. Phys. 125, 194908 (2006).
26. S. E. Brenner, P. Koehl and M. Levitt, Nucleic Acids Res. 28, 254 (2000).
27. J. Sim, S.-Y. Kim and J. Lee, Bioinformatics 21, 2844 (2005).
28. S.-Y. Kim, J. Sim and J. Lee, Lecture Notes in Bioinformatics 4115, 444 (2006).
29. K. Joo, J. Lee, S.-Y. Kim, I. Kim, S. J. Lee and J. Lee, J. Korean Phys. Soc. 44, 599 (2004).
30. K. Joo, I. Kim, J. Lee, S.-Y. Kim, S. J. Lee and J. Lee, J. Korean Phys. Soc. 45, 1441 (2004).
31. S. F. Altschul, T. L. Madden, A. A. Schaffer, J. Zhang, Z. Zhang, W. Miller and D. J. Lipman, Nucleic Acids Res. 25, 3389 (1997).
32. J. Lee, H. A. Scheraga and S. Rackovsky, J. Comput. Chem. 18, 1222 (1997);
33. J. Lee, I. H. Lee and J. Lee, Phys. Rev. Lett. 91, 080201 (2003);
34. S.-Y. Kim, S. J. Lee and J. Lee, J. Chem. Phys. 119, 10274 (2003);
35. S.-Y. Kim, S. B. Lee and J. Lee, Phys. Rev. E 72, 011916 (2005).
36. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan and M. Karplus, J. Comput. Chem. 4, 187 (1983);
37. A. D. MacKerell, Jr., D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, Jr., J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, III, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiórkiewicz-Kuczera, D. Yin and M. Karplus, J. Phys. Chem. B 102, 3586 (1998).
38. S. Miyazawa and R. L. Jernigan, Macromolecules 18, 534 (1985);
39. J. Mol. Biol. 256, 623 (1996).
40. Z. Xiang, C. S. Soto and B. Honig, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 7432 (2002);
41. J. Lee and C. Seok, A Statistical Rescoring Scheme for Protein-ligand Docking: Consideration of Entropic Effect, Proteins, in press.