Proteome and transcriptional analysis of ethanol-grown Sulfolobus solfataricus P2 reveals ADH2, a potential alcohol dehydrogenase

Journal of Proteome Research

Volumn 6, Issue 10, 2007, Pages 3985-3994

  Chong, Poh Kuan ^a,b   Burja, Adam M ^a,c   Radianingtyas, Helia ^a,c   Fazeli, Alireza ^a   Wright, Phillip C ^a  

^a UNIVERSITY OF SHEFFIELD   (United Kingdom)

^b NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

^c Metabolic Engineering and Fermentation Group   (Canada)

Author keywords

Alcohol dehydrogenase; Alcohol metabolism; iTRAQ; Shotgun proteomics; Stable isotope labeling; Sulfolobus solfataricus P2

Indexed keywords

ACETYL COENZYME A; ALCOHOL; ALCOHOL DEHYDROGENASE; ALCOHOL DEHYDROGENASE 2; CARBON 13; GLUCOSE; GLYOXYLIC ACID; ISOCITRATE DEHYDROGENASE; UNCLASSIFIED DRUG;

ALCOHOL METABOLISM; ARTICLE; BACTERIAL GROWTH; BACTERIAL SURVIVAL; CONTROLLED STUDY; ENZYME ACTIVITY; ESCHERICHIA COLI; GENETIC TRANSCRIPTION; IN VITRO STUDY; IN VIVO STUDY; ISOTOPE LABELING; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN MODIFICATION; PROTEOMICS; REVERSE TRANSCRIPTION POLYMERASE CHAIN REACTION; SULFOLOBUS SOLFATARICUS;

ALCOHOL DEHYDROGENASE; ARCHAEAL PROTEINS; CULTURE MEDIA; ESCHERICHIA COLI; ETHANOL; KINETICS; PROTEOME; RECOMBINANT PROTEINS; REVERSE TRANSCRIPTASE POLYMERASE CHAIN REACTION; RNA, MESSENGER; SULFOLOBUS SOLFATARICUS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TRANSCRIPTION, GENETIC;

ESCHERICHIA COLI; SULFOLOBUS SOLFATARICUS;

EID: 35649017299     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr070232y     Document Type: Article

References (51)

1. Radianingtyas, H.; Wright, P. C. Biotechnol. Lett. 2003, 25(7), 579-583.
2. Vieille, C.; Zeikus, G. J. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2001, 65(1), 1-43.
3. She, Q.; Singh, R. K.; Confalonieri, F.; Zivanovic, Y.; Allard, G.; Awayez, M. J.; Chan-Weiher, C. C.; Clausen, I. G.; Curtis, B. A.; De Moors, A.; Erauso, G.; Fletcher, C.; Gordon, P. M.; Heikampde Jong, I.; Jeffries, A. C.; Kozera, C. J.; Medina, N.; Peng, X.; ThiNgoc, H. P.; Redder, P.; Schenk, M. E.; Theriault, C.; Tolstrup, N.; Charlebois, R. L.; Doolittle, W. F.; Duguet, M.; Gaasterland, T.; Garrett, R. A.; Ragan, M. A.; Sensen, C. W.; Van der Oost, J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98(14), 7835-7840.
4. Radianingtyas, H.; Wright, P. C. FEMS Microbiol. Rev. 2003, 27(5), 593-616.
5. Ammendola, S.; Raia, C. A.; Caruso, C.; Camardella, L.; D'Auria, S.; De Rosa, M.; Rossi, M. Biochemistry 1992, 31(49), 12514-12523.
6. Cannio, R.; Fiorentino, G.; Rossi, M.; Bartolucci, S. FEMS Microbiol. Lett. 1999, 170(1), 31-39.
7. Cannio, R.; Fiorentino, G.; Carpinelli, P.; Rossi, M.; Bartolucci, S. J. Bacteriol. 1996, 178(1), 301-305.
8. Brouns, S. J.; Walther, J.; Snijders, A. P.; van de Werken, H. J.; Willemen, H. L.; Worm, P.; de Vos, M. G.; Andersson, A.; Lundgren, M.; Mazon, H. F.; van den Heuvel, R. H.; Nilsson, P.; Salmon, L.; de Vos, W. M.; Wright, P. C.; Bernander, R.; van der Oost, J. J. Biol. Chem. 2006, 281(37), 27378-27388.
9. Verhees, C. H.; Kengen, S. W.; Tuininga, J. E.; Schut, G. J.; Adams, M. W.; De Vos, W. M.; Van Der Oost, J. Biochem. J. 2003, 375(Pt 2), 231-246.
10. Snijders, A. P.; Walther, J.; Peter, S.; Kinnman, I.; de Vos, M. G.; van de Werken, H. J.; Brouns, S. J.; van der Oost, J.; Wright, P. C. Proteomics 2006, 6(5), 1518-1529.
11. Lamble, H. J.; Heyer, N. I.; Bull, S. D.; Hough, D. W.; Danson, M. J. J. Biol. Chem. 2003, 278(36), 34066-34072.
12. Izzo, V.; Notomista, E.; Picardi, A.; Pennacchio, F.; Di Donato, A. Res. Microbiol. 2005, 156(5-6), 677-689.
13. Snijders, A. P.; de Vos, M. G.; de Koning, B.; Wright, P. C. Electrophoresis 2005, 26(16), 3191-3199.
14. Barry, R. C.; Young, M. J.; Stedman, K. M.; Dratz, E. A. Electrophoresis 2006, 27(14), 2970-2983.
15. Chong, P. K.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2005, 4(5), 1789-1798.
16. Choe, L. H.; Aggarwal, K.; Franck, Z.; Lee, K. H. Electrophoresis 2005, 26(12), 2437-2449.
17. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, I. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3(12), 1154-1169.
18. DeSouza, L.; Diehl, G.; Rodrigues, M. J.; Guo, J.; Romaschin, A. D.; Colgan, T. J.; Siu, K. W. J. Proteome Res. 2005, 4(2), 377-386.
19. Chen, X.; Walker, A. K.; Strahler, J. R.; Simon, E. S.; Tomanicek-Volk, S. L.; Nelson, B. B.; Hurley, M. C.; Ernst, S. A.; Williams, J. A.; Andrews, P. C. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5(2), 306-312.
20. Hardt, M.; Witkowska, H. E.; Webb, S.; Thomas, L. R.; Dixon, S. E.; Hall, S. C.; Fisher, S. J. Anal. Chem. 2005, 77(15), 4947-4954.
21. Pham, T. K.; Chong, P. K.; Gan, C. S.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2006, 5(12), 3411-3419.
22. Chong, P. K.; Burja, A. M.; Radianingtyas, H.; Fazeli, A.; Wright, P. C. Proteomics 2007, 7(3), 424-435.
23. Chong, P. K.; Burja, A. M.; Radianingtyas, H.; Fazeli, A.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2007, 9(6), 1430-1439.
24. Chong, P. K.; Gan, C. S.; Pham, T. K.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2006, 5(5), 1232-1240.
25. Snijders, A. P. L.; De Vos, M. G. J.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2005, 4(2), 578-585.
26. Snijders, A. P.; de Koning, B.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2005, 4(6), 2185-2191.
27. Gan, C. S.; Reardon, K. F.; Wright, P. C. Proteomics 2005, 5(9), 2468-2478.
28. Gan, C. S.; Chong, P. K.; Pham, T. K.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2006, 6(2), 821-827.
29. Denz, C. R.; Dube, D. K. Anal. Biochem. 2005, 341(2), 382-384.
30. Dumitru, R. V.; Ragsdale, S. W. J. Biol. Chem. 2004, 279(38), 39389-39395.
31. Lee, H. S.; Auh, J. H.; Yoon, H. G.; Kim, M. J.; Park, J. H.; Hong, S. S.; Kang, M. H.; Kim, T. J.; Moon, T. W.; Kim, J. W.; Park, K. H. J. Agric. Food Chem. 2002, 50 10), 2812-2817.
32. Adams, M. W. W.; Kelly, R. M. Hyperthermophilic enzymes; Academic Press: San Diego, CA, 2001; pp 176-195.
33. De Rosa, M.; Gambacorta, A.; Nicolaus, B.; Giardina, P.; Poerio, E.; Buonocore, V. Biochem. J. 1984, 224(2), 407-414.
34. Selig, M.; Xavier, K. B.; Santos, H.; Schonheit, P. Arch. Microbiol. 1997, 167(4), 217-232.
35. Henzel, K.; Thorborg, C.; Hofmann, M.; Zimmer, G.; Leuschner, U. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1644(1), 37-45.
36. Deng, M. D.; Coleman, J. R. Appl. Environ. Microbiol. 1999, 65(2), 523-528.
37. Serrano, J. A.; Camacho, M.; Bonete, M. J. FEBS Lett. 1998, 434(1-2), 13-16.
38. Uhrigshardt, H.; Walden, M.; John, H.; Petersen, A.; Anemuller, S. FEBS Lett. 2002, 513(2-3), 223-229.
39. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucleic Acids Res. 1997, 25(17), 3389-3402.
40. Thompson, J. D.; Gibson, T. J.; Plewniak, F.; Jeanmougin, F.; Higgins, D. G. Nucleic Acids Res. 1997, 25(24), 4876-4882.
41. Rella, R.; Raia, C. A.; Pensa, M.; Pisani, F. M.; Gambacorta, A.; De Rosa, M.; Rossi, M. Eur. J. Biochem. 1987, 167(3), 475-479.
42. Machielsen, R.; Uria, A. R.; Kengen, S. W.; van der Oost, J. Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72(1), 233-238.
43. Trincone, A.; Lama, L.; Lanzotti, V.; Nicolaus, B.; De Rosa, M.; Rossi, M.; Gambacorta, A. Biotechnol. Bioeng. 1990, 35, 559-564.
44. Trincone, A.; Lama, L.; Rella, R.; D'Auria, S.; Raia, C. A.; Nicolaus, B. Biochim. Biophys. Acta 1990, 1041(1), 94-96.
45. Griffin, D. R.; Gainer, J. L.; Carta, G. Biotechnol. Prog. 2001, 17(2), 304-310.
46. Kanehisa, M. Trends Genet. 1997, 13(9), 375-376.
47. Kanehisa, M.; Goto, S. Nucleic Acids Res. 2000, 28(1), 27-30.
48. Hartl, T.; Grossebuter, W.; Gorisch, H.; Stezowski, J. J. Biol. Chem. Hoppe Seyler 1987, 368(3), 259-267.
49. Lamble, H. J.; Milburn, C. C.; Taylor, G. L.; Hough, D. W.; Danson, M. J. FEBS Lett. 2004, 576(1-2), 133-136.
50. Kim, S.; Lee, S. B. Biochem. J. 2005, 387(Pt 1), 271-280.
51. Kardinahl, S.; Schmidt, C. L.; Hansen, T.; Anemuller, S.; Petersen, A.; Schafer, G. Eur. J. Biochem. 1999, 260(2), 540-548.