Method for screening and MALDI-TOF MS sequencing of encoded combinatorial libraries

Analytical Chemistry

Volumn 79, Issue 19, 2007, Pages 7275-7285

  Hu, Bi Ang ^a   Jones, Marsha Ritter ^a   Messersmith, Phillip B ^a  

^a Northwestern University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINARY TAG SYSTEM; DIFFERENTIAL BINDING AFFINITIES; MAGNETIC MICROPARTICLES;

AMINO ACIDS; FLOW CYTOMETRY; MAGNETIC SEPARATION; MASS SPECTROMETRY; SYNTHESIS (CHEMICAL);

PEPTIDES;

BIOTIN; DETHIOBIOTIN; FLUORESCENT DYE; PROTEIN GLUTAMINE GAMMA GLUTAMYLTRANSFERASE; STREPTAVIDIN; UNCLASSIFIED DRUG;

ADSORPTION; AMINO ACID COMPOSITION; ARTICLE; AUTOMATION; BINDING AFFINITY; COMBINATORIAL LIBRARY; ENZYME KINETICS; ENZYME SPECIFICITY; ENZYME SUBSTRATE; FLOW CYTOMETRY; MAGNETIC SEPARATION; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; SCREENING TEST; SYNTHESIS;

COMBINATORIAL CHEMISTRY TECHNIQUES; MAGNETICS; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 35349020895     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac070418g     Document Type: Article

References (56)

1. Furka, A.; Sebestyen, F.; Asgedom, M.; Dibo, G. Int. J. Pept. Protein Res. 1991, 37, 487-493.
2. Lam, K. S.; Salmon, S. E.; Hersh, E. M.; Hruby, V. J.; Kazmierski, W. M.; Knapp, R. J. Nature 1991, 354, 82-84.
3. Houghten, R. A.; Pinilla, C.; Blondelle, S. E.; Appel, J. R.; Dooley, C. T.; Cuervo, J. H. Nature 1991, 354, 84-86.
4. Lam, K. S.; Lebl, M.; Krchnak, V. Chem. Rev. 1997, 97, 411-448.
5. Czarnik, A. W. Curr. Opin. Chem. Biol. 1997, 1, 60-66.
6. Braeckmans, K.; De Smedt, S. C.; Leblans, M.; Pauwels, R.; Demeester, J. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 447-456.
7. Ohlmeyer, M. H. J.; Swanson, R. N.; Dillard, L.; Reader, J. C.; Asouline, G.; Kobayashi, R.; Wigler, M.; Still, W. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 10922-10926.
8. Ni, Z. J.; Maclean, D.; Holmes, C. P.; Murphy, M. M.; Ruhland, B.; Jacobs, J. W.; Gordon, E. M.; Gallop, M. A. J. Med. Chem. 1996, 39, 1601-1608.
9. Fitzgerald, M. C.; Harris, K.; Shevlin, C. G.; Siuzdak, G. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1996, 6, 979-982.
10. Youngquist, R. S.; Fuentes, G. R.; Lacey, M. P.; Keough, T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 3900-3906.
11. St. Hilaire, P. M.; Lowary, T. L.; Meldal, M.; Bock, K. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 13312-13320.
12. Tornoe, C. W.; Sanderson, S. J.; Mottram, J. C.; Coombs, G. H.; Meldal, M. J. Comb. Chem. 2004, 6, 312-324.
13. Parameswaran, K. N.; Velasco, P. T.; Wilson, J.; Lorand, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 8472-8475.
14. Hu, B.-H.; Messersmith, P. B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14298-14299.
15. Qiao, S.-W.; Bergseng, E.; Molberg, O.; Jung, G.; Fleckenstein, B.; Sollid, L. M. J. Immunol. 2005, 175, 254-261.
16. Beebe, K. D.; Wang, P.; Arabaci, G.; Pei, D. H. Biochemistry 2000, 39, 13251-13260.
17. Wang, X. B.; Peng, L.; Liu, R. W.; Gill, S. S.; Lam, K. S. J. Comb. Chem. 2005, 7, 197-209.
18. Valero, M. L.; Giralt, E.; Andreu, D. Lett. Pept. Sci. 1999, 6, 109-115.
19. Holmes, C. P.; Jones, D. G. J. Org. Chem. 1995, 60, 2318-2319.
20. Kress, J.; Zanaletti, R.; Amour, A.; Ladlow, M.; Frey, J. G.; Bradley, M. Chem. - Eur. J. 2002, 8, 3769-3772.
21. Kohli, R. M.; Walsh, C. T.; Burkart, M. D. Nature (London, United Kingdom)-2002, 418, 658-661.
22. Tolborg, J. F.; Petersen, L.; Jensen, K. J.; Mayer, C.; Jakeman, D. L.; Warren, R. A. J.; Withers, S. G. J. Org. Chem. 2002, 67, 4143-4149.
23. Vagner, J.; Barany, G.; Lam, K. S.; Krchnak, V.; Sepetov, N. F.; Ostrem, J. A.; Strop, P.; Lebl, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8194-8199.
24. Ronn, L. C. B.; Olsen, M.; Ostergaard, S.; Kiselyov, V.; Berezin, V.; Mortensen, M. T.; Lerche, M. H.; Jensen, P. H.; Soroka, V.; Saffells, J. L.; Doherty, P.; Poulsen, F. M.; Bock, E.; Holm, A. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 1000-1005.
25. Hirsch, J. D.; Eslamizar, L.; Filanoski, B. J.; Malekzadeh, N.; Haugland, R. P.; Beechem, J. M. Anal. Biochem. 2002, 308, 343-357.
26. Pankhurst, Q. A.; Connolly, J.; Jones, S. K.; Dobson, J. J. Phys. D: Appl. Php. 2003, 36, R167-R181.
27. Kodituwakku, A. P.; Jessup, C.; Zola, H.; Roberten, D. M. Immunol. Cell Biol. 2003, 81, 163-170.
28. Melnik, K.; Nakamura, M.; Comella, K.; Lasky, L. C.; Zborowski, M.; Chalmers, J. J. Biotechnol. Prog. 2001, 17, 907-916.
29. Lorand, L.; Conrad, S. M. In Mol. Cell Biochem. 1984, 58, 9-35.
30. Lorand, L.; Graham, R. M. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2003, 4, 140-156.
31. Folk, J. E.; Finlayson, J. S. Adv. Protein Chem. 1977, 31, 1-133.
32. Pisano, J. J.; Finlayso, Js; Peyton, M. P. Science 1968, 160, 892-893.
33. Siefring, G. E.; Apostol, A. B.; Velasco, P. T.; Lorand, L. Biochemistry 1978, 17, 2598-2604.
34. Rice, R. H.; Green, H. J. Cell Biol. 1978, 76, 705-711.
35. Williams-Ashman, H. G.; Pabalan, S. S.; Notides, A. C.; Lorand, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1972, 69, 2322-2325.
36. Folk, J. E.; Cole, P. W. J. Biol. Chem. 1965, 240, 2951-2960.
37. Gorman, J. J.; Folk, J. E. J. Biol. Chem. 1981, 256, 2712-2715.
38. Gorman, J. J.; Folk, J. E. J. Biol. Chem. 1984, 259, 9007-9010.
39. Pastor, M. T.; Diez, A.; Perez-Paya, E.; Abad, C. FEBS Lett. 1999, 451, 231-234.
40. Hohenadl, C.; Mann, K.; Mayer, U.; Timpl, R.; Paulsson, M.; Aeschlimann, D. J. Biol. Chem. 1995, 270, 23415-23420.
41. Ohtsuka, T.; Ota, M.; Nio, N.; Motoki, M. Biosci., Biotechnol., Biochem. 2000, 64, 2608-2613.
42. Kahlem, P.; Terre, C.; Green, H.; Djian, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14580-14585.
43. Keresztessy, Z.; Csosz, E.; Harsfalvi, J.; Csomos, K.; Gray, J.; Lightowlers, R.; Lakey, J.; Balajthy, Z.; Fesus, L. Protein Sci. 2006, 15, 2466-2480.
44. Sugimura, Y.; Hosono, M.; Wada, F.; Yoshimura, T.; Maki, M.; Hitomi, K. J. Biol. Chem. 2006, 281, 17699-17706.
45. Ohtsuka, T.; Sawa, A.; Kawabata, R.; Nio, N.; Motoki, M. J. Agric. Food Chem. 2000, 48, 6230-6233.
46. Sobel, J. H.; Gawinowicz, M. A. J. Biol. Chem. 1996, 271, 19288-19297.
47. Lorand, L.; Rule, N. G.; Ong, H. H.; Furlanet, R; Jacobsen, A.; Downey, J.; Oner, N.; Bruner-Lorand, J. Biochemistry 1968, 7, 1214-1223.
48. Lorand, L.; Parameswaran, K. N.; Stenberg, P.; Tong, Y. S.; Velasco, P. T.; Jonsson, N. A.; Mikiver, L.; Moses, P. Biochemistry 1979, 18, 1756-1765.
49. Schrode, J.; Folk, J. E. J. Biol. Chem. 1979, 254, 653-661.
50. Grootjans, J. J.; Groenen, P.; Dejong, W. W. J. Biol. Chem. 1995, 270, 22855-22858.
51. Groenen, P.; Smulders, R.; Peters, R. F. R.; Grootjans, J. J.; Vandenijssel, P.; Bloemendal, H.; Dejong, W. W. Eur. J. Biochem. 1994, 220, 795-799.
52. Gross, M.; Whetzel, N. K.; Folk, J. E. J. Biol. Chem. 1977, 252, 3752-3759.
53. Sanborn, T. J.; Messersmith, P. B.; Barron, A. E. Biomaterials 2002, 23, 2703-2710.
54. Sperinde, J. J.; Griffith, L. G. Macromolecules 1997, 30, 5255-5264.
55. Hennink, W. E.; van Nostrum, C. F. Adv. Drug Delivery Rev. 2002, 54, 13-36.
56. McHale, M. K.; Setton, L. A.; Chilkoti, A. Tissue Eng. 2005, 11, 1768-1779.