Role of locked nucleic acid modified complementary strand in quadruplex/watson-crick duplex equilibrium

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 42, 2007, Pages 12328-12337

  Kumar, Niti ^a   Maiti, Souvik ^a  

^a CSIR INSTITUTE OF GENOMICS AND INTEGRATIVE BIOLOGY   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOACTIVITY; FLUORESCENCE; GENES; PHARMACODYNAMICS; THERMODYNAMIC STABILITY;

COMPLEMENTARY STRAND; LOCKED NUCLEIC ACID (LNA); RNA TEMPLATE; WATSON-CRICK DUPLEX EQUILIBRIUM;

NUCLEIC ACIDS;

EID: 35748976591     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp072705u     Document Type: Article

References (46)

1. Wright, W. E.; Tesmer, V. M.; Huffman, K. E.; Levene, S. D.; Shay, J. W. Genes Dev. 1997, 11, 2801.
2. McElligott, R.; Wellinger, R. J. EMBO J. 1997, 16, 3705.
3. Markov, V. L.; Hirose, Y.; Langmore, J. P. Cell 1997, 88, 657.
4. Smogorzewska, A.; de Lange, T. Annu. Rev. Biochem. 2004, 73, 177.
5. Parkinson, G. N.; Lee, M. P.; Neidle, S. Nature 2002, 417, 876.
6. Balagurumoorthy, P.; Brahmachari, S. K. J. Biol. Chem. 1994, 269, 21858-21869.
7. Griffth, J. D.; Comeau, L.; Rosenfield, S.; Stansel, R. M.; Bianchi, A.; Moss, H.; de Lange, T. Cell 1999, 97, 503.
8. Bodnar, A. G.; Ouellette, M.; Frolkis, M.; Holt, S. E.; Chiu, C. P.; Morin, G. B.; Harley, C. B.; Shay, J. W.; Lichtsteiner, S.; Wright, W. E. Science 1998, 279, 349.
9. Zahler, A. M.; Williamson, J. R.; Cech, T. R.; Prescott, D. M. Nature 1991, 350, 718.
10. Shammas, M. A.; Reis, S.; Akiyama, M.; Koley, H.; Chauhan, D.; Hideshima, T.; Goyal, R. K; Hurley, L. H.; Anderson, K. C.; Munshi, N. C. Mol. Cancer Ther. 2003, 2, 825.
11. Tahara, H.; Shin-ya, K.; Seimiya, H.; Yamada, H.; Tsuruo, T.; Ide, I. Oncogene 2006, 25, 1955.
12. Braasch, D. A.; Corey, D. R. Biochemistry 2002, 41, 4503.
13. Elayadi, A. N.; Braasch, D. A.; Corey, D. R. Biochemistry 2002, 41, 9973.
14. Weitzmann, M. N.; Woodford, K. J.; Usdin, K. J. Biol. Chem. 1998, 273, 30742.
15. Sen, D.; Gilbert, W. Nature 1988, 334, 364.
16. Simonsson, T.; Pecinka, P.; Kubista, M. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 1167.
17. Cogoi, S.; Xodo, L. E. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 2536.
18. Todd, A. K.; Johnston, M.; Neidle, S. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 2901.
19. Huppert, J. L.; Balasubramanian, S. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 406.
20. Kumar, N.; Maiti, S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 319, 759.
21. Datta, B.; Armitage, B. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9612.
22. Phan, A. T.; Mergny, J. L. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 4618.
23. Li, W.; Wu, P.; Ohmichia, T.; Sugimoto, N. FEBS Lett. 2002, 526, 77.
24. Green, J. J.; Ying, L.; Klenerman, D.; Balasubramanian, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3763.
25. Ying, L.; Green, J. J.; Li, H.; Klenerman, D.; Balasubramanian, S. Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 14629.
26. Risitano, A.; Fox, K. R. Biochemistry 2003, 42, 6507.
27. Li, W.; Miyoshi, D.; Nakano, S.; Sugimoto, N. Biochemistry 2003, 42, 11736.
28. Kumar, N.; Maiti, S. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 6723.
29. Zhao, Y.; Kan, Z.-y.; Zeng, Z.-x.; Hao, Y.-h.; Chen, H.; Tan, Z. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13255.
30. Haider, K.; Chowdhury, S. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 4466.
31. Marin, V. L.; Armitage, B. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8032.
32. Wengel, J.; Petersen, M.; Nielsen, K. E.; Jensen, G. A.; Håkansson, A. E.; Kumar, R.; Sorensen, M. D.; Rajwanshi, V. K.; Bryld, T.; Jacobsen, J. P. Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2001, 20, 389.
33. Koshkin, A. A.; Singh, S. K.; Nielsen, P.; Rajwanshi, V. K.; Kumar, R.; Meldgaard, M.; Olsen, C. E.; Wengel, J. Tetrahedron 1998, 54, 3607.
34. Petersen, M.; Wengel, J. Trends Biotechnol. 2003, 21, 74.
35. Wahlestedt, C.; Salmi, P.; Good, L.; Kela, J.; Johnsson, T.; Hokfelt, T.; Broberger, C.; Porreca, F.; Lai, J.; Ren, K.; Ossipov, M.; Koshkin, A.; Jakobsen, N.; Skouv, J.; Oerum, H.; Jacobsen, M. H.; Wengël, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5633.
36. Kaur, H.; Arora, A.; Wengel, J.; Maiti, S. Biochemistry 2006, 45, 7347.
37. Torigoe, H.; Hari, Y.; Sekiguchi, M.; Obika, S.; Imanishi, T. J. Biol. Chem. 2001, 276, 2354.
38. Kankia, B. I.; Marky, L. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 123, 10799.
39. Cantor, C. R.; Warshaw, M. M.; Shapiro, H. Biopolymers 1970, 9, 1059.
40. Marky, L. A.; Bloomfield, K. S.; Kozlowski, S.; Breslauer, K. J. Biopolymers 1983, 9, 1247.
41. Sjöback, R.; Nygren, J.; Kubista, M. Biopolymers 1998, 464, 445.
42. Wong, E. L. S.; Chow, E.; Gooding, J. J. Langmuir 2005, 21, 6957.
43. SantaLucia, J., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1460.
44. Petersen, M.; Nielsen, C. B.; Nielsen, K. E.; Jensen, G. A.; Bondensgaard, K.; Singh, S. K.; Rajwanshi, V. K.; Koshkin, A. A.; Dahl, B. M.; Wengel, J.; Jacobsen, J. P. J. Mol. Recognit. 2000, 13, 44.
45. Nielsen, K. E.; Rasmussen, J.; Kumar, R.; Wengel, J.; Jacobsen, J. P.; Petersen, M. Bioconjugate Chem. 2004, 15, 449.
46. Manning, G. S. Biophys. Chem. 2002, 101-102, 461.