Structure and dynamics of poly(T) single-strand DNA: Implications toward CPD formation

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 51, 2007, Pages 14398-14404

  Johnson, Andrew T ^a   Wiest, Olaf ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTRE DAME   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; DIMERIZATION; DIMERS; DISEASES; QUANTUM YIELD; ULTRAVIOLET RADIATION;

HAIRPIN FORMATION; SKIN CANCER; THYMINE DIMERIZATION;

DNA;

EID: 38349135961     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp076371k     Document Type: Article

References (43)

1. Harrison, C. B.; O'Neil, L. L.; Wiest, O. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 7001.
2. You, Y.-H.; Lee, D.-H.; Yoon, J.-H.; Nakajima, S.; Yasui, A.; Pfeifer, G. P. J. Biol. Chem. 2001, 276, 44688.
3. Horsfall, M. J.; Lawrence, C. W. J. Mol. Biol. 1994, 255, 465.
4. Mitchell, D. L.; Nairn, R. S. Photochem. Photobiol. 1989, 49, 805.
5. LeClerc, J. E.; Borden, A.; Lawrence, C. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9685.
6. Smith, C. A.; Wang, M.; Jiang, N.; Che, L.; Zhao, X.; Taylor, J. S. Biochemistry 1996, 35, 4146.
7. Lo, H. L.; Nakajima, S.; Ma, L.; Walter, B.; Yasui, A.; Ethell, D. W.; Owen, L. B. BMC Cancer 2005, 5, 135.
8. Miaskiewicz, K.; Miller, J.; Cooney, M.; Osman, R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9156.
9. Park, H.; Zhang, K.; Ren, Y.; Nadji, S.; Sinha, N.; Taylor, J-S.; Kang, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 15965.
10. Spector, T. I.; Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7095.
11. O'Neil, L. L.; Wiest, O. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11843.
12. For recent reviews, see (a) Sancar, A. Chem. Rev. 2003, 103, 2203-2238.
13. Mees, A.; Klar, T.; Gnau, P.; Hennecke, U.; Eker, A. P. M.; Carell, T.; Essen, L.-O. Science 2004, 306, 1789.
14. Jorns, M. S.; Sanear, G. B.; Sancar, A. Biochemistry 1985, 24, 1856.
15. (a) Kim, S.-T.; Sancar, A. Photochem. Photobiol. 1993, 57, 895.
16. (b) Sancar, G. B.; Smith, F. W.; Sancar, A. Biochemistry 1985, 24, 1849.
17. (c) Husain, I.; Sancar, A. Nucleic Acids Res. 1987, 15, 1109.
18. Kleopfer, R.; Morrison, H. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 255.
19. Schreier, W. J.; Schrader, T. E.; Koller, F. O.; Gilch, P.; Crespo-Hernández, C. E.; Swaminathan, V. N.; Carell, T.; Zinth, W.; Kohler, B. Science 2007, 315, 625.
20. Martínez, J. M.; Elmroth, S. K. C.; Kloo, L. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12279.
21. Dedachi, K.-I.; Natsume, T.; Nakatsu, T.; Tanaka, S.; Ishikawa, Y.; Kurita, N. Chem. Phys. Lett. 2007, 436, 244.
22. Elsawy, K. M.; Hodgson, M. K.; Caves, L. S. D. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 5749.
23. Maiti, P. K.; Bagchi, B. Nano Lett. 2006, 11, 2478.
24. Bishop, G. R.; Ren, J.; Polander, B. C.; Jeanfreau, B. D.; Trent, J. O.; Chaires, J. B. Biophys. Chem. 2007, 126, 165.
25. Sen, S.; Nilsson, L. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7414.
26. Sfyrakis, K.; Provata, A.; Povey, D. C.; Howlin, B. J. Mol. Simul. 2003, 29, 555.
27. Hazel, P.; Huppert, J.; Balasubramanian, S.; Neidle, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16405.
28. Biyani, M.; Nishigaki, K. J. Biochem. 2005, 138, 363.
29. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9; University of California: San Francisco, 2006.
30. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, D. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
31. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
32. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. VMD-Visual Molecular Dynamics. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
33. Cheatham, T. E.; Young, M. A. Biopolymers 2000, 56, 232.
34. Ramamurthy, V.; Venkatesan, K. Chem. Rev. 1987, 87, 433.
35. Coates, G. W.; Dunn, A. R.; Henling, L. M.; Ziller, J. W.; Lobkovsky, E. M.; Grubbs, R. H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3641.
36. Zhang, X.; Côté, A. P.; Matzger, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 10502.
37. (a) Zhang, R. B.; Eriksson, L. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7556. Compare also:
38. (b) Durbeej, B.; Eriksson, L. A. Photochem. Photobiol. 2003, 78, 159.
39. (c) Durbeej, B.; Eriksson, L. A. J. Photochem. Photobiol. A 2002, 152, 95.
40. Lhiaubet-Vallet, V.; Cuquerella, M. C.; Castell, J. V.; Bosca, F.; Miranda, M. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7409.
41. Boggio-Pasqua, M.; Groenhof, G.; Schäfer, L. V.; Grubmüller, H.; Robb, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10996.
42. For recent reviews of ssDNA and hairpin structures, compare, for example, (a) Wadkins, R. M. Curr. Med. Chem. 2000, 7, 1.
43. (b) SantaLucia, J., Jr.; Hicks, D. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 415.