Theoretical studies toward quantitative protein circular dichroism calculations

Journal of the American Chemical Society

Volumn 121, Issue 41, 1999, Pages 9636-9644

  Besley, Nicholas A ^a,b   Hirst, Jonathan D ^a,b  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE; PROTEIN; PROTEIN R7; UNCLASSIFIED DRUG;

ALPHA HELIX; ARTICLE; CHROMATOPHORE; CIRCULAR DICHROISM; MODEL; PROTEIN ANALYSIS; QUANTITATIVE ASSAY; SPECTRAL SENSITIVITY; SPECTROSCOPY;

EID: 0032748895     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja990627l     Document Type: Article

References (74)

1. Nakanishi, K.; Berova, N.; Woody, R. W. Circular Dichroism Principles and Applications; VCH: New York, 1994.
2. Fasman, G. D. In Circular Dichroism and the Conformational Analysis of Biomolecules; Fasman, G. D., Ed.; Plenum Press: New York, 1996.
3. Plaxco, K. W.; Dobson, C. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 630-636.
4. Chen, E.; Wittung-Stafshede, P.; Kliger, D. S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 3811-3817.
5. Zang, C.-F.; Lewis, J. W.; Cerpa, R.; Kuntz, I. D.; Kliger, D. S. J. Phys. Chem. 1993, 97, 5499-5505.
6. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740-744.
7. Moffitt, W. J. Chem. Phys. 1956, 25, 467-478.
8. Moffitt, W.; Fitts, D. D.; Kirkwood, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1957, 43, 723-730.
9. Chen, Y.-H.; Yang, J. T.; Martinez, H. M. Biochemistry 1972, 11, 4120-4131.
10. Applequist, J.; Sundberg, K. R.; Olsen, M. L.; Weiss, L. C. J. Chem. Phys. 1979, 70, 1240-1246.
11. Bode, K. A.; Applequist, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 17825-17834.
12. Bode, K. A.; Applequist, J. Macromolecules 1997, 30, 2144-2150.
13. Bode, K. A.; Applequist, J. Biopolymers 1997, 42, 855-860.
14. Applequist, J.; Bode, K. A.; Apella, D. H.; Christianson, L. A.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4891-4892.
15. Bode, K. A.; Applequist, J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10938-10946.
16. Ito, H. J. Chem. Phys. 1998, 108, 93-108.
17. Kondru, R. K.; Wipf, P.; Beraton, D. N. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 2204-2205.
18. Kondru, R. K.; Wipf, P.; Beraton, D. N. Science 1998, 282, 2247-2250.
19. Polavarapu, P. L.; Chakraborty, D. K. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6160-6164.
20. Polavarapu, P. L.; Zhao, C. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 246-247.
21. Woody, R. W. J. Chem. Phys. 1968, 49, 4797-4806.
22. Bayley, P. M.; Nielsen, E. B.; Schellman, J. A. J. Phys. Chem. 1969, 73, 228-243.
23. Manning, M. C.; Woody, R. W. Biochemistry 1989, 28, 8609-8613.
24. Kurapkat, G.; Krüger, P.; Wollmer, A.; Fleischhauer, J.; Kramer, B.; Zobel, E.; Koslowski, A.; Botterweck, H.; Woody, R. W. Biopolymers 1997, 41, 267-287.
25. Grishina, I. B.; Woody, R. W. Faraday Discuss. 1994, 99, 245-262.
26. Cooper, T. M.; Woody, R. W. Biopolymers 1990, 30, 657-676.
27. Hirst, J. D. J. Chem. Phys. 1998, 109, 782-788.
28. Hirst, J. D.; Hirst, D. M.; Brooks, C. L., III J. Phys. Chem. A 1997, 101, 4821-4827.
29. Tinoco, I. Adv. Chem. Phys. 1962, 4, 113-160.
30. Schellman, J. A. Chem. Rev. 1975, 75, 323-331.
31. Rosenfeld, L. Z. Phys. 1928, 52, 161-174.
32. Woody, R. W. J. Polym. Sci. Macromol. Rev. 1977, 12, 181-321.
33. Woody, R. W. Biopolymers 1978, 17, 1451-1467.
34. Chakrabartty, A.; Kortemme, T.; Padmanabhan, S.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1993, 32, 5560-5565.
35. Nielsen, E. B.; Schellman, J. A. J. Phys. Chem. 1967, 71, 2297-2304.
36. Basch, H.; Robin, M. B.; Kuebler, N. A. J. Chem. Phys. 1967, 47, 1201-1210.
37. Karlström, G. J. Phys. Chem. 1988, 92, 1315-1318.
38. Karlström, G. J. Phys. Chem. 1989, 93, 4952-4955.
39. Bernhardsson, A.; Lindh, R.; Karlström, G.; Roos, B. O. Chem. Phys. Lett. 1996, 151, 141-149.
40. Serrano-Andrés, L.; Fülscher, M. P.; Karlström, G. Int. J. Quantum Chem. 1997, 65, 167-181.
41. Andersson, K.; Blomberg, M. R. A.; Fülscher, M. P.; Karlström, G.; Lindh, R.; Malmqvist, P.-Å.; Neogrády, P.; Olsen, J.; Roos, B. O.; Sadlej, A. J.; Schütz, M.; Seijo, L.; Serrano-Andrés; Siegbahn, P. E. M.; Widmark, P.-O. MOLCAS Version 4; Lund University, Sweden, 1997.
42. Besley, N. A.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 10791-10797.
43. Clark, L. B. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7974-7986.
44. Peterson, D. L.; Simpson, W. T. J. Am. Chem. Soc. 1957, 79, 2375-2382.
45. Malmqvist, P.-Å.; Roos, B. O. Chem. Phys. Lett. 1989, 155, 189-194.
46. MOLPRO is a package of ab initio programs written by H.-J. Werner and P. J. Knowles, with contributions from R. D. Amos, A. Berning, D. L. Cooper, M. J. O. Deegan, A. J. Dobbyn, F. Eckert, T. Leininger, R. Lindh, A. W. Lloyd, S. J. McNicholas, W. Meyer, M. E. Mura, A. Nicklass, P. Palmieri, K. Peterson, R. Pitzer, P. Pulay, G. Rauhut, M. Schütz, H. Stoll, A. J. Stone, and T. Thorsteinsson.
47. Bondi, A. J. Phys. Chem. 1964, 68, 441-451.
48. Tuñún, I.; Silla, E.; Pascual-Ahuir, J.-L. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2226-2230.
49. Press: W. H.; Teukolsky, S. A.; Vettering, W. T.; Flannery, B. P. Numerical Recipes; Cambridge University Press: Cambridge, 1992.
50. Pancoska, P.; Bitto, E.; Janota, V.; Urbanova, M.; Gupta, V. P.; Keiderling, T. A. Protein Sci. 1995, 4, 1384-1401.
51. Brahms, S.; Brahms, J. J. Mol. Biol. 1980, 138, 149-178.
52. Dahms, T. E.; Szabo, A. G. Biophys. J. 1995, 69, 569-576.
53. Draheim, J. E.; Anderson, G. P.; Duane, J. W.; Gross, E. L. Biophys. J. 1986, 49, 891-900.
54. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meer, E. F.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J. Mol. Biol. 1977, 112, 535-542.
55. Manavalan, P.; Johnson, W. C., Jr. Nature 1983, 305, 831-832.
56. Richardson, J. S.; Getzoff, E. D.; Richardson, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75, 2574-2578.
57. Chan, A. W. E.; Hutchinson, E. G.; Harris, D.; Thornton, J. M. Protein Sci. 1993, 2, 1574-1590.
58. Hirst, J. D.; Besley, N. A. J. Chem. Phys. 1999, 111, 2846-2847.
59. Platzer, K. E. B.; Ananthanarayanan, V. S.; Andreatta, R. H.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1972, 5, 177-187.
60. Padmanabhan, S.; Marqusee, S.; Ridgeway, T.; Laue, T. M.; Baldwin, R. L. Nature 1990, 344, 268-270.
61. Pauling, L.; Corey, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 235-240.
62. Manning, M. C.; Woody, R. W. Biopolymers 1991, 31, 569-586.
63. Chen, Y.-H.; Yang, J. T.; Chau, K. H. Biochemistry 1974, 13, 3350-3359.
64. Luo, P.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1997, 36, 8413-8421.
65. Muck, S. M.; Martinez, G. V.; Fiori, W. R.; Todd, A. P.; Millhauser, G. L. Nature 1992, 359, 653-655.
66. Millhauser, G. L. Biochemistry 1995, 34, 3873-3877.
67. Sheinerman, F. B.; Brooks, C. L., III J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10098-10103.
68. Condon, E. U.; Altar, W.; Eyring, H. J. Chem. Phys. 1937, 5, 753-777.
69. Kuhn, W. Trans. Faraday Soc. 1930, 26, 293-308.
70. Kirkwood, J. G. J. Chem. Phys. 1937, 5, 479-491.
71. Wu, J.; Yang, J. T.; Wu, C.-S. C. Anal. Biochem. 1992, 200, 359-364.
72. Woody, R. W.; Dunker, K. A. In Circular Dichroism and the Conformational Analysis of Biomolecules; Fasman, G. D., Ed.; Plenum Press: New York, 1996.
73. Woody, R. W.; Sreerama, N. J. Chem. Phys. 1999, 111, 2844-2845.
74. Hirst, J. D.; Brooks, C. L., III J. Mol. Biol. 1994, 243, 173-178.