Deoxyribozyme-catalyzed labeling of RNA

Angewandte Chemie - International Edition

Volumn 46, Issue 19, 2007, Pages 3502-3504

  Baum, Dana A ^a   Silverman, Scott K ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

Deoxyribozymes; Fluorescent probes; Fret (fluorescence resonant energy transfer); Macromolecular folding; RNA structures

Indexed keywords

DNA SEQUENCES; FLUORESCENCE MICROSCOPY; RNA;

FLUORESCENCE RESONANT ENERGY TRANSFER; MACROMOLECULAR FOLDING;

BIOMEDICAL ENGINEERING;

DEOXYRIBOZYME; FLUORESCENT DYE; RNA;

ARTICLE; CATALYSIS; CHEMISTRY; CONFORMATION; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; METABOLISM;

CATALYSIS; DNA, CATALYTIC; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; FLUORESCENT DYES; NUCLEIC ACID CONFORMATION; RNA;

EID: 34250809072     PISSN: 14337851     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/anie.200700357     Document Type: Article

References (57)

1. a) D. M. Lilley, RNA 2004, 10, 151-158;
2. b) J. F. Lemay, J. C. Penedo, R. Tremblay, D. M. Lilley, D. A. Lafontaine, Chem. Biol. 2006, 13, 857-868;
3. c) T. Ha, Biochemistry 2004, 43, 4055-4063;
4. d) G. Bokinsky, X. Zhuang, Acc. Chem. Res. 2005, 38, 566-573;
5. e) G. Bokinsky, D. Rueda, V. K. Misra, M. M. Rhodes, A. Gordus, H. P. Babcock, N. G. Walter, X. Zhuang, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 9302-9307.
6. B. M. Rhode, K. Hartmuth, H. Urlaub, R. Lührmann, RNA 2003, 9, 1542-1551.
7. G. F. Joyce, Annu. Rev. Biochem. 2004, 73, 791-836.
8. O. W. Odom, Jr., D. J. Robbins, J. Lynch, D. Dottavio-Martin, G. Kramer, B. Hardesty, Biochemistry 1980, 19, 5947-5954.
9. a) M. J. Moore, P. A. Sharp, Science 1992, 256, 992-997;
10. b) M. J. Moore, C. C. Query, Methods Enzymol. 2000, 317, 109-123.
11. a) D. Klostermeier, D. P. Millar, Biopolymers 2002, 61, 159-179;
12. b) S. A. Strobel, L. Ortoleva-Donnelly, Chem. Biol. 1999, 6, 153-165;
13. c) W. C. Kurschat, J. Müller, R. Wombacher, M. Helm, RNA 2005, 11, 1909-1914;
14. d) J. L. Hougland, A. V. Kravchuk, D. Herschlag, J. A. Piccirilli, PLoS Biol. 2005, 3, e277;
15. e) C. Höbartner, R. Rieder, C. Kreutz, B. Puffer, K. Lang, A. Polonskaia, A. Serganov, R. Micura, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12035-12045;
16. f) B. M. Rhode, K. Hartmuth, E. Westhof, R. Lührmann, EMBO J. 2006, 25, 2475-2486.
17. a) R. Kawai, M. Kimoto, S. Ikeda, T. Mitsui, M. Endo, S. Yokoyama, I. Hirao, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17286-17295;
18. b) K. Moriyama, M. Kimoto, T. Mitsui, S. Yokoyama, I. Hirao, Nucleic Acids Res. 2005, 33, e129;
19. c) I. Hirao, M. Kimoto, T. Mitsui, T. Fujiwara, R. Kawai, A. Sato, Y. Harada, S. Yokoyama, Nat. Methods 2006, 3, 729-735;
20. d) I. Hirao, BioTechniques 2006, 40, 711-717.
21. a) J. L. Mergny, A. S. Boutorine, T. Garestier, F. Belloc, M. Rougée, N. V. Bulychev, A. A. Koshkin, J. Bourson, A. V. Lebedev, B. Valeur, N. T. Thuong, C. Hélène, Nucleic Acids Res. 1994, 22, 920-928;
22. b) Y. Okamura, S. Kondo, I. Sase, T. Suga, K. Mise, I. Furusawa, S. Kawakami, Y. Watanabe, Nucleic Acids Res. 2000, 28, 107e;
23. c) A. Tsuji, Y. Sato, M. Hirano, T. Suga, H. Koshimoto, T. Taguchi, S. Ohsuka, Biophys. J. 2001, 81, 501-515;
24. d) M. Dorywalska, S. C. Blanchard, R. L. Gonzalez, H. D. Kim, S. Chu, J. D. Puglisi, Nucleic Acids Res. 2005, 33, 182-189;
25. e) G. J. Smith, T. R. Sosnick, N. F. Scherer, T. Pan, RNA 2005, 11, 234-239;
26. f) K. L. Robertson, L. Yu, B. A. Armitage, A. J. Lopez, L. A. Peteanu, Biochemistry 2006, 45, 6066-6074.
27. a) S. K. Silverman, Org. Biomol. Chem. 2004, 2, 2701-2706;
28. b) A. Peracchi, ChemBioChem 2005, 6, 1316-1322;
29. c) S. K. Silverman, Nucleic Acids Res. 2005, 33, 6151-6163.
30. a) A. Flynn-Charlebois, Y. Wang, T. K. Prior, I. Rashid, K. A. Hoadley, R. L. Coppins, A. C. Wolf, S. K. Silverman, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2444-2454;
31. b) W. E. Purtha, R. L. Coppins, M. K. Smalley, S. K. Silverman, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13124-13125;
32. c) Y. Wang, S. K. Silverman, Angew. Chem. 2005, 117, 6013-6016;
33. Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 5863-5866;
34. d) E. D. Pratico, Y. Wang, S. K. Silverman, Nucleic Acids Res. 2005, 33, 3503-3512;
35. e) R. L. Coppins, S. K. Silverman, Biochemistry 2005, 44, 13439-13446.
36. a) E. Zelin, Y. Wang, S. K. Silverman, Biochemistry 2006, 45, 2767-2771.
37. a) F. L. Murphy, T. R. Cech, Biochemistry 1993, 32, 5291-5300;
38. b) F. L. Murphy, T. R. Cech, J. Mol. Biol. 1994, 236, 49-63.
39. J. H. Cate, A. R. Gooding, E. Podell, K. Zhou, B. L. Golden, C. E. Kundrot, T. R. Cech, J. A. Doudna, Science 1996, 273, 1678-1685.
40. S. K. Silverman, T. R. Cech, Biochemistry 1999, 38, 8691-8702.
41. a) S. K. Silverman, T. R. Cech, Biochemistry 1999, 38, 14224-14237;
42. b) M. K. Smalley, S. K. Silverman, Nucleic Acids Res. 2006, 34, 152-166.
43. B. T. Young, S. K. Silverman, Biochemistry 2002, 41, 12271-12276.
44. a) S. Basu, R. P. Rambo, J. Strauss-Soukup, J. H. Cate, A. R. Ferré-D'Amaré, S. A. Strobel, J. A. Doudna, Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 986-992;
45. b) K. Juneau, T. R. Cech, RNA 1999, 5, 1119-1129;
46. c) J. P. Schwans, C. N. Cortez, J. M. Olvera, J. A. Piccirilli, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10012-10018;
47. d) J. P. Schwans, N. S. Li, J. A. Piccirilli, Angew. Chem. 2004, 116, 3095-3099;
48. Angew. Chem. Int. Ed. 2004, 43, 3033-3037;
49. e) W. Yoshioka, Y. Ikawa, L. Jaeger, H. Shiraishi, T. Inoue, RNA 2004, 10, 1900-1906;
50. f) R. Das, K. J. Travers, Y. Bai, D. Herschlag, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8272-8273.
51. S. W. Santoro, G. F. Joyce, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 4262-4266.
52. a) G. Gish, F. Eckstein, Science 1988, 240, 1520-1522;
53. b) K. L. Nakamaye, G. Gish, F. Eckstein, H. P. Vosberg, Nucleic Acids Res. 1988, 16, 9947-9959.
54. a) R. M. Clegg, Methods Enzymol. 1992, 211, 353-388;
55. b) D. M. Lilley, Methods Enzymol. 2000, 317, 368-393.
56. A. A. Szewczak, T. R. Cech, RNA 1997, 3, 838-849.
57. Note added in proof. After the final version of this manuscript was submitted, a report described the use of FRET with P4-P6, see: T.-H. Lee, J. L. Lapidus, W. Zhao, K. J. Travers, D. Herschlag, S. Chu, Biophys. J. 2007, DOI: 10.1529/biophysj.106.094623.