Design and Stability of Peptide β-sheets

Protein Folding Handbook

Volumn 1, Issue , 2008, Pages 314-342

  Searle, Mark S ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

Chemistry; Conformation; Isolation; Phenomena; Relationship

Indexed keywords

EID: 34447514527     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: 10.1002/9783527619498.ch10     Document Type: Chapter

References (83)

1. Honig, B. J. Mol. Biol. 1999, 293, 283-93.
2. Brockwell, D. J., Smith, D. A., Radford, S. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 16-25.
3. Baldwin, R. L., Rose, G. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 26-76.
4. Baldwin, R. L., Rose, G. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 77-83.
5. Chakrabartty, A., Baldwin, R. Adv. Protein Chem. 1995; 46, 141-76.
6. Munoz, V., Serrano, L. J. Mol. Biol. 1995; 245(3), 275-96.
7. O'Neil, K. T., Degrado, W. F. Science 1990; 250(4981), 646-51.
8. Hill, R., Degrado, W. J. Am. Chem. Soc. 1998; 120(6), 1138-45.
9. Gellman, S. H. Curr. Opin. Chem. Biol. 1998; 2, 717-25.
10. Ramirez-Alvarado, M., Kortemme, T., Blanco, F. J., Serrano, L. Bio-org. Med. Chem. 1999; 7, 93-103.
11. Searle, M. S. J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2001; 2, 1011-20.
12. Kemp, D. S., Bowen, B. R., Meundel, C. C. J. Org. Chem. 1990; 55, 4650-7.
13. Nowick, J. S., Smith, E. M., Pairish, M. Chem. Soc. Rev. 1996; 401-15.
14. Diaz, H., Tsang, K. Y., Choo, D., Espina, J. R., Kelly, J. W. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 3790-1.
15. Blanco, F. J., Jimenez, M. A., Herranz, J., Rico, M., Santoro, J., Nieto, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 5887-9.
16. Blanco, F. J., Rivas, G., Serrano, L. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 584-90.
17. Blanco, F. J., Jimenez, M. A., Pineda, A., Rico, M., Santoro, J., Nieto, J. L. Biochemistry 1994, 33, 6004-14.
18. Cox, J. P. L., Evans, P. A., Packman, L. C., Williams, D. H., Woolfson, D. N. J. Mol. Biol. 1993, 234, 483-92.
19. Searle, M. S., Williams, D. H., Packman, L. C. Nat. Struct. Biol. 1995; 2, 999-1006. Fig. 10.15. NMR structure of the WW domain of the formin binding protein (PDB code: 1EOI), consisting of a threestranded antiparallel b-sheet motif; the side chains of conserved residues are shown with tertiary contacts evident between W8 and P33.
20. Searle, M. S., Zerella, R., Williams, D. H., Packman, L. C. Protein Eng. 1996; 9, 559-65.
21. Zerella, R., Evans, P. A., Ionides, J. M. C. et al. Protein Sci. 1999, 8, 1320-31.
22. Zerella, R., Chen, P. Y., Evans, P. A., Raine, A., Williams, D. H. Protein Sci. 2000, 9, 2142-50.
23. Sibanda, B. L., Blundell, T. L., Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1989, 206, 759-77.
24. Hutchinson, E. G., Thornton, J. M. Protein Sci. 1994, 3, 2207-16.
25. Haque, T. S., Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2303-4.
26. Stanger, H. E., Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4236-7.
27. Ramirez-Alvarado, M., Blanco, F. J., Serrano, L. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 604-12.
28. De Alba, E., Jimenez, M. A., Rico, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 175-83.
29. Ramirez-Alvarado, M., Blanco, F. J., Niemann, H., Serrano, L. J. Mol. Biol. 1997, 273, 898-912.
30. Griffiths-Jones, S. R., Maynard, A. J., Searle, M. S. J. Mol. Biol. 1999, 292, 1051-69.
31. Maynard, A. J., Searle, M. S. J. Chem. Soc. Chem. Commun. 1997; 1297-8.
32. Maynard, A. J., Sharman, G. J., Searle, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1996-2007.
33. Swindells, M. B., Macarthur, M. W., Thornton, J. M. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 596-603.
34. Fiebig, K. M., Schwalbe, H., Buck, M., Smith, L. J., Dobson, C. M. J. Phys. Chem. 1996; 100, 2661-6.
35. Smith, L. J., Bolin, K. A., Schwalbe, H., Macarthur, M. W., Thornton, J. M., Dobson, C. M. J. Mol. Biol. 1996, 255, 494-506.
36. Griffiths-Jones, S. R., Sharman, G. J., Maynard, A. J., Searle, M. S. J. Mol. Biol. 1998, 284, 1597-609.
37. Jourdan, M., Griffiths-Jones, S. R., Searle, M. S. Eur. J. Biochem. 2000; 267, 3539-48.
38. Neri, D., Billeter, M., Wider, G., Wuthrich, K. Science 1992, 257, 1559-63.
39. Frank, M., Clore, G. M., Gronenborn, A. Protein Sci. 1995, 4, 2605-15.
40. Buckler, D., Haas, E., Sheraga, H. Biochemistry 1995, 34, 15965-78.
41. Shortle, D. FASEB J. 1996; 10, 27-34.
42. Klein-Seetharaman, J., Oikawa, M., Grimshaw, S. B. et al. Science 2002, 295, 1719-22.
43. Shortle, D., Ackerman, M. S. Science 2001, 293, 487-9.
44. De Alba, E., Rico, M., Jimenez, M. A. Protein Sci. 1997, 6, 2548-60.
45. Wouters, M. A., Curmi, P. M. G. Protein Struct. Funct. Genet. 1995; 22, 119-31.
46. Hutchinson, E. G., Sessions, R. B., Thornton, J. M., Woolfson, D. N. Protein Sci. 1998, 7, 2287-300.
47. Espinosa, J. F., Munoz, V., Gellman, S. H. J. Mol. Biol. 2001, 306, 397-402.
48. Stanger, H. E., Syud, F. A., Espinosa, J. F., Giriat, I., Muir, T., Gellman, S. H. Proc. Natl Acad. Sci. USA 2001; 98, 12105-20.
49. Cochran, A. G., Skelton, N. J., Starovasnik, M. A. Proc. Natl Acad. Sci. USA 2001; 98, 5578-83.
50. Karshikoff, A., Ladenstein, R. Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 550-6.
51. Kumar, S., Nussinov, R. Cell. Mol. Life Sci. 2001, 58, 1216-33.
52. Takano, K., Tsuchimori, K., Yamagata, Y., Yutani, K. Biochemistry 2000, 39, 12375-81.
53. Loladze, V. V., Ibarra-Molero, B., Sanchez-Ruiz, J., Makhatadze, G. I. Biochemistry 1999, 38, 16419-23.
54. Ciani, B., Jourdan, M., Searle, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 9038-47.
55. Russell, S. J., Blandl, T., Skelton, N. J., Cochran, A. G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 388-95.
56. Munoz, V., Thompson, P. A., Hofrichter, J., Eaton, W. A. Nature 1997; 390, 196-199.
57. Munoz, V., Henry, E. R., Hofrichter, J., Eaton, W. A. Proc. Natl Acad. Sci. USA 1998; 95, 5872-9.
58. Hagen, S. J., Hofrichter, J., Szabo, A., Eaton, W. A. Proc. Natl Acad. Sci. USA 1996; 93, 11615-17.
59. Dinner, A. R., Lazaridis, T., Karplus, M. Proc. Natl Acad. Sci. USA 1999; 96, 9068-73.
60. Lacroix, E., Kortemme, T., Lopez de la Paz, M., Serrano, L. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999; 487-93.
61. Synd, F. A., Espinosa, J. F., Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11577-8.
62. Espinosa, J. F., Gellman, S. H. Angew. Chem. 2000; 39, 2330-3.
63. Tatko, C. D., Waters, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2018-2034.
64. Colley, C. S., Griffiths-Jones, S. R., George, M. W., Searle, M. S. J. Chem. Soc. Chem. Commun. 2000; 593-4.
65. Hilario, J., Kubelka, J., Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7562-7574.
66. Ma, B., Nussinov, R. J. Mol. Biol. 2000, 296, 1091-104.
67. Wang, H., Sung, S.-S. Biopolymers 1999; 50, 763-76.
68. Honda, S., Kobayashi, N., Munekata, E. J. Mol. Biol. 2000, 295, 269-78.
69. Griffiths-Jones, Searle, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8350-6.
70. Tatko, C. D., Waters, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9372-3.
71. Sharman, G. J., Searle, M. S. J. Chem. Soc. Chem. Commun. 1997; 1955-6.
72. Sharman, G. J., Searle, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5291-300.
73. Schenck, H. L., Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4869-70.
74. Kortemme, T., Ramirez-Alvarado, M., Serrano, L. Science 1998, 281, 253-6.
75. De Alba, E., Santoro, J., Rico, M., Jimenez, M. A. Protein Sci. 1999, 8, 854-65.
76. Das, C., Raghothama, S., Balaram, P. J. Am. Chem. Soc. 1998; 120, 5812-13
77. Das, C., Raghothama, S., Balaram, P. Chem. Commun. 1999; 967-8.
78. Lopez de la Paz, M., Lacroix, E., Ramirez-Alvarado, M., Serrano, L. J. Mol. Biol. 2001, 312, 229-46.
79. Finkelstein, A. V. Proteins 1991; 9, 23-7.
80. Syud, F. A., Stanger, H. E., Schenck Mortell, H. et al. J. Mol. Biol. 2003, 326, 553-68.
81. Macias, M. J., Gervais, V., Civera, C., Oschkinat, H. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 375-9.
82. Koepf, E. K., Petrassi, H. M., Ratnaswamy, G., Huff, M. E., Sudol, M., Kelly, J. W. Biochemistry 1999, 38, 14338-51.
83. Kanelis, V., Rotin, D., Forman-Kay, J. D. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 407-12.