Targeting DNA secondary structures

Current Medicinal Chemistry

Volumn 7, Issue 1, 2000, Pages 1-15

  Wadkins, Randy M ^a  

^a CTRC Institute for Drug Development   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

OLIGONUCLEOTIDE; SINGLE STRANDED DNA;

DNA DETERMINATION; DNA STRUCTURE; HUMAN; NONHUMAN; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; REVIEW; STRUCTURE ANALYSIS; TRANSCRIPTION REGULATION;

EID: 0034045279     PISSN: 09298673     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/0929867003375461     Document Type: Review

References (105)

1. Platt, J. R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1955, 41,181-183.
2. Gellert, M.; Mizuuchi, K.; O'Dea, M. H.; Ohmori, H.; Tomizawa, J. Cold Spring Harbor Symp.Quant. Biol. 1979, 43, 35-40.
3. Lilley, D. M. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1980, 77, 6468-6472.
4. Panayotatos, N.; Wells, R. D. Nature 1981, 289, 466-470.
5. Pearson, C. E.; Zorbas, H.; Price, G. B.; Zannis-Hadjopoulos, M. J. Cell. Biochem. 1996, 63, 1-22.
6. Leach, D. R. F. BioEssays 1994, 16, 893-900.
7. Larsen, A.; Weintraub, H. Cell 1982, 29, 609-622.
8. Wells, R. D.; Collier, D. A.; Hanvey, J. C.; Shimizu, M.; Wohlrab, F. FASEB J. 1988, 2, 2939-2949.
9. Huertas, D.; Azorín, F. Biochemistry 1996, 35, 13125-13135.
10. Yu, A.; Dill, J.; Mitas, M. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 4055-4057.
11. Petruska, J.; Arnheim, N.; Goodman, M. F. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 1992-1998.
12. Darlow, J. M.; Leach, D. R. F. Genetics 1995, 141, 825-832.
13. Lilley, D. M. J.; Gough, G. W.; Hallam, L. R.; Sullivan, K. M. Biochimie 1985, 67, 697-706.
14. Palecek, E. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1991, 26, 151-226.
15. Kowalski, D.; Natale, D. A.; Eddy, M. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1988, 85, 9464-9468.
16. McCutchan, T. F.; Hansen, J. L.; Dame, J. B.; Mullins, J. A. Science 1984, 225, 625-628.
17. Vernick, K. D.; Imberski, R. B.; McCutchan, T. F. Nucleic Acids Res. 1988, 16, 6883-6896.
18. Reddy, G. R.; Chakrabarti, D.; Schuster, S. M.; Ferl, R. J.; Almira, E. C.; Dame, J. B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993, 90, 9867-9871.
19. Mace, H. A. F.; Pelham, H. R. B.; Travers, A. A. Nature 1983, 304, 555-557.
20. Hentschel, C. C. Nature 1982, 295, 714-716.
21. Sheflin, L. G.; Kowalski, D. Nucleic Acids Res. 1985, 13, 6137-6154.
22. Parekh, B.; Hatfield, G. W. Proceedings of the National Academy of Science, USA 1996, 93, 1173-1177.
23. Iacono-Connors, L.; Kowalski, D. Nucleic Acids Res. 1986, 14, 8949-8962.
24. Einck, L.; Bustin, M. Exp. Cell Res. 1985, 156, 295-310.
25. Waga, S.; Mizuno, S.; Yoshida, M. J. Biol. Chem. 1990, 265, 19424-19428.
26. Robbe, K.; Bonnefoy, E. Biochimie 1998, 80, 665-671.
27. Altiok, S.; Groner, B. Mol. Cell. Biol. 1994, 14, 6004-6012.
28. Lin, X.; Wang, Z.; Gu, L.; Deuel, T. F. J. Biol. Chem. 1992, 267, 25614-25619.
29. Chen, L. L.; Clawson, M. L.; Bilgrami, S.; Carmichael, G. Cell Growth Diff. 1993, 4, 975-983.
30. Spiro, C.; Bazett-Jones, D. P.; Wu, X.; McMurray, C. T. J. Biol. Chem. 1995, 270, 27702-27710.
31. Duncan, R.; Bazar, L.; Michelotti, G.; Tomonaga, T.; Krutzsch, H.; Avigan, M.; Levins, D. Genes Dev. 1994, 8, 465-480.
32. Michelotti, G. A.; Michelotti, E. F.; Pullner, A.; Duncan, R. C.; Eick, D.; Levens, D. Mol. Cell. Biol. 1996, 16, 2656-2669.
33. Tomonaga, T.; Levens, D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 5830-5835.
34. MacDonald, G. H.; Itoh-Lindstrom, Y.; Ting, J. P.-Y. J. Biol. Chem. 1995, 270, 3527-3533.
35. Glucksmann, M. A.; Markiewicz, P.; Malone, C.; Rothman-Denes, L. B. Cell 1992, 70, 491-500.
36. Glucksmann-Kuis, M. A.; Dai, X.; Markiewicz, P.; Rothman-Denes, L. B. Cell 1996, 84, 147-154.
37. Dai, X.; Greizerstein, M. B.; Nadas-Chinni, K.; Rothman-Denes, L. B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 2174-2179.
38. Dai, X.; Rothman-Denes, L. B. Genes Dev. 1998, 12, 2782-2790.
39. Dai, X.; Kloster, M.; Rothman-Denes, L. B. J. Mol. Biol. 1998, 283, 43-58.
40. Miller, A.; Dai, X.; Choi, M.; Glucksmann-Kuis, M. A.; Rothman-Denes, L. B. Meth. Enzymol. 1996, 9-20.
41. van Holde, K.; Zlatanova, J. BioEssays 1994, 16, 59-68.
42. Stevens, S. Y.; Glick, G. D. Biochemistry 1993, 38, 560-568.
43. Welch, J. J.; Rauscher III, F. J.; Beerman, T. A. J. Biol. Chem. 1994, 269, 31051-31058.
44. Vaquero, A.; Portugal, J. Eur. J. Biochem. 1998, 251, 435-442.
45. Bianchi, N.; Passadore, M.; Rutigliano, C.; Feriotto, G.; Mischiati, C.; Gambari, R. Biochem. Pharmacol. 1996, 52, 1489-1498.
46. Liu, C.; Smith, B. M.; Ajito, K.; Komatsu, H.; Gomez-Paloma, L.; Li, T.; Theodorakis, E. A.; Nicolaou, K. C.; Vogt, P. K. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 940-944.
47. Gottesfeld, J. M.; Neely, L.; Trauger, J. W.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. Nature 1997, 387, 202-205.
48. Broggini, M.; D'Incalci, M. Anti-Cancer Drug Design 1994, 9, 373-387.
49. Wemmer, D. E.; Dervan, P. B. Curr. Opinion Struct. Biol. 1997, 7, 355-361.
50. Zlatanova, J.; Yaneva, J.; Leuba, S. H. FASEB J. 1998, 12, 791-799.
51. Hadjiolova, K.; Hadjiolov, A. A.; Bachellerie, J.-P. Eur. J. Biochem. 1995, 228, 605-615.
52. Guschlbauer, W.; Chantot, J.-F.; Thiele, D. J. Biomol. Struct. Dyn. 1990, 8, 491-510.
53. Williamson, J. R. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1994, 23, 703-730.
54. Laporte, L.; Thomas, J., George J. Biochemistry 1998, 37, 1327-1335.
55. Weisman-Shomar, P.; Fry, M. J. Biol. Chem. 1993, 268, 3306-3312.
56. Zentgraf, U. Plant Mol. Biol. 1995, 27, 467-475.
57. Hamilton, S. E.; Corey, D. R. Chem. Biol. 1996, 3, 863-867.
58. Harley, C. B.; Kim, N. W. In Important Advances in Oncology 1996; DeVita, V. T., Hellman, S., Eds.; Lippincott-Raven Publishers: Philadelphia, 1996, pp. 57-67.
59. Kim, N. W.; Piatyszek, M. A.; Prowse, K. R.; Harley, C. B.; West, M. D.; Ho, P. L. C.; Coviello, G. M.; Wright, W. E.; Weinrich, S. L.; Shay, J. W. Science 1994, 266, 2011-2015.
60. Sharma, H. W.; Maltese, J.-Y.; Zhu, X.; Kaiser, H. E.; Narayanan, R. Anticancer Res. 1996, 16, 511-516.
61. South, T. L.; Summers, M. F. Protein Sci. 1993, 2, 3-19.
62. Bailly, C.; Waring, M. J. In Methods in Molecular Biology, Fox, K. R., Ed.; Humana Press: Totowa, NJ, 1997; Vol. 90, pp. 51-79.
63. François, J.-C.; Thuong, N. T.; Hélène, C. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3943-3950.
64. Henderson, P. T.; Armitage, B.; Schuster, G. B. Biochemistry 1998, 37, 2991-3000.
65. Juan, G.; Pan, W.; Darzynkiewicz, Z. Exp. Cell Res. 1996, 227, 197-202.
66. Rentzperis, D.; Alessi, K.; Marky, L. A. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 2683-2689.
67. Waring, M. J. Ann. Rev. Biochem. 1981, 50, 159-162.
68. Goldberg, I. H.; Beerman, T. A.; Poon, R. In Cancer 5: A Comprehensive Treatise; Becker, F. F., Ed.; Plenum: New York, 1977, pp. 427-456.
69. Goldberg, I. H.; Friedman, P. A. Annu. Rev. Biochem. 1971, 40, 775-810.
70. Kersten, H.; Kersten, W. In Inhibitors of Nucleic Acid Synthesis; Springer: Berlin, 1974, pp. 40-66.
71. Sobell, H. M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1985, 82, 5328-5331.
72. Straney, D. C.; Crothers, D. M. Biochemistry 1987, 26, 1987-1995.
73. White, R. J.; Phillips, D. R. Biochemistry 1988, 27, 9122-9132.
74. Yoshida, T.; Weissbach, H.; Katz, E. Arch. Biochem. Biophys. 1966, 114, 252-255.
75. Jones, G. H. Biochemistry 1976, 15, 3331-3341.
76. Müller, W.; Crothers, D. M. J. Mol. Biol. 1968, 35, 251-290.
77. Aisvasashvilli, V. A.; Beabealashvilli, R. S. FEBS Lett. 1983, 160, 124-128.
78. Chen, F.-M.; Jones, C. M.; Johnson, Q. L. Biochemistry 1993, 32, 5554-5559.
79. Germann, M. W.; Kalisch, B. W.; Lundberg, P.; Vogel, H. J.; Sande, J. H. v. d. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 1489-1498.
80. Brown, D. R.; Kurz, M.; Kearns, D. R.; Hsu, V. L. Biochemistry 1994, 33, 651-664.
81. Lian, C.; Robinson, H.; Wang, A. H.-J. J. Amer. Chem. Soc. 1996, 118, 8791-8801.
82. Jares-Erijman, E. A.; Klement, R.; Machinek, R.; Wadkins, R. M.; Kankia, B. I.; Marky, L. A.; Jovin, T. M. Nucleosides & Nucleotides 1997, 16, 661-667.
83. Wadkins, R. M.; Jovin, T. M. Biochemistry 1991, 30, 9469-9478.
84. Wadkins, R. M.; Jares-Erijman, E. A.; Klement, R.; Rüdiger, A.; Jovin, T. M. J. Mol. Biol. 1996, 262, 53-68.
85. Green, C.; Tibbetts, C. Nucleic Acids Res. 1981, 9, 1905-1918.
86. Bunte, T.; Novak, U.; Friedrich, R.; Moelling, K. Biochim. Biophys. Acta 1980, 670, 241-247.
87. Reich, E. Science 1964, 143, 684-689.
88. Rill, R. L.; Hecker, K. H. Biochemistry 1996, 35, 3525-3533.
89. Hsieh, Y. L.; Li, Y.-T.; Henion, J. D.; Ganem, B. Biol. Mass Spectrom. 1994, 23, 272-276.
90. Wadkins, R. M.; Vladu, B.; Tung, C.-S. Biochemistry 1998, 37, 11915-11923.
91. Huertas, D.; Azorín, F. Biochemistry 1998, 35, 13125-13135.
92. Liu, C.; Chen, F.-M. Biochemistry 1996, 35, 16346-16353.
93. Kamitori, S.; Takusagawa, F. J. Mol. Biol. 1992, 225, 445-456.
94. Jain, S. C.; Sobell, H. M. J. Mol. Biol. 1972, 68, 1-20.
95. Bustin, M.; Reeves, R. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 1996, 54, 35-100.
96. Grosschedl, R.; Giese, K.; Pagel, J. Trends Gen. 1994, 10, 94-100.
97. Landsman, D.; Bustin, M. BioEssays 1993, 15, 539-546.
98. Hamada, H.; Bustin, M. Biochemistry 1985, 24, 1428-1433.
99. Pil, P. M.; Lippard, S. J. Science 1992, 256, 234-237.
100. Breaker, R. R. Curr. Opinion Chem. Biol. 1997, 1, 26-31.
101. Uphoff, K. W.; Bell, S. D.; Ellington, A. D. Curr. Opinion Struct. Biol. 1996, 6, 281-288.
102. Bock, L. C.; Griffin, L. C.; Latham, J. A.; Vermaas, E. H.; Toole, J. J. Nature 1992, 355, 564-566.
103. Lin, C. H.; Patel, D. J. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 1046-1050.
104. Schneider, D. J.; Feigon, J.; Hostomsky, Z.; Gold, L. Biochemistry 1995, 34, 9599-9610.
105. Ellington, A. D. Drug Develop. Res. 1994, 33, 102-115.