A tetrafluorophenyl activated ester self-assembled monolayer for the immobilization of amine-modified oligonucleotides

Langmuir

Volumn 24, Issue 1, 2008, Pages 69-75

  Lockett, Matthew R ^a   Phillips, Margaret F ^a   Jarecki, Jessica L ^a   Peelen, Dora ^a   Smith, Lloyd M ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GOLD SURFACES; HIGH-DENSITY SPOTTED ARRAYS; TETRAFLUOROPHENYL (TFP);

AMINES; DNA; ESTERS; FLUORESCENCE; HYDROLYSIS; OLIGONUCLEOTIDES;

SELF ASSEMBLED MONOLAYERS;

AMINE; DITHIOBIS(2,3,5,6 TETRAFLUOROPHENYL UNDECANOATE); FLUORINATED HYDROCARBON; GOLD; OLIGONUCLEOTIDE; SUCCINIMIDE DERIVATIVE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CHEMISTRY; DNA MICROARRAY; GENETIC PROCEDURES; HYDROLYSIS; HYDROPHOBICITY; INFRARED SPECTROSCOPY; METHODOLOGY; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PH; SURFACE PROPERTY;

AMINES; BASE SEQUENCE; BIOSENSING TECHNIQUES; GOLD; HYDROCARBONS, FLUORINATED; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; HYDROLYSIS; HYDROPHOBICITY; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; OLIGONUCLEOTIDES; SPECTROSCOPY, FOURIER TRANSFORM INFRARED; SUCCINIMIDES; SURFACE PROPERTIES;

EID: 38349097273     PISSN: 07437463     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/la702493u     Document Type: Article

References (51)

1. Guo, Z.; Guilfoyle, R. A.; Thiel, A. J.; Wang, R. F.; Smith, L. M. Nucleic Acids Res. 1994, 22 (24), 5456-5465.
2. Chen, Y.; Shortreed, M. R.; Olivier, M.; Smith, L. M. Anal. Chem. 2005, 77 (8), 2400-2405.
3. Hinds, D. A.; Stuve, L. L.; Nilsen, G. B.; Halperin, E.; Eskin, E.; Ballinger, D. G.; Frazer, K. A.; Cox, D. R. Science 2005, 307 (5712), 1072-1079.
4. Burton, P. R.; Clayton, D. G.; Cardon, L. R.; Craddock, N.; Deloukas, P.; Duncanson, A.; Kwiatkowski, D. P.; McCarthy, M. I.; Ouwehand, W. H.; Samani, N. J.; Todd, J. A.; Donnelly, P.; Barrett, J. C.; Burton, P. R.; Davison, D.; Donnelly, P.; Easton, D.; Evans, D.; Leung, H.-T.; Marchini, J. L. Nature 2007, 447 (7145), 661-678.
5. Buck, M. J.; Lieb, J. D. Genomics 2004, 83 (3), 349-360.
6. Warren, C. L.; Kratochvil, N. C.; Hauschild, K. E.; Foister, S.; Brezinski, M. L.; Dervan, P. B.; Phillips, G. N.; Ansari, A. Z. Proc Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103 (4), 867-872.
7. Schena, M.; Shalon, D.; Davis, R. W.; Brown, P. O. Science 1995, 270 (5235), 467-470.
8. Brockman, J. M.; Frutos, A. G.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121 (35), 8044-8051.
9. Salisbury, C. M.; Maly, D. J.; Ellman, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124 (50), 14868-14870.
10. Smith, E. A.; Thomas, W. D.; Kiessling, L. L.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc 2003, 125 (20), 6140-6148.
11. Drummond, T. G.; Hill, M. G.; Barton, J. K. Nat. Biotechnol. 2003, 21 (10), 1192-1199.
12. Mouradian, S.; Nelson, C. M.; Smith, L. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118 (36), 8639-8645.
13. Su, J.; Mrksich, M. Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41 (24), 4715-4718.
14. Rogers, Y. H.; Jiang-Baucom, P.; Huang, Z. J.; Bogdanov, V.; Anderson, S.; Boyce-Jacino, M. T. Anal. Biochem. 1999, 266 (1), 23-30.
15. Singh-Gasson, S.; Green, R. D.; Yue, Y. J.; Nelson, C.; Blattner, F.; Sussman, M. R.; Cerrina, F. Nat. Biotechnol. 1999, 17 (10), 974-978.
16. Strother, T.; Hamers, R. J.; Smith, L. M. Nucleic Acids Res. 2000, 28 (18), 3535-3541.
17. Strother, T.; Cai, W.; Zhao, X. S.; Hamers, R. J.; Smith, L. M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122 (6), 1205-1209.
18. Tengvall, P.; Jansson, E.; Askendal, A.; Thomsen, P.; Gretzer, C. Colloids Surf. B 2003, 28 (4), 261-272.
19. Strother, T.; Knickerbocker, T.; Russell, J. N.; Butler, J. E.; Smith, L. M.; Hamers, R. J. Langmuir 2002, 18 (4), 968-971.
20. Yang, W. S.; Auciello, O.; Butler, J. E.; Cai, W.; Carlisle, J. A.; Gerbi, J.; Gruen, D. M.; Knickerbocker, T.; Lasseter, T. L.; Russell, J. N.; Smith, L. M.; Hamers, R. J. Nat. Mater. 2003, 2 (1), 63-63.
21. Knickerbocker, T.; Strother, T.; Schwartz, M. P.; Russell, J. N.; Butler, J.; Smith, L. M.; Hamers, R. J. Langmuir 2003, 19 (6), 1938-1942.
22. Sun, B.; Colavita, P. E.; Kim, H.; Lockett, M.; Marcus, M. S.; Smith, L. M.; Hamers, R. J. Langmuir 2006, 22 (23), 9598-9605.
23. Peelen, D.; Smith, L. M. Langmuir 2005, 21 (1), 266-271.
24. Smith, E. A.; Wanat, M. J.; Cheng, Y. F.; Barreira, S. V. P.; Frutos, A. G.; Corn, R. M. Langmuir 2001, 17 (8), 2502-2507.
25. Huang, E.; Zhou, F. M.; Deng, L. Langmuir 2000, 16 (7), 3272-3280.
26. Chapman, R. G.; Ostuni, E.; Yan, L.; Whitesides, G. M. Langmuir 2000, 16 (17), 6927-6936.
27. Heme, T. M.; Tarlov, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119 (38), 8916-8920.
28. Bain, C. D.; Troughton, E. B.; Tao, Y. T.; Evall, J.; Whitesides, G. M.; Nuzzo, R. G. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111 (1), 321-335.
29. Jordan, C. E.; Frey, B. L.; Kornguth, S.; Corn, R. M. Langmuir 1994, 10 (10), 3642-3648.
30. Lu, M. C.; Hall, J. G.; Shortreed, M. R.; Wang, L. M.; Berggren, W. T.; Stevens, P. W.; Kelso, D. M.; Lyamichev, V.; Neri, B.; Skinner, J. L.; Smith, L. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124 (27), 7924-7931.
31. Frey, B. L.; Corn, R. M. Anal. Chem. 1996, 68 (18), 3187-3193.
32. Zheng, T.; Peelen, D.; Smith, L. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127 (28), 9982-9983.
33. Houseman, B. T.; Gawalt, E. S.; Mrksich, M. Langmuir 2003, 19 (5), 1522-1531.
34. Peelen, D.; Kodoyianni, V.; Lee, J.; Zhcng, T.; Shortreed, M. R.; Smith, L. M. J. Proteome Res. 2006, 5 (7), 1580-1585.
35. Tournier, E. J. M.; Wallach, J.; Blond, P. Anal. Chim. Acta 1998, 361 (1-2), 33-44.
36. Dordi, B.; Schonherr, H.; Vancso, G. J. Langmuir 2003, 19 (14), 5780-5786.
37. Smalyukh Zribi, O. V., II.; Butler, J. C.; Lavrentovich, O. D.: Wong, G. C. L. Phys. Rev. Lett. 2006, 96 (17).
38. Penke, B.; Balaspiri, L.; Pallai, P.; Kovacs, K. Acta Phys. Chem. 1974, 20 (4), 471-476.
39. Kisfalud, L.; Roberts, J. E.; Johnson, R. H.; Mayers, G. L.; Kovacs, J. J. Org. Chem. 1970, 35 (10), 3563.
40. Kovacs, J.; Kisfalud, L.; Ceprini, M. Q. J. Am. Chem. Soc. 1967, 89 (1), 183.
41. Ohrt, T.; Merkle, D.; Birkenfeld, K.; Echeverri, C. J.; Schwille, P. Nucleic Acids Res. 2006, 34 (5), 1369-1380.
42. Wang, D. Y.; Visser, N. V.; Veenhuis, M.; van der Klei, I. J. J. Biol. Chem. 2003, 278 (44), 43340-43345.
43. Lee, J.; Didier, D. N.; Lockett, M. R.; Scalf, M.; Greene, A. S.; Olivier, M.; Smith, L. M. Anal. Biochem. 2007, 369 (2), 241-247.
44. Barner, B. J.; Green, M. J.; Saez, E. I.; Corn, R. M. Anal. Chem. 1991, 63, 55-60.
45. Frey, B. L.; Corn, R. M.; Weibel, S. C. Sampling Techniques; J. Wiley and Sons: New York, 2002; Vol. 2.
46. Lee, S.; Shon, Y. S.; Colorado, R.; Guenard, R. L.; Lee, T. R.; Perry, S. S. Langmuir 2000, 16 (5), 2220-2224.
47. Shon, Y. S.; Colorado, R.; Williams, C. T.; Bain, C. D.; Lee, T. R. Langmuir 2000, 16(2), 541-548.
48. Lu, M. C.; Shortreed, M. R.; Hall, J. G.; Wang, L. M.; Berggren, T.; Stevens, P. W.; Kelso, D. M.: Lyamichev, V.; Neri, B.; Smith, L. M. Human Mutat. 2002, 19 (4), 416-422.
49. Lockett, M. R.; Shortreed, M. R.; Smith, L. M. Anal. Chem. 2007, 79 (15), 6031-6036.
50. Data not shown.
51. These calculations were made assuming that there is a 10 mm spacing between each feature.