Circular and linear dichroism of proteins

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 9, Issue 17, 2007, Pages 2020-2035

  Bulheller, Benjamin M ^a   Rodger, Alison ^b   Hirst, Jonathan D ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF WARWICK   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

CHEMISTRY; CIRCULAR DICHROISM; METHODOLOGY; PROTEIN CONFORMATION; REVIEW; SPECTROSCOPY;

CIRCULAR DICHROISM; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS; SPECTRUM ANALYSIS;

EID: 34347326294     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b615870f     Document Type: Review

References (118)

1. D.-F.-M. Arago Mem. Inst. Fr. 1811 12 93
2. J.-B. Biot Mem. Inst. Fr. 1812 13 1 372
3. J.-B. Biot Bull. Soc. Philomath. 1815 190
4. G. D. Fasman, Circular Dichroism and the conformational analysis of biomolecules, Plenum Press, New York, 1996
5. L. Pasteur C. R. Acad. Sci. Paris 1848 26 535 539
6. J. A. Le Bel Bull. Soc. Chim. Fr. 1874 22 337 347
7. J. H. van't Hoff La Chimie dans L'Espace 1875
8. G. Snatzke Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1968 7 14 25
9. N. Berova, K. Nakanishi and R. W. Woody, Circular Dichroism: Principles and Applications, John Wiley and Sons, New York, 2nd edn, 2000
10. M. Born Phys. Z. 1915 16 251 258
11. W. Kuhn Z. Phys. Chem. B 1929 4 14 36
12. L. Rosenfeld Z. Phys. 1928 52 161 174
13. D. D. Fitts J. G. Kirkwood Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1956 42 33 36
14. W. Moffitt J. Chem. Phys. 1956 25 467 478
15. W. Moffitt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1956 42 736 746
16. A. S. Davydov, Theory of molecular excitations, Plenum Press, New York, 1971
17. P. Urnes P. Doty Adv. Protein Chem. 1961 16 401 544
18. G. Holzwarth P. Doty J. Am. Chem. Soc. 1965 87 218 228
19. K. M. Specht J. Nam D. M. Ho N. Berova R. K. Kondru D. N. Beratan P. Wipf R. A. Pascal D. Kahne J. Am. Chem. Soc. 2001 123 8961 8966
20. K. Tanaka Y. Itagaki M. Satake H. Naoki T. Yasumoto K. Nakanishi N. Berova J. Am. Chem. Soc. 2005 127 9561 9570
21. P. Butz G. E. Tranter J. P. Simons PhysChemComm 2002 5 91 93
22. F. Furche R. Ahlrichs C. Wachsmann E. Weber A. Sobanski F. Vogtle S. Grimme J. Am. Chem. Soc. 2000 122 1717 1724
23. M. Schreiber R. Vahrenhorst V. Buss M. P. Fulscher Chirality 2001 13 571 576
24. H. DeVoe J. Chem. Phys. 1964 41 393 400
25. H. DeVoe J. Chem. Phys. 1965 43 3199 3208
26. J. Applequist J. Chem. Phys. 1979 71 4332 4338
27. J. Applequist K. R. Sundberg M. L. Olson L. C. Weiss J. Chem. Phys. 1979 70 1240 1246
28. B. K. Sathyanarayana J. Applequist Int. J. Pept. Protein Res. 1985 26 518 527
29. K. A. Bode J. Applequist J. Phys. Chem. 1996 100 17825 17834
30. K. L. Carlson S. L. Lowe M. R. Hoffmann K. A. Thomasson J. Phys. Chem. A 2006 110 1925 1933
31. S. L. Lowe R. R. Pandey J. Czlapinski G. Kie-Adams M. R. Hoffmann K. A. Thomasson K. S. Pierce J. Pept. Res. 2002 61 189 201
32. P. M. Bayley E. B. Nielsen J. A. Schellman J. Phys. Chem. 1969 73 228 243
33. A. Rodger J. Rajendra R. Marrington M. Ardhammar B. Norden J. D. Hirst A. T. B. Gilbert T. R. Dafforn D. J. Halsall C. A. Woolhead C. Robinson T. J. T. Pinheiro J. Kazlauskaite M. Seymour N. Perez M. J. Hannon Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 4051 4057
34. S. M. Kelly T. J. Jess N. C. Price Biochim. Biophys. Acta 2005 1751 119 139
35. L. A. Nafie J. C. Cheng P. J. Stephens J. Am. Chem. Soc. 1975 97 3842 3843
36. L. A. Nafie M. Diem Acc. Chem. Res. 1979 12 296 302
37. T. A. Keiderling Appl. Spectrosc. Rev. 1981 17 189 226
38. L. D. Barron, Molecular Light Scattering and Optical Activity, Cambridge University Press, 1982
39. G. Holzwarth E. C. Hsu H. S. Mosher T. R. Faulkner A. Moscowitz J. Am. Chem. Soc. 1974 96 251 252
40. P. M. Bayley Prog. Biophys. Mol. Biol. 1973 27 1 76
41. M. T. Oakley B. M. Bulheller J. D. Hirst Chirality 2006 18 340 347
42. S. Brahms J. Brahms J. Mol. Biol. 1980 138 149 178
43. C. R. Cantor and P. R. Schimmel, Biophysical Chemistry, W. H. Freeman, San Francisco, 1980
44. W. C. Johnson Proteins - Structure Function and Genetics 1990 7 205 214
45. P. Wallimann R. J. Kennedy D. S. Kemp Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1999 38 1290 1292
46. J. T. Yang C. S. C. Wu H. M. Martinez Meth. Enzymol. 1986 130 208 269
47. P. Z. Luo R. L. Baldwin Biochemistry 1997 36 8413 8421
48. C. D. Andrew S. Bhattacharjee N. Kokkoni J. D. Hirst G. R. Jones A. J. Doig J. Am. Chem. Soc. 2002 124 12706 12714
49. Z. Dang J. D. Hirst Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 3619 3621
50. S. Bhattacharjee G. Toth S. Lovas J. D. Hirst J. Phys. Chem. B 2003 107 8682 8688
51. K. W. Plaxco C. M. Dobson Curr. Opin. Struct. Biol. 1996 6 630 636
52. J. D. Hirst S. Bhattacharjee A. V. Onufriev Faraday Discuss. 2003 122 253 267
53. E. L. Eliel, S. H. Wilen and L. N. Mander, Stereochemistry of Organic Compounds, Wiley, New York, 1994
54. N. Sreerama R. W. Woody Meth. Enzymol. 2004 383 318 351
55. I. Tinoco Adv. Chem. Phys. 1962 4 113 160
56. J. G. Kirkwood J. Chem. Phys. 1937 5 479 491
57. R. W. Woody J. Chem. Phys. 1968 49 4797 4806
58. R. W. Woody I. Tinoco J. Chem. Phys. 1967 46 4927 4945
59. J. D. Hirst N. A. Besley J. Chem. Phys. 1999 111 2846 2847
60. N. A. Besley J. D. Hirst J. Am. Chem. Soc. 1999 121 9636 9644
61. R. W. Woody N. Sreerama J. Chem. Phys. 1999 111 2844 2845
62. A. Bernhardsson R. Lindh G. Karlstrom B. O. Roos Chem. Phys. Lett. 1996 251 141 149
63. G. Karlstrom J. Phys. Chem. 1989 93 4952 4955
64. G. Karlstrom J. Phys. Chem. 1988 92 1315 1318
65. L. Serrano-Andrés M. P. Fülscher G. Karlstrom Int. J. Quantum Chem. 1997 65 167 181
66. J. D. Hirst K. Colella A. T. B. Gilbert J. Phys. Chem. B 2003 107 11813 11819
67. Y. H. Chen J. T. Yang H. M. Martinez Biochemistry 1972 11 4120 4131
68. D. M. Rogers J. D. Hirst J. Phys. Chem. A 2003 107 11191 11200
69. J. R. Platt J. Chem. Phys. 1949 17 484 495
70. Y. Yamamoto J. Tanaka Bull. Chem. Soc. Jpn. 1972 45 1362 1366
71. D. M. Rogers J. D. Hirst Biochemistry 2004 43 11092 11102
72. N. Sreerama R. W. Woody Protein Sci. 2003 12 384 388
73. N. A. Besley J. D. Hirst J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2000 506 161 167
74. W. H. Press, B. P. Flannery, S. A. Teukolsky and W. T. Vetterling, Cambridge University Press, Cambridge, 1992
75. R. A. Laskowski M. W. Macarthur D. S. Moss J. M. Thornton J. Appl. Crystallogr. 1993 26 283 291
76. J. C. Sutherland E. J. Desmond P. Z. Takacs Nucl. Instrum. Meth. 1980 172 195 199
77. R. W. Janes Bioinformatics 2005 21 4230 4238
78. B. A. Wallace R. W. Janes Curr. Opin. Chem. Biol. 2001 5 567 571
79. K. Matsuo R. Yonehara K. Gekko J. Biochem. 2004 135 405 411
80. K. Matsuo R. Yonehara K. Gekko J. Biochem. 2005 138 79 88
81. A. J. Miles B. A. Wallace Chem. Soc. Rev. 2006 35 39 51
82. M. T. Oakley J. D. Hirst J. Am. Chem. Soc. 2006 128 12414 12415
83. M. B. Robin, Higher Excited States of Polyatomic Molecules, Academic Press, New York, 1975
84. N. A. Besley J. D. Hirst J. Phys. Chem. A 1998 102 10791 10797
85. A. P. Demchenko, Ultraviolet Spectroscopy of Proteins, Springer, Berlin, 1986
86. R. Weinkauf P. Schanen D. Yang S. Sonkara E. W. Schlag J. Phys. Chem. 1995 99 11255 11265
87. W. G. McGimpsey L. Chen R. Carraway W. N. Samaniego J. Phys. Chem. A 1999 103 6082 6090
88. L. Serrano-Andrés M. P. Fülscher J. Phys. Chem. B 2001 105 9323 9330
89. A. T. B. Gilbert J. D. Hirst J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2004 675 53 60
90. A. Rodger and B. Nordén, Circular Dichroism & Linear Dichroism, Oxford University Press, Oxford, 1997
91. M. Couette Ann. Chim. Phys. 1890 6 433 510
92. A. Mallock Proc. R. Soc. London 1888 45 126
93. A. Rodger R. Marrington M. A. Geeves M. Hicks L. de Alwis D. J. Halsall T. R. Dafforn Proc. R. Soc. London 2006 8 3161 3171
94. S. Higashi M. Kasai F. Oosawa A. Wada J. Mol. Biol. 1963 7 421 430
95. A. Wada Appl. Spectrosc. Rev. 1972 6 1 30
96. T. R. Dafforn J. Rajendra D. J. Halsall L. C. Serpell A. Rodger Biophys. J. 2004 86 404 410
97. T. R. Dafforn A. Rodger Curr. Opin. Struct. Biol. 2004 14 541 546
98. R. Marrington E. Small A. Rodger T. R. Dafforn S. Addinall J. Biol. Chem. 2004 47 48821 48829
99. R. Marrington M. Seymour A. Rodger Chirality 2006
100. R. Marrington T. R. Dafforn D. J. Halsall J. I. MacDonald M. Hicks A. Rodger Analyst 2005 130 1608 1616
101. M. Ardhammar N. Mikati B. Nordén J. Am. Chem. Soc. 1998 120 9957 9958
102. A. Rodger, J. Rajendra, R. Marrington, R. Mortimer, T. Andrews, J. B. Hirst, A. T. B. Gilbert, D. Halsall, T. Dafforn, M. Ardhammar, B. Nordén, C. A. Woolhead, C. Robinson, T. Pinheiro, K. J. M. Seymour, N. Perez and M. J. Hannon, in Biophysical Chemistry: Membranes and Proteins, ed., R. H. Templer, and, R. Leatherbarrow,, The Royal Society of Chemistry, Cambridge, Editon edn., 2002, pp. 3-19
103. J. Rajendra A. Damianoglou M. Hicks P. Booth P. M. Rodger A. Rodger Chem. Phys. 2005
104. J. P. Cartailler H. Luecke Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003 32 285 310
105. W. Meijberg P. J. Booth J. Mol. Biol. 2002 319 839 853
106. D. Oesterhelt L. Schuhmann FEBS Lett. 1974 44 262 265
107. B. Albinsson M. Kubista B. Nordén E. W. Thulstrup J. Phys. Chem. 1989 93 6646 6654
108. L. Whitmore, B. A. Wallace and R. W. Janes, The Protein Circular Dichroism DataBank (PCDDB); http://pcddb.cryst.bbk.ac.uk/, 2006
109. L. Whitmore B. A. Wallace Nucleic Acids Res. 2004 32 W668 W673
110. N. Sreerama S. Y. Venyaminov R. W. Woody Protein Sci. 1999 8 370 380
111. N. Sreerama R. W. Woody Anal. Biochem. 1993 209 32 44
112. S. W. Provencher J. Glockner Biochemistry 1981 20 33 37
113. I. H. M. Vanstokkum H. J. W. Spoelder M. Bloemendal R. Vangrondelle F. C. A. Groen Anal. Biochem. 1990 191 110 118
114. L. A. Compton W. C. Johnson Anal. Biochem. 1986 155 155 167
115. P. Manavalan W. C. Johnson Anal. Biochem. 1987 167 76 85
116. N. Sreerama R. W. Woody Anal. Biochem. 2000 287 252 260
117. M. A. Andrade P. Chacon J. J. Merelo F. Moran Protein Eng. 1993 6 383 390
118. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235 242